十四年二月丙辰，巡抚应天都御史侯位奏上应议事宜：“一、议盐法。苏、松沿海居民，兴贩私盐，聚党行劫，盖由官盐不通及余盐严禁之故。请以浙江运使官一员移驻松江府，将松江六场额盐，听商人收买。各灶纳课如期，课银既完，各灶得以余盐自卖，分司仍给照票，但不许私载出疆，则余盐既许通行，必无违法聚众兴贩者矣；一、处坍粮。查得直隶苏州府原额官民田地、山池、沟荡共八万六千三百九十七顷，正额秋粮米二百三万八千三百二十三石，课额视天下已为偏重。内有原勘坍荒田地七千四百九十一顷，该正米九万六千四百三十九石，递年皆里甲包赔。乞将坍湖、坍海田地额粮减豁除之；一、专责成。簿查苏、松二府，侵欠京库折银及布米之类，各以百万计，其余府、县，率皆有之。自今宜责成有司，凡掌印管粮官，三年、六年考满，必任内钱粮完足，方许给由到部，查明无碍，方准收考。仍申明秋粮违限事例，必行降黜。”章下部议谓：“盐法宜行浙江巡盐御史查议。坍粮系额征之数，俟勘明备造文册，奏请处分。其议专责有司，深切时弊。如拟施行。”报可。
八月癸卯，复设太仓州兵备副使一员。初，兵科给事中朱隆禧言，州地滨海，祖宗时额建太仓、镇海二卫，设兵备官一员以控制之。弘治间，巡抚朱瑄疏建州治而革兵备，事体不便。臣请复设兵备而裁革州治如故。”兵部复议：“兵备宜复设。州治沿革，应檄抚、按官详议以闻。”上乃命设兵备，州治不必革。
十一月癸未，旧以浙江佥事兼管苏、松等四府水利。至是，太仓添设兵备，巡抚侯位等言：“不但水利宜属兵备，及四府钱粮俱宜令其管理，庶事体归一。”部复。从之。
十五年六月丙戌，改南京礼部尚书湛若水为南京吏部尚书。壬子，升吏部左侍郎霍韬为南京礼部尚书。
十月乙酉，户部以淮、扬等府灾伤，议免是年田租如例。
十一月癸亥，命诚意伯刘瑜提督操江。甲子，升提督两广军务、兵部左侍郎钱如京为南京户部尚书。丙寅，命提督操江、南京都察院右副都御史欧阳铎，以原职总理粮储兼巡抚应天地方。壬申，升河南巡抚、右佥都御史简霄为南京都察院右副都御史、提督操江，兼管巡江。
闰十二月壬子，总督漕运右都御史周金言：“淮安清河口抵瓜、仪四百余里，乃运道咽喉，其闸座止藉白马、范光、高邮、邵伯诸湖津派，皆无源之水。以往黄河北徙，或由沛县飞云桥，或由谷亭镇流入漕渠，是以沽头诸闸，颇得其济。自嘉靖六年以后，河流益南，一支流入涡河，直下长淮；一支仍由梁靖口出徐州小浮桥，一支由赵皮寨出宿迁小河口，各入清河而汇，由新庄闸灌入里河，水退沙存，日就淤塞。访诸故老，皆言河自汴来本浑，而涡、淮、泗清，新庄闸正当二水之口，河、淮既合，昔之为沛县患者，今移淮安矣！兴工挑浚，公私劳费，动以万计，臣甚虑之。窃计新庄口南诸闸，一遇水发，必须筑坝，及贡使与试官经过，旋复掘放，恐非长计。请于新庄闸更置一渠，约长五丈，立闸三层，重加防护，水发即三板齐下，贴席封固，虽有渗漏，势亦微细，而挑浚不难。仍戒管河属官，毋得营求别差，擅离职业。”下工部议可，从之。
十六年七月壬午，升南京通政使司右参议杨麒为应天府丞。
九月戊戌，礼部尚书顾鼎臣言：“苏、松、常、镇等府，财赋甲天下。而里胥豪强欺隐洒派之弊，在今日为尤多，以致小民税存而产去，大户有田而无粮，害及生民，大亏国计。臣于往年两次具奏，经今十余年，未闻一人遵奉敕旨能清查者。”得旨：“行抚、按官各委知府，亲诣所属州、县，悉心清查，其虚应故事及延推迟玩者，劾奏之。”
十月丙寅，南京户科给事中曹迈等奏：“后湖收贮天下黄册。每一大造，则必添造库房三十间，添设库夫十名。计今库夫，遍之上元，江宁二县者四十五名，溧水、高淳等县者五十三名，每名岁费工食八两五钱，民苦之，乞尽停止。惟令上元、江宁二县招审京城居民充之。即以本湖驳问官吏锾金解赴应天府，贮库者每月给工银六钱，以后添编，永为定例。”户部如所请，从之。己巳，以灾免直隶苏，松、常、镇四府属州，县民屯粮有差。
十七年五月己亥，升陕西布政使袁槟为应天府府尹。
九月丁亥，升南京都察院掌院事、右都御史周用为南京工部尚书。
十八年六月辛亥，升浙江左布政使文明为应天府府尹。己未，大学士顾鼎臣，先为渝德时陈言：“苏、松、常、镇等府，供输甲于天下，而里胥豪强，蠹弊特甚。宜将欺隐、坍荒田土，一切检核，间为开垦，改正除豁。疏再上已十余年，不报。至是，巡抚欧阳铎、巡按陈惠籍上其所检核之数，计诸州、县坍荒共占田地四千四百二十余顷五十余亩，正米十一万五千七百五十三石有奇，请即以今所清出隐蔽田粮六万一千五百余石补之。其余无征者，乞于南京夏税、马草、盐钞诸色银内除豁。事下户部。部复言：“诸州、县坍荒地粮，不知从前以何抵补。今既欲抵以清出隐蔽之粮，复欲除豁南京夏税等银，宜更下彼处抚、按官熟议而后行之。”报可。
七月乙亥，命伏羌伯毛汉掌南京前军都督府印，兼提督操江。
闰七月癸卯，改南京刑部尚书闻渊于南京吏部。戊午，改南京工部尚书周用于南京刑部。庚申，升应天府尹文明为右副都御史、总督南京粮储，江西左布政使夏邦谟为右副都御史、总督粮储兼巡抚应天等处。
八月庚辰，裁革南京新设巡捕指挥一十八员，从御史利宾议也。
九月丁未，以水灾免直隶太仓、崇明、嘉定、上海、华亭、盐城、海门、通州，泰州、兴化、如皋及诸卫所盐场沿海一带税粮如例，仍议赈贷之。己酉，改原任提督抚治郧阳、右副都御史王学夔于南京操江兼管巡江。甲寅，以南京户部所贮各关余课银五千两，给南京工部铸造嘉靖通宝。丁巳，以水灾免直隶应天、苏州、松江田粮如例。
十月乙亥，以水灾，出两淮运司余盐银五万两，赈恤通、泰、淮诸灶丁及修理灶舍盐具。庚辰，修南京奉先殿。己丑，裁革两淮庙湾、白驹、石港、余中四盐场副使各一员，攒典各一名。补铸嘉靖制钱，命南京工部监造。初，南京吏部司务朱希皋奏言：“纳例开矿以济用，不若仿古采铜充赋，设官铸钱，严禁其伪，以行其真。新钱既成，贸易转输，赐予俸给皆于此，取之甚便。”章下户、工二部，复言：“今天下州县则壤成赋，为籍已定，若复采铜充赋，未免纷更。且两京俱有宝源局开铸，法未尝废，可特令补铸制钱之数，仍申严盗铸、阻坏之禁。”诏如议行。于是申令行钱地方，无论制钱及历代旧钱兼用，每好钱七十文，准银一钱，低者以二折一。有藏蓄私铸铅、锡小钱者，许自首免罪，仍依时估给与铅、锡之值。不首者，捕治如律。
十九年六月庚午，添设镇守江淮总兵官。初，嘉靖八年间，江洋大盗发，大学士夏言时为兵科都给事中，奏请专设镇守江淮总兵官，督兵剿捕。未几，贼平。兵部奏请以其责任仍归操江武臣如故。凡浙江粮运，自苏、常里河取道者，从来由镇江京口闸抵仪真，其闸河土疏易淤。府、县必岁时浚治，然后粮运无阻。是年，京口闸淤阻，漕粮咸拨民船出孟渎河，多为海寇所掠，甚至执戮官吏。南京兵科给事中杨雷以其事闻，请治镇江知府张珤、丹阳知县周宁失时不浚河道之罪。诏下其疏都察院，令并参守土巡江诸臣。于是院参珤、宁及守备仪真都指挥解明道、总督金山备倭指挥童扬、苏、松兵备副使王仪，及水利巡司等官，宜行巡按御史提究，操江都御史王学夔、巡江御史胡宾宜罚治。得旨：“珤、明道等俱如拟提问。夺宾俸二月，学夔一月。并诘兵部以先年所设江淮总兵官，何因革罢？”于是，兵部具以兴革本未查复。因言：“今江洋群盗，连艘比舰，横行镇江、崇明诸域。盛陈兵甲，凶焰甚炽，不异嘉靖八年时。宜设总兵官，给以旗牌敕符，俾驻扎镇江，提督沿江上下兵防，西自九江、安庆，东及淮、扬、苏、常诸郡，凡备倭守备卫所及有司巡捕官，悉节制之。”报可。遂以原任分守柳庆参将、署都指挥佥事汤庆，升左军都督府都督佥事充总兵官，提督江淮等处巡捕。已而兵科都给事中冯亮等复请重金山指挥、仪真守备官事权，各加以将领之号，分任江南、江北地方，凡卫所掌印、巡捕诸官，悉令服属。庶声势隆重，可以为总兵官裨辅。且参海盗充斥，而巡抚都御史夏邦谟不以上闻，玩寇废职，不宜置之不问。部复，得旨：“悉如拟，责邦谟，令捕灭江盗，不许坐视误事。’于是升大兴左卫署都指挥佥事李浚为浙江都司都指挥佥事，总督扬州地方备倭；南京府军右卫指挥使路正为浙江都司署都指挥佥事，守备仪真地方。乙亥，改南京礼部尚书熊浃为南京兵部尚书，参赞机务。己卯，以灾伤改淮、扬、徐等处本年马为折色。丙戌，升礼部左侍郎、翰林院学士张璧为南京礼部尚书；刑部左侍郎宋景为南京工部尚书。