十年二月甲戌，以水灾，免直隶淮安、扬州二府所属州、县并留守等卫、所秋粮有差。癸未，巡按直隶御史余勉学条陈江防二事：“一、饬武备以固江防。言留都所重，莫过江防。仪真而下，巡江军缺。卫不满四十人，所不满二十人，加以月粮不给，俯仰为累。乞敕兵部议处，将镇江卫原坐京操军士量留，以备江防，及行沿江卫分，凡巡江军缺，务足百名之上。应得月粮，务以时给，使其平居则常川操练，有警则互相应援；一、设营伍以据要害。言瓜州远在下流，与京口对峙。东控洋海，北接淮扬，甚为要害。虽有仪真守备往来巡历，然周岁不数至，其余奸细，何所踪迹。乞敕兵部议处，量于扬州卫调拨官军筑堡瓜州，常川守备，与仪真等处声势相接，以防不虞。仍行彼处量造衙宇，以便往来防守。”兵部复议：“拨军筑堡，难以轻议，余俱可行。”诏从之。
六月甲寅朔，先是，有旨令天下有司积谷备荒，视所积多寡，以为殿最。至是，巡抚应天都御史毛思义言：“应天府尹江晓等所积米谷，溢于原数；苏、松、常、镇等府知府聂豹等不及限，宜有旌别。”得旨：“晓等体国为民，分别等第旌举。豹等各守侥郡，反不及数，行政守己可知，其参究以闻。仍通行天下抚、按官查考，造册送部，以凭朝觐黜陟，勿事姑息。”丁巳，起户部尚书秦金为南京户部尚书。
闰六月戊申，裁革扬州府通判一员，海、邳、通、泰等州各判官一员，如皋、海门、砀山三县各县丞一员，宿迁、睢宁、安东、沭阳，赣榆、盐城、宝应、江都、兴化、泰兴十县各主簿一员，沭阳、沛县、及吕梁洪各税课局大使一员，高邮州仓、两淮运司马塘、莞渎、临洪三盐课司各副使一员，邳州、江都县各河泊所河泊一员，吕梁洪下闸闸官一员。
改淮安府管马通判，山阳县管马主簿各—员为管河。
七月壬子，巡按苏、松等处御史胡体乾上言：“浙西诸郡，苏、松最居下流，即禹贡三江入海故迹。但今娄江、吴淞江已失故道。言者以为欲治水利，宜开二江，二江通则三江入海之故迹可复矣。至若苏州一府，以千里之地，纳诸路之水，东通大海，北通长江，其泄水也，有川。今者，潮汐迅疾，冲荡沙泥，而昔之开者已淤；其容水也，有区。今者，茭芦丛蔚，淤淀灰土，而昔之深者已浅，故水无所潴泄，泛滥为患。今欲疏治之，其策有六：一曰、开泄水之利；二曰、浚容水之湖；三曰、杀上流之势；四曰、决不流之壑；五曰、排潮涨之沙；六曰、立治田之规。其督理之官，又须专设，重其事权，假之岁月，以责其成。如今之右通政何栋，山东按察司副使陈文沛，昔治水吴中，材称干济，宜可擢任。”工部议：“行巡按官会直、浙巡按御史勘议具奏。”诏可。
八月丁酉，南京守备、魏国公徐鹏举、太监晏宏等言：“新江口乃京师咽喉，请以镇江卫原坐京操军士，仍旧存留操备，演习水战，以固江防。”从之。以旱、蝗免扬州、淮安二府各属州县田粮有差。
十二月庚辰，以灾例免直隶应天、苏州、常州、镇江等府粮税。辛卯，户部员外郎范韶、御史闻人铨各言：“宝应县范光湖为岁漕必由之道，而湖阔水汹，患尝不测，请开筑越河一道，使舟行河中，以免倾覆之患。若河堤不坚，决之甚易，宜建减水闸五座、浚赴海渠五条，筑堤节流，以防冲决之虞。”工部言：“韶生长湖滨，诠昔宰兹县，见闻必审，其说当从。”上是之。令总督漕运都御史等官会同勘视，计处至当以闻。
十一年正月戊寅，户部复：“直隶巡按御史钱学孔条奏三事：一，严追并以祛积弊。苏、松等府钱粮，豪猾侵欠者，动以万计。事发追赔，百方诡脱，名为监禁，替代居多，名为变产，占吝如故。及当比较，则又骗诈平民，为害滋甚。宜敕抚按官，严行所属，查有侵欺等弊，除年远产尽者，勘实除豁。其余务拘正身，立限追并，不许隐匿产业，攀累无辜。每季终，取其州、县追完钱粮数目，量其多寡，以示惩劝；一、时征解以杜侵欺。钱粮侵欠，多由奸徒包揽，或贿结官吏，凭藉势要，不即勘解，延至日久，官吏迁代，辄图埋没。宜行府、县，禁革包揽。凡粮长库役，每岁一更，钱粮既完，务严限起解。岁终以完解数目，籍报抚按；一、革赔补以便征纳。包赔粮石，经年累岁，虚数徒悬，宜革除旧额。惟清踏田粮，俾赋因田定，役与粮均。他如苏、常余米之征，池，太芦洲之课，或利归势豪，或地多坍塌，并行抚按，勘实蠲除，以苏民困。”诏如议。
二月丙申，升山东右布政使边宪为南京应天府府尹。
三月丙辰，革南京后军都督府署都督佥事陈璠提督操江。
四月癸卯，总督渭运都御史刘节奏：“黄河旧通淮河口，流沙淤塞，挑浚方完，粮运幸通。不意黄、淮二河伏水涨发，泥沙漫入河口，直抵淮安府城西浮桥一带，俱被沙淤，已兴工挑浚，以拯目前之患。更乞会议长久之策，或改河口，以避奔流，或筑长堤，以障巨浸。”疏入，工部议复：“令行节等以改河、筑堤二议，虚心访究，何者可以永保漕渠，杜绝后患。计定，即兴工挑浚，毋得后时。”得旨：“运河壅塞，堤岸坍塌，皆因近年管河官员不行疏导修筑所致。兹所议，俱依拟。通行各该管官员，用心修治。如仍前怠惰，御史参奏以闻。”
七月己未，户部复：“南京刑部奏，南京两法司入谷赎罪，今马豆不给，请令以豆易粟，每石二斗，当粟一石。俟有三年之储，仍复故便。”从之。南京都御史万镗奏：“南京各卫屯田，因无专官巡按，政多废弛。乞如在京巡屯御史例，无论在京在外各卫，俱隶南京巡屯御史管理。”户部复奏，从之。戊辰，以旱灾蠲免应天等府夏税有差。
十一月辛未，升吏部右侍郎许诰为南京户部尚书。
十二年三月丙午，升南京光禄寺卿张衍庆为南京都察院右副都御史，提督操江。
四月癸酉，命给事中王督催浙江及苏、松、常、镇四府积负织造缎匹。
五月已未，刑部左侍郎闻渊九年考满，升南京刑部尚书；改南京吏部尚书刘龙为南京兵部尚书，参赞机务。庚午，升应天府府丞柴奇为本府府尹。
六月乙卯，升南京光禄寺卿侯位为都察院右副都御史、总理粮储兼巡抚应天等府地方；改提督操江、南京都察院右副都御史张衍庆总督南京粮储。
七月丙午，升礼部左侍郎湛若水为南京礼部尚书。改巡抚辽东右副都御史周叙于南京都察院，提督操江。己未，以灾伤免淮、扬二府及徐州所属夏税及折征屯粮有差。
九月丁卯，初，广东巡检何儒常招降佛郎机国番人，因得其蜈蚣船铳等法，以功升应天府上元县主簿，令于操江衙门监造，以备江防。至是，三年秩满，吏部并录其前功，诏升顺天府宛平县县丞。中国之有佛郎机诸火器，盖自儒始也。
十月癸酉，以淮安等府灾伤，诏折征兑运米八万石，支运改兑米七万石，仍蠲免存留钱粮及折征各卫、所屯粮有差。
十三年闰二月乙卯，兵部复：“南京兵部尚书刘龙所陈江防事宜：一、操江官军，逃亡浙多，请令南京法司、甫直隶等处，凡谪戍不系极边者，俱发水军卫分，以补江操，三年而止；一、沿江兵卒，不习水战，无以防捕。宜令仪真，镇江、太仓、松江等选习水官军，为造轻船，备器械，使习水战，以备不虞；一、长江上下，舟舰通行，盐徒贼盗，混同出入，漫无稽察。宜行龙江等钞关抽分部官、仪真守备等官及所在通江有司，严为稽察，验引放行；一、沿江巡检司额设弓兵，不宜裁革。宜令所司，如旧佥补，及巡哨船只，有损坏者，宜即修造，以便追捕。”兵部议复，从之。
五月己丑，改巡抚陕西、都察院右副都御史王尧封于南京都察院，提督操江。甲午，诏除免直隶扬州卫泰州、通州二守御千户所新增无田子粒，从直隶巡按御史须澜奏也。
十一月甲申，户部复：“两淮巡盐御史陈缟所陈盐法事宜：一，招流移。淮，扬人户，多弃业逃徙，以兴贩为生。宜责成州、县招徕安集，或假与牛种，或免其逋负，岁终籍所招复之数，以凭黜陟；一、防漏灶。比来灶户，贫者流亡，而富者又复买脱，大非原额。宜以版籍为定，但有灶求归民者，按籍详核，毋得辄与改易；一、厚优恤。灶户各有盐课，而有司概以徭役苦之。宜照先年事例，灶田不许编派差徭。间有置买民田者，听其自输正赋。其有奸灶飞射、诡寄等弊，有司一体查究；一、免荡税。荡地原无赋入，且淹没不常，非岁稔之区。其已入赋额者勿论，余悉任其开耕，俟三年后，耕获有常，始开报起科；一、严引期。各边报中之商，但有违限者，核其年月久近，罪坐如例，毋得概罪；一、复食盐。淮扬所获私盐，许令各于本处鬻卖。如私盐之外，额引不及，照旧设立折盐铺户，于两批验所领买官盐，散各州、县，以资日食。”从之。