自第一代神武天皇起直至第三十三代推古天皇，这33位天皇在日本《古事记》中出现过。但自神武至第十四代仲哀，这14位天皇在历史中无法确认，应该是《古事记》及《日本书纪》为了完成从神代到人代的过渡而虚构出来的人物，而在仲哀天皇与应神天皇中间填充长达70年历史的神功皇后，也不能说是实际的存在。因此，有着比较真实的存在依据的第十五代应神天皇，应该是号称“万世一系”的日本天皇的真正祖先吧。
此外，第一个应用“天皇”这一称号的，应该是在推古朝摄政的圣德太子。他在遣小野妹子给隋炀帝的国书中写道“东天皇敬白西皇帝”，曾引起过隋炀帝的怒火。之前都以的日本统治者“王”或“大王”作为称呼。我国《宋书蛮夷传》里所记载的“倭五王时代”中的“倭赞、珍、济、兴、武五王”，即是指自仁德天皇起至雄略天皇止，除履中天皇外的五位日本统治者。
孝德天皇统治的大化年间，以中大兄皇子（即后来的天智天皇）、中臣镰足等人为首的改革派发动了日本历史上从奴隶制到封建制过渡的大化革新。并经过天武、持统跟文武三代，将大化革新未尽的事业加以完成。之后，日本进入了封建社会，日本天皇制也进入了在历史上为期不长的一段鼎盛时期。这一鼎盛时期贯穿了奈良时代，一直到平安时代中期。
奈良时代（710-794年），可以说是女帝称雄的时代。这一时期，先后经历了元明、元正、圣武、孝谦、淳仁、称德、光仁、桓武八代天皇，其中元明、元正跟孝谦（重登基后改称称德）三位均为女皇，在位统治近30年。此外，圣武天皇在位的25年，完全由光明皇后在幕后操纵。而淳仁天皇在位的六年，则由已宣布退位的孝谦女皇掌握实权。因此，这一时代真正由男性掌握权力的只有14年，为光仁天皇跟桓武天皇。
延历十三年（794年），桓武天皇将都城由平城京（即奈良）迁往平安京（即京都），平安时代开始。迁都的那一夜，火树银花，一派祥和的景象，似乎预示着新都平安京能够“万年平安”。
可是，自70年后的平安时代中期开始，皇室颓废，实权外落到藤原氏手中。号称“万世一系”的天皇家族从此走上了衰败的道路，被旁人所操纵。自藤原氏政权起，经历平氏政权、镰仓幕府、室町幕府、丰臣政权、江户幕府，天皇无权这一凄惨的状况一直持续了一千年左右。直到十九世纪江户幕府灭亡，政权才被奉还于天皇。
在藤原氏掌握大权之后，天皇始终无法将权力真正掌握在自己手里。除了藤原氏、平氏跟丰臣氏三个时期是关白摄政外，其余时期的权力都是掌握在幕府将军手里。但不管是实际上也好，还是名义上也好，毕竟因为是日本的最高统治者的缘故，在皇权旁落后的历代天皇中，也有那么一些既不甘心做外戚或幕府政权的傀儡，并且也有一定实力的天皇，为将大权夺还而努力。后醍醐天皇即是其中最有代表性的人物。
继后嵯峨天皇之后，他的两个儿子即后深草天皇跟龟山天皇相继即位，从那时开始，天皇开始分为两个皇统——即后深草一系的持明院统跟龟山一系的大觉寺统。这两派围绕皇位继承问题展开了激烈的争斗。面对这种情况，对皇位继承拥有决定权的镰仓幕府采取不偏不倚的政策，制定了两统交替即位的“两统迭立”方案。按照这一方案，1318年，大觉寺统的后醍醐天皇即位。
后醍醐天皇即位后，立即重用勤王派的大臣，与镰仓幕府展开斗争。各地勤王军纷纷举起讨幕大旗。后来，由投靠后醍醐天皇的幕府武将足利尊氏给予镰仓幕府致命一击。1333年5月，镰仓幕府灭亡。后醍醐天皇将政权握在自己手中，并取我国汉光武帝刘秀消灭王莽、复兴汉室之意，改年号为“建武”，这就是日本历史上的“建武中兴”。
然而，由于建武新政权对广大武士阶层采取防范政策，引起各地武士的不满和失望。1335年7月，足利尊氏奏请天皇封他为征夷大将军，未获，愤然离京。次年5月，足利军在凑川大败朝廷的新田义贞军和楠木正成军，攻入京都。8月，足利尊氏拥持明院统丰仁亲王为光明天皇。12月，后醍醐天皇逃入吉野山，并在此再次即位，称为“南朝”，并称京都方面的北朝为“伪朝”。日本进入长达50多年的南北朝时代。
在南北朝时代，虽然北朝的持明院统居住在京都，然而，象征天皇神权的“三神器”——八咫镜、坂琼曲玉和草薙剑却在南朝大觉寺统手里。因此，虽然幕府拥立北朝，但是北朝却并不能算是“正统”。
1392年，在将军足利义满（就是《聪明的一休》里面的那个将军，）的调停下，南朝的后龟山天皇将“三神器”交予北朝的后小松天皇，自己进入京都大觉寺当了上皇。然而，足利义满并没有兑现自己的诺言，即并没有实行“两统迭立”的方案。虽然大觉寺统后龟山天皇的后代们发现上了当，但是为时已晚。于是从后小松天皇开始，历代的天皇均为持明院统的嫡系后代，而大觉寺统的皇族们再也无缘染指皇位。
虽然自藤原氏以来，天皇皇权便已旁落到摄政关白或是幕府将军手中，但使天皇的政治地位跌落至谷底的，是日本历史上最后一个幕府——江户时代德川幕府。
1615年，幕府公布《禁中并公家诸法度》十七条，详细地限制了天皇和公卿贵族的权力和行动。《法度》明确地规定，天皇“以学问为第一”，无须过问国事。凡宫廷官员的任命、天皇公卿的服饰冠带、天皇的出巡等等均需征得幕府的同意。《法度》中唯一保留天皇权力的条文只有第八条：天皇有权按“本朝先规”决定年号。于是，无论是形式上还是实际上，皇室的权力完全被幕府所剥夺。
1853年，随着培理舰队的到来，日本锁了两百年的国门被坚船利炮敲开。日本历史的年轮转到了被称为“幕末”的时期。随着倒幕派的烽起，孝明天皇的去世，德川幕府统治走到了尽头。1868年1月，末代将军德川庆喜交出政权，孝明天皇之子睦仁继承皇位，改年号为“明治”，同时发布“王政复古”诏书。从此，天皇重新回到了政治舞台的中心。
1868年11月，明治天皇将都城由京都迁往江户，同时将江户改名为东京。迁都东京后，明治政府大张旗鼓地开始了资产阶级改革，这就是日本历史上重要的“明治维新”。明治维新以后的日本，不再是任由列强欺辱的封建小国，而是本身成为了帝国主义列强之一。对沙皇俄国的宣战以及取得日俄战争的最后胜利，使日本的野心急速膨胀，最终走上了军国主义道路。
1926年，大正天皇没，皇太子裕仁登基，改年号“昭和”。昭和时代初期，日本军国主义的侵略扩张大规模展开。1931年（昭和6年）秋，“九一八”事变爆发，日军侵占我国东北。1937年（昭和12年）7月7日，日军挑起“芦沟桥事变”，发动全面侵华战争，抗日战争爆发。同年12月13日，侵华日军占领南京，发动长达6周、惨绝人寰的“南京大屠杀”，约30多万中国军民惨死在侵略者的屠刀之下。1941年（昭和16年），日军偷袭珍珠港，太平洋战争爆发。这一系列战争，给中国、朝鲜、东南亚及太平洋地区的人民带来地狱般的灾难，同时，日本人民也承受着战争所带来的苦难。而昭和天皇裕仁，对于这一系列战争的发动有着不可推卸的责任。1945年（昭和20年）8月15日，日军投降。美军占领日本，改日本专制天皇制为君主立宪制，天皇作为日本的象征被保留下来。
1989年1月7日清晨，昭和天皇去世，前半段伴随着战争的阴影，后半段构建了日本繁荣的基础的昭和时代降下帷幕。同日，皇太子明仁继位，改年号“平成”。