三月壬辰，工科给事中郭显忠上言：“河工每当伏秋防守，水之暴涨也，不过旬日。其溃决多由堤顶漫流，其直射扫湾而决者绝少。今石砌范家口等堤，或难卒办，不可拘限，必先就卑薄要害处，尽行加帮。且清、桃而上，河道已成，使秋涨不决，则水流愈急。水流急则刷河愈深，刷河深则海口愈阔，高、宝等处自可无虞。至原设堤浅夫约二千名，趁此划地分工，及至伏秋，令各管河佐贰带领原设浅夫，使自防守，亦可保无事。然沿河疲民，困苦尤甚，其施为之时，只宜召募游民，不可佥派，以滋骚扰。”命下所司。庚戌，免南直隶兴化等州、县积逋各年分钱粮，并织造、运木、借支过银两，尽行蠲免。其盐城、高邮等十四州、县量征二分，三分。其淮安府十四年分起运工部钱粮，仍令抚按官严督起解，不得借口希免。丁巳，工部复请：“苏州水旱为灾，将织造未解段匹暂行停罢，俟后年丰再议。”不允。
四月丁亥，工都奏：“黄、淮二渎，逼近祖陵，关系甚重，是宝应以下盐城、兴化一带海口应浚、应通，合咨漕抚、巡按衙门、管河司道议之。淮、扬水患，西南有淮、泗，西北有黄河；高、宝、江都，有西山诸湖之水以冲动漕堤，湮没民田，已非一日。闻宝应至广洋、射阳与高邮、江都各路，皆有入海，惟支河淤塞而不通，故湖水泛滥而无归。为今之计，又当备查、疏通支河海口，不患其不深矣。”
五月癸巳，命应天抚、按存问原任礼部尚书陆树声。树声年逾八旬，齿德俱尊，故有是命。
六月甲申，命临清钞关应征船料、商税，自万历十五年七月初一日为始，逐年本折兼收。一半折色解银太仓，其一半本色查照现年事例，除七分扣二分外，将应解钱钞，责令经收库役照数买完，每年分为两次解送广惠库交纳。凡浒墅、淮安、扬州等各关，亦照此例。
七月壬寅，礼部题复：“南京礼科给事中朱维藩奏复药局，以救荒疫。”报可。乙巳。复除原任湖广副使李涞以原官整饬苏、松、常、镇兵备。丁巳，苏、松、常、镇所辖诸县，俱飓风骤雨，数月不息，洪水暴涨，漂民庐舍无算，诏各府钱粮蠲免、停折有差。戊申，凤、阳抚、按杨一魁等各题：淮、扬府属高邮等六州县、富安等十五场俱被湖堤积水，淹没田地。议建闸疏水，计估工费共用银五万四千七百七十两。议将两淮运司岁修盐河节年积贮在库银一万四千七百两、淮安府库原修归仁堤节省支存银七百七十两，及抚、按、盐三衙门会批不应起解赃罚、纸赎，及原准工部题留徐州采办花石料价等项银内，截留凑支。户、工二部如议复奏。报可。
八月庚辰，户部复：“南京户部尚书王友贤题，今岁江南米价腾踊，议将各卫武职官员本年八月折布俸粮，比照先年事例，改放本色。候丰熟之年，添折一月，以补前数。”报可。
九月辛卯，两淮巡盐御史沈权条陈盐法四事：“审消长，以便有司。分派年久，户口有生耗，河道有变迁，宜行查审，量为增减，务不失原额总数。仍行仪、淮二盐所，每年照数拨商往卖，以后年久迭为消长，不妨再为审派；一、儆虚搭，以便小灶。灶户全靠纳剩火盐易米度日，乃商人夤缘为奸，虚报搭单，复验影射，不行承买，遂致小灶无所聊生。
要严禁巡司，不许虚搭，并行桥坝委官置验讫，私记于放过船只，逐包印记。仍令淮南自仪字六百三十七单，淮北自淮字三百三十八单为始，其的名、引名之盐，不许分堆别垣。每堆前立一小木牌，填写某单第几名、的名、引名，某人盐若干引。每堆后立一总牌辨验。巡盐御史每年选委廉能官员，查盘一次。以前上堆者亦如前式。临掣之日，下堆委官验放；一、革银匠，以便内商。议自万历十五年秋季余银为始，以原额炭、硝、工食银分退商，听其雇匠自倾，依期自纳，每锭务足五十两五钱。仍选殷实银匠二名，验看足色，解官即收，不许刁难；一、改单盐，以便铺商。议自十六年为始，量减引目，扬州府止派一千八百引，淮安府止派一千二百引。责之桥坝委官，淮南、淮北每单各抽盐三百引，一年共足三千引。注簿明白，令商上堆，运司移文二府，佥报殷实铺户，纳银给票，运回折卖。其每引原价二两六分三厘，铺户增银一钱买之。铺户每斤本银四厘，食户增银五毫买之。不敷仍以捉获私盐凑补，每斤三厘，不与单盐同价，庶商民俱便，而赔累夹带之弊可免矣。”户部议复，从之。己亥，户部复：“礼科给事中侯先春陈苏、松、常等府白粮四事，曰定囤房、给驳船、革杂用、责歇家。”从之。
十月丙子，都察院题：“巡视下江苏、松等处御史黄正色，祖籍嘉兴守御千户所，旧隶苏州卫，相应回避。因言南京御史总计一十三员，差不过四五，然巡江、仓、屯等差于南直隶备府官民俱有干涉。今后考选，比照浙江、苏、松人不选户部事例，凡南直人不选南道，以便差用。”上是之。甲申，以水灾诏免苏、松药材银及量免牲口料银，以苏民困。
十一月戊子，工部复：“总督漕运杨一魁题挑浚帮筑事宜：一、草湾口应量挑东岸长二百六十丈，西岸长四百丈，工料银共六千一百四十四两六钱零；一、崔镇、徐昇、黄家觜三坝止拆石从下另砌，量浚引水支河；一、祖陵东南护堤外，用荒石砌子堤一道，高四尺，根阔三尺，长与大堤等，工料银三百一十七两零；一、挑浚淮安府临城涧四千二百丈，计工料银四千四百四十八两四钱；一、帮筑范家口堤坝，除原估银四千余两外，续用过工料等银六千余两；一、包砌清河口惠济祠前里河堤，长五十七丈，砌石高一十二层。本祠后外河堤，长五十六丈五尺，砌石高一十三层，工料等银共二千五百九十九两六钱四分；一、天妃坝加筑平满排钉桩木，内外用石包砌坚固，以防冲洗，各项工料共该银一万九千五百九两零，俱于原题浚草湾未用银两动支。其拆改崔镇等坝，并筑砌天妃坝，计费不多，俱于河道岁修银内酌量支用。”得旨：“崔镇坝应否改拆，候差科臣到彼再议定夺，余依议行。”戊戌，户部复：“应天巡抚佘立、苏、松巡按荆州土题所属积过谷数，议将知县等官分别奖罚。”上是之，仍命升迁离任官应将任内积谷，截日稽察，不在三年总参之限，一概开豁。壬子，诏应天等府所属被灾州、县，漕、屯、钱、粮征免、改折有差。
十二月丙辰，升大理寺左少卿张槚为应天府府尹。庚申，直隶应天等府，自五月以来，霪雨连绵，江湖泛滥，平地水深丈余，田庐没为巨浸。七月终旬，飓风大作，涨侵滋甚，环数百里之地，一望成湖。诏被灾地方钱粮停免有差。乙亥，调漕运总督杨一魁南京别衙门，以御史祝大舟劾其怠缓迂漫也。己卯，以灾伤，诏蠲免徐州拖欠牲口银，及量免扬州拖欠药味银五分。
十六年正月丁亥，南京陕西道御史陈奇谋上留都营政切要四事。
二月壬戌，漕抚杨一魁奏辩御史祝大舟论劾。乞敕河臣查勘徐、邳遥堤是否如旧，缕堤高堰先经冲损者，即今曾否修葺，钱粮有无干没，成功是否毁坏一切，不敢规避。疏下该部。
三月辛卯，南京所属州、县上仓米豆准改折、停征，仍分别灾伤轻重为停、折之多寡。从直隶巡按御史王藩臣请也。又淮、扬巡按御史刘怀恕奏：“淮安灾甚，请各仓本折米麦、草料等岁运，在十二年以前积逋未输者，免；十三年、十四年者，暂停追呼，十五年运解如额。其米豆积多者，亦以灾伤轻重，分别改折之数。”报可。甲午，改山西副使许应逵为湖广副使，专管苏、松水利。特给敕书、关防。