三
明初，中央军事领导机构有五军都督府和兵部。五军都督府管理都司卫所，战时朝廷派遣都督挂将军印率军出征。兵部平时职掌全国武卫官军的选授、简练、镇戍等政令，战时奉皇帝命令调遣部队。但随着卫所制的破坏，五军都督府的职权越来越轻，而兵部之权则越来越重。
明初，五军都督府的职掌具体言之主要有如下四项：一是卫所军官的选拔、袭替，一是卫所军的操练，一是卫所屯田事宜，一是军情声息。但对这些事情的处理，五军都督府没有最后决定权，而是“移兵部”或“移所司而综理之”。这本身就说明其权力是有限的。它只不过是兵部等文官各部管理军事的中介机构。但就是这种有限的权力，后来也大加削弱。军官的选拔、袭替，明初总是要通过五军都督府，但后来就不再通过它。万历《明会典》载：“凡在京在外武职袭替优给，都司卫所呈送该府，行奏过送兵部奏请定夺。……后行奏俱改属兵部。”（注：万历《明会典》卷二二七《五军都督府-五府通行事例》。）明初，都司卫所的军事长官的任命都要通过五军都督府，但后来总兵、参将的任命就不关五军都督府的事。可以说，明后期五军都督府对非卫所军官的升迁任命连过去那种中转的权力也没有了。
军队操练和军情声息之事，明后期的五军都督府也是无权干预的。因为操练军队、军情声息由各地的巡抚、总兵以及他们的下级将领负责。他们与五军都督府没有上下级关系，不需要向五军都督府报告，而直接向他们的上级总督或朝廷报告情况。
屯田之事，随着储粮户部郎中（或主事）的设立，在边防等地逐渐形成了总督、巡抚、户部郎中（或主事）和兵备的管理体制。具体开垦荒地、清理屯田等事由户部郎中（或主事）和兵备负责。过去那种军屯情况完全由都司、卫所报告给都督府（注：万历《明会典》卷二二七载：“凡都司卫所屯粮，每年收过数目，通关类缴，其支用过总数，造册送该府，转行户部知会。”），然后再转行给户部的程序，已被打破，兵备可直接向户部报告清理屯田和拨军屯种情况。五军都督府管理屯田之职掌已大为削弱。
“都督府掌军旅之事，各领其都司、卫所，以达于兵部。”（注：《明史》卷七六《职官五》，中华书局校点本。）由于卫所制的破坏，新的兵役制度的实行，军队编制体制的变化，它职权的削弱是必然的。当然，这并不是说它失去了过去的一切职权，只是说它的职权已不可能像过去那样遍施于军中，总督、巡抚、总兵所管辖营制的军队则不受他的管辖。
相比之下，兵部权力则有所加强。兵部权力本来是不小的，但后来往往超出了这个权力。《明史-兵志》讲：兵部“尚书掌天下武卫官军选授、简练之政令”，并不职掌军队的作战方略和具体指挥。“相机战守”本是前线指挥员的职责，但兵部后来也进行干预。崇祯十四年（公元1641年），松山之战前，蓟辽总督洪承畴决定采取持久防守，守而兼战，正中出奇的战法粉碎清军对锦州的围困，但兵部尚书陈新甲提出四路进兵的计划，并催促洪承畴立即进攻，结果遭到松山之败。可见后期的兵部不仅掌握军政，而且干预具体的作战方略和作战指挥，兵部尚书俨然成了明军的总参谋长。“将在外，君命有所不受”，这是一条指挥原则。明后期兵部权力过重，干涉前线指挥员根据实际情况制定的作战方略和具体指挥，这往往是导致战争失败的重要原因之一。
五军都督府权力的削弱和兵部权力的加重，表明明朝的军事领导体制一直沿着以部制府，以文制武的方向变化着，也表明明朝的军事领导体制渐趋于统一，统一于文官的兵部。明建国之初，大都督府总揽军旅、军政大权，建立五府、六部后，军旅、军政之权分属于五军都督府和兵部，而明后期军旅、军政之权又趋于统一于兵部。军队应该是一个高度集中统一的武装集团，因为只有高度的集中统一才有较强的战斗力。从这个角度来看，明后期五军都督府权力的削弱和兵部权力的加强是一种进步，对增强军队战斗力有利，而统一于文官的兵部又不会对皇权构成威胁。因此可以说，明后期基本建立了既能增强军队战斗力，又不妨害中央集权的中央军事领导体制。当然这种领导体制并不完善，兵部对前线指挥干预过多就是其中之一。
明初，地方军队领导体制平时和战时不同。平时的军队训练、守御、屯田等都由都指挥使、指挥使、千户、百户等层层负责。都指挥使是一地区的最高军事长官。到战时又是另一套。朝廷派出将领，挂将军印，称总兵官，指挥临时调集的某几个卫所或某几个卫所的部分官兵，进行作战。战后总兵交回将军印，军队各回卫所。这就是《明史-兵志》所讲的“征伐则命将充总兵官，调卫所军领之；既旋则将上所佩印，官军各回卫所。”但这只是明初总兵官情况中的一种，可称其为征伐总兵官。还有另一种总兵官，即镇守总兵官，如镇守辽东、宣府、大同的总兵官等。他们也挂印，称将军，但并不是有征伐才任命的，也不是“既旋则将上所佩印”，官军也不是各回卫所。他们是常驻一地，卸任方归，并要由他人代替。他们是该地区的最高军事长官，都指挥使受其节制。而征伐总兵官则不局限于某地，很难说他们节制某地的都指挥使，当然都指挥使被任命为出征时的下级将领是另外一回事。
明初，镇守总兵官的权力相当大。如宣府镇，永乐时总兵官的职掌为：“整饬兵备，申严号令，练抚士卒，振作军威。务要衣甲整齐，器械锋利。城堡墩台坍塌以时修治坚完，官军骑操马匹责令饲养膘壮。仍督屯田粮草，并一应钱粮不许侵欺。遇有贼寇，相机战守。”（注：《宣府镇志》卷二《诏命考》，1969年台湾学生书局影明嘉靖四十年刊本。）这就是说练兵、作战、筹饷均由总兵官负责。这样，第一，都指挥使受其节制，成了他的下属官，地位降低了；第二，改变了练兵将领不指挥作战，指挥作战的将领不管练兵，兵将分离的作法，有利于提高部队战斗力；第三，事权专一，增强了总兵的责任心。当然，这样也存在着一种危险，即总兵可能拥兵自重，称霸一方，威胁中央集权的统治。明廷为了改变这种状况，正统之后，较为普遍地派巡抚等文官参与部队管理，削弱总兵官的权力。再以宣府为例。正统年间，任命总兵官的敕书中“务要衣甲整齐……并一应钱粮不许侵欺”的一段职责没有了，即不再执掌衣甲、兵器、城堡、屯田、钱粮等等，而增加了“凡一应军机之事，须与巡抚等官从长计议停当而行”（注：《宣府镇志》卷二《诏命考》，1969年台湾学生书局影明嘉靖四十年刊本。）。就是说，总兵再也不能独自决断军机，事事要同巡抚商量，而且“毋得偏私执拗，乖方误事”（注：《宣府镇志》卷二《诏命考》，1969年台湾学生书局影明嘉靖四十年刊本。）。与此相反，派往军队的文官巡抚，权力则相当大，不仅有将领的职权，管理过去总兵管的屯田、粮饷、衣甲、器械、城池修缮，而且还有参奏权和便宜处置权。表面上，巡抚和总兵官是平行的，遇有重大事情共同商量，而实际上，总兵官的地位比巡抚要低。这之后，文官对军队的控制进一步加强。在边防、海防均设总督，临时用兵还设经略、经理等。总督协调较大地区的军政事务，总兵、巡抚均受其节制；敌人进犯时，可以协调所辖地区的军队，相机战守；辖区内的军务，兵马钱粮，可以“便宜区处”，是更大地区的军政最高长官。总督的设立扩大了防区的范围，有利于协调较大地区的军事行动，抵御敌人较大规模的进犯。
明初地方最高军事长官为都指挥，一变而为总兵官，再变而为巡抚、总兵官，三变而为总督。这种转变基本是沿着两个方向进行的：一个是将平时体制转变为平战结合的体制，一个是文官参与军队管理，加强对军队的控制。
明初，军队出征，即平时体制转变为战时体制要设总兵、参将等指挥官，以便对敌作战。后来就是把这种战时体制运用到平时，形成了平战结合的领导体制。这种体制平时训练军队的将领就是战时指挥作战的军官。为了取得战争的胜利，平时这些将领就要认真操练部队，比卫所军的将领责任心更强；战时将领熟悉所属部队士兵的情况，士兵能较好地体会将领的意图。这对夺取战争胜利是十分有利的。因此，这种变革是一进步。
文官参加军队的领导和决策，一则是由于明代后期的将领多为一介武夫，素质较低，往往没有政治头脑，不能很好贯彻朝廷的意图；一则是朝廷对将领不放心，担心他们会威胁自己的统治，所以采取“太阿之柄不假武臣”的政策。这种政策有两面性。一方面使将领地位下降，不能充分发挥将领的才能。将领中并不都是一介武夫，其中也有的既有政治头脑，又有军事才干，但由于他们处处受文官制约，才干受到压抑，甚至导致战争的失败。另一方面，文官管理部队，有利于部队的稳定和贯彻朝廷的意图。由于文官受过较多的文化熏陶，比武官更能忠实地执行朝廷的命令，其中也不乏具有军事才干者。因此，他们参加军事决策，对稳定部队，使部队真正成为统治阶级的工具更有利。明朝后期没有发生大的军队叛乱，明朝农民大起义过程中，也没有形成军阀割据的局面，和文官执掌部队不无关系。