先是，上谕兵部：迩因四方底定，三藩各具疏请撤，已允所请；地方应行事务及兵马机宜必筹画周详，乃为善后之策，应各遣大臣前往会同该藩及总督、巡抚、提督商搉，作何布置官兵防守地方并料理该藩等起行？应遣官员，列名具奏。兵部寻具诸大臣名以请，于是命哲勒肯等各齎敕以行。御书赐吴三桂敕曰：自古帝王平定天下，式赖师武臣力；及海宇宁谧，必振旅班师、休息士卒，俾封疆重臣优游颐养，赏延奕世、宠固河山，甚盛典也。王夙笃忠贞，克摅猷略；宣劳戮力，镇守岩疆：释朕南顾之忧，厥功懋焉。但念王年齿已高，师徒暴露，久驻遐荒，眷怀良切。近以地方底定，允王所请，搬移安插。兹特遣礼部侍郎哲勒肯等前往宣谕朕意，王其率所属官兵趣装北来，慰朕眷注；庶几旦夕觏止，君臣偕乐，永保无疆之休。至一应安插事宜，已敕所司饬庀周详。王到日，即有宁宇，无以为念！钦哉。赐尚可喜、耿精忠敕略同。
九月丁卯朔，命陕西总督鄂善总督云南军务、宁夏总兵官桑额提督云南军务。先是，上谕吏、兵二部：云南远疆，该藩官兵既撤，控制须人；当特设总督一员、添设提督一员，责成专管，可速议以闻。议上，故有是命。鄂善等未抵任，后因三桂反，道梗不得前；改桑额为湖广提督，鄂善暂留湖广军前。
命豫给三藩官兵俸饷。先是，上谕户部：三藩既撤，其官兵家口安插地方并所需房屋、田土等项，俱应预期料理；务令到日即有宁居，以副朕体恤之意。至是，又允户部议：三藩官兵家口起行之前，预给俸饷六月；其沿途夫船、刍粟之属，仍俟报明拨给。
十一月丙戌，吴三桂反，杀云南巡抚朱国治。三桂素蓄异志，阳请撤兵；既报可，与其党日夜谋益急，踪迹甚秘，数迁行期。哲勒肯等既至，趣之上道；三桂虑谋久事泄，遂于是月二十一日勒兵反，执国治杀之，哲勒肯等被留。先是，兵部郎中党务礼、户部员外郎萨穆哈及户部郎中席兰泰、兵部主事辛珠同至贵州，为三桂夫船刍糗备；及三桂反，党务礼等闻之，遂驰出贵阳，赴京上变。
李本深以贵州叛从贼，云贵总督甘文焜自杀。三桂既反，伪称天下都招讨兵马大元帅，以明年甲寅为周王元年；贵州提督李本深叛，应之。主事辛珠不及行，与笔帖式萨尔图俱不屈死。文焜闻变，仓猝出贵阳，将十余骑自随，日行数驿；十二月初八日至镇远府，镇远县守将已应贼，率兵围之。文焜度不免，手刃其子，遂自刎；笔帖式雅图华善亦自杀。先是，文焜与贵州巡抚曹申吉以三桂反及本深从逆状，手书密报川湖总督蔡毓荣。毓荣调沅州总兵官崔世荣等疾赴贵州守御，令彝陵总兵官徐治都、永州总兵官李芝兰各率兵驰进；更虑楚省兵单，复檄南汝总兵官周邦宁赴楚应援。及文焜死，申吉降于贼；贼兵遂逼镇远，渐入楚境。毓荣寻具以状闻。
十二月，郎中李中、党务礼等还自贵州，命议政王、贝勒、大臣议出师。会议：拨前锋参领、前锋侍卫、前锋兵各一半；每旗护军参领五员、护军校尉参领九员，每参领护军校各一员、每佐领护军七名；满洲、蒙古每旗骁骑参领一员，每参领署参领一员、散官二员、骁骑校一员，每佐领拨什库二名及兵共十名；汉军每旗参领一员，每参领署参硕一员、散官骁林校各一员，每佐领拨什库一名及兵共五名。议入，允行。
臣谨按：成周之法，伍两卒旅之众，寓于比闾族党之间；为之长者，则为之帅。闲暇不忘讲武；一旦有事，即可从戎。后世惟唐之府兵，得其遗意。我朝禁旅萃于八旗，适符古法；兵皆天子之亲军，而将皆腹心股肱爪牙。训习有素，部勒严明。无事则兵归于伍、将归于朝；有发则将皆夙储、兵已素练，无简稽召募之劳。故三桂反书朝闻，而调遣夕办。民方苦于涂炭，望若云霓；而我师之驰驱，捷于风雨。贼欲掩我之不备，我则疾出其不意以制之。诗曰：王旅啴啴，如飞如翰；此之谓也。
诏停撤闽粤二藩，召梁清标、陈一炳等还。
丁已，命孙延龄为将军，以线国安为都统。延龄，孔有德婿也。有德为明登州参将，以天聪七年航海来归；寻赐都元帅敕印。崇德元年，进封恭顺王。顺治六年，改封定南王；率师下广西，后殁于军。无子；有女四贞，归延龄。延龄以有德功，为广西将军，掌理定南王军事。延龄起家素微，庸劣无行；能慑四贞威，不敢抗，藩下将士易之。又时擅杀人犯法，都统王永年发其罪状；命大臣往鞫得实，遂罢职。及三桂反，上以广西境邻贵州，且重念有德旧劳，特授延龄抚蛮将军，令统兵固守。又以国安为都统，以其素忠鲠，得军心故也。
调西安将军瓦尔喀进四川。上谕瓦尔喀曰：四川与滇接壤，今云南已反，尔可率副都统一员，悉领骑士、选拨将领，星驰赴蜀；凡自滇入川险要之地，俱行坚守。大兵不日进剿云南，俟我师临境，贼势渐分，倘有可乘之机，尔即与提督相机进讨。至西安等处，朕当刻期遣发禁旅前来驻防。
臣谨按：巴蜀乃滇、黔之门户，逆贼岂无窥伺之心！顾尚有所未暇，使我师扼蜀之险要，进可以取滇、退可以守；岂独贼咋死不得入，而湖南之渠逆亦且狐疑狼狈，徘徊前却。盖庙算深矣。不意诸将师行少缓，蜀变旋作，关陇弗靖，致烦天讨：益服睿智之先见也。
己未，命多罗顺承郡王勒尔锦为宁南靖寇大将军，帅师讨吴三桂。先是，议出师时，上命勒尔锦为帅，多罗贝勒察尼、都统觉罗珠满、鄂鼐、伯伊里布、觉罗巴尔布、护军统领伊勒都齐、额司泰、前锋统领硕岱参赞军务，并都统范达礼、王国诏、副都统路什巴图鲁、托岱、穆舒浑、希福、阿进泰、肯齐赫、苏佑济、根特、祖泽纯、宜思孝、柯彝、赵赖等同往。是日，上命给勒尔锦宁南靖寇大将军印，总统诸将；赐大将军、王暨贝勒、大臣等袍服、貂裘、白金、马匹、甲胄有差。出征将士及匠役等各加倍赏银，以示优恤。
庚申，李株等谋叛伏诛。株等皆杨起隆党也。先是，起隆诈称朱三太子，与株等阴相煽结，谋不轨；奸民多为所惑，镶黄旗监生郎廷枢家仆亦预焉。事觉，廷枢急赴公朝告变，遣官兵捕治，次第就缚；惟起隆脱走。事下法司讯，据称徒党甚伙，额皆裹白布、身束红带为号。约岁余，于内城举事；会先发，谋遂阻。李株等相继被获至数百余人，法司以闻。上命勘情罪甚者谕如律，其余从宽原释。于是法司将李株等二百余人咸论如谋反律，寸磔；其祖父、子孙、兄弟及同居暨伯叔父、兄弟之子皆斩，籍其家。狱具，上曰：阴倡大逆由李株等九人，可论如律；蔡文等一百九十四人，改斩。至各犯亲属，理宜按律收论；但株累过多，朕心不忍，概从宽宥，人口家产俱免入官。
臣谨按：当法司会讯时，贼党口称谋叛姓名约有千人，上概置弗问。神畿重地，么么蓄祸，自干大戮；而曲原污染，咸与维新。不嗜杀之仁，洵卓越往古矣。