先是，玄惧不胜，走意已决。潜令殷仲文具舟石头，而轻可载服玩书画。仲文问其故，玄曰：“兵凶战危，脱有意外之变，富使轻而易运。”及闻大军一败，率亲卒数千人，声言赴战，上挟乘舆，下带家室，出南掖门以走。胡藩执马鞚谏曰：“今羽林射手，尚有八百，皆是精锐，且西人受累世之恩，不驱一战，一旦舍此，欲安之乎？”玄不答，鞭马急奔，西趋石头，与仲文等浮江南走。
斯时京中无主，百官开门迎裕。裕乃整旅入建康，下令军士，不许扰及民间，百姓安堵如故。庚申，屯石头城，立留台百官，焚桓温神主于正阳门外，尽诛其宗族之在建康者。一面遣诸将追玄，一面命臧熹入宫，收图籍器物，封闭府库。有金饰乐器一具，裕问熹曰：“卿欲此乎？”熹正色对曰：“皇上幽逼，播越非所，将军首建大义，勤劳王家，熹虽不肖，实无情于乐。”裕笑曰：“聊以戏卿耳。”壬申，群臣推裕领扬州，裕感王谧恩，使领扬州报之。于是推裕为大将军，都督扬、徐、衮、豫、青、冀、幽、井八州军事。以刘毅为青州刺史，何无忌为琅讶内史，孟昶为丹阳尹，诸大处分，皆委于穆之。仓猝立定，无不毕具。穆之谓裕曰：“晋自隆安以来，政事宽弛，纲纪不立，豪族陵纵，小民穷蹙。元显政令违舛，桓玄科条繁细，皆失为治之道。公欲治天下，非力矫从前之失不可。”裕乃躬行节俭，以身范物，内外百官，皆肃然奉职。不盈旬日，风俗顿改。一日，长民槛送刁逵至京，报豫州已平，裕大喜。原来长民、魏咏之本约在历阳举事，为刁逵所觉，收兵到门，咏之走脱，长民被执，囚送建康。行至当利而玄败，送人破槛出之。长民结众还袭豫州，遂执刁逵以献。裕怒斩之，及其子侄无少长皆弃市，以报昔日之辱。后人有诗叹之曰：
王谧为公刁氏族，平生恩怨别秋毫。
回思雍齿封侯事，大度千秋仰汉高。
却说刘敬宣逃奔南燕，燕主慕容德待之甚厚。敬宣素晓天文，一夜仰瞻星象，谓休之曰：“晋将复兴，此地终为晋有。”乃结青州大姓，谋据南燕，推休之为主，克日垂发。时刘轨为燕司空，大被委任，不欲叛燕，遂发其谋。敬宣、休之知事泄，连夜急走，仅而得免。逃至淮、泗间，尚未知南朝消息。敬宣夜得一兆，梦见丸土而吞之，觉而喜曰：“丸者，桓也。桓既吞矣，吾复本土乎？”俄而，裕自京师以手书召之。敬宣接书，示左右曰：“刘寄奴果不我负也！”便与休之驰还。既至建康，裕接入大喜，谓敬宣曰：“今者卿归，不唯济国难，兼当报父仇也。”敬宣泣而受命，裕乃以敬宣为晋陵太守，休之为荆州刺史。
且说桓玄奔至寻阳，郭昶之给其器用兵力，军旅少振，及闻何无忌、刘毅、刘道规三将来追，留何澹之守湓口，而挟帝西上。至江陵，桓石以兵迎之。玄入城，更署置百官，以卞范之为尚书仆射，专事威猛，摄服群下。殷仲文微言不可，玄怒曰：“今以诸将失律，还都旧楚，而群小纷纷，妄兴异议，方当纠之以猛，未可施之以宽也。”时荆、江诸郡，闻玄败归，有上表奔问起居者，玄皆却之，令群下贺迁新都。时无忌等已至桑落州，何澹之引舟师迎战。澹之常所乘舫，羽仪旗帜甚盛。无忌欲攻之，众曰：“贼师必不在此，特诈我耳，攻之无益。”无忌曰：“不然，今众寡不敌，战无全胜。澹之既不居此，肪中守卫必弱，我以锐兵进攻，必得之。得之则彼势败而我气倍，因而薄之，破贼必矣。”道规曰：“善。”遂往攻之，果得其舫，传呼曰：“已获何澹之矣！”西军皆惊惧扰乱，东军乘之，斩获无数，澹之走免。遂克湓口，进据寻阳。是役也，胡藩所乘舟，为东军所烧，藩带甲入水，潜行水底数百步，乃得登岸。欲还江陵，路绝不得通，乃奔豫章。裕闻而召之，遂降于裕。玄闻何澹之败，大惧，谋欲出兵拒之。乃以大将符宏，领梁州兵为前锋，大军继进。
当是时，玄重设赏格，招集荆州人马，曾未三旬，有众数万，楼船器械俱备，军势甚盛。而东军兵不满万，颇惮之，议欲退保寻阳，再图后举。道规曰：“不可，彼众我寡，今若畏儒不进，必为所乘。虽至寻阳，岂能自固？玄虽窃名雄豪，内实恇怯。加之已经奔败，众无固心，决机两阵，将勇者胜，不在众也。”说罢，披甲而出，麾众先进，矢石并发。西军皆闭舫户以避。诸将鼓勇从之，直出军后，纵火烧甚辎重，西师大败，玄乘轻舸，西走江陵。郭铨临阵降毅。殷仲文已随玄走，半路而还，因迎何皇后及王皇后于巴陵，奉之至京。裕赦其罪不问。
再说玄至江陵，计点军士，散亡殆尽。而有嬖重丁仙期，美风姿，性柔婉，玄最亲昵，与之常同卧起，即朝臣论事，宾客宴集，时刻不离左右，食有佳味，必分甘与之。其时战败失散，玄思之，涕泣不食。遣人寻觅，络绎载道。及归大喜，抚其背曰：“三军可弃，卿不可弃也。”将士闻之皆怒曰：“吾等之命，不及一嬖童，奚尽力为？”于是众志益离。冯该劝玄勒兵更战，玄不从。时桓希镇守汉中，有兵数万，玄欲往汉中就之，而人情乖阻，号令不行。夜中处分欲发，城内已乱，急与腹心数百人，乘马西走。行至城门，或从暗中斫之，不中。其徒更相杀害，前后交横，仅得至船。左右皆散，从者不满百人。恐有他变，急令进发。犹幸后无追师，船行无碍。一日正行之次，忽有战船百号，蔽江而来。船上枪刀林立，旗号云屯，大船头上，立一少年将军，白铠银甲，手执令旗一面，旁立偏将数员，皆关西大汉。舟行相近，来将大喝曰：“来者何船？”船上答曰：“楚帝御舟。”说犹未了，来将把旗一挥，左右战舰，一齐围裹上来，箭弩交加，矢下如雨。玄大惊，忙令退避，水手已被射倒，舱中已射死数人，丁仙期以身蔽玄，身中数箭而死。来将跳过船来，持刀向玄。玄曰：“妆何人，敢杀天子？”来将曰：“我杀天子之贼耳。”玄拔头上玉导示之曰：“免吾，与汝玉导。”来将曰：“杀汝，玉导焉往？”遂斩之。悉诛其家属，但未识杀玄者何人，且听后文再述。
五扶晋室四方悦服，代燕邦一举荡平
话说杀桓玄者，乃是益州刺史毛璩之侄毛佑之。桓玄篡位，曾遣使益州，加璩为左将军。璩不受命，传檄远近，列玄罪状。
及闻刘裕克复京师，遣其侄佑之率兵三千进趣江陵，以绝玄之归路。事有凑巧，恰好与玄相遇，遂击杀之。于是传首江陵，收兵而返。荆州太守王腾之，乃改府署为行宫，奉帝居之，以玄首驰送东军。无忌等大喜，以为贼首既除，大事已定，军心渐懈。又遇风阻，浃旬未至江陵。
那知桓玄虽死，诸桓各窜，桓谦匿沮泽中，桓振匿华容浦，各集余党，伺隙而动。探得东军未至，城内无备，乘夜来袭，逆党在内者从而应之，斩关而入，江陵复陷，王腾之等皆遇害。