臣以纲常名教为心，不以功名爵禄为心，自信无所为也。”上曰：“朝推新甲，尔疏夕至何也？”对曰：“前旨云：不拘守制，知新甲矣。始嗣昌欲用新甲，臣参疏夙具，适相会耳。”
上曰：“三疏皆上，而云阻于际会，何也？”对曰：“臣同乡御史臣兰友，给事中臣楷已有章矣，恐涉嫌疑，故臣疏未上。
天下纲常，封强大计，若终不言，后将莫及。且言路未有言者，臣之有言，非得已也。”上曰“清，美德也，小廉曲谨，非清也。且汝言辨而多非前讲所云子思一生以诚明为本，是也；云诚出于清，仁生于诚，非也。”对曰：“曲能有诚，此诚出于清之说也。孝弟为仁之本，此诚生仁之说也。夫惟孝弟之人，能理天下，生万物。不孝不弟，本实拨矣，礼义廉耻尽矣，何事之能成？”
嗣昌进曰：“道周责臣夺情起复，是也；其谓臣营推营复，非也。臣不幸遭臣父之艰，又遭继母之忧，臣不生为空桑，岂不知有父母。君为臣纲，父为子纲。古者列国之君臣，尚可去彼适此；今则一统之君臣，无所逃于天地。即臣父母皆受君恩，臣于君臣，尤重于父子。况臣乞终制者三矣。至奉明旨，抚按敦迫，自分何能敢复晏然。仓皇奔命，行至保定，犹乞终丧，引成化间修撰罗伦事，意谓今词臣中，必有博通古义，亲切论思，可代臣直言，上回天听。比入京，闻道周品行学术，士类所宗，必有持正之言，可以使臣终制而去。不谓其疏中自称不如郑鄤，臣乃太息而绝望也。古人有言：禽兽知母不知父，鄤杖母禽兽不如，道周又不如鄤，未知道周之于纲常何如也。”
上曰：“卿为卿父屡疏，昭然，数年在外，并不携家人，墨衰视事，朕自知卿耳。且道周所言不如郑鄤，朕正欲诘之。”嗣昌曰：“臣以纲常名教所关，不容不辨。道周实清介，人望所归。乞罢臣放还归田里。”上温慰之，且斥道周邪说。道周曰：“臣平生耻言人过，今与嗣昌争论于上前，非礼也。但为天下后世留此纲常名教，不得不然。”上曰：“对君有体，狂詈何也？”道周曰：“臣疏中惟豭狗、枭獍两语，不无过激，然遭遇圣明，故敢直言。夫立言，甚难也。纲常名教者，朝廷之纲常名教；礼义廉耻者，国家之礼义廉耻。假以臣为一人之私，缄默取富贵可矣。”上曰：“尔借题污诋大臣，别有所为耳。”
道周曰：“司马光有言：‘臣若有专司，则有所不言；如为论思，则无不可言者。’臣受论思之职，与嗣昌比肩，当言而言，不得云诋毁大臣。读书五十年，无一言一事，不可对君亲告妻子。臣躬耕二十年，手足胼胝，四十丧亲，负土作墓，畚插皆臣自操，故夺情之事，所不忍见。”上曰：“尔如是，云不如郑鄤，何也？”道周曰：“匡年弃于通国，孟子不失礼貌，孔子自云辞命不如宰予。臣谓文章不如郑鄤。”上曰：“鄤自绝人伦，许曦小臣，犹知公论，尔曾曦之不如。”道周曰：“宋人恶李定不持母服，拟赐孝子徐积粟帛以讽之。臣奉弹嗣昌，则非救鄤矣。”上曰：“少正卯亦称闻人，徒以言伪而辨，行坚而僻，记丑而博，顺非而泽，不免孔子之诛。今之人多类此者。”道周曰：“少正卯心不正，臣心正者也。”上曰：“朕知尔操守，虽屡进屡退，终欲用尔。不图偏矫恣肆，乃至于此。
念以讲官，姑宽尔。”因令之去。道周犹不起，有所陈。上怒，嗣昌曰：“道周所言，经也；臣拜命，权也；惟上优容之！”
已出，上止诸臣，谕之曰：“今者内寇外边，天妖地震，朕不能发诸臣公忠为国之心，宣德化，芟祸乱，所赖诸臣匡朕不逮。
而乃党同伐异，阻挠朝廷用人之权，是外寇易治，内寇难除也。
今有仍前轸者，立置重典。”明日，谪江西布政司都事。
道周既谪，而名愈重，天下称直谏者，必曰黄石斋。
十三，福建巡抚解学龙，荐闽中人才，以道周为冠。上大怒，缇骑逮学龙及道周，诣北寺对簿。是日，黄雾四塞，日眚无光，各杖八十，下诏狱入白云库。狱卒曰：“此周顺昌、周宗建，毕命所也。”视北镇抚司事膝胤玉，给藉草馈橐饘。作《重生诗》。监生涂仲吉上言：“道周通籍二十载，半居坟卢，一生学力，止知君亲。虽言尝过戆，而志实忠纯。今喘息仅存，犹读书不倦，此臣不为道周惜，而为陛下天下万世惜也。昔唐太宗恨魏征之面斥，至欲杀而终不果。汉武帝恶汲黯之直谏，虽远出而实优容。陛下欲远法尧舜，奈何出汉唐主下？”户部主事叶廷秀，亦疏救，俱下狱廷杖。
初，上命天下共表孝经并小学颁行，道周于库中作《圣世颁孝经颂》，《颂》曰：“粤稽天德，厥贵恒性。于皇师天，永孝配命。师天永孝，乃立民极。明明我皇，允惟天德。”余姚孙嘉绩，亦系白云，从道周受易。刑部尚书刘泽深，拟瘴戍，再奏不允。泽深上言：“道周之罪，前两疏已严矣。至此惟有论死，死生之际，臣不敢不慎也。自来论死诸臣，非封强，则贪酷，未有以建言诛者。今以此加道周，道周无封强贪酷之失，而有建言蒙戮之名，于道周得矣，非我皇上覆载之量也。且皇上所疑者党耳。党者见诸行事，道周具疏空言，一二臣工，始未尝不相与也，今且短之，既而斥之，乌有所谓党，而烦朝廷之大法耶？去年行刑时，忽奉旨停免。今皇上岂有积恨于道周？万一转圜动念，而臣已论定，噬脐何及？敢仍以原拟上。”
上从之，戍辰州。自十四年正月入诏狱，积十有四月始得出，作《再重重生诗》。学龙、廷秀、仲吉亦戍。
道周道南都，至杭州，诸生迎至大涤，析鹅鹿疑义，示三易指归，《诗》、《礼》、《乐》、《春秋》及《乐律》，论儒派。八月，荷芟入楚，未至。
上议起废锢，礼部右侍郎蒋德璟言：“前少詹事臣道周，愚戆之咎，实皆自取，第半生孤苦，子幼家贫，万里投荒，深可轸念。”德璟旋入阁。八月日讲，上与辅臣从容语及张溥、张采之为人。曰：“溥小臣，且不免偏，何以负重名？”周延儒进曰：“张溥、黄道周，皆为偏，惟是读书博通，所以人人惜之。”上默然。德璟因言：“前蒙皇上放道周生还，渠极感圣恩，但子方十岁，得免其永戍，量移内地，皆出怜才好生之德。”上微笑。德璟又言：“道周在狱时，写有《孝经》百本，每本作文一篇，是感颂圣德。”黄景昉、陈演、吴甡合言：“道周事亲孝，且清苦极不可及。”延儒言：“即其读书，亦尚可用。”上不答，惟微笑而已。明日，手敕：“曩诸先生面奏永戍黄道周，清操博学，见今戍远子幼，朕心不觉怜悯。彼虽遍迂，经此一番惩创，想亦改悔。人才当惜，宜作何赦罪，酌用密议来奏！”辅臣上言：“道周向来未经追琢，每有任性率意之咎，自蒙恩谴裁抑陶镕，闻已甚悔前非。每日在狱，手书《孝经》，极其感佩天恩，颂扬圣德。恭睹皇上勤学好问，稽古考文，臣等自惭固陋，未能仰承万一。因思及道周博雅，遂据臆陈，伏蒙皇上怜其贫苦，鉴其改悔，而轸及于人才当惜，赦罪酌用。斯真造化生成之恩，天地覆载之量。道原周职詹事府詹事，今既蒙恩赦，用似当还其故秩，以备史局编摩，更足资其一得，此又非止从道周起见也。”上报“可”命即拟旨。
辅臣复上言：“皇上此举，众美俱备，从此知学行之足贵，信廉吏之可为，所裨于作人磨世，君德治象非细。”是日，诏复道周少詹事。都下臣民，中外相庆。
道周已至九江，朝命敦促就道，旋请假归里，以学龙、廷秀等尚在戍所，席藁请命，亦得释。道周既归漳浦，坚卧不出。
明年甲申三月，京师陷，福王立于南京，起吏部右侍郎兼翰林院学士。时马士英当国，道周入朝，无所为。
乙酉三月，奉命祭告禹陵，舟泊龙江湾，梦高皇帝呼曰：“卿竟舍我去耶？”对曰：“朝廷舍臣，非臣舍朝廷。”时左都御史刘宗周去国，道周祀陵，留连绍兴。弥月，三谒宗周，固却不见。曰：“际此乱朝，岂大臣徜徉山水之日？”道周闻之，即行。
南都溃，马士英东奔钱塘，道周逢之江上，痛詈之，士英落靴走。及浙省降，宗周与门人前吏科都给事中章正宸等谋起兵，求道周计事，不获，悔曰：“石斋夙有渊思，吾初不宜拒之太深。”
唐王在位，访故臣于张家玉，荐道周，王拱手曰：“得此商彝周鼎，当为廓庙羽仪。”道周来自浙，拜大学士兼吏部尚书，位首辅。郑芝龙以公爵班宰相上，道周争之，芝龙不肯出兵，道周愤时事不可为，而荷殊绝之知，乃自请视师，经略江西。芝龙不与一卒，道周亲书告身奖语号召，得百余人，径进出杉关，众至万人，田夫荷锄从之，曰“扁担兵”开府广信，与杨廷麟、万元吉为呼应。王命家玉出屯金溪，以为之援。道周遗家玉书曰：“道周之年，不能致远，为皇上为马；道周之力，不能任重，为皇上为牛；或者左右拾遗，因事靖献，道周其皇上晨鸡乎。”
时鲁王上书福州，称皇叔父，不称陛下。唐正怒，杀其使者陈谦，遂积隙。道周移书浙东大臣张国维、熊汝霖等解之。
大略谓：“东迁以还，藉力晋郑，蔡丘而后，推德桓文。上爱殿下，笃于所生，勿以降阶之问，为博达所笑。”其冬，徽州陷，道周提兵赴救。新守婺源令故门士，以书绐约内应，抵明堂里，猝遇大清将张天禄，被执。从者职方福州赵士超，通判六合毛玉洁，中书平和赖继堂龙溪蔡春溶。
顺治三年丙戌，正月七日，入徽州。元宵，见张灯为鱼龙百戏，趋营帐，念民，为之泣下。至南京，置西上门故尚膳监中，先后绝粒十余日，作《自挽诗》，书后曰：“丙戌就俘以来，义在必死，未了诸缘，无所复忆。所忆者为《春秋表正》、《诗晷正》二书未就，及未登嵩室，陟华岳之巅耳。《表正》为少时旧书，坠婺源明堂，想已废于兵火，无复能读之者，尝读陈无涯兄弟，裁其大略，不知能竟之否。《晷正》必须吾自草，无复能传其意者。如嵩华二岳，先年欲以黄冠丐此了愿。当遣戍辰州，乞多千里，移去潼关，为林让庵铨部所尼，垂老得此，坐华巅，卧王屋，执笔以事《诗》、《春秋》，虽礼北斗，受玉虹，不为过矣。生平所历黄山、白岳、匡庐、九华、浮丘、龙首、穹窿、玄墓、洞庭、三茅、天目、径山、西陵、委宛、天台、雁宕、罗浮、怀玉，一十八翁，要当一一谢之。生死千秋，未必再晤，风雷楮墨，载其精神，亦使众山闻之，谓我不薄也。”又云：“武夷天姥，系于维桑，大涤焦桐，为吾讲舍，寤寐相绻，未之辞焉。”三月十五日毕命。韩四维子僧某殓而瘗之。凡入旬中，赋诗三百十一章，自名《石斋逸诗》。曰：“石斋死后，世当传之，以当逸事。”年六十一。
赠文明伯，立庙福州及漳浦。所着有《三易洞玑》、《易象正》、《淄衣儒行坊记》、《表记集传》，司经局进呈诸书；《行业咏业焚草》、《解辽环》、《解齐环》、《榕坛问业》、《逆流草骈枝集》、《浙闱策问》、《洪范
月令朗义》、《孝经大传》、《邺书大涤》、《函书》、《逸诗》行世。夫人蔡，名玉卿，能仿道周书。尝集兵万人，号夫人军。已而镶乏，解。子四：子中、子成、子和、子平。