对于这次桓胤的赈灾之举，桓玄的幕僚们多有微词，桓胤确实中了殷仲堪的圈套，据桓玄安插在荆州的探子来报，殷在巴陵的粮仓中还有军用存粮。
　　桓玄也隐隐料到结果会是这样，只能说这样就当再为叔父做道德宣传，自晋朝南下，桓冲应该算是最受民众爱戴的荆州刺史。再者，或许殷会记得这次救助，能多阻止杨期对自己的跃跃欲试。
　　先不说荆州这边，建康那里也是人心躁动。不知道是不是那次拜访桓玄被人发现，羊孚已经从宫中的太学博士转为兖州别驾，别驾职责重大，号称“任居刺史之半”不过兖州也是晋朝侨置的一个州，所治范围不过一个郡，以羊孚的能力，做这些绰绰有余，还有空给桓玄写信。
　　根据羊孚的分析，近几个月，扬州一带肯定会发生大叛乱。
　　司马元显这小子也会闹腾，恰巧道子生病了，再加上整日沉迷杜康，昏醉不醒。元显知道父亲再无威望，就趁此谋夺他的权位，上书皇帝收回道子扬州、司徒的职位，而道子也没有发觉。
　　元显也知道自己年少，一下走权重，会有讥议，于是以琅邪王司马德文为司徒，元显自为扬州刺史。等道子酒醒，才知道被免职，大怒，但也无可奈何。
　　元显生性苛刻，随意处置别人生死，其乖戾程度也不在桓玄之下。晋朝的户籍制度本来高下之差悬殊，除了正常的黄籍，主要是官吏和平民外，还有特殊的白籍，如兵、僧尼、奴役，北来侨民等。
　　后来为了方便管理和增加收入，侨民也被安置进正常户籍中，又解除了东部各郡大部分人的奴户身份。元显考虑到近年外藩屡屡作乱，恐兵力不够，就把免除奴籍的人称为“乐属”并把他们移到京师居住，作为国家的后备兵员。导致晋朝的东部广大的土地都被忧愁笼罩，人民皆受役使之苦。
　　听着报告的桓玄第一感觉是自己的时机到了，可是，一旦自己有所举动，荆州、扬州可是双面夹击，估摸着自己难以抵抗，也担心杨期那边会提早有举动，就上书请求扩大自己的统治地区。
　　掌握朝政的司马元显见到桓玄上书，大怒，桓玄也太得寸进尺了，刚要拒绝请求。身边的谋士却说道：“桓玄急于扩大管辖区，肯定是和殷、杨不和，君可以满足桓玄，造成他们的矛盾，以瓦解这些人的联盟，等他们狗咬狗，我们就可以坐收渔利。“元显认为他说得有道理。
　　元显的另一个谋士会稽人，庐江太守张法顺认为此举不可，桓、殷、杨无论哪一方胜出，对朝廷来说都是极大的威胁，而桓玄的威胁胜于殷、杨，不能放纵此人。元显不听，诏加玄都督荆州四郡，以玄兄长桓伟代替期兄长杨广为辅国将军、南蛮校尉。
　　杨期听到消息后要拒绝桓伟进入，殷苦苦劝阻他，让他不要轻举妄动。最后，殷又任命杨广为宜都、建平二郡太守，加征虏将军。
　　又不出几个月，扬州一带发生大型叛乱，主角就是孙泰半仙那逃到海上的侄子孙恩。
　　孙恩之乱的势头超乎桓玄的意料。刚开始，孙恩带着在海岛上跟随他的数百人，杀死上虞县令，再招募兵士，几天之内，就招到数万。
　　接下来，孙恩开始进攻袭击会稽，杀害了会稽内史王凝之。王凝之，羲之的儿子，谢道韫的丈夫，陶渊明的前任长官。
　　这个消息传来，桓玄沉默了，陶渊明素服哀悼。
　　桓玄没见过王凝的面，听闻过他的大名，他的诸多藏品中也有其一二幅草隶作品。凝之行事应该真的是不清不楚，近两年来也是屡遭降职。先是江州刺史一职被王愉代替，当然，王愉也没做几天就被桓玄挤下了。接下了凝之担任左将军，不久，因为桓修重返朝廷，又代替他左将军一职。他最后还是被分配为吴国内史，要是桓玄遭遇这些事，估计会跳起来大骂，但是王氏一族素有涵养，他收拾行装，就到吴国任职。
　　可能是屡遭贬值，加之两个弟弟献之、徽之相继去世，为寻找心灵寄托，他更加笃信五斗米教。五斗米教，道教大流派，王氏家族几乎世代信奉，和孙恩是同一个信仰。
　　同样是五斗米教徒，一个把他拿来骗人，一个只能被骗，一个杀人，另一个被杀。孙恩将要进攻会稽时，凝之的幕僚劝他备战。他不听，进去靖室祈祷，出来后，对左右说：“我已经请鬼兵相助，你们不用担心。”只等到孙恩破城门，他才慌忙应战，对战中，他和四个儿子都被杀死了。
　　面对一脸愁容的陶渊明，桓玄好奇，问他：“听闻卿在凝之手下不堪吏使，怎么见卿如此感伤？”
　　渊明苦笑道：“不堪吏使是一回事，悼念又是另一回事，还有……谁说我受不了吏使？”虽然说他确实不喜欢凝之给他布置的任务，凝之好道，常常让他理五斗米道科仪事，陶不愿做此事，所以心里不怎么开心。再加上凝之处事略有随便，陶看着也不舒服，就回家了。只是，自己随意懒惰的名声已经远远传开了。
　　桓玄近来观察陶渊明，觉得他还是个合格的手下，外面的传言不可尽信，否则会错失很多人，回答道：“道听途说而已，那卿为何离职？”
　　陶本想为自己辩白几句，但上任离世不久，不可随意评论，无奈回答道：“确实是不堪吏职。”
　　桓玄差不多也猜到七八分了，也不再追问，追思这王凝之也算是一世浪荡，竟也丧于妖道之手，实在可惜。怪不得父亲曾经对谢安等说过：“如果不是我，你们能安心清谈吗？“而自己，又能不能承担起作为晋朝保护者的角色？
　　正当桓玄神游时，陶问道：“孙恩开始叛乱，君将如何处理？“
　　“去镇压。“桓玄毫不犹豫，但是具体如何安排，而朝廷又会有什么举动他都不清楚。
　　“君可有充足兵力？“陶问。
　　桓玄沉默，他并不是没有军队，只怕这边一空，荆州那边会派兵前来。
　　既然自己不能定夺，桓玄也只能问计于众，众人偏于沉默，连卞范之也是一句南郡公自行定夺，群小马首是瞻来应付。
　　众人正相视问对策，门吏来报，参军祖广在外拜见，桓玄也没心情热情接待此人，直接宣他进来。
　　祖广这人也没什么缺点，就是平时走路常常缩着头，这次，桓玄看见他依旧是缩头缩脑的样子，忍不住调侃道：“这天气这么晴朗，祖参军怎么像从漏雨的屋子中走出来一样？“
　　周围的人忍不住大笑，祖广极为无辜地看向众人，桓玄示意他坐下，继续讨论孙恩叛乱之事。
　　虽然气氛缓解不少，但众人依旧说不出什么，更多人的观点是静观其变。这时，桓玄眼中的丁仙期大神又冒出一句：“南郡从兄好像在担任吴国内史。“
　　会稽攻下后，孙恩去吴国也是必然的，桓玄的心又提起来。众多从兄中，桓谦是和叔父最像的，在荆州也是最得民心的一位，而且，他对自己也很好。
　　桓玄就上书，请求出兵讨伐孙恩。
　　收到桓玄出兵请求的司马道子等人脑袋又大了，本来孙恩就够他们乱的，如果桓玄再带兵过来，后果实在不堪想象。桓玄已经两次在混乱中占到便宜了，这次说什么都不能在让这小子掺和，就连王也是这样以为的。
　　所以，朝廷决定派遣卫将军谢琰、讨伐孙恩，刘牢之也请求讨伐孙恩，朝廷也准了。至于精力充沛的桓玄，恰巧这个时候姚兴侵略北方的洛阳，元显就以非常挑衅的口吻叫桓玄先平北方，这边交给谢琰、刘牢之就好。
　　不久，接到朝中拒绝消息的桓玄也是火冒三丈。不过，更让他震惊的是孙恩的势力扩张极为迅速，会稽谢、吴郡陆瑰、吴兴丘、义兴许允之、临海周胄、永嘉张永及东阳、新安等八郡，一时俱起，杀长史以应之，十日之中，众数十万。
　　还有就是吴兴太守谢邈，永嘉太守谢逸，嘉兴公顾胤，南康公谢明慧，黄门郎谢冲、张琨，中书郎孔道，太子洗马孔福，乌程令夏侯等皆遇害，看着这些死亡名单，桓玄也有点害怕。
　　另外，吴国内史桓谦，义兴太守魏隐，临海太守、新蔡王崇等并出奔。收到这些消息，桓玄算是松了一口气，虽然逃跑不光荣，但是真的打不过，难道要送死不成？
　　再仔细分析这份名单，桓玄觉得可笑的是自己任义兴太守时的郡丞魏隐，终于当上太守了，他说在义兴呆了半辈子，最后出去了，却是逃出去的。
　　还有和自己同游的人，杜炯去年刚刚谋反，谢邈算是有气节，他被胡桀、郜骠等擒住，他们要他，邈厉声曰：“我不得罪天子，为何要向你们称臣！”于是被害。那个曾经被他责备的弟子玄达投向孙恩，他还觉得不解气，杀了徐邈一族所有人。桓玄只能唏嘘，感叹人心的险恶。
　　既然朝廷拒绝自己，桓玄心一狠，就抱着看热闹的心态，看看他们如何平定孙恩之乱。
　　对于元显提到的洛阳，这个确实戳到桓玄的痛处。
　　洛阳，晋朝南渡前的都城，自晋过江，洛阳一直在北方政权手中。直到自己的父亲桓温北伐，这才收复洛阳，桓温主张再次定都洛阳，可是当时君臣偏安于南方，不肯北上，桓温只能南退，后又被前燕占领，桓温再次北伐，却也无力再夺回。
　　后经历淝水之战，东晋趁着胜势，又举兵从前秦手中夺得洛阳。接下来北方混战，晋朝一直守住洛阳，近来北方的姚兴把自己的地盘治得差不多了，东晋又乱成一锅粥，就开始谋划洛阳，蚕食东晋土地。