十月癸丑，南京礼部等衙门右侍郎顾清等条奏时政：“其一、停差官以杜骚扰。言锦衣卫官职在侍卫祖宗庙，非机密重情不遣。正德间，营差四出，海内骚然，兹陛下所亲见也。近扬州府乡官高瀹，以奏争家财，蒙遣锦衣卫千户叶风仪勘问。窃闻其录记资产，羁囚妇女，惨毒备至。夫事始私家，赃无实迹，而即上烦诏旨，非所以教民睦也。自今现任官以墨败者，自当重惩，如居家触法，宜付所司治之，不必遣官远出，则体统尊而法纪正矣。”章下都察院复议：“清等所奏俱切事实。其差官一事，本以事干豪强，有司不能独制，故特命锦衣卫官会勘，欲得事状速明也。今千户叶凤仪与巡按御史王鼎会问杜氏奏词，延至半年之上，不与竟结，而肆意妄为，平人受害，以致各官会题前来。鼎为风宪之臣，才力巽懦，勘事失职，宜别遣御史一员往代。”得旨：“叶凤仪其令安静行事，依法勘处，作速还京，不许推求过当，敛怨地方。王鼎巡按未久，待差满照例考察。今后锦衣卫官校非十分重事，毋遣。”
闰十月丁酉，总理河道、侍郎潘希曾言：“漕渠庙道口以下忽淤数十里者，由决河西来，横冲庙道口之上，并掣闸河之水，东入于昭阳湖，以致闸水不复南流，而沛县飞云桥之水，时复北漫故也。今宜于济、沛间加筑东堤，以遏入湖之路，更筑西堤，以防黄河之冲，则水不散缓，而庙道口可永无淤塞之虞。仍于黄河上流分浚赵皮寨、孙家渡二处，夫二水兼通则横流以杀，而运道可保无虞矣。”工部复奏。得旨，允行。
十一月癸亥，升兵部左侍郎周伦为南京刑部尚书。
八年二月己丑，时，丰、沛苦河患，而南北往来津挽不绝，民力大困。都御史唐龙建议，清仍设夫厂于鱼台之瀔亭镇，以分布沛县民力。工部复议。从之。
三月甲子，升工部右侍郎章拯为南京工部尚书。乙丑，巡抚应天都御史陈祥等报：“海贼百余人，泊舟常熟，登岸剽掠，敌杀官军，势甚猖獗。时以官盐久滞，私贩者众故也。”上曰：“东南财赋取给苏、常，乃容盗贼肆掠。其先夺巡捕等官俸，行抚、按督属悉计剿捕防守。巡按即核诸臣误事情罪以闻。奏内称盐徒私贩酿成祸本，尤为确论。其令淮、浙巡盐疏通禁治，如致滋蔓，责有所归。”
四月己丑，升广西左布政使王大用为应天府府尹。
五月庚子，先是，户部从御史李佶议，以迩来余盐多于正额两倍，宜添刷引目，令商人在边报中。正盐一千引者许报中余盐二千引，定其价值，赴运司上纳。今既行，两淮盐商告称不便。于是巡盐御史朱廷立言：“近奉钦依，添刷引目，盖欲使市无高价，而民食免无盐之苦，盐皆有引，而商人无夹带之私，法诚善矣。乃商人莫肯应者，盖其故有二焉：商人往时余盐，待其掣过，然后纳价。今新例先纳银而后领引，既输于边，又输运司，必此人皆巨商而后可，非所以责之中商、小商者，其不便一也，旧例商人支盐，除正盐二百八十五斤外，余盐二百六十五斤，淮南纳银一两六分，淮北七钱五分，比时官盐疏通，尚无利息。
今添中二引，共与盐七百五十斤，则除正盐外，余盐二引，才四百六十五斤，而淮南纳银一两九钱，淮北一两五钱。比旧之价，淮南增银四分，淮北一钱五厘。夫商人求利者也，有利则趋，无利则止，若使之负资本、涉边圉，而为无益有损之举，孰肯从哉！其不便二也。今宜以添设之引，先行给商，待其掣后纳价，以宽先期征并之急。其添中余盐价银淮南减四分，淮北减一钱五厘，以恤亏折之苦，庶商人无苦，而新法可行。”下户部复议，从之。己酉，升南京光禄寺少卿柴奇为应天府府丞。
六月甲戌，改南京礼部尚书刘龙于南京吏部。起原任巡抚宁夏都御史张睿为南京都察院右都御史，提督操江兼管巡江。丁亥，丰、沛二县河堤成，增设丰县管堤主簿一员。辛卯，升工部左侍郎何韶为南京刑部尚书。
七月壬寅，巡按御史王化言：“江阴盗侯仲金之乱，杀官兵二百余人，支解主簿，杀百户一人，请罪诸失事者，以为旷职之戒。”兵部言：“仲金之乱，守臣无言杀官者。”得旨：“江阴盔情，令直隶巡按御史作速勘报，巡江都御史严督所司，并力缉捕。似前怠慢坐视者，以名闻。”
八月庚午，复差南直隶清军御史。癸酉，升都指挥使崔文署都督佥事，充总兵官，提督上下江防，巡捕盗贼。初，兵科都给事中夏言等言：“镇江等处，盗贼纵横，沿江兵力单弱，全无备御。乞专设镇守江淮总兵官，于濒江要会处所驻扎，付以捕讨之责。”上是之。令推素有才望谋勇者二三人简用。兵部复言：“南京故有武职大臣，专管操江兼理巡捕事权，原重防御江洋，正其职守。止缘敕内开载不专，内有掣肘之嫌，外无节制之权，徒拥虚名，事难责成。今既欲添设总兵官，所理者皆操江、巡江之事，原设操江武职大臣，若复仍存，恐互相牵制，难以行事。宜将现任操江、安远侯柳文专在南京中军都督府佥书管事，别推一员，令其领敕专管操江巡捕。”上曰：“操江武臣仍旧，防御江洋盗贼总兵官，如前旨，会推二三人以闻。”因会推右都督马永、都督佥事杨锐，都指挥使崔文，特用之。丁丑，南京奉诏裁革冗员。丁亥，起致仕兵部尚书胡世宁为南京兵部尚书，参赞机务。
九月庚子，升南京刑部右侍郎边贡为南京户部尚书。甲辰，以淮安、扬州、海州灾伤，诏免存留税粮及折纳起运米有差。乙巳，改刑部尚书周伦于南京刑部。甲寅，以江南诸郡蝗，诏有司设法扑捕，毋令滋蔓，仍量发仓廉赈济。丙辰，以灾伤免应天府上元等县税粮有差。
十月甲子，革应天府及上元等五县管马通判、主簿，并马政于管粮官．革江淮巡检司。庚辰，以灾免应天、常、镇各府、州、县田粮如例，仍听折征兑军改兑南京仓米。
十二月丙子，升福建左布政使查约为应天府府尹。
九年二月壬申，更调总督漕运兼巡抚凤阳等处右副都御史毛思义及总理粮储兼巡抚应天等处右副都御史陈祥。初，祥为巡按直隶御史魏有本所劾。吏部言：“祥素有才望，虽督察似有苛细，而除贪祛弊，有益地方，舍短取长，不宜轻弃，请令祥与思义互调。”故有是命。甲申，吏科都给事中夏言言：“顷者，巡抚应天都御史陈祥劾奏苏州府同知徐州贪饕险坡，具有实迹，吏部已拟罢职。而巡按御史魏有本荐以为贤。及有本劾祥不职，而吏部盛称其才，不当轻弃，遂得调用。
夫一徐州而抚、按之臧否悬殊，一陈祥而御史、吏部之毁誉迥别，陛下何所凭以为黜陟哉？臣窃谓州之贤否廉秽，不可不核其实；祥，有本之荐劾公私，不可不求其故，吏部之可否是非，不可不致其确。请下吏部、都察院核实以闻。”于是部、院复言：“祥扬历有声，抚吴有着。有本与之有隙，疏摭参奏，部初拟请改调，盖所以曲全言官之体。至于徐州赃污狼藉，抚臣持疏纠论。苏、歙密迩，岂有本独所未闻，实欲自异于祥，以致是非倒置，激扬之体夫岂宜哉！诚当核治。请解祥、有本任，回籍听抚、按官会勘，具实上奏。并请申饬天下抚、按，自今敢有私任喜怒，弹劾不实者，抵罪不宥；荐举非其人者，有罪必连坐之。”疏入。上以吏部右祥，责其不公。罢祥、有本，俱回籍听勘。丙戌，诏革应天府上元等县羊户。先是，巡抚都御史陈祥言：“南京光禄寺司牲司羊户凡二十六人，皆征银上元等县，不下三百余金。而岁办不过奉先殿荐新羊羔一只、司设监羊毛百斤耳。宜存句容、溧阳羊户各二人应役，余悉罢免。”从之。
三月甲寅，升山西右布政使江晓为应天府尹。
八月庚申，刑部复：“南京刑部主事萧樟所言三事：一、重民命。言凡南京五城兵马及各卫所所逮罪人，惟机密重大，关系地方者，乃关白内外守备，其争讼细故，则听巡城御史付法司案治；一、明律例。言《大明律》奥旨未易窥测，《问刑条例》类皆节去全文，意多未备。当责所司取近时颁布《律条疏议》及《律解附例》诸书，讲求参考，务求归一，然后请自圣裁，着之会典；一、清词讼。言诸曹各有职掌，其所司词讼，有当自理者，有当听法司理者，其事未竟，不当复诉他所，彼此牵制，以致事权不一，适资影射之计。”诏从之。甲子，以水灾，诏减应天府税粮有差。
九月乙未，以旱灾，诏免应天、苏州、松江等府秋粮有差。
十一月丁亥，命广宁伯刘泰提督操江。