明嘉靖（一）世宗嘉靖元年正月庚戌，南京锦衣、江淮等卫，原设水军马快战船。永乐间迁都北京，遂专以运送郊庙献新及上供品物、军需器仗。其后管运内臣，假托虚增，肆为奸利。上登极，诏革其弊。进鲜船只如旧例，每起不过三只。南京兵部尚书乔宇因奏裁船数视弘治间减十之四，正德间减十之七，上皆从之。至是，诸监局内臣，竞请乞如正德中例。守备太监戴义以闻。兵部执诏书既出，不宜纷更。得旨，如弘治年例，以后不许再议增减。
三月癸丑，革南京锦衣卫巡江官校。癸亥，禁淮安民造曲，以户都言其糜费五谷，致米价腾贵也。总督漕运、尚书陶琰、总兵杨宏言：“直隶江北，原设把总一员，所管运船太多，地方太远，乞更增设把总三员分管。”从之。丁卯，命内外总督粮运等官，严禁科取分例，违者重治之。时巡仓御史刘寓生上言：“天下卫、所运粮四百万石，常额外加耗。有曰太监茶果者，每石三厘九毫，计用银一万五千六百两；有曰经历司、曰该年仓官、曰门官门吏、曰各年仓官，曰新旧军斗者，俱每石各一厘，共计银一万六千两，有曰会钱者，上粮之时，有曰小荡儿银者，俱每石一分，共计用银八万两，又有曰，救斛面银者每石五厘，计用银二万两。率一岁四百万米，分外用银一十四万余两，军民膏血，安得不困竭也。乞痛革宿弊，以苏漕运困若。”户部议如所言，请申饬禁例，故有是命。升南京右都御史崔文登为南京工部尚书。
四月己丑，改南京吏部尚书廖纪为南京兵部尚书，参赞机务。起原任巡抚，都察院右都御史俞练，总督漕运，兼巡抚凤阳等处地方。癸巳，命保定侯梁永福，协同南京守备，管南京右军都督府事；应城伯孙钺，专管南京操江。乙未，升吏部左侍郎罗钦顺为南京吏部尚书。丁酉，兵部复：“南京都察院右副都御史胡瓒，监察御史董云汉言江防六事：一，专委任。言新江口原设都御史管理，而事多关白守备、参赞，掣肘难行。宜令小者专决，大者会议，庶便责成；一、明约束。言新江口及扬州、仪真设官军守把，声势联络。今承平玩愒，江洋劫掠，了不相干。宜各照所辖，缉捕应援，违者参究；一、实行伍。言新江口官军舍余，原额一万一千六百余名，今役占老弱，耗减过半，请清查拨补，以备操练。其各卫所官舍旗军立功者，不得改回原卫；一、示激赏。言官军所以营求改差者，惮其劳也。恤其劳而优厚之，则人勤。宜查指挥等官勤能懋着者，超次擢用，军士赏赐布匹，全与本色，优免二丁，帮帖军装，增修窝铺，计处阅试赏犒之费；一、处船只。言江船原额三百四十，多不堪用。战船阔大，不利风浪。宜令南京兵、工二部会同操江验看修补；一、时操练。言新江口专习水战，宜将各船官军编定，不许差使更换。召募习水者百十名，分教各船。有风则习巡哨小船，无风则习大船，庶人船相得，缓急有赖。”得旨：“专委任、明约束，令南京内外守备、参赞会议行之，余如议。”
七月己酉，诏两京国子监及各省提学官修补残缺经史，禁书坊妄肆改窜。以南直隶旱灾，诏抚、按各官，讲求荒政，积谷豫备，务使穷民各沾实惠。乙卯，南京都御史胡瓒、御史董云汉议：“南京江操赏犒，兵部官帑不足，而法司岁报赎工罪囚，徒纳势要月钱，无补公用。宜听入银，月三钱，岁以三分之一属操江，发上元、江宁，贮以充赏。又新江口军士，昼操夜守，乃蹴屋以居，宜加存恤。以罪人所没入赀，增修铺舍，量可容万人，以居军士。”工部复：“请下南京工都会议行。”报可。乙丑，夜，南京大风雨，雷电震动民居房屋，至四更方止。己巳，是日南京暴风雨，江水涌溢，郊社陵寝，宫阙城垣、吻脊栏楯皆坏，拔树至万余株，大江船只漂没甚众。直隶扬州、淮安等府同日大风雨雹，河水泛涨，坏官民庐舍、树株，溺死人畜无数。壬申，南京巡江都御史伍文定，以江防久弛，请赒恤贫劳，以养士气；选补戎伍，以壮军威；修改船只，以便战操；增置器具，以习防御；假借事权，似励庸才。疏下所司。
九月癸亥，以水灾，命高淳、溧水二县兑军粮半征折色。
十月癸酉朔，工部复：“南京户科给事中陈江等奏，南京各卫快船，并各行铺户，差遣繁难。今富猾之家，或投充庙户及牺牲所、神帛堂、各监、局差役，内外守备写字、军办名目，倚势影射，独累贫户朋贴。如神帛堂，原额四百四十四户，今该监额外招收，积一千一百余户。他皆类此。宜行南京户、礼、工三部会同科、道官，查洪武、永乐年间旧额，酌量存留。但系近来夤缘投充者，悉革退编差。”上是之。令照前旨会议以闻。丁丑，以修治苏、松等处水利功完，赏总督粮储、尚书李充嗣：郎中颜如瓌，林文沛、参政徐赞各银币有差。庚辰，以苏、松、常、镇四府灾伤，各免正官朝觐。甲申，以淮、扬等府灾伤，诏免总督漕运、巡抚都御史、总兵赴京议事。辛卯，以南京应天灾伤重大，命户部发帑银二十万两，差官分给各巡抚都御史，令其躬亲巡历，委官设法，加意赈恤，仍各蠲免税粮有差。
十一月乙巳，诏南直隶被灾州、县草场子粒银，应征五分者，再免三分。先议派今岁马价加银二两者，止勿加，务使穷民得沾实惠。戊辰，以灾伤免淮安、扬州等府税粮有差。己巳，改工部尚书陶琰为南京兵部尚书加太子少保，参赞机务。
十二月丁丑，南京太仆寺卿潘希曾奏：“直隶淮安等府，应解依挂欠马匹，请照先年事例改征折色，每匹银一十八两。”兵部复议，以为便。从之。庚寅，南京守备、魏国公徐鹏举等奏：“南京大、小教场、神机营、新江口、浦子口等处操备官军并传操按伏等项，及把总、守哨、卫总、指挥等官，旧规俱听内外守备节制推委，与操江都御史原不关涉，观英宗、武宗前后诏条可考也。今都御史胡瓒等妄援专委任、明约束之言，欲以侵夺事权，变更申令，而又专嫉武臣，使独任地方失事之罚，非故事不可听。”兵部议复：“浦子口地方与新江口关，昼操夜守，及上下江旱巡按伏官军，先因彼此隔涉，守备官徒以文书遥制，不救缓急。故瓒等欲令操江兼辖浦子口，及与内外守备协同选委各营卫官军，事非为私，不足引他故以争也。其奏拟文武官失事情罪，揆之先年事例，亦略相同，臣等不敢复议。”疏入，上报如弘治年间例行。以弘治时，曾敕兵部尚书王继与守备、成国公朱辅公同计议军事故也。
上意盖欲使权归本兵，不任操江都御史云。己亥，提督南京操江、襄城伯李全礼贪纵不检。家人刘宏倚势作奸，威逼指挥佥事华辅至死。事闻，诏逮宏。法司讯治充军，仍切责全礼，令带俸闲住。壬寅，漕运总兵官、都督佥事杨宏奏：“请以漕运轻赍银两，悉听各该运官沿途动支，为雇僦车船之用。不必装鞘印封，计算羡余，以苦运卒。”户科驳奏，以为此开以人冒破之端，非轻远之计。而御史向信则欲令运粮官军，凡领银雇脚，必先赴察院报数关支为籍，以记其多寡，不得擅动。下户部议：“宏所言，乃弘治、成化以前旧规，而科道官之论，至于救弊防奸，不为无见。大要漕运之法无他，惟在船不守冻、粮不挂筹、军不借债三事为急。若使官得其人，自无此弊。但轻赍折银，本以资转搬之费，今若虑官军侵耗，尽取其赢余归太仓，则以脚价为正粮，又非立法初意。今宜令有司如期征收余耗，如例解赴漕运衙门，候各总运船过淮，照数领给，运至通州，方许发封，听巡仓御史、管粮员外会同查核验给。仍酌量各项支用实数，着为定规，不许扶捏浪费。如有羡余，不必输之太仓，即将各总分各卫所，查开缺船应补者若干，敝船应修者若干，什物应办者若干，各发银修造。每银百两，令造新船一只。该管官旗侵欺花费别用者，参呈重治。果有三年，粮无挂欠，银有积余者，照例旌擢。”得旨，如议。