八月甲戌，提督学政、巡按直隶御史房寰题：为有司玩令滋奸，法应参治；并自劾奉职无状，乞赐罢斥，以肃风纪，以重文衡。参常熟等县童生李时发等，被棍徒严范、蔡琼台等捏造关节，局骗枉法阅卷，察出长洲知县邓鹤失于缉访，所当罚治，并自乞罢斥。上命严提究革，仍行各处提学官尽法厘奸，毋得疏纵。乙酉，都察院题复：“长洲县知县邓鹤于学院考试，不能缉访发奸，合行罚治。”上命罚俸二月。
九月壬辰，户部复：“应天抚、按题，苏州府嘉定县，僻居海徼，原不产米。往年兑运，转于他方易买，苦于办纳。议将该县万历十四年分应征漕粮，照例尽行改折。且该县节年改折银两，并无逋负，要自万历十四年为始，再折三年，以后再议。题请相应依拟。”从之。
十月己巳，吏部题：推举浙江左布政使余立为总理粮储、提督军务兼巡抚应天等府地方。甲申，户部复：“南直隶巡按御史李栋题称，查勘过扬、淮等府各照被灾分数，于本年夏秋存留粮内蠲免有差。其高邮等六卫所，各照被灾轻重，例于本年屯粮内折征，抵放官军月粮，如有不敷，听抚、按通融处补。一议、兴化、山阳等处拖欠漕粮银八年、九年者，姑从宽免；一议、将被灾各州、县未完风阳等仓本折银、米、草、麦，俱尽数蠲免，合咨南京户部查议；一议、高邮、通州民壮银两，原系杂派，相应蠲免；一议、兴化县横罹水患，较之各州县不同，所议将临、德二仓原备听补灾伤粮内，量拨一半，候丰年追补。其起运京边供应正额，俱不准免。”上俱从之。
十一片己亥，兵部复：“直隶巡按李栋题称，淮、扬等处水旱迭见于一时，闾阎哀号啼泣之状不忍见闻。合将兴化等一十三州县，万历十三年以前马价，草料银两，已征在官者起解，花户拖欠者，尽行蠲免。至淮、扬、凤所属盐城等十四州县，万历十四年马价已经派征，难以再减。其万历十五年马价，每匹量减三两以苏民困。”从之。兵部复：“南京兵部尚书傅希挚等题称，留都根本重地，城外地广人稀，以马军二百名常川游巡，人马日无休息。乞于库贮草场银内动支五千二百五十两，赴江北产马地方，拣买三百五十匹，发各营骑巡。其分班禁约事宜，悉如所议施行。”上报可。戊午，户部复：“两淮巡盐御史陈遇文题称，两淮各场，霪雨为灾，要将运司库贮备赈，赃罚等银共一万七千七百四十一两有零，于内动支，将被灾灶丁及淹死男妇，各分别赈恤。其淹消廪盐，责令各灶完补，听商关支。相应依拟。”从之。
十二月甲戌，操江都御史滕伯轮奏江防三事：“一、议口粮。欲将附选锋一千名，照前选锋例每月各给银二钱；一、议赎锾。谓操江兵马钱粮自裁省之后，窘束太甚，要将南京屯田、巡仓御史每年各应解银八百两，除量免外，乞解贮镇江、安庆二府，以补裁革备饷之需；一、议改恤。欲将新江口额设官军，每月行粮四斗，折银二钱关领，无非怜恤贫军之意。”部复：“唯口粮依拟，赎锾另行议处，改恤行南京户部酌议。”从之。
十五年正月戊戌，刑科给事中李国士上言：“先年，河决桃源崔镇口与高家堰、黄铺浅诸处，徐、邳间俱成巨浸。赖旧总河臣潘季驯创建遥堤，修闸坝，筑堰口，导泛滥，东归云梯关入海，五六年来无水患。顷秋水横流，河决万家口，凡百余丈，诸臣用力茸塞，稍得缓流，可用决排之力。若春涨，波涛汹涌，新塞之口必决，值粮运未过之日，深为可忧。非严饬该衙门官员，乘时修治不可。”上曰：“河渠岁修，先年漕臣题有旧例，着该衙门严督所属用心，毋得怠弛。”
二月乙丑，户部复：“应天巡抚王元敬题称，酌加派、勘坍荒二事。议役马、役水夫、工食盐钞等银，嘉靖四年，会派苏州府八万七千三百有奇，松江府四万八千五百有奇，常州府三万一千九百有奇。至四十五年以后，苏州府增银十五万五千有奇，松江府增银八万五百有奇，常州府增银六万三千一百有奇。镇江府历年加派，虽不入会计内，其额亦非嘉靖四年之旧。巡按邓链题称，苏州府嘉靖十五年以前，各项杂派不过三万五千五百两，至四十年，通计原额外新增比旧加二十三万八千六百两，松江府比旧加一十一万四千六十两，常州府比旧加八万一千五百两；镇江府比旧加四万四千一百两。及称四府加减民壮、弓兵留充兵饷银一万三千一百四两。苏、松二府，急缺大红段价及借抵织造布银。乞行户、工二部查议，挪借者准作正支，无处者量留赃罚。然四府原派银一万三千一百四两，仍应每年派征，以充军饷。四府协济银，不须动支。营兵，不必议减。其赃罚银两，系供边正额，照旧解部济边。以后织造不敷，于工部项下钱粮议留。庶钱粮各有职司，不致挪借，免加派之扰。苏州一府荒粮三万四千七百余石，近议于平米上通融加派，士民未服。所报坍荒，多有以熟作荒，减重作轻之弊。合将前项坍荒田亩，即委各州、县正官，先令地户开报坐落地方、亩数及四邻立标，清出四至，掌印官同四邻逐自查勘。如果坍荒，即与除豁。新涨成熟，尽数起科。如再相抵不足，方于平米均派，务使民情允服。不得以现在成熟之田概作坍荒。”依议行之。
乙亥，户部复：“漕运都御史杨一魁等题称，淮、扬地方旱涝相仍，米价腾贵。乞将淮、大二卫现运苏州府未经过淮兑运漕粮内，量留四万石，分派缺米地方平粜。每米一石，运耗轻赍折银七钱，共该二万八千两，借动赃罚等银，折价解部，以补漕额。”上可其奏。总督漕运巡抚杨一魁奏：“淮安自新河水清闸，越城历高堰，达清口，溯清江，出草湾，由赤晏庙以至安东，复由高岭、马家湖、蒯家洼、张家洼、柳浦湾、范家口、海神庙，礼字坝、遗惠庄、临淮庄以至西桥，往回四百余里。河势有曲折，地形有高下，堤防有缓急。数年以来，堤溃于冲激，地易于陵谷，昏垫之后，下民其鱼。待决一口，方修一口，不惟钱粮糜费无纪，而运道所关，皇陵所护，民生所系，匪细务也。今议清河上，黄河独行，堤制无虞；清河下，黄、淮合流，水涨堤微。
计今查前项工程，虽用至七万余两，而淮、扬百万生灵可免胥溺之患。其召募人夫，择日兴工，估该实用工费银七万一千六百九两零，将淮安府库贮修砌归仁堤支剩银料八千两，工部事例银二万二千两，尽数动支。而施为之功，一曰修高家堰，以保上流；二曰砌范家口，以防旁决；一曰疏浚草湾，以杀河势；一曰修礼字坝，以保新城；一曰买办物料，以杜冒破；一曰分定委官，以便责成。”有旨：“堤堰修防事宜，依议举行。先年开浚草湾，不久淤塞，虚费钱粮，应否再加疏浚，还着漕运等官详议定当具奏。其余河道工程，俱要查照成规，用心保守，毋得疏虞。”己卯，户部上言：“陕西道御史徐元题称，苏、松、常等府钱粮颇重，历年负逋难完，将万厉十三年以前旧欠钱粮，已征在官者，截数起解；拖欠在民者，尽数蠲免。不知苏、松等俱系京、边及本地方正供，非奉恩诏及遇重大灾伤，不得议免。今查十二、十三两年，苏、松等府，原未报灾。无故将十二、十三两年带征钱粮，不分缓急，不论有灾、无灾，一概混免，是使畏法小民，岁岁竭输公之谊；而法令不加之巨猾，年年得遂迁延观望之私，将来逋负日甚矣。合将十三年以前起存带征钱粮，照旧督催，依期完报。其现征钱粮具要当年尽数完解，不得仍前拖欠，希望带征。”上曰：“各处正供钱粮，若有奸顽豪猾侵欺拖欠，希图蠲免者，抚按官还督率所属有司查核究比，毋使奸徒漏网，小民受累。”癸未，以苏、松孝子王敬臣为博士。敬臣割股庐墓，孝行有闻，故有是命。乙酉，以顺天府尹王用汲为南京右副都御史兼提督操江。戊子，免淮、扬等处灾伤地方旧逋粮四万二千四百九十四石，银一万九千五百一十二两一分。