十六年（癸未）先生四十二岁。
先是，佐办大计；至元旦，各省计册因警多未至，计典因不获举。先生叹息，谓「开国二百八十年来，至此一大变」！忧愤形于色。后计册渐至，手自披录。时上方欲申饬计典，督责部院甚严；先生上疏「请责成九卿台省先择其大贤、大不肖者听部院访核，庶可得其纲领」。二月，运河阻兵，疏请复海运。闻楚中流贼设伪官，踞荆、襄；即上「贼势叵测」疏。时台省中杨、廖方败，虑朝廷厌薄言路，又上「言官流品不清」疏。三月六日，帝从容忆及先生入都艰险状，召对文华殿，曲加慰谕；继询所历地方被兵情形，兼访剿贼策。先生条对称旨，赐茶饼，退。后即疏劾户部侍郎王正志「督饷山东，闻警辄移家避」；得旨速核。北骑还至边，京师解严，方举计典。四月二十八日，连上「大察」、「拾遗」诸疏，皆奉俞旨。时共掌科事者为吴公磊斋、塚宰为郑公元鹤，皆清正不阿，先生又虚心，不轻折人名爵；至平日盗虚名、负奥援者，则不得幸免焉。事竣，问遗莫敢及其门。
吏部吴昌时依附正人、窃声气，时方营入选司；适帝命台省敭历藩、臬后始入卿寺，昌时即借以讋慑。台省旧例：外转者二；昌时顿增至八。先生曰：『上意在练材，非外之也。余首篆，请身先之，可破重内轻外积见。然行之宜渐，不宜骤；恐骇观听，伤国体』。昌时阳唯唯应之。故事：台员升转，必由掌道牒送；昌时竟疏推六员。先生曰：『本朝掌故，自此隳矣』！遇昌时于朝，面叱其「招权骫法」，昌时又阳谢之；先生遂连疏言昌时奸邪状。举朝素慑昌时，见先生廷叱，皆咋舌走。时先生方以疏留掌院刘公为帝所忌，及闻累疏参驳，愈危之；然帝之疑昌时，亦自此始。廷臣黠者因群起共发昌时私，廷讯弃市。
计典既竣，例酬卿寺及台资列首者。先生以台例三差，缺一不可；至七月，乃具题上，随差刷南畿卷。乞休，不允。临行，再上三疏：一、抽丰游客；一、借贷富室；一、差役纵恶：皆切中当时大弊。帝览疏击节，命指其尤者。先生复以姓名上，并下于理。
八月十六日，出都。十月十三日，便道还家。值次兄德公丧，先生哭曰：『友爱，人之常情。吾兄每以明敏练达勖予不逮，爱我兼成我者，兄也；能不恸乎」！
十二月，东阳许都兵起；值会城巡抚未至、巡按已离境，人心惶惧。先生飞书留巡按，促巡抚返。巳乃亲冒风雪渡江，画方略；并荐司理陈公子龙监军，且密嘱曰：『收彼中大侠为用，以计召许都至会城正法』。先生入城，与当事共图固守，鼓励村落练乡兵；至贼就擒，乃罢。
十七年（本作「大清顺治元年」，此从王编原本）（甲申）先生四十有三岁。
春，病发抵家，疾益甚；具疏请休。三月初旬，闻请不允。二十六日，力疾赴南畿。至吴门，闻李贼犯京城急，或劝且引病观变；先生曰：『时危，则君臣之义愈切；引疾不在此时也』。遂兼程进。帝后既殉国，凶问至，北望号恸，遂绝口不言疾。
四月，福藩避乱至淮，序当立；先生亟同史公可法等至舟次迎入南都，谒孝陵，居内守备府（按「明史」「福王传」：『四月庚寅，称监国；壬寅称伪号』。「明史稿」本传云：『五月朔，福王谒孝陵。越三日，监国』。今从「明史」）。王召诸臣议战守策；先生曰：『战守固今日要事，然纪法为立国之本、人心为纪法之本。亟宜颁大赉，以固人心；涣大号，以明纪法』。侃侃数百言，听者竦然。诸臣援宋高宗故事，拟以王为「兵马大元帅」；先生曰：『监国，本朝故典也；何远引为』！议遂定。诸臣方上「监国」宝，而侍郎吕大器初主立潞王，及是惧祸，欲献媚，请以后日即正大位；先生抗言曰：『监国，名极正。今日监国，明日登极，事如儿戏，何以服人心、谢江北诸将士乎？且群帅劝表未至，即有忠如陶侃者，尚以不豫定策为耻；况其他乎！既监国，则君臣分定。请俟王德及人、诸帅推戴而国服亦满，斯时始议其仪，未晚也』。从之。又二日，疏陈致治大本，语甚剀切；王嘉纳之。是时群小欲以正位邀功，驾言史公阻挠有二心；史公惧，不敢坚主先生议。先生又上三事于阁臣：一、先帝殉社稷，须崇美諡；一、监国选后妃，须俟圣母迎至后；一、臣子遇非常变，不可藉是逾格升迁。众议欲授先生节钺（按毛传：『可法虽是彪佳言，不敢持；遂以民变，谓彪佳素德苏，出彪佳安抚苏州』。今从「旧谱」），先生不可；又欲循格转京卿，先生曰：『予台资十三年，卿寺固非越分。但乘变转阶，义不忍为』！因自请仍旧衔。
适高杰兵扰扬州，士民奔避江南，奸民乘机剽敓；廷议以先生尝按吴、有威望，遂推往宣谕。初八日，命下；次日，行。抵句容，闻吴城昼闭；先生露布郡邑，言「国已有长君，今奉命安抚」。吴人闻先生复临，皆惊喜相告。时天久不雨，先生至，即步祷赤日中，雨大沛；人呼为「军门雨」。抵京口，即设先帝后位，集绅士哭临；并以「江北固守，中原无寇」播告所属，出见难民，多方安辑。次日，大集郡人，遍询地方疾苦，释狱囚之可矜者数十人。至丹阳，宣诏，首举忠孝大义；且榜于途曰：『叛逆不可名，忠义不可矜；有借锄逆以逞私怨、借勤王以聚匪徒者，法必诛，毋赦』！时械乱民至，立斩三人。抵宜兴，士民焚香迎数十里，先生停车慰劳之。入县，枭逆奴数人以徇。所至宣布赦文，甄别有司贤否；于是诸邑倡乱者皆敛迹。
王既称号后，迁先生大理寺丞，擢右佥都御史，转苏松督。疏辞，请终安抚事；遂巡抚江南。及抵苏州，合属迎谒；首以「忘身乃保身、忘家乃保家」二语谕之。苏州诸生以其乡少詹事项煜等从贼，作檄致讨；奸民和之，焚劫煜与大理寺正钱位坤、通政司参议宋学礼、礼部员外郎汤有庆四家，荡洗无遗。先生置首乱者于法。常熟乱民亦以时敏从贼，焚毁其三代四棺之未葬者；先生斩三人、鞭死数人，乱始定。因上言请将从逆诸臣议罪，使士庶无所藉口，则焚掠之徒可加等治；王允其请。嘉定令恃虚名狂恣，遽斥之；松江别驾朱某贪纵，庭褫其冠，禁之狱：人大快。嘉定华生拷奴酷，遂激变；各大姓奴同时起，缚主杖之，踞坐索身券，或杀、或辱。所至数万人，百里内如沸。先生密发标兵，授苏道方略，悉擒之，斩凶首数十人，磔尸；令曰：『故主乞哀者贷死』！于是诸奴亲属皆膝行搏颡主庭，愿纳券，服役如初。
六月二十三日，抵苏松巡抚任。疏言：『国难方张，贼仇未复；皇上为乾坤再造之主，微臣有股肱三辅之任。以地形，则负海枕江；以民力，则三空四尽；以习俗，则士嚣民顽；以吏治，则文恬武嬉：整顿最难，补苴无策。臣于此不敢自有其身家，惟与士民共身家；不敢自有其性命，惟与将吏共性命。夫身家尚不自有，又何有货贿！性命尚不自有，又何有情面！此臣剖心沥血之诚，可矢诸天日者也。惟是赋才既庸，具识复闇；军旅未习，学问未深。共济必藉夫贤才，固圉必资其劲旅；凡请补将吏、调济军需，自当勉图其所急，要非旧贯之可拘。倘不稍宽文法，恐难转布微诚；如掣肘之未除，纵鞠躬而无补。伏乞言无微而不收，事有呼而必应；庶涓埃可效，而驽力可勉也』。疏入，识者以为切中当时情事。
有吴遵者，谋不轨，禁之县狱；每言愿见先生，有所陈而死；为先生所拒，不得见，则以吴昌时往来密札，令其子献之朝。先生命县令索毁之，曰：『吾不为已甚也』。
二十八日，出誓师，以上下名分激励将帅；每一出语，涕泪横流，将士呼声动地。召募兵勇，中上格者为冲锋兵，得百人；次为选锋标兵，得五百人；有绝力而知兵法者拔为亲将，得二十人：一时壁垒为南兵之冠。
诏设厂卫缉事官，先生上言：『洪武初，官民有犯，或收系锦衣卫，当事者因非法凌虐；高皇帝乃于二十年焚其刑具，送囚刑部：是祖制原无诏狱也。后乃以罗织为事，虽朝廷爪牙，实权奸鹰狗；举朝尽知其枉，而法司无敢雪。惨酷等来、周，平反无徐、杜：此诏狱之弊也。洪武十五年，改仪銮司为锦衣卫，专掌直驾等事，未尝令缉事也。永乐间，诏立东厂，始开告密门。无籍凶徒，投为厮役。赤手钜万，飞诬遍及；善良招承，出于私拷：怨愤满乎京畿。欲绝苞苴，而苞苴弥盛；欲清奸宄，而奸宄益多：此缉事之弊也。若夫刑不上大夫，祖宗忠厚立国之本。及逆瑾用事，始去衣受杖；刑章不归司败，扑责多及直臣。本无可杀之罪，乃蒙必死之刑；血溅玉堦、肉飞金陛，班行削色，气短神摇。即恤录随颁，已魂惊骨散矣！朝廷徒受愎谏之名，天下反归忠直之誉：此廷杖之弊也』。疏奏，大学士姜曰广拟俞旨，群奄共挠之；曰广抗疏力争曰：『缉事不除，宗社且不可知，何厂卫之有』！乃命改归五城御史随时体访。
督辅史公可法部将陈可立、刘肇基、张应梦、于永绶驻京口，浙江入卫都司黄之奎亦部水陆兵三、四千戍其地。之奎驭军严；四将兵恣横，刃伤民，浙兵缚而投之江，遂有隙。已而守备李大开统浙兵斫镇兵马，镇兵遂与相击，射杀大开；乱兵大焚掠，死者四百人，民财罄尽。先生疾至，而永绶等已遁去。先生劾治四将罪，有旨命四将赴可法军前听核；不能罪也。先生行视被难家，賙恤备至；民咸悦。四镇欲寄家江南、开藩江北，以地富饶，且可避北骑。先生至京口，调诸路防兵，抚台浙溃卒；每撤舆从，杂诸将中阅地方要害，沿口百里周设营寨，旬日军声大振。四镇惮先生威，以书通问。先生报书，感以大义；自是，无一卒渡江内扰者。
初，兴平兵攫丹阳市钱，浙兵勤王者不平，斗而伤，军民大噪，城闭。先生率所募军驰至，斩兴平兵。兴平伯高杰方据瓜洲，最号跋扈；夙惮先生威。至是，忌之；扬言且移兵丹阳以哃先生。先生却以牒，复约会杰于大观楼；楼在瓜步，杰谓先生必不至。至期，风雨大作，杰笑曰：『祁抚不至有辞矣』！顷之，先生从隔江扬帆破浪，顷刻达岸，挝鼓入。杰闻之，大骇；衷甲出迎。及门，见先生角巾单衣，携胥、隶各一人；又大喜，遽挥卫士去，劳且拜，坐语久之。先生披肝膈，勉以忠义，共奖王室；杰叹曰：『公钜人也！杰阅人多矣；如公，杰甘为死！公一日在吴，杰一日遵公约』。因指江誓曰：『敢越尺寸以溷公者，有如此江』！亟呼置酒；先生以国变辞，遂共饭而别。初，先生将行，或谋伏兵金山、或谋以勇士充胥吏为备；先生并笑谢焉。
尝设笥于辕门，书曰：『直言规本院者，投左笥；悉心议利弊者，投右笥』。日收数十通，摘可采者汇为书。尤喜招礼贤士，于署左设馆；客至，起居、服膳悉以官董之。疏言：『三吴财赋甲天下，纷丝缕结。自先臣周忱创立平米法，归并杂项名目，百姓便之。此后再造「经赋册」、「赋役全书」皆因其法，而酌斟捐益，最为详明。近则舞文去籍，侵侔万端。其弊在税徭增减，官民不相闻、上下不相晓；奸胥恣其侵欺，顽户因而拖欠。况今西北陷没，财赋皆取给东南，供输非旧贯可守。如一起解也，有改北为南者、改本为折者；一存留也，有改设取为额派者、改东府为西府者。且或蠲、或减、或加、或裁，种种多绪。旧兵、新兵额饷，尤须早计。其要在定「经赋册」、编「易知单」，然非专官开局，不能清整。臣请委官设局，取四府赋役、会计等册，为纲为目、为经为纬，一切责成裁定，刊刻成书；再请本地贤臣共相讲求，必图至当。臣非不乐因循、好为多事，诚以琴瑟不调，必解弦而更张；则此地此时，有必不容已者也』。王览疏，遽报可。
十二月，先生引疾归。抚吴半载，军务倥偬；日则延见将吏、夜则批阅公牍，漏下三十刻方就寝，未明即起。每不暇食，食亦不时。当监国时，先生尝荐用吴公甡；后吴抚晋，发巡方张孙振贪墨，坐辟。及寇变，张逃至南都，夤入台班，憾吴并及先生。阮大钺，阉党也；诸生顾杲尝为文斥之走。先生聘杲入礼贤馆，阮亦衔之。刘公念台尝疏参马士英，马以先生为刘同里，交契且久，寓丹阳，因疑先生实与闻；抚吴又无所遗赂，嗾其私人朱统〈金奥〉疏纠先生。而丹徒张捷居里时，恨先生接待之疏；时方为吏部，与孙振并希指诬劾先生阻登极议、贰于潞藩。适先生疏革厂卫，诸奸又怂恿宗室无赖疏斥先生谋蔽耳目。先生皆不与辨，引疾愈力，且疏辞定策功所陞都察院右副都御史；得旨：『回籍调理』——实十二月十五日也。行李萧然，将士号泣攀挽，几不得行。二十一日，至浙，过家门不入；拏小舟，见兄季超于云门山舍。除夕，始还。