三月壬寅，总理河道侍郎章拯言：“西水支流，原自丰县漫溢至沛，横贯运河，冲决堤岸，其势径趋昭阳湖。以此运河南流势缓，停淤沙泥，几与岸平。今故道疏筑已通，面东岸势卑，土疏善崩，秋水泛涨，恐复淤决。乞佥复萧、砀原额浅夫，专令在沛，时常防守。仍令徐州管河通判督同沛县主簿、闸官，往来阅视，随宜疏筑。凡遇秋水时至，徐州管洪主事量调徐、吕二洪夫役，协力修浚。其管河等官，有能平治得宜，三年无患者，超格赏擢。”工部复奏。从之。
四月庚戌，先是，上俞太监梁谏之请，差官往南京织造。工部执奏不可。于是六科都给事中张嵩等、十三道御史程启充等各上言：“陛下初政，节用爱人，一切织造、采运之事，厘革殆尽，天下仰戴。奈何左右近臣，不知将美辅德，而争以生事炫能为功。动称供应不敷，奏蒙俞允，遣官南京织造。即今天象示异，水旱为灾，小民怨恣，江南尤甚。且差去官员，非贿不得计，非贪黩无以偿之，虽欲责令安静，不可得也。伏望皇上俯悯人穷，仍赐停止。”上曰：“言官以言为职。既奏乞停止，自合具实进言。如何始为谀词，终乃规谏，岂言官之体，且不究。”辛亥，命原任提督抚治郧阳、都察院右副都御史方良永总理粮储兼巡抚应天等府。乙卯，升南京吏部右侍郎胡世宁为南京工部尚书。己未，总督漕运都御史高友玑论劾太仓州知州王杨等兑运愆期，请究治。上以地方灾伤，诏夺各掌印官俸二月，管粮官提问如例。壬戌，户部复议：“总督南京粮储右副都御史韩荆言，应天、苏州等处，征解本部定场马草一百三十余万包，每包例折银二分二厘，岁输银辄余六千五百余两，俱系小民多纳之数。近年旱涝相仍，宜严行扣革，以后止征解一分八厘为则。”从之。甲子，升户部右侍郎王承裕为南京户部尚书。乙亥，初，命查各盐运司盐引。至是，钦定价值，两淮每引六钱，两浙四钱。从户部请也。
五月庚子，升浙江按察使陈鼎为应天府府尹。
六月癸亥，诏建河神司于沛县。时，漕河复通，议者以为神助，请复其故宇，春秋致祀。工部复请，从之。
七月丁酉，命南京都察院右副都御史郑毅总督漕运、巡抚凤阳等地方。庚寅，升总督漕运右都御史高友玑为南京工部尚书。
九月丁亥，改礼部尚书吴一鹏为南京吏部尚书。乙丑，以旱灾免淮安府存留夏税有差。
十一月丁亥，升总理粮储兼巡抚应天等府、都察院右都御史方良永为南京刑部尚书。丁酉，升浙江按察使欧阳重为都察院右佥都御史，总理粮储兼巡抚应天等府。
十二月癸丑，吏部尚书桂萼言：“臣闻祖宗漕运之法，必预储百万余米于淮安，乃令督运之官会计江南诸省岁入之数。有灾伤不足者，诸省自为通融补之，又不足，则继以淮安余米，此诚良法也。而今废之久矣。臣请以各关钞钱及南方诸省缺官银两，尽发淮安，乘丰积米，以备灾伤。”上令户部斟酌可否以闻。辛酉，升致仕南京刑部右侍郎周季凤为都察院右都御史，总理粮储、巡抚应天。
七年正月乙酉，总督河道右都御史盛应期言：“沛县迤北河道，地形卑下，泥沙易集，似故累浚累塞。今询之官民，咸称昭阳湖东，自北进汪家口，南出留城口，约长一百四十余里，可改运河。北引运河之水，东引山下之泉，内设蓄水闸，旁设通水门及减水坝，以时节缩，较之挑浚旧河，劳逸远甚，且可为永久之利。计用夫六万五千人，于山东、南、北直隶相近府分征调。仍量行雇募，用银二十万两有奇，取之两淮盐价，而以山东官帑所贮佐之，期六月而毕。”事下廷臣杂议，皆言应期议是。上乃命应期及春和督官兴事，且诫各巡抚等同心协力，共成大功。应期又请令管河郎中柯维熊、员外郎王大化于赵皮寨、孙家渡、南、北溜沟等处，役工挑浚，以杀上流之势。武城迤西，至沛县迤南，修筑长堤，以防北溃之虞。俱从之。甲午，太子太保、南京兵部尚书李充嗣复疏乞休，且荐兵部左侍郎伍文定自代。诏许之。以淮、扬连岁灾伤，诏以兑运米改折四万五千石，石银七钱，徐州改兑米一万八千石，于临清广积仓如数支运，俟丰征补。
二月乙已，修南京太庙前殿。甲寅，升太仆寺卿唐龙为都察院左佥都御史，总督漕运兼巡抚凤阳等处地方。丙辰，改提督三边、太子太保、兵部尚书王宪为南京兵部尚书，参赞机务。
三月壬辰，升户部左侍郎胡瓒为南京工部尚书。
五月辛巳，升尚宝司少卿杨璨为应天府府丞。
六月甲辰，户部复：“廷臣会议，两淮盐额数少，民食不充，灶户煎有余盐，置之无用，是以盐价翔涌。欲令漕运大臣兼理盐政，听将灶户余盐报官中商，量征十之二三，以救贫灶，则盐价可平。仍以征卖价银，分解水次仓场，遇丰年则收籴杂粮。若江南荒歉，则量征折色，而以所贮之粮转输入京，以充运额。仍以折银通解涫运，以为籴本，则轻重相权，远近相济，不三五年，国赋既足，而盐法亦大通矣。请漕运盐法衙门计其利便。”上谓：“户部典司国计，盐课盈缩，利弊兴革，仍其职守。今盐价腾贵，私盐盛行，将来恐酿大患。此议屡经廷臣论奏及巡盐御史建白，必有所见，果窒于行，亦宜明复。奈何数请行勘，以致经年不报，徒事虚文。其即查各官所议，酌量人情国法，当行当止，务求归一以请，但俾国计，毋泥旧文。盐法仍属巡盐御史管理，其征解籴置俟后行。”
七月壬午，是时，总理河道都御史盛应期，疏浚昭阳湖东一带新河，工已及半。会旱灾修省，言者多谓新河之开非计，诏罢其役，并罢诸治河者。应期请俟秋深，果旧河通流则已，如仍有阻碍，须终新河之工为经久利。户部请从之。且言河道总理官不可罢。得旨：“应期回京别用，另选忠诚才望大臣代之。”竟罢新河之役。
八月辛丑，工部右侍郎兼左佥都御史潘希曾疏言：“近年沛漕沙淤，旋挑旋塞。盖由秋水泛涨，黄河奔冲所致。尝考河流故道非一，其大而要者有三：一、孙家渡经长淮卫趋淮入海；一、赵皮寨经符离桥出宿迁小河入梅；一、沛县飞云桥经徐州趋淮入海。孙家渡、赵皮寨乃上流之支河，飞云桥乃下流之支河。弘治以前，三支分流会于淮而入海，故徐、沛亡患，漕渠不淤。今上流二支俱就湮塞，全河东下并归于飞云桥一支。下束徐、吕二洪，上遏闸河，流水溢为游波，茫无畔岸。于是决堤壅沙，大为漕患。今日之计，固当挑浚旧漕，以通粮运，加筑堤岸，以防冲决。然非疏其上流，秋来水发，沙虽挑而复淤，堤虽筑而复决。
近因赵皮寨开浚未通，正在疏孙家渡以杀河势。第恐巡抚事繁，副使力寡，请敕都御史潘埙，严督管河副使，调集夫役，选委职官，亟为疏浚，克期成功。功成听臣阅实具奏。”上嘉其议，从之。乙巳，南京工部等官言：“南京神帛堂织造制帛，内官监成造竹器，先年各监朦胧奏添夫匠等三百七十五名户，及甲字等库近来奏添借拨人夫一百二十九名，岁勒上、江二县折银一千五百余两宜如诏裁革。其民匠优免，宜如正德六年例，系近年投充者听贴二丁，毋得影占全户。”下工部复议，报可。己巳，南京织造制帛丝料例坐上元、江宁二县铺户买办。后从应天府尹王爌议，请于南京丙字库所收贮丝内择取应用。至是，守备太监高隆疏言：“本库丝料不堪织造。”上曰：“制帛乃奉享祀至重仪物，宜照祖宗旧例行。”
九月庚午朔，罢总督河道、右都御史盛应期、管河郎中柯惟熊，俱冠带闲住。初，应期议开新河，惟熊赞之甚力。应期督工趋迫，人颇怨。朝议罢役，应期请缓一月，毋停工，保其终事。惟熊复甚言其不便，应期亦上疏自理。部议两罢之。应期果毅任事，既奏新河，因谬议纷起，欲急于成功，以杜众口。遂以言急兴怨，功未及成而罢。然其所开新河，后三十余年，卒循其遗迹疏之，运道至今蒙利云。丙申，工部复：“南京各衙门修省疏，言南京新江口战、巡等船四百只，每船费银二百余两，修理亦不下五十余两。例约五年一修，十年一造。守者漫不加意，易致损坏，徒耗官值，无裨实用。乞如正阳等门军器例，专委主事一人，朔望阅视。但事关兵务，恐非一部属所能独任。宜增差南京兵部主事、南京兵科给事中各一人，每季终会同阅视。有复踵前弊者治以罪。”从之。