十一月，拔熟阳城贼巢及董家堡鸳鸯镇。十二月，奏言：臣抵任后，本拟先攻狄河，再图西北；自陶营溃于金县，雷营变扰平泾，贼焰益张，兵力渐弱。计可移攻狄河者，惟曹克忠暨臣所部两军耳。而该逆盘踞三城，依山阻塞，兼踞洮河之险，势若长蛇；必须分道出师，方能夺所凭依，遏其奔窜。查甘省见有兵力，或扼泾州，或驻庆阳，在在为逆同牵制，不能调赴前敌。都兴阿、穆图善顿兵坚城，若不济以援师，孤注不无可虑。为今日计，非调防守之兵尽为攻剿之兵不可；欲调防守之兵尽为攻剿之兵，非藉防陕之兵暂作防甘之兵不可。请饬陕西抚臣，将鄜定防兵，就近移扎庆阳；汧陇防兵，越境移扎巩昌；扼截狄河之贼，不能出扰南路；俾甘省各路防兵，得以次第调出，分道进剿。夫甘回一日不靖，则陕防一日难松。在陕兵，自近而远，各边仍在屏蔽之中，为人适所以自为；在甘兵，戮力同心，踞贼自有可歼之日，制人乃不制于人。如蒙允准，拟令记名提督张在山接统庆阳各营，由环县进；谭玉龙统泾平各营，由固原进；曹克忠一军，由四百户一路会捣灵州。臣将省防布置周妥，即新率一军出省策应，视其所偏重，攻其所必救。俟该二城克复，然后会合都兴阿、穆图善移得胜之师，规取狄河，得手似较容易。上韪之；谕刘蓉：如所奏行。
五年正月，督师出省。二月，次泾州，枭雷营倡乱之总兵雷恒等首。奏免雷正绾罪，令立功自赎。三月，省标兵变，劫总督署，戕幕友、委员、亲兵俱尽；胁布政使林之望，以岳斌重勇轻兵、积愤所致入奏。岳斌已抵庆阳，闻警，还泾州。上以岳斌未能防范。降二级留任，命速赴兰州，力顾大局。时群同乘衅思逞，环向省城；东路隆德失守，庄浪被围。岳斌奏饬曹克忠移巩昌之兵，先驰入省；得旨着谋定后动，不可徒逞愤兵，轻于一掷。五月，布置东路防剿各营，单骑驰赴巩昌，抚循部众。筹粮济省会及曹克忠饥军，宽其后顾之虑；保秦州等完善地，藉护南路饷道。寻标兵就抚，岳斌回省，诛乱首百余人，余释不问。六月，以在泾州拆阅林之望摺报，自请议处；部议降五级调用。上加恩，改革职留任，并改为三品顶戴。七月，疏言：臣以微贱武夫被荷殊恩，膺莅重任；苟可称效寸功，无论如何为难，亦不敢不竭犬马之力。顾抵甘经岁，迄少成功。推求其故，固属粮饷奇穷，亦因臣向带水师、未经旱队，于战守调度、地理形势，本所不谙；且出身行伍之中，筹粮、筹饷、课吏、治民诸大端，尤不经习。军务之无起色，未始不由于此。又，臣从军十余年，屡次重伤，向未医愈，旧时吐血之症，时复发作，奔驰道路，已觉孱弱不胜；加以标兵叛乱，殆不啻万弩攒心，以至饮食大减、寝不成眠，力竭神疲，益形委顿。然使甘事本为臣所能逮，亦复万死何辞；乃时局艰窘，百倍寻常，若恐获畏难规避之罪而隐忍不言，则必有深误大局之时，而转旋无计。伏查：甘省回乱沸腾，焚掠残杀之惨，幽僻不遗。嗣后援剿诸军，日增一日，贼粮军食，无一不取给于民。循至于今，被祸既深。孑遗无几；田土芜废，一片荆榛，人相刲食。
去秋奏准于川、陕两省完足之区，筹措军粮数万石；至今运送至秦州者，只数千石。秦州以西，车羸久已被贼耗尽，不能再前。目今已倍极艰危，转瞬更不知作何究竟。此军粮窘竭已极之情形也。去年，两江督臣曾国藩奏明江南等省每月协臣十万五千两，即令如额、如期概行运到，尚不敷十之二、三。今臣每月仅得六万两，除制造火器、军装以及运费等饷，实仅得三、四万两。以之匀给雷正绾、曹克忠等各军及臣所部，每勇夫两月之久，始可得银数钱。此军饷拮据万难之情形也。甘中食用奇贵，每勇所费日过百钱；今得饷无多，久将衣被鬻尽，形同乞丐。况粮食缺乏，终日或不举火，再宿始得一餐；甚或掘剔草根树皮，苟延残喘。每遇进战，必须筹措十数日，始能裹带一、二日之粮。即成战胜，而饥疲无力，不能追贼。臣每睹此情，心酸泣下；虽加意拊循，究属徒托空言，终无实惠。故屡次溃败，莫之能止。见在所存营垒，虽幸勉力支撑，然逃亡亦踵相接；凡营哨官，尽怀去志。曹克忠因此焦急，竟至成病。此营务危迫万分之情形也。逆回股数繁多，〈叜〉括数年，民间一马、一赢，尽为所有。每接仗，千群万骑，以相抗拒；败则行走如飞。我军多系步队，倍道而驰，日仅百余里，未及数日，辄复疲劳。往往出截其前，反落其后。马步之势既异，饥饱亦复相殊；故攻剿尚易，而拦截终难。此贼势飘忽难制之情形也。以事势而论则如彼，以臣才病而论又如此。臣所以旦夕忧虑，知必不能了甘肃之事。若再恋栈日久，必至贻误益深。臣罪原不足惜，而甘事益不可挽回，其将如大局何也！疏入，诏准开缺，调左宗棠为陕甘总督；命岳斌俟宗棠到任，再行交卸。
时，陕回群窜入甘，蔓延清水、秦安间。岳斌以秦州完善地，贼所唾涎；且甘省转输饷道，止此一线生路，至是戒严，不可不急救。遂布置省防，出驻秦安之陇城镇，调度各军，分股截剿、贼不得逞。八月，狄河踞贼潜袭巩昌，防军失利，城陷。岳斌飞檄总兵傅先宗，即日克之，斩获甚多。岳斌坐降二级，留任。时，曹克忠因病就医西安；岳斌以一身力疾往来督战。九月，兰垣粮饷告匮。岳斌以南路稍定，疾驰回省，筹支危局。十月，横河、川塬回逆被剿穷窜，阑入平凉府城。翼日，收复。自是，西路各军攻拔裴家营、镇虏堡各回巢，余众就抚，平番、古浪一带驿路畅通，东路亦屡报胜捷，拔横河、川塬老巢。十二月，病剧，乞假一月。允之。
六年正月，再陈病状，请饬将军穆图善就近赴省暂署督篆。二月，诏可。又谕日：杨岳斌病势甚笃，情词恳切，若再勉强挽留，朝廷亦有所不忍。惟穆图善剿办东南同匪并安抚已降之众，一时能否遽赴省垣，尚须斟酌情形，不致顾此失彼，方为妥善。杨岳斌俟穆图善到省接暑督篆后，将一切情形详细告知，再议起程；毋得遽行同籍，致误公事。四月，解任，遂回籍。
光绪元年，叩谒穆宗毅皇帝梓官；仍恳回籍养亲。谕曰：杨岳斌于水师一切事宜最为熟悉，着前赴长江一带，每年与彭玉麟往来巡阅，将各营水师认真整顿，并准其会衔奏事。该前督巡阅之余，随时同籍省亲，仍可藉修子职也。
二年，赐剿平粤匪、捻匪方略各一部。
三年，巡阅毕，遵旨绘呈「长江江防全图」。谕曰：长江地方要紧，该前督巡查一切，悉臻周妥，洵堪嘉尚。所绘图幅详明，尤见实心办事。着随时周历，以副委任。图留览。
四年，以父病，奏请开去巡阅差使。得旨：暂缓巡阅。旋遵父母命，捐助山西、直隶、河南、陕西等省赈银五千两。上嘉之。
五年三月，再恳开去差使。诏如所请。八月，丁父忧。
六年。呈请湖南巡抚奏建楚军水师昭忠祠，列入祀典。
九年，法人构衅，沿海戒严。诏令岳斌会办福建海防事宜。
十年正月，岳斌以母老病重辞。上原之，令俟母病稍愈，即遵前旨赴闽。七月，谕湖广总督卞宝第曰：战局已开，军情万紧；杨岳斌深谙兵机，当移孝作忠，力图报称。着传知克日成军，出膺重任。岳斌于是再出视师。九月，命迅往江南，帮办军务，与曾国荃随时会筹战守。寻谕曰：法兵见占基隆，台北府城万紧；着派杨岳斌帮办左宗棠军务，迅赴福建，驻扎漳、泉一带，联络绅勇，设计渡台，速图逐法之策。岳斌疏报募勇成军，并请在长沙添募，合成三十营。上不许，饬即将所选十二营迅速赴援。十月，敬摅管见：一、简练京外制兵，分扼险要。一、团练海上民兵，合力防卫。一、豫筹屯粮，以充军实。一、重防陆地，以出奇制胜。一、量移机汽局，以免疏失。上韪之。是月，恭逢慈禧端佑康颐昭豫庄诚皇太后五旬万寿，上以岳斌奉诏治军，不遑将母，赏伊母御书「教忠衍庆」扁额一方、大缎二匹；寻又加赏紫檀三镶玉如意一柄、大卷江绸袍袿料二匹。十二月，军至泉州。时，法兵以轮船扼我渡台海道。
十一年正月，岳斌率所部由秀涂口夜渡埤南。二月，驻军台湾，筹布台南防务；联络绅民，数日间集团勇万余人，排日操演，严为之备。驰抵淡水，与巡抚刘铭传所部进薄基隆，互相犄角。法夷久不得逞，旋乞和。八月，班师，仍请回籍养亲。允之。
十二年，紫光阁图像，录其长江战功最着者数事。