四月癸丑，南京河南道御史方万山条陈四事：一、清丈田地，增税殃民。南京后湖图册，按形编号，因地起赋。今并其字号、亩步，尽更易之，图籍几废；一、临清钞关旧额二三万，今加至八万。货入运河，临清抽六分，至河西务者抽补四分，至京者崇文门亦然。今崇文门仍取十分，虽有临清之票，勿问。宜如旧例；一、淮安牙行、脚夫等税，与穷民较纤毫之科，琐屑已甚，宜速蠲裁；一、省直私设税课，无处无之，宜严行查革。”下其章于户部。部复谓：“后湖册式照成、弘间旧稿，各府县未行清丈之先，字号亦未必相同。宜照各处实征为准，其有短缩弓步，虚增地亩者，查摘改正为便。淮安税行漕运衙门酌处。余如议。”
五月辛丑，南京兵部尚书王遴条议营务：“一、分布行伍。言今南京大、小教场，见操新旧官军二万三千有余。合比照北京各边之制，每三千一百二十人立为一支，以一千四十人为中哨，以一千四十人为左哨，以一千四十人为右哨，总计官军二万三千，共得兵七支。若有余剩，置之旗鼓下作为备兵，专听各营缺军取补；一、添设坐营。言南京设有都督官三员。焦泽分管大教场，合给兵三支，李超分管小教场，合给兵三支，侯继高分管神机营兼管巡捕事务，巡捕另有官军二千四百员名，提凋烦劳，不必议给。其大小教场各分兵三支，两都督自领一支，两坐营官分领一支，尚余一支各再设坐营官一员，责令分领；一、处给器械。言旧军一万九千五百余名，弓箭刀枪牌筅之类，颇足应用。惟神枪等火器，不敢私造，容臣等再行选委的当官员，动支本部收贮草场租银并缺官、柴薪、船料等银，鞭铳再造一千把，鸟铳再造兰千把，务要坚致如法，分发各营演放。新选补军人几四千余名，合用披执、宣帽、号衣、弓箭、枪刀，牌筅，每名给粮银五钱置办；一、议禁革差拨。言南都根本重地，近年以来，营伍废弛，做工抬扛，无日无之。
自后南京工部搬运物料，应自雇觅。南京内府搬运钱粮，亦应着落内守备官经拨该监军匠、民匠应用。如有重大事务，必须用军搬运，亦要预题奉旨，臣等方敢遵照差拨；一、议设备兵。言北京三大营之外，各设备兵一营，专验发新军，暂收操练，以备各营队伍中有缺取补。今南京大、小教场、神机营亦是三大营。查得各营原有管鼓官，合就改名备兵把总，专司旗鼓，兼管备兵、班军操练。”兵部复：“大、小教场既各设三营，每营当设坐营一员。若都督自领一支，则此一支为都督亲兵，外二支为都督部兵，似属不便。合将两教场各分兵三支，坐营三员，每员分领一支，都督总领调度，庶节制不紊。余俱如议。”报可。
六月乙亥，总督漕运傅希挚言：“淮、扬、徐州榷税，原议留三年，以备河工。今十一年限满，若改解部，不免又费区处，乞准永留。”户部复：“河漕固所当急，边饷尤不容缓，合无再留三年，满日照例解部。”报可。
七月己丑，调太仆寺少卿杜友兰为应天府府丞。辛卯，以苏、松二府灾，免十年分应征禄米、盐、布等项钱粮四万四千五百有奇，停征九万二千六十两有奇。甲辰，改南京工部尚书毕锵为南京吏部尚书，改南京户部尚书刘尧诲为南京兵部尚书、参赞军务。苏、松巡抚郭思极、巡按邢侗题：“万历十一年各项钱粮，恩诏俱免十分之三。苏、松、常三府白粮，系罗供额数，势不可免。计数应免二万六百余石，乞将起运漕粮，照数免征，抵充应免白粮之数。”户部复如议。丁未，升刑部左侍郎刘一儒为南京工部尚书。兵部言：“南京官军原额一十二万，今见在三万四千二百有奇。南京内外守备每年奏报本内，惟开原额实在之数，未详营军消耗之由。合无行南京兵部调取后湖军籍老册，逐一查明，并一应勾补填实事宜，作速议处详妥，具奏。”上谕：“南京根本重地，营军既消耗数多，如何通不处补。着南京兵部备查明白具奏，仍将题准清勾替补事宜着实举行。”
八月辛未，巡视南京营务给事中阮子孝等条陈京营切要四事：“一、议处神机营火器。言该营军丁三千六百余名，止关领神枪五百把。宜增造鸟铳、鞭铳，随宜操演；一、议处新江营官军。言长江盗贼易发，宜选骁勇卫官领之，勿以软脆官军备数；一、议修浦口营城垣。言该城被水冲坏，宜令该部修砌；一、议补舍人哨军。言舍人哨丁多逃，故宜令各官舍余，挑选精壮，发营操练。”兵部复如议。甲戌，升南京都察院右都御史刘思问为南京户部尚书。
九月癸卯，复设淮安府管河同知一员。
十月己酉，漕河高堰工完。戊午，工部复：“总督漕运户部右侍郎傅希挚奏，清江浦至西桥一带堤岸，当黄淮扫湾之冲。近年黄流日刷，堤岸单薄，万一啮决，则运道、生民俱受其害。合将旧堤亟为修砌，限万历十二年秋黄水未发之先报完。完工日将工费核实奏缴。”从之。己未，升吏部左侍郎张士佩为南京户部尚书。甲子，设徐州永成库大使一员。己巳，兵部复：“南京兵部尚书王遴条陈计安留都十二事。内八事系干兵戎。一议、量增月粮，以恤精壮。言舍人舍余、旗军余丁，选系精壮者，月粮宜与正军相同；一议、遵例收操，以安运军。言运军因改折在卫者，宜准发操食粮；一议、量均船差，以救偏累。言马船、快船，宜停分拨差；一议、改派马匹，以蠲民累。言营操马匹，乞令太仆寺尽于解京备用马匹内改派，不必贻累大户承买；一议、设添标兵，以重事权。
言南京三大营都督，俱有标兵，参赞大臣宜增置标兵，以听调遣；一议、酌处骁悍，以正人心。言自振武营之变以来，尚仍骄悍之习，自后鼓众群噪，即将为首者斩以徇；一议、量添举劾，以警旷官。言巡逻、把总，宜照三大营例，年终举劾。除增月粮、安运军二事，宜行南京户、兵二部计议。添置标兵，不必另立本部名色，止于三大营各添设标兵一百名操演调用。余俱依拟。”报可。刑部复：“南京兵部尚书王遴奏内，一议、申明职掌，以端政体。言南京内外守备衙门，止为守御而设，不宜滥受词讼，侵法司之权。各城兵马，主稽察巡警，非令干预刑名者也。缉获人犯，不宜问招拟罪。委当遵照敕书，各明职掌。”得旨：“守备、参赞衙门着遵前旨，各照职掌行事。一应琐细词讼，不必干预。兵马司亦不许受词拟罪。有违犯者，科道参奏处治。”
十一月己卯朔，升总督仓场、右都御史兼户部左侍郎魏学曾为南京户部尚书。辛丑，以灾分别苏、松二府十一年分起运工部钱粮应征、应停，应免有差。壬寅，升广东左布玫使王元敬为应天府府尹。癸卯，以灾命扬州八、九、十年分工部钱粮应免、应停有差，并准改派段运之期。
十二月癸丑，南京兵部尚书刘尧诲等题：“南京各营，国初额设官军一十二万六千五百一十名，见在祖军一万九千八百四十六名，事故一十万六千六百六十四名。节年召募军丁一万八千四百八十二名，今见在并续补共一万六千九百三十六名，事故一千五百四十六名。即今题奉钦依准照祖军事例收补，一时投充预补者四千一百三名，已经发各营操备外，其祖军节年逃故者，自宣德四年以后，在册清勾者，尚有六万一千三百三十六名。乞通行各省、直清军御史，将本部造到文册，严督司道、清军等官，厢名按查，勒限起解。每年终，有司解过军人数目，仍听清军御史照例分别举劾、奖戒。”兵部复如议。上曰：“近来勾补军士，有司官不行挨查起解。营操卫官，不行存恤。以致隐漏逃亡，卒伍虚耗。以后着该巡按御史，设法清查，有仍前慢令行私需索等弊，尽法处治。”乙丑，应天巡抚郭思极以人言疏辩乞罢，上命回籍听用。己巳，应天巡抚郭思极言：“沿江芦课新增数多，乞要除豁。”工部复：“芦洲日当巨流，有淤滩新出者，亦有冲坍汩没者，以此抵彼，势难顿增。宜豁免九年分新增课银，仍令以后五年一丈量，实在洲场，方行追征。”从之。辛未，南京兵部尚书刘尧诲以人言乞罢。准令致仕。新建丹徒大犊山、丹阳黄泥坝二闸。甲戌，升应天厨尹王元敬为右副都御史，巡抚应天。乙亥，命淮、扬等府，徐州等照旧属南直隶提学御史。
十二年正月庚辰，蠲淮、扬等处万历二年至八年拖欠牲口银两。从御史孙继有请也。乙酉，起原任应天府尹王世贞为应天府尹。辛丑，以巡抚郭思极言苏州等十府、上元等八县灾，诏免四司料价，及黄白麻、鱼课等十之三。