十二月丙申，巡按直隶御史陈其学奏：“徐州吕、梁二洪，先因水涸陵险，设有洪夫二千四百有奇。自嘉靖二十三年，黄河自西来注之，漕挽顺利，人力甚省，乃洪夫仍取盈旧额，徒滋虚糜。乞量行裁损，以宽萧、砀民力。”疏下工部，请命总理河道官酌议，报可。己未，凤阳巡抚龚辉奏：“淮安、赣榆、沭阳、安东、清河及海、邳等州县，连岁灾伤，户口逃亡大半，而钱粮照额科派，积年逋负，徒存虚数。又将现在疲民代偿，日朘月削，存者必逃，逃者不返，穷困之极，恐酿他变。乞将积欠凤寿仓粮尽行蠲免，庶凋残少苏，逃移复业。”户部复：“宜行抚臣选委廉干官查核仓粮，如系侵欺隐射，务令追征；若果小民逋负，以十分为率，每年带征二分；其荒芜转徙，务令有司加意招复。若有实效，不次擢用。”诏从其议。壬戌，改南京吏部尚书王学夔为南京兵部尚书，参赞机务。
二十九年正月乙未，改南京工部尚书屠楷为南京吏部尚书。
二月壬子，南京兵科给事中甄成德疏江防四事：“一、修教场以时简练。新江口营旧有水、陆二操。水操于码头，陆操于教场，后皆为江水冲没。当敕所司建置；一、处操船以备远图。新江口操船未及修造之期，辄先漏损，宜量给补葺费，仍令工部官不时阅视；一、严按伏以防不虞。沿江伏兵之地，东曰观音港，西曰上新河、和尚港，皆当严备。而兵部者往往卖闲私役，即兵亦惰弛，未尝往来侦伺，请一切裁之以法；一、查原额以实军伍。江防官军，寒暑不辍，往往诡籍逃伍，十减二三。宜悉计处补，或改正，或清勾，可令各伍充实。”事下兵部议，俱可。从之。
三月癸酉，改南京户部尚书韩世英为南京兵部尚书。癸未，户部言：“两淮行盐地广，私贩盛行，官盐十不能行三四。且各处每岁追缴退引，拖欠常多，致商人辄隐射为奸。请如御史杨选议，敕清军御史兼理。仍行各路，申明禁例，务杜绝私贩，疏通正引。”从之。
四月己亥，以淮安所属四县灾，改岁派马折色三年。壬戌，升浙江左布政使张烜为都察院右副都御史，总理粮储兼巡抚应天。
六月丙辰，巡按直隶御史赵锦奏：“江洋群盗，多系贩盐草窃之辈，出没萑苻间，什五为群，时发时止。驱逐剿捕，直有司之事耳。今无故设一大将，开府镇江，又远调淮、大、通、泰等卫官军，饷以苏、松、常、镇四府钱粮，所在骚然，奔命不给，而实无一事可以自效。冗员冗食，未有胜于此者，宜如旧制罢之便。”兵部复行勘报，诏从锦议．甲寅，升南京太常寺卿汪宗元为都察院右副都御史，总理河道。
闰六月戊子，以旱灾免淮安、扬州等卫、所夏税有差。
八月甲子，命奋武营坐营、署都督佥事郭琮充总兵官，提督漕运，镇守淮安。
九月癸卯，调原任户部尚书潘潢为南京工部尚书。辛亥，起原任巡抚贵州、都察院右佥都御史王学益为南京都察院右佥都御史、提督操江。壬申，以灾伤免扬州、淮安所属州、县税粮并改折兑运米有差。己卯，遣户部郎中刘鉴、林壁、吴守贞、周威、主事成天俸、刘尔牧往苏州、松江、常州、淮安督催逋赋，所至有司悉听举劾。民间有愿入赀受官者，得以空印札付填给。以旱蝗免南京英武等卫、所屯粮有差。
十月戊子，添设参政一员，于苏、松、常、镇四府督粮。
十一月壬辰，调山东巡抚孙世佑总督粮储，兼巡抚应天。辛亥，黜苏州督粮御史李遂为民。己未，诏查南京四十二卫屯田隐占侵削诸弊，其本丁逃绝，他户佃种者，俱署名补伍。不则将原田入官，改募屯军给之。
十二月癸未，升山东右布政使杨宜为南京都察院右佥都御史，提督操江，兼管巡江。
三十年正月丁未，户部言：“各边召募兵马日增，供费不给，宜通融酌处，广求足用之术。如淮、扬、徐、邳诸州郡，或已募兵，或各修边，或有雇募，难以复议。其余可依坐派京料银例以多寡为差，应天府三万，苏州府八万五千，岁限十月以里解部支用。违限三月者，司、府、州、县掌印官、管粮官住俸，半年以上者，参究降黜。候边方事宁停止。”报可。己卯，升刑部右侍郎彭黯为兵部左侍郎兼都察院右佥都御史，巡抚应天。
三月丙申，改右佥都御史任瀛提督操江。己亥，升浙江左布政使连扩为右副都御史，总，理河道。
四月己未，改巡抚南赣、汀、漳、右佥都御史卢勋提督操江。癸未，裁革苏州府吴江县松陵驿。丙戌，两淮巡盐御史高镛议上户部所核盐法事宜，谓：“给事中姜良翰所请，每正盐一万引外，稍加浮盐二千引，减半征价，通计止加一十四万余引，得价仅四万余两。不若于部议每引正余盐外包内再加百五十斤，照常纳价，既免加引，岁可得银二十五万两，其御史杨选欲留司运解部赃罚收买余盐，查岁解赃罚止八千两，而选议拟增余盐引三百万，亦既不敷工本，况天时、人力岁办不等。原额引不过七十余万，骤加四倍，亦恐壅滞难行。不若于部议包加一百五十斤外，仍加五十斤，共二百斤，以定一引之数。前正余盐既俱开边，此盐宜令商人自行买补赴掣，入银运司。通前可得银三十四万，同割没盐银，如旧解部便。”部复报可。
五月甲辰，巡按直隶御史赵锦言：“直隶淮安至山东兖州数百里间，民多流移，荒田弥望。乞蠲其逋赋，宽其重役。其闸洪泉坝等夫役，请于漕运四百万石内，每石加银二分雇募。仍简命才望之臣，督有司抚绥开垦之。”户部复、“官可无遣，诸逋负请自二十七年以前尽蠲之。漕粮增派夫银，宜行漕运、河道二臣议。”得旨：“地荒民逃，屡诏抚辑垦辟，有司全不奉行，仍选有心计才干官一员，量与宪职，专往经理，俟有成绩，方许别用。”己酉，朝鲜国人管令金等八人，以航海值飓风漂至淮安，守臣驿送京师。诏恤而遣之。癸丑，诏停应天府加派粮银。
九月己酉，以灾伤免应天、苏、松、常、镇等府并徐、邳等州、县、南京锦衣卫、所田粮有差。甲寅，以水灾诏淮安所属州、县及扬州之宝、泰、徐州之萧、砀，改兑米于德州仓，支运二万石，仍如例蠲免。
三十一年三月甲午，改总理河道、都察院右副都御史连总督漕运兼巡抚凤阳。升南京钦天监正周相为应天府府丞。己亥，升河南左布政使曾均为都察院右副都御史，总理河道。
五月戊戌，改南京吏部尚书屠楷为南京兵部尚书，参赞机务。
六月甲子，兵部复：“原任南京兵部尚书韩士英条陈马政，一、上、江二县岁出马给南京诸营，民力不堪。宜量于江南所输京师折色马一千九百余匹中，改本色二十之一给南京营。每匹如例补价十八两，类解兵部，以充岁数；一、南京诸营马，当下圩者，圩旧在镇南等卫和尚港、铜井诸处，滨江旷野，牧事不便，宜令人佃之。易以各营教场及京城内外三条街、鸡鸣山等场；一、南京内外守备，自正德间增设之后，每十日至役马四百匹，岁费刍豆以巨万计。今所增守备已革，则马亦宜减；一、养马宜顺其性，夏秋马嗜青草，而以宿稿予之，是空费也。宜月给军银三钱六分，令买青饲马；一、各卫草场，自嘉靖九年命御史清查后，二十余年矣，奸民欺隐，豪右兼并，几不可问。宜复令屯田御史俱核之；一、马户纳马，本部所司，既具复后，又历内外守备及兵科辗转稽淹，动盈月余，以为民累。今宜独令该司及兵科验给马户。次日，诸营马队俱以牒报守备，凡营马不堪，即责马户买易，为累甚多。宜令每马一匹，加银一两；一、原编马户四十八名，岁久消乏。乞许该司会同科道添派，分上中下三等，更班买马。”报可。
八月丙子，南直隶屯田御史张鉴条陈便宜：“一、乞复南京四十二卫教场，除其屯粮计一百二十余石；一、屯田每一分补空丁一名，及时耕种，暇日操练，免其赴运、赴操，以示优恤；一、严查势族侵占及冒报升科者，尽没入官。仍拨余军屯种。”下所司议复。从之。
九月丁酉，升应天府府尹欧阳塾为南京工部右侍郎，提督操江。河决徐州，房村至邳州新安等处运道淤阻五十里。御史黄国用以闻。诏督理河漕大臣，先议通运船，以次塞决疏浅，并条列利弊具奏。戊戌，巡抚应天都御史彭黯奏，捕得江洋盗黄永忠、龚十八等。诏即其地诛之，赏兵备副使饶思聪银币，夺失事、吴淞江所掌印指挥陈大纶职，及金山守备王世科等俱下御史逮问。壬寅，改南京户部尚书王崇庆为南京礼部尚书；升江西右布政使蔡克廉为南京都察院右佥都御史，提督操江；南京光禄寺卿扈永通为应天府府尹。丙午，以淮安、扬州、徐州各府州、县频年大水，量准折征秋粮如二十四年例，仍令所在有司发赃罚银及预备仓粮，相兼赈济饥民。