同治元年正月，以母病未痊，旧伤复作，疏请展假。谕曰：见在水师分防池州等处，江面正须会合陆军，直捣金陵，歼除首逆，机会万不可失。水师虽有得力将领，必得该提督躬亲调度，方能动合机宜。该提督忠勇性成，朝廷正资倚畀；值此时事多艰，自当移孝作忠，力图挽救。即着迅速起程，前赴池州军营，与曾国藩剿办沿江一带贼匪，勿稍延缓。三月，遵旨销假。五月，会曾国藩于安庆，率师船东驻乌江；以其为上下游适中地，足资策应故也。八月，更名岳斌，赴勘下游要口；疾作，还乌江。九月，闻金柱关有警，率丁泗滨、彭楚汉等力疾赴援，败之龙山桥，歼贼万余。十一月，伪侍王李侍贤，由东坝再犯金柱关。岳斌苦战，急击之，斩贼酋陈绪宾，破护驾墩、石垝等处贼垒。于是，金柱关、芜湖一带肃清，江宁大营后路始固。
二年二月，曾国藩来乌江，偕岳斌至大胜关，入雨花台，商定合围江宁之策。三月，攻克黄池，悉收内河、三里埂、伏龙桥、花津、护驾墩各隘，以通宁国、芜瑚之气。五月，克巢县、含山、和州及江浦、浦口，破下关、草鞋夹、燕子矶，趋九洑洲，力战拔之。自此，长江南北数千里，无一贼船，皆水师酷暑鏖战之力也。十月，克高淳、宁国府、建平、溧水，夺东坝要险，大军寻合围。岳斌以水师防剿稍松，沥陈亲老病剧，恳开缺回籍养亲。谕曰：杨岳斌督率水师，剿贼十年，战功懋着；此时长江肃清，虽水师防剿稍松，而金陵合围，正赖该提督等和衷努力，共奏肤功，同膺懋赏。未便于军务吃紧之时，遽易生手。着俟克复金陵后，再行请旨。惟念杨岳斌军旅羁身，伊父母年老多病，未能归省，着加恩赏给人参四两，藉资调摄。时，发逆群窜江西及安徽徽宁一带。
三年四月，诏岳斌以提督督办江西皖南军务；该处带兵员弁及赴援江西各军，均归节制。五月，授陕甘总督，命迅赴江西督饬诸军，力图扫荡；俟江皖贼氛净尽，即行前赴陕甘任事。六月，江宁克复，赏一等轻车都尉世职，并加太子少保衔。岳斌抵南昌，即日出师督剿，察看各路形势，调回水师五营，分布赣河。七月，分遣诸将，拔崇仁、东乡、金溪、宜黄、南丰，解宁都州围，驰抵赣州。八月，克泸溪、新城、雩都，先后收降十余万众。自是，建抚、赣南、广饶各路及皖南徽宁各防，次第肃清。九月，沥陈伤疾难支，亲老多病，恳请开缺。谕曰：杨岳斌统兵十余年，冲冒矢石，力疾苦战，伤病交作，且其父母年皆七十有余，原应俯如所请。惟甘省军情，关系极为紧要；朝廷正资倚畀，自未便遽令回籍。着赏假一个月，在营赶紧医治，假满即赴新任，毋庸开缺。岳斌疏言：甘省逆回党羽众多，心志齐一，必得一、二万得力之师，方能挫其凶锋。惟旧部本属水师，并无陆队，此次来江剿匪，仅由金陵大营抽带千余人，势难远调。惟有亲赴湖南募勇，即舆疾南归，先遣得力营官认真招募精勇七、八千人；即可趁此访医调治，就近省亲。至招募经费及制办军械等件，所需甚钜，拟于各近省设法筹拨；并请饬安肃道蒋凝学、署皖南镇总兵唐义训两军赴甘助剿。诏嘉其勇于任事，所筹周妥，悉从之。
四年，以总兵彭楚汉等新募十营从行。四月，至西安，河西军溃，东窜，与巡抚刘蓉筹堵剿之策，议通东南饷道，催提江楚协饷。时，科尔沁亲王僧格林沁曹州阵亡，捻氛大炽。有旨令移师东向，保卫京畿。岳斌疏请开缺，专任剿匪。上不许。五月，仍饬赴甘肃。六月，履任。疏言：甘省回匪，以河、狄为最强。狄道之西乡、河州之东乡为最众。勾结陕回，窜突靡常。陇西安定、金县、皋兰接壤之地，防不胜防。岷洮为狄道后路，循化为河州后路，处处窜通。宁灵逆首马化漋负嵎抗拒，时出钞袭，断我饷道。西宁大会、花寺两教，藉团构衅。大通失陷，丹噶尔被围，郡城附近岌岌可危。肃州一带，兵力过单；又值哈密之变，贼势愈张。此外，零星细股，不可枚举。甘省营兵，扰民有余，剿贼不足。大部横索供张，不请求实际。东南数省。不患无粮，患无饷；甘省既虞饷乏，又虞粮少。查诸营所须面斤，或自行采买，或指地派捐，皆由就近州县转运；自回匪焚掠，村落为虚，地方无以应之。臣今由陕入甘，所部仅五千人；经过之处，先期委员带银购买米面，从未能筹十日之粮。将来大张挞伐，调兵愈多，追贼愈远，千里馈粮，士有饥色。况外省饷项，尤难源源接济耶？甘省官员赴任，无论实缺，委署，必须先以捐输；虽因公项支绌，万不得已，然自不肖者视之，则以为既有所捐于前，不能无所偿于后，而民气之雕残、案牍之积压，一切皆基诸此。臣入境以来，窃见人烟稀少，田土荒芜，屋庐灰烬，几于赤地千里。缘回匪蹂躏之余，官弁兵勇又从而睃削之，勒捐不足，加以穷〈叜〉；遂至攻山薰洞，无复生机。间有存者，不过鸠形鹄面，略具人形。东路如是，他处可想。五中焦灼，寝馈难安。伏愿皇上宽以时日、假以便宜，俾得从容整理。于贼势，则先剿狄河，再图西北；于军务，则先惩扰害，再汰疲羸；于粮饷，则先筹采买，再议转输；于吏治，则先儆贪墨、再振因循；于民生，则先去烦苛，再谋招垦。疏入，上嘉其切中窽要。
先是，上以关外匪势日张，饬西安将军都兴阿、宁夏将军穆图善等军，俟杨岳斌抵甘后，即令酌量出关。七月，岳斌奏言：臣所率楚勇入甘，仅步队十营，西北诸路力难兼顾。提督雷正绾、总兵曹克忠攻金积堡新败，都兴阿等规取宁夏，犹未得手。中卫、古浪、平番、武威，俱有贼股窜扰，北路吃重。若遽调二军出关。则正绾、克忠兵力遂单，断难遏贼肆窜；不独甘省受祸，即秦、晋边界，亦恐防不胜防。请饬都兴阿、穆图善先清关内，暂缓出关。谕曰：关外地方糜烂，亟须添兵协剿；着传知成禄、联捷令率所部星速出关。杨岳斌务当统筹全局，于各路防剿机宜，妥为布置；并将近省一带逆匪扑灭，以固省防，再行分路剿办。是月，靖远香贾丁建善谋反，督彭楚汉讨平之。八月，疏陈支绌情形。略言：甘省额征地丁、课税，岁不过四十万两；军兴逐年递减，权宜之计，惟伏厘金。而道梗商稀，省垣月可数千，随收随散；秦州稍旺，向给曹克忠营，余并不敷局用，司库仅有银一千余两。此银钱之短绌也。军营所需铁斤、硝磺、布疋、竹木，甘肃皆仰给外省。贩运日稀，增价数倍。
本地有硝无磺，外省拨解亦少，军需局造报仅存火药六两。此用物之短绌也。糗粮刍茭，士马所恃以饱腾，尤望市价公允。近则视臣初入甘时一倍过之，且又缺市。此食物之短绌也。臣此次出省，由金家崖取道至靖远，绕越北山而回。途次所历，有求斗粟、勺水、束薪之炊，寸草之牧不可得者。营中或终日不举火，战马饥毙二十余匹。臣忝任兼圻，须顾大局；不但本营月饷因兵多而递增，或各营有缺乏、地方有急需，断不敢意存歧视。惟开销愈多，本地实无可生发；即使曾国藩奏定拨甘十万五千之饷按月悉数前来，已觉入不敷出。况自五月至今，除江南已报解三月、浙江已报解两月外，湖南仅报解一月、湖北止报解布疋洋药而银数尚未提及。即抽收最旺如江海关，亦仅报解一月，并闻有两月一解之语。在愆期省分，想亦急其所急，而以他人之急为可缓；讵知甘省情形如此哉！请饬下江西、湖南、湖北、江南、浙江各督抚，务将奏定协甘之饷，源源接解，毋令愆期；并将上年冬间户部奏定有着之款，如四川、山东、河南、江西每月协拨者，亦遵照解运来甘。至甘省满、汉营兵欠饷，已历多年，鼓噪不止一次；并请饬下历年欠解省分，酌量按成补解，庶军实有资，而无饥疲之患。
九月，雷正绾兵变，岳斌疏请饬下四川总督骆秉章迅调建昌镇总兵周达武一军。自带饷银，赴甘助剿。又言：甘省自八月至今，粮食缺市。臣所部各营，计日授粮每名仅得数两，衣不被体，竟成坐困。曹克忠所部，勇冠诸军，金积堡失利后，收合余烬，力解盐茶城围，攻克白季村堡，正在得手，忽以雷军之变，粮运不继。见在，该勇每日仅面水一餐，殊虑因饥生变。当即饬令暂舍盐茶空城，移营靖远，为就粮计，以固军心。臣莅任三月，协饷分文未到，各局罗掘已空。甘省产粮之区，北则宁夏，尚为贼踞；南则秦州，供应雷正绾、林之望两军，早已窘竭；西则西宁各回阳奉阴违，道梗运艰，情形岌岌，荒期正长。闻陕西秋收丰稔，恳饬下抚臣刘蓉，于该省上、中二等州县，设法捐办麦粮，并于邠、干、凤、鄜各属州县，先提仓粮四万石，运交秦州、泾州、庆阳等处。再，四川保宁一郡，毗连阶州，岁亦丰收。并请饬下督臣骆秉章，于保宁所属州县，筹捐米粮一万石，挽运阶州，以支危局。疏入，上悯之，悉如所请行。是月，巩昌、宁远被围。岳斌调曹克忠援剿，一战围解。