本书（三册四四○面二六四、○○○字）不分卷，依照原书按年辑录。故宫博物院前于民国二十一年就所藏清代军机处档案辑印“清光绪朝中日交涉史料”八十八卷，本书即据以集成一种光绪初年以讫甲午之战与台湾有关之中日关系史料。内有两特点：第一，由于台湾与琉球邻近，在对日关系上往往有所牵连；凡与球戴有关文件，均予选入。第二，甲午之战国内反对和议条款之文件约占全书三分之一（凡有论及台湾者，概行采入）：此等大多属于“留中不报”之陈奏，多为他书所未见。本书与前编第一九八种“清季外交史料选辑”比较；显见前编一书原辑者对于军机处存档已有所取舍或尚有未及获悉；即加上述国内反对和议条款之件，前编原书则十不及一。
故宫博物院前于民国二十一年（一九三二）就所藏清代军机处档案辑有“清光绪朝中日交涉史料”八十八卷，刊印行世。这本“选辑，即据以集成一种光绪初年以讫甲午（一八九四年）之战与台湾有关的中日关系史料。
这本”选辑“有两个特点，说明如下。第一，凡与球案有关的文件，均予选入。由于台湾与琉球相距不远，在对日关系上往往有所牵连。同治未年（一八七四）日兵的侵台，日人既藉口琉球难民被台湾先住民杀害而起，而当时‘台湾问题的解决方法，使日人以为中国默认琉球是属于日本’（引蒋廷黻语）。后来球案的发生，这无异是一种鼓励作用。迨至球案发生之后，台湾的防务，又重新为人所注意。因将球案全录，以明真象。第二、甲午之战国内反对和议条款的文件，约占全书三分之一，为他书所无。马关条约签订前后，台湾以及其他各省在京会试举人纷纷上书表示意见；各部院属官、各省大吏亦先后有所呈奏。这些当时大多属于留中不报的文件，凡有论及台湾者概行采入，籍见当年一般舆论对于割地问题的反应。
如将这本”选辑“与前编”清季外交史料选辑“比较，显见前编一书原辑者对于军机处存档已有所取舍；即如上述国内反对和议条款之件，前编原书则十不及一。由于这本”选辑“原书所集档案较多，所选自亦较为说详备。不过，这本”选辑“仍有不足之处；试举一例：光绪二十一年（一八九五）三月二十七日”钦差大臣李鸿章呈递与日议约往来照会及问答节略咨文“一文，其附件说帖、节略均付阙如（按其中”问答节略“已具见”文丛“第四三种”马关议和中之伊李问答“，可供查考）。（伯琴）
光绪三年
大学士直隶总督李鸿章奏筹议台湾事宜摺（正月十六日）
福建巡抚丁日昌奏巡查台湾南路凤山恒春等处摺（正月二十八日）
闽浙总督何璟等奏据情陈奏琉球职贡日本梗阻摺（五月十四日）
军机处寄闽浙总督何璟等上谕（五月十四日）
大学士直隶总督李鸿章奏筹议台湾事宜摺（正月十六日）
大学士、直隶总督一等伯臣李鸿章跪奏：为遵旨筹议台湾事宜，仰祈圣鉴事。
窃臣前奉光绪二年十一月十九日上谕：‘丁日昌奏”台湾事宜应统筹全局并省、台势难兼顾“及”举办矿务垦务“各摺片，着该督等筹商议奏’等因，钦此。
查台湾情形，沈葆桢曾躬亲其事，见闻最熟；既承谕旨垂询；谅必有擘画尽善之策。臣遥为筹度，琉球距台北千余里，现日本分兵距琉球，难保不渐思吞噬；日斯巴尼亚所属之小吕宋距台南亦仅千数百里，现日国声称调兵船来华，难保不迳图窥伺。幸有丁日昌赴台密速布置。钦奉上年十二月二十二日密谕，已调孙开华、方耀所部各营陆续赴台；臣又商催吴赞诚将赫德代购之”龙骧“、”虎威“两炮船由闽驶往协防，藉可虚张声势。丁日昌所拟办法，以静待动、以柔克刚；万一遇有外侮，当能操纵合宜，不至遽有战事：此目前之可勿深虑也。
若夫台湾经久事宜，应以举办矿务、垦务为兴利之大端。鸡笼煤矿开采已有端绪，硫磺、煤油、樟脑、茶、铁诸利亦应逐渐招商开拓，或借官本、或集公司。该抚所称”十年后成本可还、二十年后库储可裕“，殆非虚语。招垦人多，则经费必多；似须量力经营，不设限制。江海各关协拨紧饷，皆属入不敷出；拟请敕部于各关解部四成及所存招商局税项酌量借助若干，由丁日昌于兴利收回成本时陆续解还部库归款。至铁路、电线，二者相为表裹；无事时运货便商、有事时调兵通信，功用最大。东、西洋各国富强之基，胥赖此以充拓。丁日昌到台后，迭次函称”该处路远口多防不胜防；非办铁路、电线不能通血脉而制要害，亦无以息各国之垂涎“；洵笃论也。惟铁路需费过钜，似须煤、铁开采有效，就地取料，工力较省。陆路电线，则移省、厦已成之器为之，亦尚易为。至购铁甲船、练水雷军，不独台防当办，南、北洋海防尤为亟务；臣因海防奉拨额款报解无多，尚不敢遽行定购。去年议定美国黎约翰新式鱼雷五十具并传授制法、用法共索价五十万两，拟招令来津面试，如果精利无敌，当酌于收买分给。铁甲船，则须道员李凤苞带闽厂学生至英国后详细查勘议办；其价过昂不得不格外慎重也。丁日昌办事认真，不避劳怨；惟近日肝病颇剧；求效过速。若欲诸务同时并举，断断无此财力；若分缓急、先后择要以图，数年当有起色。所谓专派重臣督办一节，似不如责成该抚一年经理，俟办有成效，再议会、抚轮驻。
近阅邸钞，袁保恒请改福建巡抚为台湾巡抚。虽事有专属，而台地兵有饷源，实与省城呼应一气；分而为二，则缓急难恃，台防必将坐困；亦非计之得者。
愚昧之见，是否有当？理合恭褶由驿密陈，伏乞皇太后、皇上圣鉴，采择施行。谨奏。
福建巡抚丁日昌奏巡查台湾南路凤山恒春等处摺（正月二十八日）
福建巡抚臣丁日昌脆奏：为微臣巡查台湾南路凤山、恒春等处并察勘旗后炮台，谨将沿途所历情形，恭摺陈明仰祈圣鉴事。
窃照臣于上年冬腊月间巡查台湾北路，旋即折回府城；当经奏明在案。本年正月初二日，臣复带同随员台湾府候补道周懋琦、中军参将庄镇藩、候选通判许希逸等前往巡查南路，由凤山周历枋寮、刺桐脚、狮头岭。查该处为前年淮军攻剿狮头番社之所，计淮军因于瘴疫，物故于此者官弁九十余人、兵勇三千余人；忠义之气；至今犹令过者肃然。复由凤港折而南，历柴城、恒春、琅峤，旋从前倭人扎营之所；计当时殁于瘴疫者，亦有一千余人。该处为台湾极南尽境；逾此则南洋大海，汪洋无际，相距二、三日水趋为小吕宋诸岛矣。