且说曾国藩会合五路大兵，为攻取九江之计，至是乃探得李秀成全军已回金陵，乃与各路水陆并进。仍让鄂督官文为主将，沿长江而下；曾国藩先以本部人马，由建昌起行，先夺了南康府。侍王李世贤本欲往救，却为左宗棠所牵制，移动不得。曾国藩遂夺了南康，复以知府沈葆帧驻守。乃规画将攻九江时，正是三月将尽，天气晴和，正合用兵。适接官文来书：欲以四路分攻四城，而以水师为助。曾国藩以为不然：以林启荣精悍得人，语云困兽犹斗，况勇如林启荣乎？遂改令只攻三面，留东路让林启荣逃走。于是鄂督官文与诸将攻西路；曾国藩与诸将攻北路；胡林翼、李续宜与诸将攻南路，以水师为会攻。计画即定，准备出发。
及九江太平守将真天侯林启荣听得消息，谓左右道：“清兵此来，不啻以全国大兵与吾决生死矣！不特五路之众，大兵十余万，战将百余员，为争九江；即用以牵制各路者，亦皆为九江。彼以全国之众，以争吾一九江，吾此次若能破之，彼此后再不敢正视九江矣！诸君立功，尽在今日，各宜勉之。诸君不负吾，吾亦不负诸君也！”左右听得，皆为感动。林启荣知此次战事，必然利害，乃先行表告金陵，即商议应敌。正在筹议间，已报官文、曾国藩、?胡林翼、李续宜及水师杨彭等将，已各路齐至。林启荣即率兵登陴守御：传令以洋枪从远击之，休令敌兵近城。部将李兴隆问道：“昔者九江屡次战事，将军皆调兵于外，另内外夹攻。今独主内守，不主外战何也？”林启荣道：“兵法不能执一。此次敌兵太众，即调兵于外，亦不能制之；故不如以全力守之耳。”李兴隆又问道：“前破塔齐布，乃故令纵之近城；今必从远击之，不令敌兵逼城下，又何也？”林启荣道：“塔齐布兵少，且志在暗袭，吾故将计就计，因其意其用之；今官、胡等以十余万众，若一经近城，彼将开地道、埋地雷矣！是以从远击之。此时势不同故也！”李兴隆听得，大为叹服。正说话间，已报敌兵大至。曾国藩从南路攻来；官文从西路攻来；胡林翼、李续宜从北路攻来，并会同水师夹攻。为水陆并进，各路人马不知多少，惟声势甚大，已将至城外矣！林启荣听了，却令九江水师，固守濠道，不宜远攻；所编划艇，俱阨城下水道，以防掩袭。即令陆军以火器拒战，每六十人为一队，以二十人持火器，以二十人施放排枪，以二十人司放巨炮。时林启荣早知敌人屡窥九江，已从上海与洋人购得枪炮。故所用枪炮，亦多新式。林启荣复与诸将衣不解带，手不离旗，指挥诸军抵御；又令军士各备干粮，昼夜御敌，不准退后。时三月二十九日，天有微雨，清钦差官文与诸将齐出，且攻且进，以逼府城。那林启荣下令远者炮击；行近时即放洋枪；再近者即拒以火器。
自辰至午，清兵各路共伤死者八千余人，绝不攻得九江要害。官文乃传令暂退，以林启荣所用枪炮，多新式利器，反受吃亏，正要另筹别计，李续宜道：“我众而彼寡，我攻而彼守，自宜分兵轮班，不住攻击，使彼应接不暇而后可，此李秀成攻六合法也。”官文以为然，于是分兵为两班。次日改以巨炮为前驱，鼓噪而进。不料林启荣亦知此次清兵以全力到来，志在必克，非一二日战事可了，自不应疲其兵力，故亦分兵为西班，轮流拒守；另招乡兵为工程队，以备城垣若有损坏，好随时修辑；又分兵守险，以为犄角。到次日清兵又复至，沿途不发枪，只从远发炮攻城。那林启荣却早已准备在先：预将城垣增加坚厚，此昔日城垣加高五尺，厚八尺；以软灰杂以碎石，筑城坚固；并植以野草，使日益坚实。外垣铺以棉花，外罩铁网，以御炮弹。城垣复掘长濠，深逾一丈五尺，阔逾二丈，所有外攻的炮弹，既遇棉花，自然不着城垣要害，且炮弹更从铁网，泻于濠中。故九江城垣，号为至坚最固。时清将官文、曾国藩等，愤前日之败，折去八千余人，及次日进势愈猛。官文并檄告诸将道：“是役无论生死，务要拔九江险要，则长江敌垒可覆，一劳永逸，是所望于诸君。”故诸将听得，无不奋起。官文更会同各路奋进，直薄城下。林启荣在城上指挥军士，远者炮攻，近者枪击，清兵死伤盈道，仍不退却，冒死直扑城下。林启荣更令以火器掷下，清兵多葬在火坑，计又死去七千余人，清兵大为震惧。官文见攻不着九江要害，徒进无益，只得传令退军。
时清兵各营经两次败挫，共死伤万余人，无不震恐，各有退心。官文与曾国藩大为忧虑，乃作慰劳书，以示诸将，由此人心稍定。官文乃大会诸将，会议再攻九江之计。李续宜道：“九江四面而我军只攻其三，只欲留一路，以待林启荣之逃，或可省去兵力耳。早知林启荣精悍好斗，必不轻弃九江，徒留一生路，以便其转运，实非长策也。今唯有将九江四面围定，使其运道不通，断了接应，然后假时日以困之，庶乎可矣。”各人皆以李续宜之言为是：以官文攻其西，以曾国藩攻其南，以胡林翼、李续宜分攻东北，四路并进，而水师则沿河且攻且进。林启荣欲先破其水师，乃令水军部将魏超成，伪为通款于清提督杨载福，约以西门濠道相献。杨载福信以为真，约以二更时分，与彭玉麟同率水师，直捣西濠。魏超成又约以白旗为号，如见白旗掩映，即可进兵。
果然二更时分，杨载福在前，彭玉麟在后，领水师船二十余号，偷进西濠。果见濠口白旗当风招展，正欲猛进，忽然迎头炮声震动，枪弹如雨，两边火器纷纷掷下。彭、杨二将正待退时，各船早已着火；城上又叫喊助威。杨载福乃改乘小艇而逃，还亏得彭玉麟在后接应，始得逃出。所有二十余号船上水军不死于火，即死于水。是时官文等正奋攻九江西门，与林启荣军并力搏击，自午至夜，清将轮班攻击；城内亦轮班抵御，两军各有死伤。忽见西门外火起，官文自念此次攻城，未尝定火攻之计。此次之火，定是林启荣之火，究不知是何原故？唯见城上林军耀武扬威，料知是己军有失，正踌躇间，已报到水军中计大败。杨、彭二将虽然逃出，惟兵士已死者数百人了。清将闻得不免心惊。以为林启荣能用计破我水师，不难用计破我陆军，故清营大小将校，又多疑惧，因此攻力已缓。
林启荣却令船只载运陆军二千人，由西濠出城登岸，直劫官文大营。那时官文不料城内有兵杀出，故绝无准备，时林启荣所遣二千人，由骁将李兴隆领着，直冲官文大营。一头放枪，一头纵火，官文部下将校，皆措手不及，死伤五千余人。提督李曙堂，都统舒保，俱受重伤。其余军校死伤亦数十名。败走三十余里。此及胡林翼遣军来救时，林军已自回城去了。
白宫文大败，各路亦死伤不少，于九江城池仍毫无动静。曾国藩、官文惟有传令暂退。自计三次进攻，死伤二万余人，尤以官文一军吃亏更重。到夜里曾国藩微服巡视各营，见诸将皆有怨声，以为徒恃兵力攻人，并无妙计在先，以至屡败；今顿兵城下，徒自取死而已，曾国藩听得，更为忧虑，急与官文计议。时官文亦因屡败损兵折将，心甚焦躁，闻诸将已无斗志，即问曾国藩汁将安出？曾国藩道：“吾等以五路之众，十万大兵，若不能敌一林启荣，诚为天下后世笑矣！”说罢不胜叹息。适胡林翼到来，曾国藩具述其故。胡林翼道：“诸将若有退心，大事去矣。正惟九江难攻，则九江益为重要，吾等宁死于此地，亦断不能退军也。此次以全国兵力，争一九江；若不能克，自后更无人敢窥九江矣！是九江永为洪秀全所得，东南各省亦无恢复之日也。今当一面慰告诸将，以激起其雄心；一面将九江围困，断彼交通之路，料九江城内必有绝粮之日，此时因而破之易如反掌耳。”曾、官二人遂从其计。乃为檄示普告各营：力言与诸军共死生，以十万之众，而不能克一九江，不特为林启荣，且为后世讥也。自此诸将稍有奋志，乃定议先进者赏，后退者杀。即将各路人马，又复分班，效李秀成取杭州之计，以一半剪除九江附近地方，使九江孤立，并防敌兵外援；其余一半即分四面围定九江，以四路陆军轮流攻击，使九江城内粮械尽绝，然后乘之。官文、曾国藩等，计画既定，依次而行。