明嘉靖（二）二十五年正月庚辰，敕刑部郎中朱衡，王时俭往南直隶江南、江北恤刑。
二月甲午，裁革扬州朝宗二闸。从总督漕运都御史王奏。
三月甲子，升户部左侍郎夏邦谟为南京户部尚书。乙丑，太仓州海寇平。庚辰，户部复：“巡抚应天都御史欧阳必进言，应天等十一府旱灾，乞留解京银三万两赈济。”许之。癸未，以淮、扬重灾，命两淮运司发余盐银二万五千两赈恤灶丁。
五月戊午，升太仆寺少卿蒋应奎为应天府府尹。
六月壬子，升刑部左侍郎俞茂坚为右都御史、总督漕运兼巡抚凤阳。
九月壬申，升工部左侍郎杨麒为南京工部尚书。己卯，以水灾，诏免淮、扬所属州、县税粮有差。
十月壬寅，巡抚应天都御史欧阳必进等言：修浚苏、松水利，乞议处财用，留正官，添设管工郎中。上从部议。以东南连年灾伤，修治事宜，惟令彼处抚按官严督所司相宜举行。水利郎中不必增设。
二十六年二月戊申，吏部给事中张汝栋劾奏总督南京粮储，右佥都御史杨宜不职宜罢。因请裁革南京督储都御史。吏部复言：“宜资望已深，简用前职，未闻不称。”诏宜调外任用。其南京粮储应否裁革，还会户部议奏。于是二部会复：“南京户部有尚书掌理部事，侍郎带管粮储，自不相妨。京、通二仓，具系户部堂上官总督，南京事体，宜与相同。都御史不必设，巡仓御史原设二员，比照北京事例，亦宜裁省一员。”诏俱从之。
三月乙卯，升兵部左侍郎万镗为南京刑部尚书。
四月癸卯，升大理寺左少卿周释提督操江。
六月戊戌，以灾伤免扬、淮所属州、县夏税有差。
九月己未，以灾伤免徐、沛、萧各州、县秋粮有差。丙子，升南京都察院右都御史韩邦奇为南京兵部尚书，参赞机务。
闰九月丁酉，升兵部左侍郎赵廷瑞为南京户部尚书。辛丑，升应天巡抚欧阳必进总督漕运兼巡抚凤阳。
十月辛亥，升广东左布政使周延为都察院右副都御史，总理粮储，巡抚应天。甲寅，户部会议漕运补脚米事宜。谓：“南京、江北、中都五总浅船俱在瓜、仪二坝寄泊。官军至江南领兑，惟江北三总有过江脚米一斗三升，为雇船盘坝修船之用。其南京卫分，每石止有雇船过江脚米七升，而盘坝旱脚，俱于各船本等加四耗米内支费，又无余米帮助修船。查得领兑江浙三六耗米，每石扣斗米，折银五分，除解军之料价外，量扣一分，以充诸费。”报可。
十一月壬辰，开户部右侍郎韩士英总督漕运，兼巡抚凤阳。
二十七年二月丁未，遣户部郎中宋尚文至苏、松、常、镇，催查京粮。乙丑，吏部左侍部张治为南京吏部尚书。己巳，革苏州总兵周彻任，以御史吴相劾其交夷通贿也。乙亥，改总理河道右副都御史胡松总督漕运兼抚凤阳。
三月丙子，巡按直隶御史陈九德言：“国家财赋，仰给东南，而苏、松、常、镇四府居半，但其土沃民饶，飞诡百出，管粮同知，权轻不能镇压。或持法稍严，豪猾大姓，辄相与排挤去之。故奸弊滋长，国赋不登。请特重其事权，以苏、松兵备兼理。”从之。丙申，添设直隶苏州府新闸闸官一员。丁酉，以服阕提督南京粮储、右佥都御史王守总理河道。
四月庚戌，命南京前军都督府掌府事、丰润伯曹松提督操江。甲戌，以暄热，命南京法司审录系囚，当出者，贳减有差。
九月辛巳，以灾伤，免淮、扬、徐属邑及卫、所屯粮有差。丁亥，升都察院右副都御史龚辉总督漕运兼巡抚凤阳。
十月丁未，以江洋多盗，夺江淮总兵李俊俸半年，戴罪防守。下指挥孙金等巡按御史问。
十一月乙亥，两淮巡盐御史陈其学言：“两淮民灶田中多混淆，赋役不均，宜履亩划界，仍勒石以垂久远。凡灶丁买民田者，三十亩以上、五十亩以下，应民役之半，百亩以上，役与民同。又南京户部关支食盐于仪真批验所者，权重不如法，宜较勘如一，以示平准。至于各岁漕船还日多带私盐，吏不敢诘，当于淮安之三汊口、扬州之东关水口，令郡佐一人稽察。且沿海近场与行盐之地，各卫、所不领于宪臣，不便防奸。自今、凡事干盐法者，悉听巡盐官处分，他司勿有所与。”下户部，复可。
俱允行。戊寅，户部议上漕运新定事宜：“一、凡违限有司、军卫官，俱听监兑主事于兑完之日，会按臣弹奏，本部分例题复。有司则属各按臣逮问，军卫则属督漕都御史发理刑主事治罪；一、江南势豪之家，粮至数百千石以上，不早入仓，有司因使之自运，不领于粮长，初亦甚便。今则缘此多掺糠秕，强军私兑，不足则计户科敛以兑之。宜行各郡邑长吏，俱以岁十月开仓，即赴漕运官报完。诸如前者，罪以律。有司催征失期，至误一百石上者，夺俸视事，二百石上者，罚递加；一、其溧阳运米于无锡水次者，民苦不便，宜还本县。”报可。己亥，升太仆寺卿方纯为都察院右佥都御史，总理河道。
十二月丙午，升南京都察院右都御史刘訒为南京工部尚书。辛酉，命镇远侯顾寰充总兵官，提督漕运，兼镇守淮安地方。戊辰，福建海贼林成等流劫至南直隶界，苏、松兵备副使魏良贵檄太仓州署印同知周凤岐等，集兵捕之，擒斩三十余人。事闻。诏赐良贵银币，凤岐等操江抚臣犒赏。
二十八年正月辛卯，先是，直隶巡按御史陈其学奏：“漕运、河道二臣皆国计所系，非久任无以底绩。前年秋冬间胡松推河道，韩士英推漕运。去年春初，士英始莅任，不逾月升南京户部尚书，仍以松代。松至淮，亦不逾月，升户部右侍郎，彼此更代，视如传舍。宜行久任，以专责成。待其年资渐深，劳勋茂着，然后不次擢用，庶于国计有裨。”吏、兵议复。报可。
二月丁巳，改南京礼部尚书王学夔为南京吏部尚书。癸亥，升云南左布政使吕颛为应天府府尹。乙丑，改南京刑部尚书万镗为南京礼部尚书。己巳，升福建布政司右参议何鳌为应天府府丞。
三月壬申，改南京工部尚书刘讱为南京刑部尚书。丁丑，南京给事中李万实，论提督操江都御史周释昏懦无为。诏调南京别衙门用。壬午，开工部左侍郎屠楷为南京工部尚书。戊子，升山东右布政使李遂为南京右佥都御史、提督操江。
四月辛亥，户科都给事中罗崇奎言：“货利所在，最易溺人。今各省钱粮，皆左布政使一人主之。夫支调烦则有增减羡余之积；事权一则有欺隐自便之私。而巡按御史不肯任怨稽察。及至交代，遣一州县属吏查核具文而已。臣请自今凡查盘各布政司钱粮，必御史亲至。如御史势有不及，则专用右布政画期监视。凡封钥出入，必相关白，以制专便之私。”疏下都察院勘议。左都御史屠侨等议曰：“钱粮隐弊，不在仓库积贮之时，而在收放低昂之际。放欲御史不时巡视，有弊即纠，非但以磨校簿书为能尽其私也。自今布政司钱粮出纳，不得以火耗、公用为名，额外多取。左、右布政使文移必同签押。至于收放，则须公同出纳封记，不得以沿习故常，互相嫌让，御史则加意综核之。其在南直隶府、州、县者，巡按御史均有稽察之责，亦依此法从事。”议入，从之。
七月庚寅，工科给事中赵輄奏：“迩者，臣验收南直隶等处所解诸戎器，多粗恶难用。查得嘉靖二十一年，诏令各处军器折征料价，以苏民困，二十五年始复本色。今该库所积尚可给数年之用，乞照前例，令各处工料俱折价解部。”从之。
九月戊寅，户部复：“巡盐御史陈其学疏陈盐法四事：一、筑海堤。谓通、泰二十盐场，应增筑堤堰，其工费即以所贮赃罚等银充之；一、清关税。谓商人掣盐过钞关，旧例止纳正税一票，今委官留难重榷，以至三票，宜行禁革；一、减盐价。谓余盐价银每二百六十五斤，淮南征银六钱八分九厘，淮北征银四钱九分，宜比旧各减二分八厘，以恤商困；一、禁私贩。谓江浦、六合一带，私盐盛行，宜将浦子口城里设巡捕盐官，其守御等官，并听巡盐御史查比约束。”奏入，从之。乙酉，以水灾，诏徐州并萧、砀等州县改兑粮米，俱于临、德二仓拨补支运，仍量征脚价。其各卫、所屯田子粒亦照例折银输纳。
十月戊午，升河南左布政使王汝孝为应天府府丞。
十一月己卯，升兵科都给事中胡叔廉为应天府府丞。