二月甲寅，南京工部题，修理孝陵殿庑门楼等工完。辛酉，从户部科给事中萧彦请，免扬州府并徐州万历二年起至六年止未完钱粮。乙丑，升顾章志为应天府府尹。
三月己卯，应天巡抚郭思极言：“应天、苏、松等府织造借用银两，既已作正支销，宜严行照数补还，以后解部。济边银两，不得挪借，”是之。
五月戊子，从应天巡按郭思极请，复勘太仓等十五州、县田粮。
六月己酉，漕运总督李世达言，河工告成，敷陈善后事宜。下工都。癸丑，升仓场总督、户部左侍郎王廷瞻为右都御史兼户部右侍郎，总督漕运。丙辰，漕运都御史李世达条陈漕务四款。上可其奏。
八月丁巳，吏科给事中陈大科言：“江南漕艘，历高宝抵淮。宝应泛光一湖，浩荡无际。槐角楼一带据湖之中，其形如兜，两翼向为运道梗。所司议开越河，而一主圈田，以防夹攻；一主靠堤，以省修筑。昔白侍郎昂康济一河圈田之制也。比吴尚书桂芳靠堤开越河，十余年来，未闻冲圮。臣以为靠堤便。”总督漕运李世达亦然其议。部复，报可。
九月丙子，南京右佥都御史赵焕奏：“高宝湖堤大坏，乞敕宪臣督理，”章下都察院。戊寅，漕运总督李世达题：“黄流日进，乞修砌郡城石堤，以图永赖。”章下工部。
十一月丙戌，礼部仪制司主事陈应芳奏：“顷见漕臣开越河一疏，其称论方取土，以丈计之，约用工银九万六千有奇，而木石之费十二万，其派夫必得五万人而后可。窃意夫以五万，每名日工食二分，则当一日千金矣。是所谓九万六千者，止可供五万人三月之费。借曰更番迭用，亦止足供六月之食。大约计之，则九万六千者，可足一年夫役之募乎？其不足者，抚按自有处乎？抑令民自为赔也。臣往见河工之举，抚按下之司道，司道下之州县，州县下之里甲，里甲不足，于是以家赀之上下，为出夫之等第，籍名在官而趋之役。牌票追呼之扰，遍于闾阎；呼号怨谤之声，盈于道路。其状有不可胜言者，此籍名之苦一也。及其不可脱而为之办夫，一夫远者，月有一两二钱之值；近者，月有九钱之值。有称是而计月以安家之值。以一家为率，办夫五名，则月几十金之费矣！
往往倾赀以偿其费。不只鬻产，又卖子女，数月之间，闾阎一空。此雇夫之苦二也。及其以应雇之夫，而往即工所也，多方影射，百计索求，一不遂，则鞭挞之。夫往往多逃去，则以逃夫呈而移檄州、县逮之。原籍名之人，则又雇夫以补其额，而就逮之费，亦复如前，是重困也。至于官银，即使尽所议者给之，犹不足以偿十分之一，而况所给者，受值之人，非出值家也。以故不才佐贰通同省察，恣意侵克。以故官徒有募夫之名，而害归于籍名者之家，利入于管工者之手。此赴役之苦三也。请以三策筹之，与其使当事诸臣，阳为节省之虚名，而闾阎小民，阴受包赔之实害，则孰若照粮起科，明为加派。而以九年、十年拖欠存留钱粮，酌为蠲免其旧，而加派其新，人情未有不乐从者。至于东南孔道，各省协济之银，揆之事理，必不可无。昨抚臣议五万，臣犹以为少，奈何不允，而使独累淮、扬赤子也？夫钱粮足，则官操其值以募人，如各驿递等夫，则非以厉民，而且养民，此理之正，策之上也。瓜、仪巨商大贾，往往有建寺修桥者，向者倭夷之变，扬州外城，俱系盐商倡筑，不期月而集。或悬旌表之令，开事例之门，或授以冠带，或给以旌匾，必有应之者。而往来商船，除钞关外，量于湖口抽其税课以佐急，此事之权，策之次也。如其不责名实，而曰加派不可，协济不可，事例、抽税又不可，而忍听民自为赔焉，此则可谓无策矣！”工科右给事中冯露亦言：“总漕侍郎王廷瞻三议，欲将旧堤备用之石，加之新工。以石砌潭，原议者八，今减而六。反复陈旧之堤石不可移，八潭之砌不可已。”工部复：“给事、主事言，皆是。”报可。
十二月丙午，工部复：“应天巡抚王元敬议留苏州府织造银两，除十年、十一年、十二年共十一万五千七百二十四两零准留外，以后大工不得再留。”报可。
十三年正月壬辰，蠲海门县坍江粮一百九十一石。从凤阳抚臣王廷瞻之请也。
二月甲辰，议裁海门县，归并州治下。其事凤阳抚按复奏。丁未，淮安、扬州及应天上元、江宁、江浦、六合俱地震，江涛沸腾。戊申，两淮巡盐御史蔡时鼎条上盐政：一、酌议派支，以免消折；一、补足旧额，以省赔累；一、免解水乡，以宽商灶；一、禁革挨卖，以速贸易；一、禁绝起利，以厘蠹弊；一、增置总票，以核伪引；一、议抽私贩，以偿派引；一、听收折价，以便征纳。部复，得旨：“本色引盐折价，于成法将无有碍，其下御史议之。私贩仍前严禁，不必议抽，以滋奸弊。余并如议。”壬子，太仆寺卿袁三接为应天府尹。丙辰，升江西道御史曹一鹏为镇江府知府。
四月壬戌，升南京太仆寺卿萧崇业为右佥都御史，提督操江。
五月丙子，复杨舍守备，以原任崇明把总管懋光充之。杨舍外御倭寇，内防盐盗，故应天抚按为之请。丁亥，凤阳巡抚兼河道、右侍郎王廷瞻奏：“淮、扬等府并徐州，频年灾殄，河役烦兴。请自今年始，备用马价俱照万历九年事例派征。系本色改折色者，每匹征银二十四两，原系折色者，每匹征银一十八两，永为定例。”兵部言：“军国所急惟马。今本色改而为折色，三十两者改而为二十四两，二十四两者改而为十八两。暂改以三年为期者，改而为永例，于民得矣，于国事何？臣等职掌所在，谊当执奏。”上是部臣言，准暂改派一年后如故。
六月壬子，宝应越河工成。先是宝应有泛光湖，素称重险。国初，平江伯埴筑石堤于湖之东，蓄水以为运道。上有所受，而下无所宣，因决为八浅，汇为八潭，则兴、盐锗场皆没，而淮水又间从周家桥漫入，汹涌排空。万历十年，一日而毙者千人。十二年，粮艘溺者数十。总漕李世达、按臣马永登、盐臣蔡时鼎议于石堤之东开越河，以避其险。乃命工科给事中冯露往视之，河身长一千七百七十六丈，凡为石闸二，减水闸三，为堤九千二百四十丈，石堤三千三十六丈，子堤五千三百九十丈，费公帑二十余万，民不知役。总河王廷瞻以闻，赐名弘济。
闰九月戊戌朔，淮安府所属灾，诏留漕折银一十五万两赈之。漕折，例不准留，以淮安重地也。
十月甲申，南京操江、右佥都御史萧崇业以母老，应天府尹袁三接以年老并乞休，许之。
十一月戊戌，以原任都察院右副都御史孙丕扬为应天府府尹。
十二月辛巳，先是，湖广道御史王学曾言：“南京龙江关与芜湖密近，抽税烦重，当议裁并。”南京工部右侍郎张孟男言：“二关设于洪武六年，每岁计七万七千余两，皆供国需正额，与新设者不同，仍旧便。”上从部臣言。丁亥，总督漕运、户部尚书改南京刑部尚书王廷瞻，疏辞新命。优诏答之，不允所辞。壬辰，命湖广总兵、怀宁侯孙世忠提督漕运，镇守淮安。
十四年正月丁酉，夺苏、松巡按邓辣俸二月。以查看通判王应龙违限也。吏科亦有疏参，报闻。
四月乙丑，应天抚、按各题称：苏州府万历十三、十四两年，共该织段四千三百二十匹、套、副，应用料价等银共八万八百四十八两有奇，内除原留存银并本府放存盐钞等银共二万一千七十四两七钱有奇，其余无从措处。乞要留用本部工料事例银共五万三千四百一十二两三钱，并浒墅关税银六千三百六十一两，凑数支给。”部复谓：“关税系边需，难以准从，工料等银合依拟。”从之。庚午，升南京太仆卿石应岳为应天府府尹。
七月癸卯，户部复：“总督南京粮储、南京户部右侍郎杨一魁条议，量改折以疏积陈，酌课程以宽凋疲，修仓廒以杜虚费，责监收以慎出纳，减罪赎以恤粮解。”俱从之，丙辰，户部复：“应天巡抚王元敬本，今岁寿官方兴，工部钱粮用费颇巨，而东南小民，连年灾困，加派又难。合行浒墅钞关，将万历十四年分现收船税银两动支六千三百六十一两，姑准凑给造以后年分织造工价，倘有不敷，合从工部措处，不许援此为例。”从之。戊午，户部题：“海门县治濒海，累年遗下坍江粮差，不胜赔累。今据勘议，将该县改兑米等银共一百五十九两有奇，派入通州代纳。城内民舍基地，及应办粮差，俱改属。县城外沿河民居，亦令归辖。其地粮仍属通州，且县治照旧，则外而倭寇，内而盐盗，亦或赖以弹压，相应依拟。”上是之。