六月乙丑，南京右佥都御史高明言：“迩者，盐徒王胡子、艾英就擒，实镇江卫正千户李隆、小旗董恩之功，宜量加升用，以为将来之劝。”命各升一级。己巳，南京锦衣卫百户袁宁奏：“南京近多贼盗，守备等官别有职务，乞命大臣一员，专理其事。”下刑部议：“弭盗安民，守备等官先务也，乞移文谕之。仍选巡视御史一员，严督五城兵马司并锦衣卫军校缉捕，一如旧例。或守备官别有长策，自当议行。”从之。
七月丙戌，诏常州府应纳南京各卫仓夏税，改征银价，以水灾从巡按都御史邢宥请也。丁未，总督南京粮储、南京户部尚书陈翌奏：“初，南京工部奏准，法司所问囚人当纳米赎罪者，改纳灰瓦等料，以佐修理之用。今修理渐省，而仓廪已虚，欲令囚人杖以下纳料，徒以上仍旧纳米。”刑部尚书陆瑜请行南京户、工二部会法司议行之。诏可。
九月癸未，刑部郎中陈俨审录南直隶狱囚，出死罪之有冤者十人，皆为辩明，具狱上请。从之。
六年二月丙子，南京河南道监察御史吴禋奏：“南京两法司处决重囚，或一次止决一人，或二三人，俱要原委决囚御史、主事并锦衣卫官三员同赴京复命，水陆应付，民力艰难。乞将该决重囚，仍旧会官处决，止令御史一员复命，或具疏以闻，庶免下人劳扰。”上以处决囚人数少，只具奏闻，如十人以上仍如旧例行。
三月甲申，六科给事中潘荣等因灾陈言，请免南京造马槽送京，及灾伤之处成化五年分年例买办、采办，以纾民力；以银折内外官俸而存其米，以备赈济。壬寅，免直隶苏、松、常、镇四府、苏州、太仓、镇江三卫去年秋粮二十四万八千余石。以水旱灾伤也。
四月甲子，重修南京十庙完。守备太监安宁、成国公朱仪等请令词臣撰文刻石，以纪其事。上命吏部尚书兼文渊阁大学士彭时记之。丙寅，以水灾，免直隶溧阳、溧水、句容、六合、江浦等县税粮共三万六千四百余石。
五月乙巳，户部奏：“先因湖广乏粮，以仪真见收余盐五万引，运往赈济，然水陆远险，为费甚广。以如南京御史所言变价淮盐例，令原委官将未运之数，会巡盐御史变易价银，赍送荆、襄巡抚都御史杨璿，籴粮赈济。”从之。
九月己卯，命都察院右副都御史滕昭巡抚苏、松等处，总理粮储。戊子，改兵部尚书兼大理寺卿程信为南京兵部尚书，参赞机务，兼职如故。
十月戊午，南京守备、成国公朱仪奏：“江水泛溢，冲塌上新河口岸，河口坍入三十五丈，两岸军民房室灾者四十八间。”事下工部复奏，移文南京工部会守备等官勘议。
十一月壬辰，免南京大胜关及江东巡检司冬春二季所料钞之半，以河水淤浅，商船难行故也。己亥，应天府江浦县民居火，焚军民营房二百六十九家，飞火及江淮卫，马船焚十二只。刑部请逮管船指挥等官罪之。诏可。
七年正月甲申，总督漕运兼巡抚淮扬等处右副都御史陈濂奏，运河一带，济宁居中。而南北分流，久不疏浚，蓄水不多。况两京往来，向外官多不恤计，不候各闸积水满板，辄欲开放，以便己私，而南京进贡内臣尤甚。以此走泄水利，阻滞粮运。今欲会同山东巡抚、守臣计工挑浚，且请旨禁约。事下工部复，从之。
二月壬子，复设苏州府钞关，以户部奏京库岁用钞不足故也。戊辰，改注南京都察院右金都御史张鹏于都察院总督漕运兼巡抚淮扬等处。
三月丙子，南京守备、成国公朱仪请修理南京武学，欲用往年造常平仓所余木植，并各厂未支物料。事下工部，以为宜行南京工部核实，乃可如请。从之。乙卯，设应天府常平仓官，并除本仓粮湿腐亏折之数，仍计每石所亏，以为后例。先是，南京兵部尚书李宾奏，于应天府置仓贮米，而未设官。至是，户部因应天府民告所贮米湿腐，多有亏折，请为除豁，因请设官监守。从之。丁卯，礼部奏，南京江东门外江水泛溢，崩颓北岸，损坏民居。
五月丙子，增设两淮天赐场盐课司，置大使、副使各一员。时巡抚淮扬等处御史陈濂等奏：“天赐沟有古灶迹三处，地广水咸，宜设场煎盐。”故有是命。
八月戊午，免两淮富安等二十三场盐课司折盐秋夏税二万八千二百五十二石有奇，草四万四千五十六包有奇，计折小引盐六万五千三百九十五引有奇，以去年夏秋水旱故也。
九月乙酉，淮安府掌府事、参政杨昶，听漕运总兵杨茂、参将杨佑嘱，以造船木价银付民人傅诚买木，剩银千三百余两，有发其事者。法司请并逮诣狱，上从之。惟茂、佑令具实回奏。茂、佑抵讳，亦竟宥之，昶等皆赎徒还职。戊于，命南京协同守备泰宁侯陈泾佩漕运印，充总兵官，总督漕运，镇守淮安等处。
闰九月癸卯，免淮安、扬州二府所属州县官明年朝觐，以地方被灾也。丙午，吏部尚书崔恭起复至京，改南京吏部尚书。辛亥，开设直隶常州府靖江县。时巡抚都御史滕昭言，常州府江阴县马驮东、西二沙，地在扬子江心。以里计广逾三十，袤凡七十有余，其间旧有里分五十图。去江阴县治往回江面七十余里，风涛不测，乞于本沙旧土城内，开设县治，名靖江县，并立儒学，以训生徒。会官复奏，如所言。从之。
十一月丙午，免徐州萧、沛、砀山、丰诸县夏税麦、丝。
十二月辛未，蠲应天府浦子口官房税三分之一。洪武间，浦子口盖官房九十四间及水磨二所，油榨、酿具二副，军民就居，岁纳钞六千七百一十余贯。至是，房多被江水冲塌，地基荒弃，现存住者惟纳钞二千五十二贯，其余皆负累里甲包陪。南京户部尚书陈翌请以其地基七亩二分，召民佃耕，余蠲其税，遂有是命。甲午，以应天府尹毕亨为都察院右副都御史，巡抚南直隶并总理粮储。乙未，巡抚淮扬左佥都御史张鹏奏：“淮、扬近岁水旱荐臻，人民缺食，而各仓所储有限。今两淮所属富安等场，自成化三年至五年，现存粮草折盐，并仪真批验所续收私余、没官等盐共十一万五十引，请令委官变易时价，籴粮上仓，庶几赈济有备。”户部奏，各边粮少，先巳建议以此变时价解部，送边支给，今仍令摘拨五万引解部，余皆从其所言。上是之。
八年正月辛亥，给淮、扬二府浚河人夫口粮，日米一升，麦一升五合，俱于本府官仓及常盈仓开支。从管河郎中郭异请也。庚申，升顺天府尹彭信为应天府尹。
二月戊辰朔，以刑科都给事中白昂为应天府丞。丙戌，敕南京右副都御史罗篪督操江官军，巡视江道，起九江，迄镇江、苏、松等处。凡盐徒之为患者，令会操江王琮等捕之。所有误事者，俱听随宜处治。
三月庚申，南京三法司与锦衣卫奏，会审囚犯，有问拟斩罪者六人，皆情可矜疑。命免死谪戍。以星变修省故也。甲子，南京刑科给事中俞俊言三事：一、乞敕南京守备官选都指挥一人于安庆、九江往来提督巡江。安庆军士备操南京者，官遣回本卫操守，仍令守备。仪真署都指挥都胜，兼督扬州；一、乞淮安清江浦常盈仓增筑城堡，以防不测；一、乞禁漕运官员借贷权贵银物，因为结纳，逼勒陪偿，致耗粮米，及交兑受赂，卖于军役，私代物货，及收粮官多加羡米，堆晒官地，索取佃钱诸弊。而支运余米，宜量加以备折耗。其参将袁佑力小任重，宜行罢黜，别选能者代之。事下兵部、户部复议，以为南畿兵务，宜如所拟；淮安城堡，方值灾荒，未宜重扰，宜下府州县增筑仓墙，置立更铺，仍敕淮安等卫，量拨军余与仓夫火甲，分番巡守。漕运诸弊，宜申明禁约，惟支运加耗，旧例所无，及参将进退，亦难轻议。议上。诏俱从之。
四月乙亥，命南京兵部右侍郎马显巡视淮、扬等处。
五月甲寅，巡按直隶监察御史聂友良奏：“直隶崇明、嘉定、上海、丹徒四县并金山守御千户所，去年水旱及海潮泛涨，核实如诏，蠲其秋粮十二万五千七百石有奇，马草六万四千四百包有奇，及赈济过饥民，以户计者四万八千五百，稻粮以石计者，三万二千二百。”
六月甲申，命以应天并直隶苏州等府成化八年存留税粮，支买花素缎二万匹，以内承运库供应不给故也。
七月丙申朔，南京监察御史吴槿劾奏巡抚南直隶右副都御史毕亨擅入南京内府，宜究其罪。刑部移文南京刑部先逮其从人鞫法。从之。
八月戊辰，革漕运理刑主事。以扬州府知府周源奏，岁旱民艰，官多政繁故也。辛卯，南京守备等官奏称：南京锦衣等卫，现在内府工作旗军，余丁共七千一百九十九人，欲依前敕令其复伍操练，而诸司造作未完，请旨处分。诏仍旧工作。
九月戊申，改常州府江阴县马驮沙巡检司隶靖江县。
十一月戊戌，命南京文武官员折俸布暂改折豆，自成化九年为始。从之。己酉，升南京太仆寺少卿鲁崇志为应天府尹。辛亥，户部奏：“扬州府白塔河巡检司为巡察私盐而设，旧隶两淮运司，后改属扬州府。府官以为盐非所职，运司以为官非所辖，而不经意，奸弊日生。今运司副使柴秀以为言，下本部行巡按御史吕锺勘，以为宜属运司，令其严督稽考为便。”从之。
十二月癸酉，南京监察御史戴琥以灾异奏言：“一、国家粮饷，全倚江南漕运。今管河、管运各委一人，事多牵制，宜令一人兼理之；一、安民之本，惟在任人。近者以民之未安，由官之不才，欲行淘汰，既黜之于巡抚、巡按，复黜之于朝觐给由，法网愈密，遂使小吏身未之官，而已心怀去计，为奸日甚。是则名为安民，而实病民。乞如旧制，以三载、九载为准；一、江南漕运，军民交兑之处，虽有各官监催，原无统属。乞敕管运御史严立兑完起程、过坝日期。所司各委官一员，提督催攒，违者治罪；一、将者三军之司命，不可不择。请于勋臣内择其才力壮健者，量授以兵，仍以经事久者参之，使听节制；一、江淮南北，民多流亡，乞丐不足，必行攘盗。乞敕所司，招抚赈济；一、江北浦口之地，为南京藩篱；镇江、建阳二卫，实上下流门户。曩因征进麓川，各卫官军遂有贴操之例，今遵为故事，遂使各卫缺人。乞将贴操者放回操备；一、我朝遇施恩例，虽正赋亦尝减免，岁辨之类，无不蠲除。但岁辨者非征在官，则入里胥之手，而小民实无与也。小民所苦者，丁夫盐钞耳。夫丁夫役作有时，盐钞征收无极。今里胥不征钞而征银，用一取十，其弊多端，然不过用以折俸而已。乞将成化九年钞出于民者停征，折于官吏者停给。”诏下其奏于所司。