八月甲子，命南京工部铸造嘉靖通宝钱。先是，户部议将未铸制钱，分派南、北工部监造，送太仓支用。至是工部复议：“铜、锡等料，俱出南京，且工巧而物贱，宜俱令南京铸造。”上从之。
九月壬寅，运粮千户李显条陈修筑运河三事：“其一谓，扬州南自瓜、仪，北抵淮安，俱藉宝应、范光湖诸水接济。乃湖南北相去三百里，广百二十余里，卒有暴风，漂荡不测。议于范光湖堤迤东开筑月河，以免水患，其一谓，北自淮安，南至瓜、仪，水势上下相去丈许，惟赖瓜、仪二坝关防。先年坝决水冲，河道淤浅，宜令瓜州陈家湾、仪真新城地方，并扬子桥及扬州东关各增一闸，若瓜州坝冲决，则下陈家湾闸。仪真坝冲决，则下新城闸。如二闸闭水不及，则下扬子桥闸，再不及，则下东水关闸，以留水利；其一谓，仪真下接扬子大江，商舶辐辏，河道壅塞，粮运阻误。成化年间，尝令将新城通江旧河疏浚宽广，亦置一坝，河道疏通，官民称便，后废不修。今宜仍前修浚，以裨漕政。”上命工都议行。丙午，以灾伤，诏免苏、松、常、镇四府正官入觐。
十一月戊戌，升总督陕西、兵部尚书刘天和为南京户部尚书。丙辰，先是，祟明盗秦璠、黄艮等出没海沙，劫掠为害。副使王仪大举舟师与战，败绩。副都御史王学夔遂称疾还南京。盗夜榜文于南京城中，自称靖江王，语多不逊。南京科道官连章劾仪等。上曰：“海寇历年称乱，官军不能擒，辄行招抚，以滋其祸。王仪轻率寡谋，自取败侮。夏邦谟、王学夔、周伦皆巡抚重臣，玩寇殃民。仪、学夔皆住俸，与邦谟俱戴罪会同总兵官汤庆，协心调度，刻期剿平。失事官俱令归锦衣卫逮系付狱。逆言无忌，揭播都门，留守不闻驰奏，守备太监潘真、萧通、魏国公徐鹏举、永康侯徐源、兵部尚书熊浃，责令对状。”既而，巡按御史赵继本又劾备倭署都指挥佥事童扬。
诏罢扬，永不叙用。于是，江淮总兵汤庆条陈防剿事宜六事：“一、募精兵。谓官军怯战，难以应敌。今徐、邳之间，久罹早荒，相结为盗，募以为兵，诚一举两得也；一、截海路。谓贼据崇明南沙，若捣其巢穴，势必奔海。宜敕浙江海道，首尾相援；一、重将权。谓有司轻视武臣，兵粮不继，许容参治，庶馈运以时也；一、专责任。谓有司巡捕，多以首领委用，而铨注佐贰，乃畏劳巧避，请行禁饬；一、选民兵。谓民壮之设，专为防守，而近多役占，请得调集，以资截杀；一、设守御。谓瓜州滨江，请调扬州卫一千户所，永屯其地，以便防缉。”上皆从之，逾月，庆因督率官军出海口与贼战，贼拥二十八艘来迎敌，辄败去，追斩蹯等二百余人，夺获二十艘，余党远遁。上嘉之。
十二月癸未，守备凤阳太监张信奏：“淮安、扬州、徐州，皆风阳股肱之地，乞令统摄如前任太监黄准例。”兵科奏：“凤阳守备，责在奉侍皇陵兼管皇城锁钥、巡禁山场而已。军机重务，赈恤饥荒，自有职守者，不当令其兼管。”兵部亦言：“弘治以前，旧无此例。自正德间黄准始，则逆瑾纳贿纷更之罪也。陛下登极，已悉厘正，不宜复踵其弊。”上曰：“皇陵，祖宗根本重地，既设守备，宜有统摄，其如黄准例行，但不许干预民事。”
二十年正月壬寅，以灾伤免直隶淮、扬二府属州、县及徐州各卫、所税粮有差。乙巳，以灾伤免苏州、松江府属各州、县秋粮有差。仍准苏州兑军攒运米一十三万一千石，改兑米八千四百石；松江兑军攒运米四万六百石，改兑米五千九百九十石，俱折色。丁未，诏发两淮运司余盐银一万五千两，赈济本处被灾灶丁。
三月戊戌，以灾伤，诏扬州府所属州、县备用马匹改征折银。淮安府所属州、县灾伤尤甚，尽改折色二年。
四月乙亥，总督漕运左都御史周金奏：“黄河支流淤塞，徐、吕二洪水浅，并镇江等处河道阻滞，请及时挑浚，以济粮运。”总理河道右副都御史郭持平，巡抚河南、右佥都御史魏有本各奏：“黄河迁徙，大势自睢州野鸡冈至亳州入淮。其由孙继口并考城县至丁家道口、虞城入徐、吕二洪者，十分之二，此运道所关，非特河南一省之责。即今沙淤四十余里，疏浚之费，动计巨万。乞山东、南、北直隶桩草夫役银两数万于睢州贮库协济。”工部议复。从之。
六月癸亥，升贵州左布政使洪珠为应天府府尹。庚午，复设扬州府管马通判一员。
九月丙戌，升四川左布政使司柴经为都察院右副都御史，提督操江。
二十一年二月乙亥，升巡抚应天、右副都御史夏邦谟为南京户部右侍郎。丁丑，改南京刑部尚书周金于南京户部。
三月丙申，改工部尚书顾璘为南京刑部尚书；郧阳都御史喻茂坚总理粮储兼巡抚应天等处地方。
四月辛酉，诏增设松江府青浦县。从巡抚都御史夏邦谟、巡按御史舒汀奏也。
闰五月己卯，巡按直隶御史焦琏以两淮驿传罢敝，奏乞清理。下巡抚都御史王呆及巡按、巡盐御史高懋、胡植会议，将扬州府、徐州愿官当者，仍旧征银；淮安府愿民当者，亦听其便。仍宜查验关文，以禁冒滥。申明旧例，以禁横索。严征钱粮，以济支用。清理夫船，以便递送。兵部复奏。诏悉从之。
九月庚午，督理河道都御史王以旗条陈四事：“漕河仰给山东诸泉水，贵以时疏浚。近已会同各官清查旧泉一百七十八处，复开新泉三十一处，俱入河济运。但恐一失浚浚，寻以湮塞。主事一员，势难遍历，乞分隶各地方守、巡、兵备等官，兼理其事；一、徐、吕二洪为运道咽喉，山石险峻，非水深数尺，莫能行舟。闻旧曾置闸束水。乞于境山镇二洪下，各建石闸，旁留月河，以泄瀑水。沙坊等浅，由河广漫流，更宜筑四坝。武家沟、小河口、石城、匙头湾诸浅，预置方船，以防捞浚；一、漕河两岸，原有南旺、安山、马肠、昭阳四湖，名为水柜，所以汇诸泉济漕河也，被豪强占种，蓄水不多。而昭阳一湖，淤成高地，大非国初设湖初意。乞委官清查，添置闸坝斗门，培筑堤岸，多开沟渠，浚深河底，以复四柜；一、黄河南徙，旧决口俱塞，惟孙继口独存导河，出徐州小浮桥，下徐、吕二洪，此济运道之大者。近巳兴工挑浚。但黄河变迁无常，难保不复淤塞。乞于本口多开一沟，及时疏浚，庶上流有所受，下流有所泄，而二洪常得接济矣。”工部复议：“当从，但以管泉责之有司，事体不一，仍令各部官司之。惟于总理河道官加工部侍郎衔，以便督责。”诏悉如拟。
十月甲申，升张景华为左副都御史，总督漕运兼巡抚凤阳。戊于，操江都御史柴经奏：“南京新江口营，旧以镇江卫官军七百人轮班戍守，今奉旨掣回。请于南京留守及安庆、宣、庐、滁州等卫选舍余补之。其扬州、淮安、九江、安庆等卫、所官军赴镇江操备者，原额二千人，宜仿新江口之例，分春、秋二班，以休其力。”兵部议复。报可。
十二月丁酉，起原任户部尚书王尧封为南京兵部尚书，参赞机务。癸卯，扬州府泰州均摊田地共增粮五千五百六十余石。抚臣上其事，言宜置籍，以示久远。从之。
二十二年八月戊戌，故事，南北直隶决囚，原系刑部编定外号为一籍，用印给各府分贮。每遇秋后，则刑部先期奏请，遣官赴内府领精微批文，以批号比内号底簿。号同，赍诣各地方会同巡按御史审决。二十一年，刑部题遣主事戴楩往北直隶，吴元璧往南直隶江南，吕颙往南直隶江北，楩等各请批文辄行，而失与内号相验。于是，元壁至镇江府，与原给外号验不合，不可以行事。而楩亦称批号与籍号不同，各为巡按御史参劾。刑部复闻，得旨：“精微批号，乃朝廷用防奸伪，关系匪轻。该部关领不审，以致所遣官员不能举正更易，致误决囚大事。所奏，都察院按治以闻。”都察院复：“元璧等宜纳赎还职。”上以元壁等所领舛错，不行奏请举正，而隐蔽如此，令都察院查原差各官，俱调外任。遂调楩顺德府、元壁扬州府、颙河南府，俱通判。
九月戊午，以水灾免应天等府税粮有差。
十月辛巳，诏以直隶扬州府通州原额种马八百五十匹，免其牧养。每匹征银二十两，贮太仆寺市马。
十二月乙酉，以水灾免苏、松、常、镇四府州、县税粮有差。
二十三年三月己亥，户部议：“应天江浦县坍江田地五百余顷，照海门县改折轻则事例征纳，以苏民困。”诏可。
四月丙申，诏南京文武官俸粮，四月折绢，八月折布。