玄至寻阳，江州刺史郭昶之给其器用。殷仲文自后至，望见玄舟，旌旗舆服备帝者之仪，叹息曰：“败中复振，故可也。”玄于是逼乘舆西上。于道作起居注，叙其拒义军之事，自谓经略指授，算无遗策，诸将违节度，以致亏丧，非战之罪。玄至江陵，石康纳之。未三旬，众盛，谓其群党曰：“卿等并清途翼从朕躬，都下窃位者方应谢罪军门，其观卿等入石头，并云霄中人也。”玄遣何澹之守湓口，何无忌、刘道规等破之。帅舟舰三百发江陵、以徐放为常侍，遣说无忌等解义军，谓放曰：“诸人不识天命，致此妄作，遂惧祸屯结。卿三州所信。可明示朕心，若退军解甲，当与之更始授任。江水在此，朕不食言。”时道规已至，玄与战於峥嵘洲。於时义军数千，玄兵甚盛，而玄惧败，常漾轻舸於舫侧，故其众莫有斗心。义军乘风纵火，尽锐争先，玄众大溃。玄留永安太后及皇后于巴陵。殷仲文时在玄舰，求出别船收集散军，因叛玄，奉二后奔於江陵。玄欲出投汉川，投梁州刺史桓希而制令不行。玄乘马出城至门，左右於暗中斫之，不中，前后相杀交横，玄仅免。于是荆州别驾王康产奉帝入南郡。时益州刺史毛璩使其从孙佑之送弟璠丧葬江陵，有众二百，璩弟子修之先为玄校尉，诱玄以入蜀。达枚回洲，佑之迎击玄，矢下如雨。玄被箭，其子昇拔去之。益州督护冯迁抽刃而前，玄拔头上玉簪与之，仍曰：“是何人邪？敢杀天子！”迁曰：“欲杀天子之贼耳！”遂斩首。时年三十六，自篡逆至败，凡八旬矣。
恭皇帝《晋书》曰：恭帝，讳德文，安帝母弟也。初封琅耶王，历中军将军、散骑常侍、卫将军、开府仪同三司，加侍中、领司徒、录尚书六条事。元兴初，迁车骑大将军。桓玄执政事，进位太宰，加衮冕之服，绿綟绶。玄篡位，以帝为石阳县公，与安帝俱居寻阳。及玄败，随至江陵。玄死，桓振奄至，跃马奋戈，直至阶下，瞋目谓安帝曰：“臣门户何负国家，而屠灭若是？”帝乃下床谓振曰：“此岂我兄弟意耶！”振乃下马致拜。振平，复为琅耶王。又领徐州刺史，寻拜大司马，领司徒，加殊礼。义熙五年，置左右司马、长史、从事中郎四人，加羽葆鼓吹。十二月戊寅，安帝崩。是日，即帝位，大赦。元熙元年春正月壬辰朔，改元。以山陵未厝，不朝会。立后褚氏。甲午，征刘裕还朝。二年夏六月壬戌，刘裕至于京师。傅亮承裕密旨，讽帝禅位，草诏，请帝书之。帝欣然谓左右曰：“桓玄之时，天命已去，为刘公所延二十载矣，今复何恨。”乃书赤纸为诏。甲子，遂逊于琅耶第。刘裕以帝为零陵王，居于秣陵，行晋正朔，车旗服色一如其旧，有其文而不备其礼。宋永初二年九月崩于内房，时年三十六。谥恭皇帝，葬冲平陵。
《续晋阳秋》曰：初，安皇不慧，起居动止不自己出，帝每侍左右，消息凉温饥饱之中，而恭谨备焉，时人称其顺悌。又雅信佛法，铸贝货十万，造丈六金像于瓦官寺，外国齐日，迎像宫步从十许里。安皇帝归陵，有诏当出送，八座奏谏，以为宜加珍摄，乃止。
沈约《宋书》曰：褚秀之妹为恭帝后，兄弟并尽忠事高祖，恭帝每生男，辄令方便杀焉，或诱赂内人，或密加毒害，前后如此非一。恭帝居秣陵宫，常惧见祸，与褚后共止一室，虑鸩毒，自煮食于床前。高祖将杀之，不欲遣人入内，令褚淡之兄弟侍褚后，褚后出别宫相见，兵人乃逾垣而入，进药於恭帝。恭帝不肯饮，曰：“佛教自杀者，不得复人身。”乃以被掩杀之。
《中兴书》曰：昔中宗以丁丑之岁始称晋王，改筑宗庙，使郭璞筮之，云：“载祀二百。”暨今禅代庚申之岁，凡百有二年，而天禄永终。璞精於数术，理无乖二，抑以百二期促，故谬其嗣为二百乎？
史臣曰：安帝即位之辰，锺无妄之日，道子、元显并倾朝政，主昏臣乱，未有不亡者也。虽有手握戎麾，心存旧国，回首无良，忽焉消散。于是桓玄承衅，势逾飚指，六师咸泯，只马徂迁。是以宋高非典午之臣，孙恩岂金行之寇。若乃世遇颠覆，则恭皇斯甚。於越之民，讵燻丹穴，会稽之侣，宁叹入臣。去黄屋而归来，洒丹书而不恨。夫五运攸革，三微数尽，犹高秋凋候，理之自然。观其零落，人有为之流涕者也。