上诏：“各官功罪，你每既会议分别轻重等第奏来。陈九畴行事乖张，招尤启衅。以致回贼深入，残害地方。又妄报打死番酋，好生欺罔。难照常例，着兵部定发极边卫分充军。彭泽虽经黜革，后又朦胧起用，还革了职，照旧冠带闲住。杭雄与张忠俱待金献民提到问明之日，奏请定夺。各官子侄冒受荫升官职俱革了，其余参随人员功次，还着科道官会同兵部委官从公逐一清查，具奏定夺。李昆、许宣、史镛、蒋存礼、董文忠各降二级。”
已而起王琼为兵部尚书，代王宪。琼疏曰：“臣蒙恩起用，提督三边。自入关交代以来，查得黄河套内贼情即今稍缓，惟有土鲁蕃夷情未甯，急当议处。臣历考往事，正德八年以前，土鲁蕃虽尝虏杀忠顺王，朝廷亦尝拒之而不遽绝其贡，直尝在我，曲尝在彼。而彼又不知我边之虚实，未尝提兵一至沙州近边寇掠，况敢窥肃州之门户彼时朝廷处之既得其宜，守臣又不敢任情恣肆。虽或时与哈密构衅，曲自在彼，旋复底定。自正德十年以来，执政者昧于经国之图，引用非人，相继坏事。既增币约，自失信义，又淫刑杀降，大失夷心。直反在彼，曲反在我。肃州之败，甘州之惨，由我致之，不可独咎土鲁蕃也。此时使甘州守臣即能如杨一清之义度量时势，曲为抚处，尽遣他国贡使出关，奏发羁留哈密、土鲁蕃贡使回归本土，而又谕以前守臣坏事之意，使等分任其咎，土鲁蕃必翻然悔罪，照旧通贡，不待至今日屡廑九重之虑矣。奈何守臣之计不能出此，漫谓土鲁蕃服而又叛，去而复来，非信义之所能结。往往大言以张虚名，不顾酝酿渐成实祸。既将已经奏准遣还夷人自今不放，又将新贡夷人羁留肃州，自谓使之进不得贡，退不得归，操纵在我以慑其骄悍之气，盖止知泥古欲绝其入贡之路，而不知度今不能绝其入寇之路也。前此土鲁蕃令牙木兰来沙州住坐，乞放出进贡夷人带回赏赐，彼即退还哈密城池并抢去人口，在我自当推赤心置其腹中，许之可也。而守臣乃以为未有悔过输诚实迹，令其将先年抢去人口头畜尽数送还，及将教唆犯边首恶绑送甘州，又令其访取忠顺王的派子孙承袭。凡此皆自示以疑而又责以难从之事，教之使不得和也。自嘉靖三年犯边后，至今三年矣，议者执持两端，含糊展转，迄无定谕。即今土鲁蕃因牙木兰住沙州二年，不得通贡，遂听谗言，疑其与中国通，欲并罕东等头目诛之。牙木兰等惧，今年四月急率其部落五千余众归附。甘州守臣不得已纳之，是又一大变矣。自土鲁蕃两入甘肃，肆行杀掠，未遭挫损，彼固已有虎视河西之意。而关外赤斤、苦峪、曲先、蒙古、罕东诸卫昔为肃州藩篱者，尽皆逃散避难入关矣。
万一土鲁蕃怨牙木兰之薄己，卷土重来，我之边备废坏，又值天旱米贵，不审守臣能使必不得饮马于黄河否也！臣言至此，实可寒心。议者又谓虽前守臣启衅坏事，然彼既犯顺深入，在我不可含忍许和，示彼以弱，自损国威。亦不必深咎前人之失，以快民志。臣愚以为不然。昔唐德宗时宰相元载擅权误国，尝害李泌。载诛，李泌代之，劝德宗北和回纥、土番。德宗念陕州之耻不肯。泌言回纥不足怨，向来宰相为可怨。德宗从之。遂与通和。史臣谨书之，未尝以李泌为讦短报仇也。是时藩镇专兵，迭起叛乱。陆贽劝德宗下诏罪己，遂收人心。史臣载之以为万世美谈，亦未闻讥陆贽恕藩镇之恶归咎人主也。其后李希烈僭号称帝，虽出于贽之所不料，而大义无损焉。盖曲直不辩，处置失宜，则无以服叛臣之心。时势不审，率意妄行，则无以为善后之计。臣愚知之熟而虑之审，臣愿陛下以臣所言，下兵部会官急议。如果可采，准令将土鲁蕃、哈密羁候夷人及近日差来见在甘州夷人，先准放回，未去夷人各带原领赏赐，尽数验放出关。仍晓谕紧要头目说称，如今朝廷已知都御史陈九畴等坏事，都加罪了。又知你土鲁蕃屡次投递番文，初意要抢把巴，反达甘州边上，遇官军厮杀，原无侵犯甘州之意。今赦尔罪，各起夷人俱准发出。尔土鲁蕃先年抢去见在人口送还，死亡了的罢。将看守哈密城头目取回，听哈密自在彼处住坐，作急具番本赍到甘州，交与镇守官转奏。不必等候回报，就将尔后来进贡夷使起送赴京进贡。其先拟要将首恶绑送等项难从之事，今次晓谕不必该载。其牙木兰等既以投降，理不可杀。听臣等斟酌用为间谍，从宜施行。以后事或有变，直在于我，另为议处，庶不失误机会。”上诏：“所奏明白周悉，足见筹边至意。先年失事之人，已都处治了。听尔从宜处置，务要内安外攘，以靖地方，副朕简任。”