这种新唯名论遭到教会的反对与禁制，巴黎大学谴责了奥卡姆的着作，直到1473年还企图强迫推行唯实论。但唯名论以不可抵抗之势传布开来，几年以后阻力使绝迹了。大学校长、教会主教都成了唯名论者，马丁·路德的学说也有很大一部分是从奥卡姆的着作中得来的。最后，罗马才回到修改后的亚里斯多德的唯实论，1879年，教皇列奥十三世（Le
ⅩⅠⅠⅠ）下了一道通谕，重新规定圣托马斯·阿奎那的学说是法定的罗马哲学。
尽管这样，奥卡姆的工作仍然标志着经院哲学独霸中世纪的局面的结束。从此以后，哲学就更可以自由地进行探讨，不一定非要达到神学预定的结论不可了，同时宗教也暂时脱离了唯理论，可以来发展它那些同样重要的情感和神秘方面了。因此在十四、十五世纪就出现一种新神秘主义（特别在德国）和许多类型的宗教经验。这些宗教经验至今仍然为人们所知，而且是有价值的。
另外一位帮助推翻经院哲学的着名教士，是库萨的尼古拉（Nicholasof
Cusa，1401－1464年）主教。他认为人类的一切知识都只不过是猜测而已，虽然人们可以凭神秘的直觉去领会神，而神也囊括了一切存在物。尼古拉由此形成的见解后来成为一种泛神论，而为布鲁诺（Bruno）所采纳。不管他对于知识的看法怎样，尼古拉在数学和物理学方面却有显着的贡献。他用天平证明生长着的植物从空气里吸取了一些有重量的东西。他提议改良历法，认真地尝试把圆化为面积相等的正方形，并且抛弃了托勒密体系，拥护地球自转的理论，成为哥白尼的先驱。尼古拉、布鲁诺与天文学家诺瓦腊（Novara）都认为运动是相对的，只有数才是绝对的，这样也就在哲学方面，为哥白尼铺平了道路。威尼斯的马可·波罗（Marco
Polo，1254－1324年）在亚洲内陆的旅行，也增进了地理知识。
中世纪的任务已经完成了；以人文主义、艺术、实际的发现和自然科学的开始为其特有的光荣的文艺复兴的道路扫清了，经院哲学的时代过去了，历史展开了新的一页。
在科学历史学家眼中，中世纪是现代的摇篮。阿拉伯学派保存了希腊学术，而且对于自然界的知识有不少独创性的贡献。在阿拉伯与西欧，实用技术慢慢地兴起，只是对一般的思想还没有什么影响。从十二世纪以后才有人进行蒸馏，在1300年左右才出现了用于制造眼镜和其他用途的凸透镜（主要在威尼斯），两百年后才有凹透镜。工业制出了化学试剂，如硫酸与硝酸。但是有系统的实验却没有什么进步，可以说，在罗吉尔·培根提出实验科学以前，西方学术界本来并没有自己的实验科学。后来又出了几位数学家。着名的有斯杯因谢德（Richard
Swineshead，活动于1350年）与霍耳布鲁克（John
Holbrook，卒于1437年）。但研究欧洲中世纪思想时最有趣的一件事，是追溯不断变化的人类心理态度怎样从一种似乎不可能产生科学的状态，转到另外一个状态，以致使得科学自然而然地从哲学的环境里产生出来。
经院哲学的代表人采取了解释者的态度；创造性的实验研究是与他们的观念不相合的。可是他们理性的唯知主义，不但保持了而且还加强了逻辑分析的精神，他们关于神与世界是人可了解的假设，也使得西欧聪明才智之士产生一了一种即使是不自觉的也是十分可贵的信心，即相信自然界是有规律的和一致的；没有这种信心，就不会有人去进行科学研究了。文艺复兴时代的人，一旦摆脱了经院哲学权威的桎梏，就吸取了经院哲学的方法给与他们的教训。他们本着自然是一致和可以了解的信念，开始进行观察，用归纳的方法形成假设以便解释他们的观察结果，然后又用逻辑的推理演绎出推论，再用实验去加以检验。经院哲学训练了他们，结果反而叫这些人把它摧毁。
从某种意义说，我们只谈到了基督教中世纪最坏的一面：在科学研究所必需的特殊思想领域方面，中世纪是最虚弱的。我们只是大略地考察了一下欧洲各个国家怎样在中世纪形成和巩固。我们没有谈到中世纪在文学和艺术上惊人的成就。《罗兰之歌》在我们看来不过是文化民族化的一个迹象；后来的骑士浪漫文学我们根本没有提到。但丁的《神曲》，除了把托马斯·阿奎那的观念秘藏在诗句里之外，对我们是没有多少意义的。教堂建筑的光辉成就，在我们不过是建筑技术进步的例证。就是中世纪的宗教，虽然在哲学方面和我们关系比较接近，在本质上也与我们的研究漠不相干。中世纪宗教对于救世主上帝的信仰，它对全体人类崇敬热爱的精神以及它给受苦人群带来的得救的福音，都不在我们的考察范围内。我们碰见了那个猜疑的裁判官圣伯纳德，但阿西西的圣方济各（Saint
FrancisofAssist），那位可爱、欢乐、单纯的人物，却不见于我们的篇页。