第九世纪里，沃里根的门徒伊里吉纳（Erigena）或约翰·斯科特（John
Scot）创立了一个神秘的学说，其基本的意见认为神是唯一的实在。这个学说是中古时代（与教父时期相对而言）基督教信仰与希腊哲学（这里指新柏拉图派的哲学）的第一次大综合。在伊里吉纳看来，真哲学就是真宗教，真宗教也就是真哲学。理性引导人到一个体系，这个体系又与正当解释的圣经相吻合。伊里吉纳是实在论者，但他的唯实论把柏拉图的观点与亚里斯多德的观点溶合在一起，唯实论与唯名论的争论只是到后来才趋于激烈。十一世纪时批判的推理应用于神学，双方的争执点才开始明朗化。唯名论出现在土尔的柏朗加里斯（Berengarius
of
Tours，999－1088年）的着作里，他批判了化体（transubstantiation）理论，说我们要改变面包与酒的本质，就必然要相应地改变其形与味等偶有性。唯名论也出现在洛色林（Roscellinus，卒于约1125年）的着作中。他主张只有个体是实在的，因而达到三位一体的三神论观念。这就立刻促使敌对的唯实论轮廓更加鲜明，尤其是在查姆伯的威廉（Williamof
Champeaux）与坎特布里的安瑟伦（AnselmofCanterbury）的着作中，并使唯实论成为正统观点，流行了几百年。
但是唯实论固有的困难，引起许多不同的派别；学校内狂热地进行着无休止的辩论，经院辩论家在哲学的尖锐交锋中斗争了两百年。法国布尔塔尼人阿伯拉尔（Abelard，1079-1142年）攻击他的先生查姆伯的威廉并把他的学说修改成为接近唯名论的一种学说，但是他的唯名论不象洛色林的那样始终一致。在阿伯拉尔的哲学中，三位一体的教义成了一神的三个方面的观念。阿伯拉尔已经有摆脱中世纪思想习以为常的教条框框的征象。他说了一些富有意义的话，如“怀疑是研究的道路”，“研究才能达到真理”，“要信仰须先了解”，这些话很可以拿来和教父哲学家德尔图良（Tertullian）的“正因其荒谬而信仰”（credo
quiaimpossibile），及安瑟伦的“为求知而信仰”（credoutintellgam）相比较。阿伯拉尔受到圣伯纳德（Saint
Bernard）的谴责，后者极端仇视世俗的智慧，且尽力培养教会对于异端的疑忌。但有一个时期，思辨的精神也消耗尽净了，从十二世纪中叶，逻辑与哲学辩论开始沉寂，一直沉寂了五十年，现在人们又对古典文献发生了暂时的兴趣，这种兴趣是以萨利斯伯里的约翰（John
ofSalisbury）及设在沙特尔（Chartres）的他的学校为中心的。
中世纪人的哲学讨论，至今仍然使某些现代的形而上学家感到浓厚的兴趣；他们对于物质宇宙的一般观念，在我们看来，实在奇怪、不实在而且混乱。大体说来，他们对于自然事件、道德真理和精神经验是不加分别的。终极的实在无疑地包含着这三方面，但历史告诉我们，无论如何，自然事件应当单独加以观察，如果我们要想更加认识它们相互间的关系的话。
中世纪的心理迷恋于假想的大小两种宇宙的类比，一方面是神性，即天文学上的宇宙结构，另一方面是人体，即解剖学、生理学与心理学上的人身结构。他们通常以为有一个活的灵魂，即“奴斯”（vous）或新柏拉图主义的世界精神，贯注在并维系着整个宇宙，这个灵魂又为神所渗透与控制。因此，原始的物质，即死与分解的元素，也在神控制之下。
大宇宙和小宇宙的观念是在柏拉图的《蒂迈欧篇》中提出的，还可上溯到阿尔克莫与毕达哥拉斯派，但是有些中世纪的着作家归之于赫米斯（Hermes）。这是一位很可怀疑的亚历山大里亚人物。许多炼金术的着作里提到他，也许他就是古埃及神梼特。这个理论还以简单的形式出现在塞维尔的伊西多尔与炼金家“杰伯尔”的书中。后来更由土尔的伯纳德·西尔维斯特里（Bernard
Sylves-trisof
Tours，约1150年）与宾根（Bingen）的修道院院长希德加尔（Hildegard，约1170年）加以发展。在中世纪的艺术品中经常可以看见这个观念的寓言式的表现。
在仅仅描绘大宇宙的其他作品中，我们可以看见如下的画面。地球是中央的球体，其中的四元素原来本是谐和而有秩序的，自亚当堕落以后便凌乱了。地球周围有充满空气、以太和火的几层同心圈，这些圈里有恒星、太阳与行星，被四种天风挟持着运行，这四种天风又与地上的四种元素和人身中的四种体液有关，天堂是火层以外最高的苍穹，地狱在我们脚下的地球之内。
大宇宙和小宇宙基本上相似的概念，流行于整个中世纪。经过文艺复兴而仍存在，及至现代还出现在文学里。宇宙是由同心的球或圈层构成的观念，在中世纪已发展成古典的了；在但丁的幻像里达到了它的顶点。哥白尼摧毁了它的理性基础，但没有铲除民间的传说。就在现今，我们还可以在各阶级的愚昧民众中流行的某些历书的封面上，看见从古代世界和中世纪这些混乱的想象中得来的图画。
在犹太神智学，即所谓卡巴拉（Caballa）的学说里，也可以找到大致相同的观念，这个学说自称发扬了上帝启示亚当的秘传真理，并且靠了传说传给后代，以后对基督教也发生了很大的影响。
在这里，我们对中世纪的庞杂繁复的占星术、炼金术、巫术与神智学大杂脸，连十分之一也无法叙述；这些不但使我们难于理解，甚且使我们不能卒读。这些观念本质上是中世纪心理的特点，有了这些观念，他们才感觉安适。但是我们不要忘记，科学思想在当时既很少见，而且同一般人的心理也格格不入。几棵疏落的科学树苗，必须在始终阻遏生机的旷野密菁中生长，而不是家有些科学历史家所想象的那样在开阔而有益于康健的愚昧草原中生长。一块农地如果几年不加耕种，即仍成为草莽，在思想的园地里也不乏同样的危险情况。费了科学家三百年的劳动，才得清除草秽，成为熟土；但毁灭很小一部分人口，便足以毁灭科学的知识，使我们回到差不多普遍信仰巫术、妖术和占星术的局面中去。