五月壬寅，命南京提督操江、伏羌伯毛汉挂印充总兵官，提督漕运，镇守淮安地方。刑都、都察院复：“刑科给事中罗崇奎奏，每岁五六月间，笞罪应释放，徒杖应减等发落者，宜加钦恤；枷号例亦暂蠲免，至六月终止。南京法司并如之。”报可。
七月丙午，周用兼右都御史，总督漕运，兼巡抚凤阳。
八月癸未，诏起原任刑部尚书唐龙为南京刑部尚书。戊子，升南京右通政欧阳塾为南京应天府府尹。己丑，户部言：“江南灾甚，请以南京应天十一府、州今年兑米百四十七万石内，除三分征银解纳，其余米一百零三万二千有奇，于内量准十五万石临、德二仓支运，每石折贴脚价银一钱五分。余八十八万二千余石，照旧征运本色。其南京长安等四门并各卫仓粮，无论本折，俱每石征银五钱。再将前项各衙门派剩米折银六万七百余两，并前京库米折银内，量除十万两，俱免派征，而以运司盐课银补足原额之数，俱不为例。其余南京并各衙门及扬州仓粮米，仍征解以备官军月粮之需。其各项现在并续收事例银两，与本处赃罚解边余银，具听籴谷备赈。”议入，从之。庚寅，命南京都察院逮问提督江淮总兵官汤庆。以私役军船，迎送过客，因溺死巡军故也。
九月丙午，以灾伤免南京锦衣等四十二卫、所屯粮有差。壬子，以淮安、扬州、徐州灾伤重大，命正兑米俱准折色。户部言：“南京各卫武职官八月俸粮，例当折布，今米价贵甚，乞许暂支本色，俟丰年仍添折一月，以补前数。”报可。丁巳，南京兵科给事中万虞恺疏陈江防事宜：“一、正体统。提督操江侯、伯、都御史，俱系大臣，领敕专任。提督正与京营提督大臣事体相当，在京坐营乃提督属官耳。南京守备、操江，均之为提督。况南京守备职司机务，其于操江，不过临时阅视，虽系提督，尤非专职，今乃以提督操江大臣比之坐营等官，遂致近来每遇阅操，都御史则先期出巡回避，其守备、参赞，操江武臣，勉强了事。序坐行事，具有成规，宜查复旧例；一、兼节制。谓南京京卫俱属南京兵部，而沿江一带军卫，则属操江，所以专统属，重江防也。今新江口近在城外，属操江，而浦子口远在江北，反属兵部。操江节制但行于新江营，而不行于浦子口营，形势相依，事权不属。宜令浦子口亦属操江，庶臂指相依，缓急有济；一、专汛地。江防相沿数千里，其形势上则安庆，下则镇江，尤为要害。镇江以下，即为海洋盐徒窃发。近总兵汤庆奉旨革任，宜令操江都御史当于镇江久驻，安庆次之；一、谨墩台。江洋上下，九江至苏州，盗贼出没无常。故十里设一烟墩，每墩设军快数人。
近以无事废弛，宜修复以便传报。”兵部议谓：“正体统，兼节制二事，宜行南京多官会议，庶经久可行。其镇江厄塞要区，仍应推用总兵。至于修复烟墩，拨军守望，诚为要务。”得报如议。
十月甲戌，升户部左侍郎王为都察院右都御史，总督漕运，兼巡抚凤阳。辛巳，提督操江都御史杨行中奏：“请令沿江府、州、县佐贰巡捕官，悉听操江衙门委督，不许别差，误江防重事。”部复，从之。壬辰，总理粮储、巡抚应天都御史丁汝夔等奏赈荒事宜：“一、应天诸府灾甚民饥，请令有司委官于邻省平籴，所过勿得阻遏，钞关免纳钞。及南京三十六仓现贮廒米粮，量籴五万石以济灾民，且免耗浥，米价仍照前例买补；一、被灾州县境内富民，愿出谷百石备赈者，请给与义官冠服；百五十石者，阴阳、医官；二百石者正九品；三百石者正八品；四百石者正七品；俱散官，免本身杂差。出谷千五百石，银五百两以上者，除给官服，仍竖坊以表其门；一、各府、州、县起运先年南京户部未完钱粮，许折银征解。每米一石，除折银五钱外，其多余之银，类发籴谷赈贷及量补灾免粮石。”部复议，报可。
十二月己巳，升大理寺左少卿侍炯为南京右佥都御史，提督操江，兼管巡江。壬辰，改南京刑部尚书唐龙为南京吏部尚书。
二十四年正月戊午，升刑部右侍郎屠侨为南京刑部尚书。
闰正月壬申，巡按直隶御史吕光询条陈水利五事：“一、广疏浚以备潴泄。三吴之地，古称泽国。西南翕受太湖诸水，形势卑下，东北际海，冈陇之地，形势甚高。高田苦旱，卑者苦涝。昔人治水，于下流之地，疏为塘浦，导诸湖之水，由北入于江，东入于海。又畎引江潮，流行于冈陇外，故潴泄有法，水旱不为患。近来纵浦横塘堙塞，惟黄浦、刘家河存，故旱涝为灾，高下俱病。今宜治淀山引太湖之水，散入阳城、昆承、三泖等湖；开吴淞江、大石、赵屯等浦，泄淀山水以达于海；浚白茆港、鲇鱼口，泄昆承之水，开七浦、盐铁等塘，泄阳城之水，以达于江；又导田间水入小浦，小浦入大浦，流者有归，潴者有泄，下流治而涝无可忧矣。于是浚臧村等港，以溉金坛；澡港等河，以溉武进；艾祁通波，以溉膏浦；顾浦、吴塘，以溉嘉定；大瓦等浦，以溉昆山；许浦等塘，以溉常熟。
冈陇支河，浚之深广，则上流治而早无可忧矣；一、修圩岸以固横流。苏、松、常、镇居东南下流，而苏、松又居常、镇下流，其水易潴难泄。虽导河浚浦，注之江海，每遇秋霖泛涨，风涛相薄，河浦逆行，田间冲啮为患。乞于每岁农隙，各出力以修圩岸，虽有霖涝，不能为害。而且足以制诸湖之水，不漫行矣；一、复板闸以防淤淀。江海水漫，浪涌沙随，势易淤塞。每岁修之，不胜其费。昔人曾于去江十余里，夹流为闸，平时随潮启闭，以御淤沙。又相岁时旱涝，以为蓄泄，亦宜仿而行之；一、量缓急以处工费。疏浚之役，宜先其大而急者，余以次及。借大户侵欺粮银及赃赎银以为工费，仿宋臣范仲淹募饥民修水利之法行之；一、重委任以责成功。先朝大臣，经理吴中水利，惟巡抚周忱功最着，以委任专而历年久也。迩者大臣，限以数月，虽有贤者，不暇远虑。乞申明委任事例，凡粮役工程，听以便宜从事。”疏入。得旨如议。仍诏巡抚丁汝夔，查开浚事宜，督率各属举行。己亥，总督漕运右都御史王奏：“淮、扬先以被灾，其正兑改兑米，已蒙折征及量拨支运，而所征米原无改兑，未获均沾支运之惠。乞留漕运折粮银数万济之。”户部复：“漕粮为京储重计，难以议留，听其所给两淮余盐银赈济。”得旨允行。丙子，起服阕右副都御史于湛总理河道。乙酉，起服阕工部尚书张润为南京吏部尚书。
二月己卯，以灾伤免海州岁用料价银两。癸未，令应天巡按丁汝夔、周亮等督率有司，以南京诸司及后湖库所贮无碍银钱，赈济应天等十一府、州饥民。戊子，升南京礼部右侍郎徐问为南京户部尚书。
四月戊午，改抚治郧阳，右副都御史欧阳必进总督粮储兼巡抚应天。
五月甲子，时，常州府知府符验以先任河南道御史，考察降调。福建道御史桂荣称其执法保民，被诬遭谤，因参南京考功司郎中薛应旗，系常州人，恣行胸臆，敢为报复，其所考察者，多非在任之人。乞容符验照旧供职，将薛应旃罢黜。得旨：“考察重典，不许轻变，以起后来援引救护之端。符验照旧降调。被斥人员，多系升迁事故去任之人，前有旨禁革此弊，部院全不遵守，聊取塞责。张润、王以旗且不查究，薛应旗调外任。”
七月丁丑，升李镛为应天府府丞。
八月甲午，并淮安府海州百十有六里为六十里。以罢敝不能办纳粮差，从知州王同奏也。迁扬州府海门县于直隶金沙场，割通州清干乡七团及利河镇北水荡附之，避水患也。诏留南京后湖及刑部余银二万五千七十余两备赈，更令自后问刑衙门，凡罪赎止许入谷备赈，不许折银。戊申，裁革扬州府通州通济仓副使一员。南京金川门外草场火，诏降监临官一级，调外任。丙辰，提督操江都御史傅炯言：“直隶太仓州强贼劫狱，入海为寇，势甚猖獗。顷虽剿获过半，未尽其党，宜督官军，及时扑灭，毋贻地方忧。”得旨：“强盗劫狱杀人，地方官俱宜逮治。姑令戴罪剿杀，务期尽获。事宁之日，巡按御史备查功罪差别以闻。”
九月乙丑，升光禄寺卿及宦为南京都察院右副都御史，提督操江。
十月戊戌，先是，海州灾伤，有诏贳民当出马者征其值三年，及是限满。巡抚风阳、都御史王帏言：“海州地小民急，逃亡过半，请以前所贳者，永着为令。”兵部复：“请展五年以示宽恤。”从之。戊申，户部复：“巡按直隶御史齐宗道所陈两淮盐法事宜：一、并茶、角斜、余东场盐课，向以海水沸溢，暂令富安，丁溪等场代办。今本场灶丁渐集，宜复旧；一、淮南掣盐不时放卖，请如仪真之例，旋掣旋放，以便商民；一、各场草荡多被豪民侵占，宜清查；一、近场遐检司听各分司判官严督所部，缉捕私贩，月终课其多寡；一、分别民、灶二户，其灶田系祖遗，真正者，方免赋役；一、各盐场濒海之处，多筑堤堰，以防冲决。”得旨，允行。
十一月辛未，巡按直隶御史吕光洵奏：“三吴水利，已次第开浚，乞以其事委之巡抚都御史欧阳必进，改降专敕，以责成功。”章下。会太仓州民疏称，弘治六年，别遣重臣治水之便。工部复言：“地方之事，惟抚、按威令易行，若官多责分，恐意见不同，反生掣肘。请如光洵议。”从之。
十二月癸巳，诏浚南京后湖。辛亥，升吏部右侍郎王学夔为南京礼部尚书。丙辰，南京礼科给事中游震得言：“南京城坊居民，自里甲正繇之外，复有各项铺户，纳办南京内府诸监、局物料，役苦费繁，有司不时给价，仍令分隶各衙门应役。以故占籍未及数年，富者必贫，贫者必转徙，请亟议宽恤。”疏下南京户部，复议：“铺役扰民，弊在审编之始，贫富失实。今宜尽蠲贫户，籍其稍赢者，隶名应天府。凡遇内府诸监、局制造及太常，光禄诸祭祀厨料，先一月移文应天府，按籍召买，如时价给银。其大小诸司用物料，取具本府印票出买，价银不得过三日。至于私家一切诸费，不得干扰铺行。”户部复可。诏从之，仍令南京都察院出榜禁约。