九年（丙子）先生三十有五岁。四月，寓山草堂成；迎王金如、张凝如及兄季超，杜门却扫，讲「性理」。尝曰：『宋儒疏赤子入井为「触物而感」，有物可触，物与我既成对待，如何谓体』！又曰：『心与太虚同体，万物不离太虚，岂有心物外哉』！金如语，每过质直；先生怡然受之曰：『言中膏肓，真药石也』！自此称以「先生」不字。
五月，长子同孙殇于痘，色不哀，或窃议其矫；先生曰：『人情，于父母每患不足，妻子每苦有余；即矫，亦未为失也』。
六月，疫倡，其昆仲捐设医药局于郡城光相寺，疗治近万余人。
秋八月，弟熊佳领顺天乡荐。
八月，捐俸修乡贤祠；求贤裔，资之使学。
十一月，葬长兄元孺于上方山，亲董工役。
十年（丁丑）先生三十有六岁。家居。
正月一日，拏舟出游；一舟横触，几覆。舟人谢过，先生曰：『吾虚舟也』！笑遣之。
二月，增筑寓山。王金如投书相规，谓『癖耽泉石，于君、亲、兄弟、朋友间皆有负焉』。先生得书，即以「四负堂」颜其室；曰：『以志吾过』。
郡城税间架，又工人代石煆灰适当郡城脉；并力请当事禁止。八坝私税为商民害，屡革屡复；先生反复陈其弊，卒永革之。商民有谢者，拒不见。剡邑饥，王金如首建赈议，先生极力赞成其事。暑甚，感病；因念狱中苦热，致书当事，尽清宿禁。又念野多暴骨，招僧本原，资其衣食、器具，俾择地掩埋；远近无暴露者。
十一年（戊寅）先生三十有七岁。家居。
有言狱囚因饥至病，多死者。捐己资，使僧恒监日熬粥；遍给郡邑狱，凡六所；病者，以药疗之。
浙卫运军弁苦累，旧制惟三江以备倭免运，诸弁以不均为言；先生谓数年后三江亦尽矣，无益运事，徒失备御耳。因力言于当事，谓『宜别求良法苏运力，不当违制攀援三江，因与俱尽』。札凡十余发，事获中止。先生入仕十余载，未尝以私干当事；所亲求一言，不可得。至地方利害，则奋身任之；辄尽言无隐，嫌怨不少避。
二月，登炉峰探石室，有诗。
三月，登螺峰，游浮峰寺，作王文成公宅题壁诗。
九月，为金家奕雪冤狱；家奕故素未尝通音问者也。
十二月，闻流寇警，乃博采古今守城法有成效者，辑「御寇」一书；编纂自此始。
十二年（己卯）先生三十有八岁。家居。
正月一日，见族有困窘者；叹曰：『一叶之黄落，皆元气所不充。一夫之饥寒，亦吾心之未逮；况族党乎』！乃再增广赡资给之。又以族贫，不能延师，多废读；为立义学于宗祠。
六月，新居成，奉太夫人居焉。
远戚钱长吉以坟地鬻于先生，是时方客死，先生举券还之。越人以螺粪田，先生谓「是伤物命，致灾沴」；请当事设法禁绝。尝谓『吾辈留心圣学，空言无补，曷若行之以实』！因尽捐岁租济民缓急。
自乙亥得请归，至是巳五载。明制：职官病告，三年不痊，即与闲住。先生引例请黜，得旨：『命俟病痊后赴京补官，不限以期』；盖异数云（按毛传，以病假过八年自劾，请照过五年闲住限例；而诏起掌察。据此，以自劾为先生归后八年壬午事；今从旧谱）。
十三年（庚辰）先生三十有九岁。
正月，提学许公平远校士至浙，慕先生品望，间道修谒，远嫌不见；屡请，终谢却之。
闰正月，太夫人病眩；日待汤药，眠食皆不暇。王金如病于四明，馈医药不绝。念春令百物滋生，使人多买水族放之；日以百斛计，资太夫人福。三月四日，太夫人无疾卒于内寝。先生痛绝，仅存余息。踰日，始少进粥；又数日，始食盐菜。居苫茨，无顷刻离。
夏四月，弟熊佳成进士。闻王金如病殁，为位以哭，为营葬事。
春、夏间，霪雨坏麦，米值骤腾；议救荒策十五条。当道及诸缙绅以先生居丧逾百日，力请出董其事；遂与余武贞先生行和籴法，使诸生领官票分粜郡城。婉劝四乡富室平粜，使自济其本土；而后设厂，日施粥，以期分给米石：全活无算。时海内大饥，先生欲推广行之；因再辑「古今救荒书」，通行远近。
八月，合葬太夫人于化山。值大雨，扶柩哭泥泞中；观者咸为感泣。入城谢吊，舟中梦呼救者。既醒，适屠肆将杀豕，恻然心动，市而放之；检行箧余金，与豕值适相当。至武林，所寓邻有鬻妻为娼偿逋者；先生出原价赎还，使归母家。太夫人遗产五十亩，先生以增祭产、赡邻族，不以自私。
时盗贼充斥，将力行保甲，士族多耻任其事；乃与同族兄副戎宁方自为正、副长以率之，保甲遂行。
十四年（辛巳）先生四十岁。在家守制。
浙地自上年夏、秋并歉收，先生计本年必饥，作「救荒议」预为筹画。适雪十日不止，市绝爨烟，人心汹汹；数百里饥民群起为盗，劫掠郡邑。长官仓皇闭城；先生夜半入见当事，曰：『今日为饥民，明日为乱民矣！今日抢民粟，明日抢府库矣！今日乌合，明日必有奸民号召以狂骋矣！及今犹易散也』。即请部署，分领兵快出擒数人；余果奔散。再促夜发兵出城；山乡聚者见兵至，咸溃走。先生曰：『此医家急治其标法也。不速培本，则病复发，难疗矣』！于是以赈务自任。自春徂秋，致本部、道、守旁及宁、台官绅札计二百六十八通。先停征敛，俾有田者得专力捐赈。设官粜、民粜两法，借官银出籴外郡，而劝民间积榖者每石减价值三钱。春间分区计口给米，入夏设厂赈粥。
有自好不屑就食者，收值三之一，使有自市名。逐优人出境，以节冗食；禁种糯，令不得作酒。又多设药局、病坊，死道路者埋之、婴儿弃者收之。释狱中罪轻者，禁胥役无许下乡勾摄。赈事既毕，旌其捐赀及司理者；盖古今荒政无此详备云。
十五年（壬午）先生四十有一岁。家居守制。
岁初，闻南部使至浙，酷督解户；先生愀然致书当事，言『南粮解役，无不破家。且岁荒民疲，必求宽假以延其余生』。因劝诸绅公揭公疏力请折价，民困遂苏；初不知意出先生也。二月，再延僧人恒监总掩骼事。又言之道使郑公，共置产为久计。
是春，次子理孙应童子试；邑令汪公奇其文，将列首选。先生介司理陈公，力辞；汪曰：『吾但知录才耳，非私先生也』。
明初，立税务平水，税竹木，山民苦之；既乃增赋革税，已百余年。诸税棍忽怂恿榷使者，欲复行旧例；先生力阻，乃止。
夏五月，米价复贵。连岁募赈，势不能再举；乃集诸绅设粥厂。六月，疫作；先生独捐己资，设药局于大善寺。自月初旬至于八月，又霪雨伤稼；先生斋宿虔祷，月晦获霁。郡邑当事以赎锾为赈金，先生仍任其事。
先是，六月服阕；九月，召掌河南道事。会兵警道梗，至十一月始闻命；即束装行。时贪风盛炽，乃作文誓于神曰：『古人清，畏人知；予不能信于世，不妨以自信者信人也』。濒行，道费无所出；适第三女受聘金，供舟车及都门薪水焉。初十日，启行；二十五日，渡河。抵沭阳，知京师戒严，传警甚急，无北行者；乃返淮上，图间道入都。值冬至，北向号泣曰：『主上焦劳，臣敢惜死哉』！同行泥之；先生曰：『不召，且当赴；义之所在，死生以之。况有朝命乎』！淮督史公可法使材官及武健各六人同途伴送，先生戎服介马杂其中以行——时闰十一月十三日也。十七日，至嵇家庄；民间传北骑（本作「大兵」，此从王编原本。下同）自德州下临清，先生不为沮。二十日，至穆陵关；次日，抵青州。兵使王公力言「北骑不远，必稍待」，材官辈亦迟疑；先生坚不听。二十四日，抵李家口，知河间已破；又传北骑在德州。二十五日，冒大雪行二十里，从者僵仆，买薪附火。过庆云，传沧州有警，宿败屋下。二十八日，过兴济——北骑所经地也，极目邱莽。自兴济抵青县，数日皆露宿。二十九日，夜抵静海；城闭，宿城堑边。十二月一日，至大王庄，津抚冯公元扬遣兵迎护，始获一午飧；盖旬日皆日中不食也（按先生自叙云：『设予不暂退淮上，则至沧津时，正北骑南下时也。予之迟，有天幸焉！及在淮，皆劝稍待；而予决意速发。杨信、临淄、安乐予过数日皆残破，是予之速，又有天幸！初欲改从西道，方行忽复从东，而西道之临清适破矣。过青州时，王公挽留甚力，予不留；未数日，攻青州。予之邀幸于天者，何多也）。
初四日，抵都门，释戎服。时都中讹传日至；先生备述途中闻见，人心稍定。初五日，见朝，旋莅任。有旨：命朝臣集议，定天下督、抚去留；先生建议谓「首易宣督，恐宣兵无统」；随上「慰谕宣兵」疏。当赴召时，总宪刘公念台、副宪张公二无、佥宪金公枢正皆一时正人；及入都，而刘、金二公并以直谏谴。先生上疏「请留清望直臣，俾为群僚表率」；会廷臣亦有继言者。上怒甚，责诸臣回奏；先生复上「释圣怒以开言路」疏，然终不能挽。张公又多病，先生势益孤而自任益力；又上「振起人心」疏，纠参各督、抚糜饷。又疏驳赵公石室书藏，伏机械。皆报可。