武帝受命，以佐命功，改封永修县公，位丹阳尹、护军将军。武帝不豫，给班剑二十人。出为镇北将军、南兖州刺史。徐羡之等谋废立，讽道济入朝，告以将废庐陵王义真，道济屡陈不可，竟不纳。将废帝夜，道济入领军府就谢晦宿，晦悚息不得眠。道济寝便睡熟，晦以此服之。
文帝即位，给鼓吹一部，进封武陵郡公。固辞进封。道济素与王弘善，时被遇方深，道济弥相结附，每构羡之等，弘亦雅仗之。上将诛徐羡之等，召道济欲使西讨。王华曰：“不可。”上曰：“道济从人者也，曩非创谋，抚而使之，必将无虑。”道济至之明日，上诛羡之、亮。既而使道济与中领军到彦之前驱西伐，上问策于道济。对曰：“臣昔与谢晦同从北征，入关十策，晦有其九。才略明练，殆难与敌；然未尝孤军决胜，戎事恐非其长。臣悉晦智，晦悉臣勇。今奉王命外讨，必未阵而禽。”时晦本谓道济与羡之同诛，忽闻来上，遂不战自溃。事平，迁征南大将军、开府仪同三司、江州刺史。
元嘉八年，到彦之侵魏，已平河南，复失之。道济都督征讨诸军事，北略地，转战至济上，魏军盛，遂克滑台。道济时与魏军三十余战多捷，军至历城，以资运竭乃还。时人降魏者具说粮食已罄，于是士卒忧惧，莫有固志。道济夜唱筹量沙，以所余少米散其上。及旦，魏军谓资粮有馀，故不复追，以降者妄，斩以徇。
时道济兵寡弱，军中大惧。道济乃命军士悉甲，身白服乘舆，徐出周边。魏军惧有伏，不敢逼，乃归。道济虽不克定河南，全军而反，雄名大振。魏甚惮之，图之以禳鬼。还进位司空，镇寻阳。
道济立功前朝，威名甚重，左右腹心并经百战，诸子又有才气，朝廷疑畏之。时人或目之曰：“安知非司马仲达也。”
文帝寝疾累年，屡经危殆，领军刘湛贪执朝政，虑道济为异说，又彭城王义康亦虑宫车晏驾，道济不复可制。十二年，上疾笃，会魏军南伐，召道济入朝。其妻向氏曰：“夫高世之勋，道家所忌，今无事相召，祸其至矣。”及至，上已间。十三年春，将遣还镇，下渚未发，有似鹪鸟集船悲鸣。会上疾动，义康矫诏召入祖道，收付廷尉，及其子给事黄门侍郎植、司徒从事中郎粲、太子舍人混、征北主簿承伯、秘书郎中尊等八人并诛。时人歌曰：“可怜白浮鸠，枉杀檀江州。”道济死日，建邺地震白毛生。又诛司空参军薛肜、高进之，并道济心腹也。
道济见收，愤怒气盛，目光如炬，俄尔间引饮一斛。乃脱帻投地，曰：“乃坏汝万里长城。”魏人闻之，皆曰“道济已死，吴子辈不足复惮”。自是频岁南伐，有饮马长江之志。
文帝问殷景仁曰：“谁可继道济？”答曰：“道济以累有战功，故致威名，余但未任耳。”帝曰：“不然，昔李广在朝，匈奴不敢南望，后继者复有几人？”二十七年，魏军至瓜步，文帝登石头城望，甚有忧色。叹曰：“若道济在，岂至此！”
韶字令孙，以平桓玄功封巴丘县侯。从征广固，率所领先登，位琅邪内史。从讨卢循，以功更封宜阳县侯，拜江州刺史，以罪免。
韶嗜酒贪横，所莅无政绩，上嘉其合门从义，道济又有大功，故特见宠授。卒。子臻字系宗，位员外郎，臻子珪。
珪字伯玉，位沅南令。元徽中，王僧虔为吏部尚书，以珪为征北板行参军。珪诉僧虔求禄不得，与僧虔书曰：“仆一门虽谢文通，乃忝武达。群从姑叔，三媾帝姻，而令子侄饿死，遂不荷润。蝉腹龟肠，为日已久。饥彪能吓，人遽与肉，饿驎不噬，谁为落毛。虽复孤微，百世国士，姻媾位宦，亦不后物。尚书同堂姊为江夏王妃，檀珪同堂姑为南谯王妃；尚书伯为江州，檀珪祖亦为江州。仆于尚书人地本悬，至于婚宦皆不殊绝。今通塞虽异，犹忝气类，尚书何事为尔见苦。”僧虔报书曰：“吾与足下素无怨憾，何以相苦？直是意有左右耳。”乃用为安成郡丞。
祗字恭叔，与兄韶弟道济俱参义举，封西昌县侯，历位广陵相。义熙十年，亡命司马国璠兄弟自北徐州界潜得过淮，因天阴闇，夜率百许人缘广陵城入，叫唤直上听事。祗被射伤股，语左右曰：“贼乘暗得入，欲掩我不备，但打五鼓惧之，晓必走矣。”贼闻鼓鸣，直谓为晓，乃奔散，追杀百馀人。
宋国初建，为领军。祗性矜豪，乐在外放恣，不愿内职，不得志，发疾不自疗，其年卒于广陵。諡曰威侯。传嗣至齐受禅，国除。
论曰：自晋网不纲，主威莫树，乱基王室，毒被江左。宋武一朝创业，事属横流，改易紊章，归于平道。以建武、永平之风，变太元、隆安之俗，此盖文宣公之为乎。其配飨清庙，岂徒然也？若夫怙才骄物，公旦其犹病诸，而以刘祥居之，斯亡亦为幸焉。秀之行己有道，可谓位无虚授。当徐、傅二公跪承顾托，若使死而可再，固当赴蹈为期。及至处权定机，当震主之地，甫欲攘抑后祸，御蔽身灾，使桐宫有卒迫之痛，淮王非中雾之疾，若以社稷为存亡，则义异于此。湛之、孝嗣临机不决，既以败国，且以殒身，“反受其乱”，斯其效也。道济始因录用，故得忘瑕，晚困大名，以至颠覆。诏、祗克传胤嗣，其木雁之间乎。义高分陕，今以十岁儿委卿，善匡翼之，勿惮周昌之举也。”乃敕晋安王曰：“孔休源人伦仪表，汝年尚幼，当每事师之。”寻始兴王憺代镇荆州，复为憺府长史，太守、行府事如故。在州累政，甚有政绩，平心决断，请托弗行。帝深嘉之。历秘书监，复为晋安王府长史、南兰陵太守，别敕专行南徐州事。休源累佐名蕃，甚得人誉，王深相倚仗，常于中斋别施一榻，云“此是孔长史坐”，人莫得预焉，其见敬如此。历都官尚书。
普通七年，扬州刺史临川王宏薨，武帝与群臣议代居州任者，时贵戚王公咸望迁授。帝曰：“朕已得人，孔休源才识通敏，实应此选。”乃授宣惠将军、监扬州事。休源初为临川王行佐，及王薨而管州任，时论荣之。神州都会，簿领殷繁，休源剖断如流，傍无私谒。
中大通二年，加金紫光禄大夫。在州昼决辞讼，夜览坟籍。每车驾巡幸，常以军国事委之。昭明太子薨，有敕夜召休源入宴居殿与群公参定谋议，立晋安王纲为皇太子。自公卿珥貂插笔奏决于休源前，休源怡然无愧，时人名为兼天子。四年，卒，遗令薄葬，节朔荐蔬菲而已。帝为之流涕，顾谢举曰：“孔休源居职清忠，方欲共康政道，奄至陨没，朕甚痛之。”举曰：“此人清介强直，臣窃为陛下惜之。”諡曰贞子。