三月己未，升南京光禄寺卿郑钦为应天府府尹。是月丁卯以病免。辛巳，先是，河漕总督凌云翼言：“清江浦河堤夹邻黄河。迩来，水势南趋，淤沙日被冲刷，恐黄河决啮，运道可虑。欲于城南窑湾，自马家嘴历龙汪，至杨家涧出武家墩，另开新河，以通运道。在司道张誉等初议，则从武家墩合通济闸出口。于是，兵科给事中尹瑾议：“清浦之河，其来已久。河堤之外，一望平田，并无冈阜遮隔。虽杨家涧新开河渠，相距亦不过十余里。必清浦之堤无虞，而后淮安无虞；一河两岸无虞，而后杨家涧之新河无虞。设清浦已决，其害不止清浦而已。且运船经由淮城，则夹带违禁，易以稽查。若径由窑湾入马家嘴，则中有一河之隔，又有大湖之遥，脱有顽军梗悍，作奸犯科，失误粮运，咎将谁归？至武家墩出口，尤为可虞。盖本墩地势高亢，天将设之以屏障淮河者。墩内地高，难为挑挖；墩外湖阔，难以湾泊。冬春之交，运粮紧急，则苦浅涸；伏秋之后，淮水泛滥，又苦奔冲。且武家墩与高家堰共为一堤，相去甚近，开武家墩，是即开高家堰，则又害全河矣！无已则通济闸合流之议为可从耳。”已而，云翼请遣官往勘。给事中李廷仪，吴琯言：“今日治河之事，宜开新河以避流；守旧堤以固清浦。武家墩不可开，新坝不可筑，事势昭然。遣官复勘，徒滋道旁议耳。”部复：“给事中言皆是，上令云翼计永利以闻。”丙戌，兵部复：“应天巡抚孙光佑、蔡梦说题：苏、松、常、镇所属各将领部下汰各色把总等官三十九员、家丁百长等役七十八名，减银一千五百四两有奇；苏、松等卫、吴淞等所减公费银一千六百八十九两有奇。”从之。
四月丙申，升浙江左布政使游季勋为应天府府尹。戊戌，下巡漕御史提问苏州等卫管屯掌印指挥李天佑等，坐怠惰欺罔，催征不完，为巡抚所劾也。乙卯，升南京尚宝司卿李已为应天府府尹。
七月辛酉，应天巡抚孙光佑题：“清丈过江南十一府州，县田地、山塘四十五万一千五百八十顷五十余亩，补足失额者一万二千一十余顷，多余均摊者九千五百四十余顷。在各卫田地九千八百九十九顷九十余亩，补足失额者三百二十余顷，多余均摊者一千八百六十余顷。举节年加损、那移、紊乱旧科者，一归原额，使征派均平，小民无累。及将府丞等官曹大野等纪录，知府阎邦宁等分别罚治。”户部复如其议。上令纪录光佑等。丙寅，升吏部左侍郎杨巍为南京户部尚书。漕运总督凌云翼题：“清查过淮、扬、徐等五府、州未完万历七年以前各驿协济水夫站银，及南京兵部柴薪直堂银，中都留守司十七卫所未完春秋两班工价名粮等银，共五万六千九百五十七两，一体蠲免。”部复允之。丙子，大理寺少卿郭思极为右佥都御史，巡抚应天。
八月庚寅，凤阳抚按凌云翼、姚士观题：“江北境内淮、扬、徐二府一州，清丈出隐田一万二千二百四十余顷，除抵补外，尚有沙压、水滩并水深难量地四万九千四百八十余顷。凤阳、淮安等卫所，清丈出屯地七百一十三顷二十余亩，除抵补外，尚有水滩、沙压地二百六十八顷八十余亩。扬州等卫清丈出地五百七十六顷七十三亩，除抵补外，剩五百五十九顷九十余亩。遵例通融摊派。年来叠遭灾伤，有派无征，所欠民、屯粮，除系漕粮者全征外，其凤阳等府仓粮十万五千一百三十余石，将本地商税权抵，暂拟停征。各卫所抛荒滩压地欠粮二万七千四百一十余石，拨给卫所现在食粮军士，抵粮一月，听从佃种，渐次开垦，以宽民力。及将参政舒大猷等叙录，通判郭绍等分别罚治。”部复，上俱从之。
九月戊寅，先是歙人杨文学流落。素以烧丹诳人。至松江府，遇私自净身男郑喜，相结为欢。文学假称宁府散诞王子；喜从之，称石城王府内使。僭用官服，私造批牌，逼死平民。事发，浙江抚按问拟文学诈称官律。奏闻。上以其罪情深重，令法司改拟。于是刑部引诈传诏旨律及私自净身律以请。文学枭示，喜坐斩。
十月丙申，以水灾蠲赈苏、松等府有差。总计冲毁庐舍十万区，漂流田禾十万顷，淹死人口至二万。财赋奥区，遭此昏垫，故有此赈。
十一月戊午，维扬古称沃壤，而地形洼下，大海环其东，诸湖绕其西。所赖堤厚，支河通斯，田地可耕，民、灶俱利。自范堤坍坏，高宝堤亦冲决不守，其中大小支河，所在淤塞。于是以高、宝、兴、泰四州、县为壑，而泄水无路，民、灶罹于昏垫矣。河道尚书凌云翼言：“臣等躬亲勘视，度地形，探水势，其治之道者有二，惟疏上流使入江，泄下流使入海。沿漕堤一带之水为上流，沿范堤一带之水为下流。如西引邵伯湖之水，转南之新安湖，复东入运河，至芒稻河入江。有余则听其直泻，不足则引以济漕，则上流疏矣，如牛湾河、姜家堰、庙湾为三大海口，引各支河东会于串场河，北会于射阳湖，俱入海，则下流泄矣。而兴化之堂子镇、戴家窑、海沟口、白驹、三十团灶，则牛湾河之支河也；黄土沟、皂角树至冈门、登瀛桥河，则姜堰之支河也；安丰镇至清沟、灌舖，则庙湾之支河也。其河垛场至白驹场一带。阻浅尤甚。又河东一带，旧系粮盐大河，洪水冲决，河身与岸相平，故水不行轨道。而淤溪、秦潼、艾陵、葑子诸河之水，北淹民田亿千万顷，处处俱当挑浚，俱费经营。惟是工有后先，势有缓急，今将范堤数十里先行修筑，使外潮不得入串场；支河六七道尽行疏浚，使内水有所出。果蓄泄利便，积水可消，则海口不开亦可。如支河既通之后，水患如故，即并开海口，置闸以备蓄泄。其修筑范堤，该银四万二千四百余两，浚支河六道，该银二万一千四百四十余两，俱于盐价、门租、浚河存剩银等银支用。”部复：“河臣策是。定限今年十二月初兴工，明年十月报完，务须费省工坚。”诏从所请。
壬戌，改南京兵部尚书杨成为南京礼部尚书。乙丑，升兵部协理戎政左侍郎王遴为南京工部尚书。
十一年正月己未，升南京右都御史刘尧诲为南京户部尚书。庚午，浚韩家口引渠出徐州。以河防报竣，升砀山知县刘守谦俸一级。甲戌，工科给事中傅来鹏劾操江佥都御史吕藿。言藿前掌选，纳贿鬻官，又常倾害推官赵世卿、前巡抚张岳、胡嘉谟，宜加显斥。得旨，吕藿革任闲住。丁丑，改南京工部尚书王遘为南京兵部尚书，参赞机务。
二月戊子，以南京右军都督府掌印、崇信伯费甲金为南京提督操江兼管巡江。辛丑，起原任户部右侍郎傅希挚为户部右侍郎兼右佥都御史，总督漕运，巡抚凤阳等处。辛亥，诏苏、松二府关税银每年量留五千两，凑织解袍用。
闰二月甲寅，起原任户部尚书毕锵为南京工部尚书。
三月庚寅，南京兵部尚书潘季驯言：“南京寺观庵院，实避仇亡命之窟，盗所由生。宜令住持每月朔望，赴本部投递结状，以凭查考。如访捕有获，具结者连坐。”礼部复如议。甲午，升江西左布政使吴善为应天府府尹。丁酉，两淮巡盐御史任养心条陈四事：“一曰、革私税。淮商除扬州、清江钞关有船税，仪真、南京、淮安有割没，江西、湖广有引税，俱系国课正供。余各府、州、县科索搜求，有船税、过关钱等项，动称公费不报，循环不止。凡两淮行盐地方，悉宜禁止；二曰、革牙行。
淮南、淮北二所，被积棍给帖充行，科敛商人，派取供应，每岁吞噬，不啻万两。应于各衙门首竖立木榜，通行严禁。操、抚衙门，不得听嘱批允，以紊职掌；三曰、禁荆属私贩。荆州府所属，原系两淮行盐地方，被豪猾买食川盐，沮坏国课。乞要禁止川贩，照旧于牛口等关添设兵快哨船巡缉；四曰、浚运盐河道。自吕四场至泰州以东运河一道，尚未挑浚，舟楫难行，商灶不便。乞动支河工银二万，募夫挑浚。”部复俱如议。己亥，工部复：“漕运尚书凌云翼题称，徐州戚家港溜急，运艘难行，议开新渠，建闸境山废闸曰梁境闸，新河中闸曰内华闸，新河口闸曰古洪闸。乞移咨吏部，于梁境闸专设闸官一员，内华、古洪二闸，共设闸官一员，并铸给条记。”从之。丁未，以高家堰河工成，参政舒大猷等纪功。