遂命假予冠带，陛见。见即上守江策及三要、两合、十四隙疏，其言娓娓可听。并自白孤忠被陷状至痛哭，极诋孙慎行、魏大中、左光斗，指大中为大逆。于是大学士姜曰广、侍郎吕大器、太仆少卿万元吉、府丞郭维经、大理丞詹兆恒、给事中罗万象、陈子龙、怀远侯常延龄及诸御史部郎等交章并劾大铖“逆案”巨魁，不可用；士英为之力辨，翻攻曰广等护持局面。迟回月余，竟取中旨，起为兵部添注右侍郎。都御史刘宗周言：“当年争吏垣，致魏大中死于诏狱，实大铖主使。祖宗故事，凡列大僚，必用廷推。乃者中旨类降，司农之后继以少宰，而大铖又为司马。其墨敕斜封之渐，有不待问者。大铖进退，实系江左兴亡，乞寝命”！司农乃谓张有誉、少宰为张捷也；盖士英以中旨起。大铖恐滋朝议，先以清望用有誉；而捷则因荐“逆案”吕纯如得罪，于时士英并用之。给事中熊汝霖言：“大铖既知兵，当拔置有用地；若止优游司马，则枢辅已优为，何必增置”？有旨切责，俱不听。旋命兼右佥都御史，巡阅江防。未几，转左侍郎。明年二月，进本部尚书，赐蟒玉；仍兼御史防江。
时既得志，专务报复；悉召“逆案”杨维垣及所善张孙振等数十人胪置选曹、言路，排挤善类。孙振亦得罪先朝者；寻作“正续蝗蝻录”、“蝇蚋录”，盖以东林为蝗、复社为蝻，诸和从者为蝇、为蚋。比有狂僧大悲之狱，乃密与孙振谋更造十八罗汉、五十三参、七十二菩萨之目统千余人，翼以前主潞议及东林、复社诸贤一网毕之。引史可法、高弘图、姜曰广为首，海内人望搜罗几尽，潜纳僧袖中；将穷治其事，以兴大狱。狱词诡秘，朝士皆自危。会士英不敢骤发此难，仅坐僧妖言律斩而止。先是，金陵刊布“防乱公揭”，谓礼部员外郎周镳主之，大铖衔恨次骨。及得志，则首立“顺案”，劝士英穷治镳之从弟钟从贼受职，法当连坐；又以按察副使雷演祚力阻定策，与镳倡立疏藩之说，遂并逮下狱。时大铖虽居兵部，职在巡江；顾一切军事不问，而日惟阻挠六部权，专以结党敛赇、浊乱黜陟为务。
仓场侍郎贺世寿引疾去，大铖密遣人劫之江中。尝欲罢按抚纠荐，令纳金于官则纠者免、荐者予；否则，反是。江西总督袁继咸奏其部将功，请擢总兵官；大铖辄索重赂，始给敕印。白丁隶役输厚金，立跻大帅。都人语云：“职方贱如狗，都督满街走”。其谬诞黩货如此。庄烈帝小祥，设坛望祭；独大铖后至，哭呼先帝而来曰：“致先帝殉社稷者，东林也；不尽杀东林，无以对先帝于地下。今陈名夏、徐汧俱北去矣”！士英急掩其口曰：“毋！徐九一见有人在”（九一，汧小字也）。士英初以前好，言无不从；及吏部尚书缺，廷议将用张国维，大铖乃密邀内奄取中旨特授张捷，士英■〈目咢〉眙累日，始怨之。
大铖与继咸有夙嫌，力请减裁江、楚兵饷，左良玉兵由此以起。上游告急，大铖读其檄有诬陷周、雷语，复扬言左兵实自周、雷召之；亟请勒二臣死。不获已，乃与刘孔昭谋集师拒敌，出札芜湖江口。而我大清兵已逼南京，福王奔；及被执北去，大铖急弃衣冠逃，从太平趋浙东。抵金华，投督师朱大典。大典正与义旅婴城固守，因留与共事。士民不可，传檄逐之；乃送诸方国安军。而士英与国安故同乡；以杭州既降，跳身先入其军。大铖至，则掀髯抵掌，日以谈兵自负，国安信且喜。已复扇两军交恶，大典几为国安所窘。士英以南中之坏，半出其手而己受恶名；至是，有所论辨，颇与矛盾。
明年，王师渡钱塘，国安兵败降，士英走之。大铖失已纳款，遂偕谢三宾、宋之普、苏壮等赴江干迎降，言愿破金华以自效。其先，大典尝与之阅城。至西门，曰：“此处新筑土未坚”。饬其下备严。大铖识之，因用巨炮专攻之，城即陷；士民杀戮无孑遗，藉泄檄讨之恨也。旋从我兵入闽；至仙霞岭，有微疾。同行者曰：“子老矣！毋苦跋涉，其留此调摄；众先逾岭，子姑徐徐以来”！大铖艴然曰：“吾虽老，尚能弯强弓、骑壮马；且今欲收七闽，舍吾其谁？奈何言若是”！既而曰：“咨，此必东林、复社来间我也”！军中初弗解东林、复社为何语；曰：“子行矣，非敢有挠也”。翌早，全军度岭；大铖下马步行，趫捷若猱。以鞭稍指骑者曰：“若等少壮男子，顾不及一老秃翁”！矜盻矍铄，军中颇壮之。既过五通岭，则喘急，气息不相属；蹲一石上死。其仆自后至见之，复下岭购椑。时干戈遍野，人民一空，顾无所得木；越数日，始舁板扉以上。会天暑，尸虫四出，溢于路，仅存腐骨而已（或云方其自矜得意时，为士卒挤之坠岩死；而仍戮其尸）。
“摭遗”曰：马、阮朋奸鬼秘，平居聚讼率至夜分始散；都人有“天昏地惨鬼语密”之咏。士英二子并拥重兵，怙恶无状。募死士窜伏皇城，以伺察动静；扰及良民，至无可告。左宁南言“司马昭复见今日”，良有以也。王选淑女，采至者，士英得先阅；拔其尤，置大铖宅中，名曰“教习宫仪”，其间则不可问矣。又密购旧院歌妓，以时进御；凡九重密事，无弗周知。童氏之狱，士英虽有面劝数言，并未疏争；既乃伪具一疏，使刊入邸钞中，题曰“内阁密奏”。左兵起，大铖等会兵防江；时上游停留未下，辄日报捷音。及靖南败梦庚于采石报至，谓大铖防堵有功，特晋太保；百官进贺，朝堂赐燕，以掩饰都人耳目。其欺世盗名类此。一说大铖登岭时，忽尔俯首大呼曰：“介公饶我”！即自挞其面，坠马跌岭下，身首异处。其奴寻得之，系其头于马上；求棺三日，方得殓云。
芜湖沈自柱祭阮大铖文，兴会淋漓；附录此。略曰：“丙戌长至之后二日，迎故降大司马阮公之丧至自浙东。芜湖沉某辱公知最深，为文以告其灵曰：古称知己，重于感恩。以予观之，岂独恩为知己哉！汉之有孔融也，博闻强记，一代师表；操非不知之。唐之有颜真卿也，纯忠大节，烂然与日月争光；卢杞非不知之。然惟知之深，故忌之愈切、杀之愈速。天下后世止知操、杞之妒贤荣身，而不知于两公未始不称相知也。以余少贱，未尝与司马公谋面。窃闻公以早岁掇科，历登华膴中常侍之际，势中要路，与贤士君子为仇。说者遂诋公为假手献百官图，导之杀正人；予谓不然。逆焰熏灼，嗣胤满天下；得公不加益、失公不加损。效吮痈舐痔之行、媚衔宪握爵之人，具翻江揽海之才、行坠石下井之事：何求不遂，何欲不盈？而位不过光禄，雄狐九尾不得与彪虎称雁行；予以知公之迹巧而事拙也。烈皇帝手定“逆案”，阅公封事入赞道之列，终身不齿。鼎湖之后，说者以公深仇先帝，不复为先帝报仇；予谓不然。先帝御宇，使悉公权智复为采录，抑或洗涤疮痏，涵茹包容，则恩怨、亲仇与众相忘久矣。惟毅然不摇于群论，使公十七年林壑养其鳞甲、丰其羽毛，得甘心快意为杀人之具者，伊谁之赐也？予以知公之阳仇而阴德也。公初涉艺苑，其诗文不异常人；后所制词曲，奔走一时。说者谓其愤时嫉俗，科诨皆指目正人；予谓不然。弘光半载，公所以登场涂面，自为玩弄；尝语人曰：“宁使终身无子，不可一日无官”。
与流芳、遗臭语何异！及逃窜鸠兹，复谓敝乡亲友：“我必不学伯嚭走钱塘！无论公自比宰嚭、作谶钱塘；此语不出前史作剧者神子胥之灵以褫后世公等谗邪之魄。公目不识史，胸中独有梨园稿本，以国为戏；予以知公之胆大而才小也。公以里闬小怨、坛坫微词，杀雷介公、周仲驭，复兴钩党之狱；使宇内重见范滂、张俭之事，骚然不宁。说者罪公流毒宗社，职此之由；予谓不然。迹公所以见叱者，不止杀周、雷一端；且周、雷以亢直闻天下，见忌群小，不独一阮也。阮不杀，群小必杀之；即不死于阮、不死于群小，设不幸贤佞并列、邪正不分，终令大厦莫支、狂澜失砥！迨五月十一日，无补于存亡之数，而复殒命报国。执“春秋”之义者，不责其见几之不早，则议其反正之无术。故死于阮，犹愈自死也。即同难诸君子，青衫牢落、雕虫小技，当与草木同腐；天假公手，登弹墨以永其名，俾异代得与左、史同称。虽公为国谋不忠、为身谋不祥，而为诸君子谋则善也，予以知公之事险而意厚也。