九月癸酉，户都会六部等衙门官，议漕运总兵及各处巡抚等官所言事宜条奏：一、兑运成化三年秋粮三百二十六万石，淮安、徐州、临清、德州仓支粮七十四万石，如有灾伤停免，就令漕运官于淮安等仓照数支运；一、兑运粮米，正粮每石两尖加耗，平斛其加耗则例：江南直隶五斗五升，江北四斗五升，徐州四斗；一、官军攒运，如遇风水坏船，百里内府、州、县正官，百里外所在官司视验，申漕运官依例处分；一、运粮官军行粮，江南直隶卫、所并南京各卫，俱于本处支米三石；江北等卫、所并仪真、扬州等卫，俱于淮安仓支米、麦二石八斗；高邮、淮安、大河、邳州、徐州、徐州左六卫，俱于徐州仓支米、麦二石六斗；遮洋船并南京水军左等八卫于南京各卫仓，大河等五卫于淮安常盈仓，俱支米二石四斗；一、南京有无籍之徒，名为跟子，遇各处起解粮草布绢到京，先于舣舟处迎引赴官，每米一百石，草一千包，索收歇家银一钱。其歇家亦百端遮说取利。事败，法司罪如常例，人无所惩。请令南京法司，如有犯此徒罪以上者，枷号三月，谪戍边方；一、南京各卫应纳屯田子粒，已有定制。近多拖久不完者，盖征收之数少，管屯之官多，各假公营私，屯军应差，不能存业。请自今有屯卫所，但选老成廉干各一人总理，征粮之时，不许差人及诣搅扰。
各卫仍照红牌例，无得擅科差。违者，听巡仓御史举劾；一、南京英武、飞熊、广武卫，初拨江北下屯，该纳原额子粒一万四千三百六十九石三斗有奇，除起运外，存留者俱各卫收。然既无监收之官，又无收贮之仓，故每月虽有俸粮文册，而无扣支之数。宜令本卫量修仓廒，付经历收支，岁遣主事一人监督；一、南京翰林院官吏及翰林院官员，该支南京三分、四分本色俸粮九百六十余石，每岁俱于礼部关支不便。请以本院空地修理仓廒，每年会计粮数定拨收支，庶事体归一。上皆准议行之。乙酉，南京济川卫署都指挥佥事杨榘言三事：一、造战船以御折冲。谓巡江之备，必须造多桨船，有风则众帆齐举，无风则众桨并发，旁立遮洋，中有敌台，暗设伏兵于内，而使外人不能窥伺。谨具图式进呈。乞敕廷臣议行南京守备内外大臣并工部等官，如法成造五七十艘，给与巡盐官军领驾。如此则遇警可以以团集杀贼，无事可以沿江操习矣；一、制利器以振威武。扬子大江，盐徒纵横出没，非得犀利兵器不足以御之。今南京内府兵杖局收贮飞枪，硝铳，实皆破贼之神器，一不如法，鲜不误事。乞敕守备等官辨验，堪否应用，仍置八头担竿等件，给与操江官军领用，如此则盐徒知警，而贼风日息矣；一、选精锐以备策用。南京操江官军仅有万余人，分为二班，昼操夜守，其间逃亡、老弱者多。今欲往来擒捕，必得精锐士卒。请于江淮、济川等卫，拣选平昔久便行船，诸晓风波，梢、水、旗甲、军余人等，兼同官军驾使巡捕，仍于各卫选拨官员钤束，如此则功必易成，而事无废弛矣。”上命兵部行南京守备内外官斟酌所言事理，行之。
十月丙申，命南京工部修孝陵殿及懿文太子灵殿。癸丑，申明禁盐事例。时私盐类多越境货卖，官盐不通，而盐法遂为所坏。两淮运盐监察御史左钰奏：“今后夹带兴贩官私引盐越境者，经该官司擒拿，追问买食者，依律问断。盐至二千斤者，问发充军，民终本身；军舍余丁腹里者，发边卫，沿海者发辽东铁岭卫。庶几奸弊革而盐法通。”从之。辛酉，南京司礼监内官家人阮权，盗南京太庙神御珠冠、金盆等物，事觉伏诛。
十一月癸亥朔，命南京操江、成山伯王琮自仪真至九江巡捕盐徒盗贼。戊辰，增设直隶江阴县县丞一员，于本县马驮沙分理县事。辛未，移直隶武进县小河巡检司于孟渎河口。
四年正月戊寅，应天府府尹毕亨奏，南京原差内外官于江浦等县督采修造红土，扰民不便。上命俱取回京，今后只令本处有司陆续采办。
二月壬辰朔，以水旱免直隶高邮州成化三年秋粮六万五百七十九石有奇，马草九万五百余包。戊申，敕南京右佥都御史高明，仍同太监王允中清理两淮等处盐法。
三月戊寅，免应天府旱灾无征田粮子粒、马草有差。癸未，免直隶淮安府一州三县、邳州、高邮二卫灾伤无征秋粮子粒共二万七千六百五十余石。
四月庚子，免南京鹰扬等十一卫无征子粒一万四千五百五十四石有奇，以去年夏秋旱灾也。
五月丙寅，命南京守备太监安宁、成国公朱仪、尚书李宾会同三法司审录狱囚，因时南京久不雨，应天府府尹毕亨以缓刑弛力为言，故有是命。庚午，先是，四月十七日夜，南京都察院重囚反狱者六十四人，至是闻。都御史林聪请逮署院事、御史赵琏及提监巡风御史王相、张鸾等治罪，复请移文南京守备等官，督捕反狱者。诏可。癸未，免南京和阳、金吾、府军、天策等卫无收屯粮一万三千石有奇。乙酉，南京都察院右佥都御史高明奏：“罪囚六十二人，皆下海贩盐，强劫拒捕，并巡逻受赇，私造军器为贼囊橐者，内当死者十四人，充边军者四十人，余八人法当立功守了，而情罪深重，并以上请。”诏皆从所拟，八人者亦发充边卫军。
六月乙未，修茸南京历代帝王等庙。
七月庚辰，召太监王允中、南京右佥都御史高明各还京。允中、明被命清理盐法利弊，颇见兴革。至是以岁旱河梗，商盐积滞，居民灶户多疫死者，奏言宜加存恤，不宜用法逼迫，间致激变。且乞令己还京。上曰：“两淮盐法既清理有渐，可俱令还京。”
八月丙申，南京守备成国公朱仪等言：“南京今岁亢旱无收，来春米值必至腾贵。乞令南京各卫官军于来年春季，俟浙江等布政司、直隶苏、松等府运粮至日，免其脚价、晒费，就于水次，兑支正粮三月，所省耗米，令俱送纳应天府预备仓，待青黄不接之时，平值粜卖，以苏民困。所卖钱银，仍候秋成，来米上仓。”事下户部，以为宜行南京户部会同仪等详加斟酌，果于军民有益，即听施行。从之。辛亥，南京监察御史王相以囚人反狱，械至京，准赎杖还职。
十月辛卯，增设两淮都转运盐使司副使一员，判官二员。
十一月辛未，南京吏科给事中王让言：“南京户部收粮委官，罔恤民困，专务剥削。每于收受之外，又行加罚，甚至纵容官斗，肆害百端。民困于下，怨归于上，召灾致祸，未必不由于此。乞敕都察院转以总督粮储都御史严加禁革，具实奏闻区处。年年春夏，南京处决重囚甚众，甚非法天用刑之意。乞敕刑部等衙门，凡遇该决重囚，除谋逆不拘外，其余务俟秋后会审处决。”诏下其言于其司。己卯，兵部复奏：“南京给事中朱清、监察御史杨智等言守备成国公朱仪，参赞机务、兵部尚书李宾事，乞罢免二人，以弭灾异。”上以朱仪、李宾，皆廉谨可用，但令移文使之尽心训练兵马，整理机务，毋仍因循怠慢。
五年正月癸酉，南京守备成国公朱仪等奏：“南京英武等卫屯田，旱灾无收，其地与凤阳府相连，今风阳府饥民皆获赈济，军民同体，亦乞给粮拯救。”从之。甲戌，命署都指挥佥事都胜镇守仪真，并提督扬州、通、泰等处军马。时兵部因锦衣卫指挥佥事冯珤言，沿江上下诸郡，宜置武官镇守。行令南京守备内外官安宁等，举可任者。宁等言，沿江巡视各有官守，惟仪真控临长江，为四方商旅之会，寇盗出没之区，宜得人往镇守。时胜方总南京诸卫漕运，佥谓胜廉介有守，都御史滕昭尝举镇其地，用胜为宜。议上，从之。
二月乙未，升南京户部左侍郎陈翌为本部尚书。庚辰，修理南京承天门。
三月甲辰，升南京总督粮储、都察院右都御史周瑄为刑部尚书。命南京户部尚书陈翌代瑄总督粮储，仍理部事。戊申，改立南京上新河钞关于河北岸，以旧关近江，泊舟风浪不便故也。