七月甲午，谕河道总督张鹏翮：“归仁堤、便民闸等口俱已堵塞，其毛城铺迤下等口尚未堵塞。将便民闸等口堵塞，则毛城铺等口所出之水由何处泄去？必致散漫各处，民受大害。此关系紧要，宜速筹一策。”已亥，河道总督张鹏翮奏：“清口已照式筑坝下埽，仅留口门，今粮船尽数过淮，指日出口，即可煞坝。且张福口引河挑成，引出清水已至坝口，止待煞坝，便可开放入运，其一应进贡以及差使官兵船只，不得擅自开放，俟回空之时，启坝过完，仍行堵塞。”从之。壬寅，河道总督张鹏翮奏：“臣恭奉圣训，指授方略，堵塞邵伯决口，粮船即便通行。此时运河各决口尽堵，清水又引出，乘时将运河淤垫处再加疏浚，来岁粮船自可通行，不至迟误。至于改载沙船、雇募水手人夫，恐糜费钱粮。且由江入海，从黄河海口进中河之处，潮汐消长、水势不一、风涛不测，实属难行。”下所司知之。癸丑，赈淮、扬所属十五州、县。
八月己丑，工部议复：“河道总督张鹏翮奏，科臣张睿奏中河应开陶庄闸放水，从仲庄闸出口，建瓴之势，逼溜使南。部议行令详勘具奏。臣率淮扬道王谦等详视，若将中河改由陶庄闸而行，至董安国所挑引河尾入黄河，势必迁移县治，又多繁费，且粮艘难以进口。不若仍旧至陈家庄渡河，直进仲庄闸、草坝，毫无阻滞。应如所请。”从之。又议复：“张鹏翮奏，‘臣率河员亲往沂河查看，沂河水势直冲卢口，面宽溜急，且系沙底，不能开闸，应于卢口两旁堤岸残缺之处，概为修补，束水入徐塘口运河，既可济运，又使民生得所。’应如所请。”从之。
九月，免江南高邮等州县被水灾额赋十之三。
十月丙寅，河道总督张鹏翮奏：“武家墩起，至小黄庄加砌石工，旧桩石攲朽，势必拆砌，方可坚固经久。今于旧残石工之上，叠柴压土，以为越坝，于内建砌，则省费而工速。此工除拨银四十万两外，尚有不足银一十八万六千二百四十八两零，应请饬该部速行拨给，以济工用。”上谕大学士等曰：“乘此冬令水涸，修筑速完，勿致迟误。张鹏翮每事奏请详明，实能宣力。若张鹏翮者，朕不之信，将谁信耶？伊若果为利计，历任知府、运使、巡抚皆可得利，既不取于彼，岂肯于河工钱粮侵蚀肥己乎？其操守廉洁，诚不可及，惟有时偏执己见，然朕亦即时戒饬，并不宽假也。”又奏：“臣率河员查勘，新中河必须全身挑挖，两岸子堤全行帮筑，所需钱粮颇繁。而河头湾曲，粮艘行走不顾，且三义坝以上三十一里零，河身狭浅，遇潮水大涨，恐不能容纳。旧中河自三义坝以下至仲庄闸二十五里零，河身甚深，南岸湖水散漫，难保子堤。且距黄河甚近，今议在三义坝将旧中河筑拦河堤一道，改入新中河，则旧中河之上段与新中河之下段合为一河，粮艘可以通行无滞。”得旨：“前于成龙奏称将中河改移，朕屡经谕其恐有未便。今张鹏翮所议中河事宜甚当，着照所奏行。”壬午，工部议：“邵伯更楼堤决，致坏漕艘，应将协理河务府尹徐廷玺降三级留任。”得旨：“徐廷玺着降三级调用。”是月，免江南清河等县被水灾额赋十之三。
十一月丙午，九卿等议复：“河道总督张鹏翮奏，臣于十月十九日亲往高家堰六坝催工，见水势骤涨，三滚水坝尚未修成，恐西风鼓浪，无处宣泄。公议于翟家坝原有天然滚水坝，用埽裹住两头平槽之水，蓄以济运；溢槽之水听其滚出塘槽河，入白马河。若伏秋水大，再于蒋家坝尽头处，原有之清水沟河以及涵洞酌量开放；若水小，仍然闭塞。再查六坝口宽二百八十丈，今清口引河仅宽三十余丈，不足以畅泄全湖之水，应再开宽阔，使水畅流敌黄。至于运河伏秋水涨，应由泾河、涧河泄出射阳湖，入于海。此二河现在挑浚，应将泾、涧二闸修补，以资启闭。均应如所请。”从之。己酉，工部议准：“河道总督张鹏翮奏，嵇家闸未堵，恐来年重运经由，有溜掣稽迟之患，必须实闭，另于闸南昭关庙地方，改建滚水石坝一座，水大则启以宣泄，水小贝蓄以利运。应如所题。”从之。
十二月己未朔，河道总督张鹏翮奏：“臣懔遵圣授治河方略，次第举行。先疏海口，水有归路，今黄水不出岸矣。继挑芒稻河，引湖水入江，高邮、宝应一带水由地中行。再辟清口，开张福口、裴家场等引河，淮水有去路矣。加修高家堰，堵塞六坝，逼清水复归故道，引张福口等河会入裴家场引河，开放清水，流入运河。又将湖头加浚深阔，以迎洪泽湖大溜。将张福口引水入裴家场，再挑宽深，水大势旺，直敌黄水，畅流入黄河矣。运河之中纯系清水，已无黄水灌入。臣自下河回至清口，见水大半入黄，少半入运，一水两分，若有神助。官民快睹淮、黄交会，欢声如雷。皆我皇上宵旰忧勤，精诚上格天心，河神效灵之所致也。”下所司知之。丁卯，河道总督张鹏翮奏：“淮、黄交会，宜思善后之计。现在诸引河之水，势聚而力强，故足以敌黄而直出运口。但大半出黄，少半济运，一水两分。伏秋黄涨，恐清水之力稍微，应于张福口、裴家场二引河空地中间迎湖大溜之处，挑引河一道，宽二十丈，底深一丈，会入一河。俾清水之势常强，而御黄有力，将烂泥浅会入三汊河，从七里河出文华寺运河，专以济运。”下部议行。
四十年二月庚午，工部议复：“给事中陈诜条奏，自天妃闸至淮安共有五闸，必复天妃闸，然后淮水可出。又请新、旧中河应多建闸座，重运来时，节次启闭。重运过后，勿令常开。”遵旨行文河道总督张鹏翮议奏。河道总督张鹏翮回奏：“臣查五闸之中，惟当酌复天妃闸，以防黄水内灌。龙王、宝应二闸拆修下板，蓄水济运。又中河煞坝、启坝需费颇多，不若于河头、尾各建石闸一座，以时启闭。又于新中河孙家集以上修石闸一座，如遇大水，泄入盐河。应如所请。”从之。庚辰，九卿等遵旨议复：“河道总督张鹏翮奏，节宣运河水势，应于张福口、裴家场中间开引河一道，并力敌黄。再蓄高家堰之水，以助冲刷。若黄水大发，在粮艘正行之时，将裴家场引河口门暂闭，引清水由三汊河至文华寺入运河以济运。若在粮艘过完之后，即堵塞拦黄坝，使不得倒灌。应如所请。”上谕大学士等：“前者朕曾以此事谕于成龙，于成龙并未遵旨挑浚，今观张鹏翮所奏甚是，悉与前旨相符，着照所请行。”
三月己亥，工部议复：“河道总督张鹏翮奏，唐埂六坝堵闭全完，惟洪泽湖水势盛出，绕流武家墩，此一带至运口堤工必须作速加帮高厚。又新大墩至裴家场向无堤工，应创筑拦湖坝一道，方可束水敌黄济运。应如所请。”得旨：依议速行。
四月庚午，工部议复：“河道总督张鹏翮奏，遵旨堵闭六坝，大辟清口，引清水会黄入海。今三月清水盛出，敌黄有余。但六坝闭后，全湖蓄水，堤岸危险，应再加帮。其天然滚水坝尚未开放，欲其蓄水敌黄。若湖水再涨，相机开放，以保堤工。清口水势相连，宽数百丈，直绕大墩。大墩一带堤工关系紧要，令河工作速下埽加帮。马家港口门宽二十丈，且留以泄溢槽之水。俱应如所请。”从之。乙亥，工部议复：“河道总督张鹏翮奏，自棠梨树迤南至秦家高冈一带堤工，前河臣于成龙等因六坝未闭，水势东注，此处地势稍高，未经估计加帮。今六坝全堵，湖水骤涨，通堤既经加高，此处反觉卑矮，必须照六坝一律临湖丁头镶柴，以资扞御。应如所请。”从之。
五月戊子，工部议准河道总督张鹏翮请加修龙门大坝石工。得旨：依议速行。庚寅，工部议准：“河道总督张鹏翮奏，黄、淮交会，水势加涨，修防工程倍加紧要。时家马头、童家营、陈家社、龙潭口、歪枝套、辛家荡、邢家河、马家港等处堤坝应行帮筑、挑挖引河以及钉桩下埽。”又奏准：“黄水涨发，由王家营减水坝泄入盐河，至平旺河入海。今盐河淤塞，作速乘时挑筑。俱应如所请。”从之。
八月戊寅，谕大学士等：“张鹏翮奏称陶庄开浚引河，黄河水向北岸。黄河既流向北岸，则距清口甚远，乘此时自挑水坝起加长、增宽修筑堤岸，令过清口，使黄河清口之水尽向下流，再汇合为一处，则黄河之水可永无倒灌之患。朕前曾面谕于成龙，今河工官员内想亦有知之者。令张鹏翮将此故问明，详确定议奏闻。其修堤所需钱粮即为估计，所修之处速绘图呈览，毋忽。”
九月，免江南桃源县被灾额赋。
十月庚申，大学士等遵旨查奏：“江南钱粮数目甚多，宜先蠲一半。”上谕：“蠲免钱粮，本欲令小民均沾实惠，倘止蠲其半，其半仍用催科，恐地方官员借此苛征，仍致累民。若尽行蠲免，官员何由苛取。于明年先蠲江苏，后一年再蠲安徽为当。”辛酉，九卿等议复：“河道总督张鹏翮遵旨请将挑水坝加长修筑，令急溜趋向北岸，以绝倒灌之患。应如所请。”癸亥，谕户部：“朕宵旰忧勤，咨求民瘼，四方利病，未尝少释于怀。江苏尤财赋重地，朕比年巡幸东南，目击民艰，多方轸恤，令其安。犹恐有司奉行不力，德未下究，民生罕遂，康阜莫登。兹将江苏所属明年钱粮尽行蠲免。地方有司务期实意奉行，使穷黎均沾实惠。”己巳，以王繻为江苏按察使。
四十一年正月丁未，工部议复：“河道总督张鹏翮奏，运料河工程系前河臣董安国等奏请挑筑，迄今未竣。臣相度形势，运料河头起于檀度寺闸，久已筑坝堵闭。更访问土人，云运河高于运料河数尺，恐其开放，建瓴之势直泄无余，是以久经堵闭。是此河无益于运河，且河身在汰黄、缕堤二堤之中，从前因开此河，将草湾并小茭陵二处汰黄堤穿断，有碍河工。况历来运料由黄河、射阳湖转运，以济工需，其挑挖运料河之工应行停止，并将穿断汰黄二处填筑坚实，以作黄河重门之障。应如所请。”从之。
三月乙未，河道总督张鹏翮奏：“臣前议修筑天妃闸以防黄水，今详阅闸塘旧基，年久深洼，积水难干，又松桩、碎石积于其下，有碍立桩筑基。请于运口草坝北建造大石闸一座，东西各筑纤堤一道，挽运漕艘。再于闸之上下旧堤穿开之处，各建草坝一座以固堤束水。又清河县黄河南岸卞家汪险工，长八十余丈，当黄、淮二水交冲之区，内临积水深潭，中仅一线土堤，卑薄危险。又天妃闸石工修砌年久，坍塌者四十余丈，每年下埽修防，徒费钱粮，不足以御湍激之势，均应攒砌石工，始得巩固。”下部议行。
七月庚申，工部议复：“河道总督张鹏翮奏，伏秋水涨，自徐州、邳州、桃源、宿迁、清河、山阳、安东一带至海口抢修各工，多有冲陷危险之势，臣率领河员昼夜修防，俱获平稳。椎山、安讯、臧家沟水口漫溢，东省戴村坝土堤被冲，高家堰及六坝水势积涨，石工间被冲卸。桃源烟墩、张家庄埽工，因黄水积涨一月不消，又值暴风大作，张家庄下颜家庄堤工漫开，现在相机堵筑。查徐州等处河工平稳，均无庸议。其漫开被冲堤工，应令该督速饬河员加紧抢护，堵筑完固，并将疏防务官，查明奏参。”从之。乙丑，河道总督张鹏翮奏复：“徐州至清口，请停筑石堤。”