春二月，服阕，太夫人促就道。五月，首途；濒行，携客游兰亭、禹穴、炉峰诸胜，得诗八十一首，自为序。舟中读「通监」及古今名臣奏议；遇古蹟，辄留觞咏。
八月，抵京。十月，考授福建道御史。以先生当时才望，宜得首垣；因奉旨必授实官而省员适备，故居台员之第二云。客有贺者，先生曰：『天下惟宰相能行。谏官得言，可言不言、言不得当，皆负其官。方惧不暇，何贺也』！同选有由县令入者，辗转核钱谷事，久未得旨；先生日与李公子木、颜公壮其同论「性命」宗旨；潜心研究，而学益邃。
五年（壬申）先生三十有一岁。杜门候旨。二月，商夫人迎至。
四月，得旨履西台。循例，侍内外班；旋命巡视京城。
先是，黔中战功未叙；甫受事，即上「赏罚激劝疏」，言『黔功因一级疑稽三年之叙，且恩及督、抚、总帅帷幄大臣，而陷敌冲锋将士不与，何以励行间！山东之变，六城连陷，未尝议及一官；欺蒙之习，不可不破』。奉旨：『黔功速叙』；并置失事诸县官于法。
六月，疏请召对；且请赐对九卿台省，以广谘询。时东西用兵，军情奏报悉禁抄传；先生极言不可。
七月，疏请饬宣云边备并辨救故督沈公棨狱。沈素有清操，抚宣云时屡出兵却敌，为法受逮；宣民感入骨，拥马首留者数万人，赴京诉者亦千人。是时帝怒不测，复有假此构朝绅者。疏入，同官危之；奉旨仅夺俸，然沈亦因获出狱。
十月，抗疏言：『九列之长，诘责时闻；宪臣陈于廷，四朝遗老遽被重谴。恐诸臣惕严威，竞为迎合揣摩，以保名位：臣所虑于大臣者此也。方伯或至一、二考，台员或至十余载，未得迁除；而监司守令多贬秩停俸。臣子精神才具，不能稍有余地展布发舒；急功赴名之心，不胜其掩罪匿瑕之念：臣所虑于小臣者，此也。抚按之事，多令中官监视会同，开水火之端其患显，启交结之渐其患深：臣所虑于内臣者，此也』。又痛言『京营操练，忽遣七内臣参越阃政；诸弁自好者不屑俯首，不肖者遂多借窦』。言皆忤旨谯责（按「明史稿」：崇祯四年，起擢御史，疏陈赏罚之要。踰年，言「九列之长，诘责时闻」云云。是误以赏罚一疏，上于四年。考先生虽以四年奉御史之命，而补官仍在五年。「史稿」以两疏年分区分，叙次未晰；今据旧谱而补所未备。又按旧谱十月抗疏云云，言皆触讳，上亦不之罪；然「明史」、「史稿」并云「忤旨谯责矣」，今从之）。
十一月，上「合筹天下全局」疏，以策关宁、制登海为二大要，分析中州秦晋之流贼、江右楚粤之山贼、浙闽东粤之海贼、滇黔楚蜀之土贼为四大势，极陈控制驾驭之宜，而归其要于戢行伍以节饷、实卫所以销兵；帝皆褒纳。
十二月，疏言「留都为国家根本，兵权宜肃」；因纠南枢臣傅振商衰迈，有旨令解任去。
是月，第三子班孙生；时先生方侍班，故名之。
六年（癸酉）先生三十有二岁。
春正月，实授御史。时帝以修省，斋宿文华殿。先生疏言「乘春布令，莫如先除民害，以收民心」；因条上民间大苦，如里甲虚粮、行户搜赃、钦提讦讼、窝访私税私铸、解运马户盐丁难民，凡十四事。又力陈带征、豫征之害。帝览奏恻然，亟命厘革。
二月，疏言四事：一、监司迁转宜重；二、有司参罚已穷；三、举德行、正文体；四、核諡典、励人心。又陈清辇毂四法，因纠刑曹张景韶贪纵：皆奉俞旨。
三月，有代巡按苏、松命。四月初，出都，间道归省。五月，宜兴豪奴变作，朝命促行；跽别太夫人曰：『定变后，即请告矣』。六月四日，入境，首以十革、十四申、九询檄下郡邑；革者革去其弊，申者申其所当行，询者询其何者可行、何者在所革也。
乃据属所答核之，定黜陟。祁氏累世为循良吏，有传家治谱；夷度公巳汇为成书，名曰「牧津」。先生至吴，分录以颁其属；咸谓可法，刊行之。
给谏章公正宸以疏纠新参王公应熊得罪，下司寇狱；先生疏解之，并责王公不为申救。疏入，通政司以章公巳得宥，封还原疏。
居吴一载，革弊政，兴良法。苏州无赖结党，曰「打行」；廉其稔恶者四人，械于衢。集三老，询之曰：『可杀否』？佥曰：『可』。则又招观者，问如三老；观者亦曰：『可』。于是抡大箠，箠未量五寸、积一寸半；每十箠，易操箠者一人。既死验之，陈其尸。又三吴间多豪仆，凌轹小民；翰林陈于鼎势赫奕，其家奴周文爙肆恶积怨。宜兴民陈轼刑聚牲众发难，焚陈氏庐，并发其祖墓；因而旁掠，几不测，朝廷促先生亟往治之。首榜豪奴罪，戍乱民数人，追还所夺田产，而奏夺陈氏父子官；又治诸怨家之为乱者，变遂定。别匪聚党，以「天罡」为号；官治之，则愈横肆，市人避若虎狼。先生擒罡魁四人，立杖杀，亦暴其尸三日；罡党股栗散去。或窜入营，与营兵相比为奸，挟制营将；福山营兵金得贵数告官，官畏，不敢与辨。先生闻，即治以军法。豪贵多倚势陷平民，旧有扛抬、钉封诸名目。猝遇富而弱者，挟之至家，逼令献产，曰「扛抬」；或封其庐屋，使纳贿赎，曰「钉封」：皆穷治之，风顿辑。明制：官兵获盗，自初审至招解，皆令此兵伴送之；往往畏累，不敢擒贼。先生令获盗即付所司，以其赃为兵赏；将士感奋。故终先生任，获盗多至百倍。又刻意清厘积狱，先出有司不意，遣人猝收其监簿；然后令逐案详报，释淹滞凡七百余人、注销未结积案凡五百余词。有系讼十年不决者，咸数语剖断；情不敢治者治之，法不敢释者释之。吴中赋税数倍他省，解役之费不赀；先生以赎锾捐置常州役田千亩、清吴县隐租千余石，以惠解户。又借华田义米万石为上海买役田，而先以田租偿所借。他省十岁一役，三吴役繁，故倍之；而免役又多出官户，因滋诡寄之弊。夷度公为长州令，倡官户限田法；至先生，令有司力持之。缙绅求免役者，必峻拒；诡寄不行，由遂有余。又革漕粮陋规银，计十余万。行部所及，屏绝供应；令购买诸物，一依民间市值。以官价抑买者，严禁之。明季边境多事，凡钱榖分解京边，有司误听胥吏解少留多，每自受参罚。先生定为四则：曰至急、曰次急、曰稍缓、曰可缓，等杀其数，设簿抽稽；于是，胥吏不敢上下其手。至扬励风化、旌奖节义，更举为当务之急焉。
七年（甲戌）先生三十有三岁。在吴殚竭心力，遂构病。两疏请解职，不允；乃力疾视事。既得代，乘间归省。
冬，大计居上考，而中旨屡驳。先是，宜变定后，豪仆群敛迹。未几，首辅周延儒归，复纵下虐民如故；于是怨家又相聚发其祖茔，延儒欲兴大狱。先生仅惩首者而穷究乱由，延儒大憾之。讽主考者，拟带降一级（按西河毛先生撰传止云奏夺陈氏官，延儒与陈氏僚婿怨彪佳执法，嗾中官下其等，无发延儒祖茔事；此从「明史」）；帝察其无罪，命改降俸（按「明史」止云回道考核，降俸；不云先拟镌级。此从「史稿」）。吴中文公震孟谓先生巡吴为二百年来所仅见，不加异数，反因豪奴变，累及巡方；是非颠倒矣！将疏争之；先生力止而罢。
八年（乙亥）先生三十有四岁。春，居都门。时太夫人年巳七十有二，先生归思甚切；虑引病不得请，遂牒台长代题，始获告归。四月，出都；登岱顶，为太夫人祈寿，有诗。五月，抵武林，养病；迎太夫人至湖上，奉游山刹，饭僧。病愈抵家，杜绝尘俗，与诸昆编梓夷度公「文集」二十余卷。
时刘念台先生赴召，先生送之。刘询以用世之学，先生首举「格君」为言；且曰：『使上敬且信，斡旋自大；不在一、二事力争也』。先生既获息肩，专讲「性学」。王金如问：『亲亲仁民，只此仁爱，原无物、我；何以施有差等』？先生曰：『譬如源泉，遇石则激，遇涧则止；泉体无异也』。曰：『泉体无异，而石、涧巳分；物、我乌得谓之一体哉』！先生首肯之。
十月，筑别墅于寓山，为终隐计。山下蓄水为池，立放生社。
十一月，亲至姻党访问疾苦；及贫不能嫁娶、殓葬者，即资助之，着为规条。又置赡族、赡邻产约百亩，岁暮躬自散给。值风雨衣湿，或劝少休；先生曰：『彼饥寒者，其苦当百倍。今使饥得食、寒得衣，吾念此至快，又安知风雪苦哉』！
童仆非驯谨者，不蓄。有以小失诉者，亟对客逐之；曰：『矫枉不妨过直，且以示吾家法』。自是，诸仆益谨畏。