闰三月癸酉，总督南京粮储，右副都御史周瑄言：“南京军民饥馑，兼以四方未甯，恐有奸人乘机窃发。乞敕南京守备内外官操练马军，固守城池。其操江战船，宜令工部作急修理，不可因循误事。”又言：“淮安等府今岁饥荒特甚，乞敕该部计议，发淮安府常盈仓粮二十万石，赈挤淮安所属州县；发徐州水次仓粮二十万石，赈济本州属县。仍乞敕巡抚都御史林聪斟酌，各府州县饥民，下户许报五六口，上户不得过十余口，每口给粮一石，以苏其困。”又言：“应天居民，百倍他处，预备仓粮数少。
乞不为常例，移文江西、浙江并南直隶儒学，廪膳生能备米一百石，增广生一百五十石，运赴缺粮处上纳者，许充南京国子监生。民人纳米一百石者，于本处司府州县充吏，三考赴京就与官带。南京各衙门三考役满吏，于应天府纳米五十石者，就于南京吏部给与冠带办事。”上以所言皆救荒防患之务，悉从之。丁丑，巡视淮扬等处民瘼、右佥都御史吴琛奏：“赈济饥民用过银五万七千五百五十九两有奇，金六两有奇，铜钱四十一万六千文，钞二百一十万七千贯，米麦三十二万二千五百石有奇。”丁亥，都察院右佥都御史吴琛，以罪下狱。琛奉敕巡视淮扬民瘼，不能禁革奸弊，且擅作威福，军民饿死道路，嗟怨流闻京师。上命都御史林聪代琛还，六科十三道交章劾其僭用导从，动众劳民，受赂妄荐属官，事多违法。遂下刑部鞫治，拟罪当赎徒，并请逮治所荐人知府杨昶、驿丞吴彝，及纵令作弊知州王显等。奏上，上以琛罪情既当，准拟。昶等，俱置之。丙申，发松江府粮十万石赈济淮、徐等处饥民，从巡抚都御史林聪请。庚子，命以南京文职五品以上、武职二品以上官四月六月俸米，运赴淮扬等处赈济，从都御史周瑄请也。
四月辛酉，调都察院右佥都御史吴琛于南京，以奉命巡视淮扬民瘼，为六科十三道所劾也。庚午，南京都察院右佥都御史高明言：“成化二年三月内有上元县民匠高名，同妻庞氏，将邻家十岁幼女缢死，烹而食之，实由饥死所逼。守备官虽尝奏请，将法司赃银籴粮赈济，然四方米贵，城中又无蓄积之家，虽有银两，艰于籴买。请发军储仓粮数万石借与贫民，候秋成之时，取米还官。”上命户部定议以闻。
五月辛卯，移南京大胜关廨宇于内地，以关旧滨江口，屡为风浪冲激故也。
八月丁巳，诛高邮卫指挥毕英。英手刃伤其父，因焚毁居室，被甲执刃，驰突出城，多斫伤人，已而被获。巡抚都御史林聪奏英恶逆，械赴高邮，依律处决示众。庚申，以苏州等府地方灾伤，召还清军御史。
九月丙子，户都会官议南京管粮都御史及漕运总兵等官所言事宜。一、各仓收粮旧例，一尖一平。但南京地卑湿，米易泡烂亏折，守支官攒往往因之得罪。原其所自，盖因收受耗米多寡不同。旧例收粮尖斛，约有五升，平斛三升，以备折耗。其后收受之际，抬斛军斗，有钱者则斛面减少，否则加增。今后每米一石，尖平通算，耗米八升，俱令平斛收受，纳户亲自行概；一、南京各仓并象、马草房，设立冷铺，差拨军余看守，遇有疏失，一律问罪。缘军余无有月粮，昼夜在官，艰苦多端，衣食不给，以致多逃。今后余丁半年一换，每月支口粮三斗；一、应天、横海、龙虎、沈阳右四卫仓廒，各有四五十间，前此修理，止令军夫自行办料。
军夫虽有九十余名，中多老幼残疾，不能措办，仓廒损坏。今后修理仓廒，除沈阳右卫，止收本卫岁支粮米，照旧自行修理，其应天等三卫，于龙江、瓦屑二坝抽分竹木局支领应用；一、南京各卫仓场，相去或远或近，巡视官不能用遍，往往被入偷盗。旧例巡捕官军捉获贼犯，呈送总督粮储官处审实，通将监收官员并官斗人等，拿送法司究问。近各卫巡捕官军，辄将所捕获者于私家拷打，诓骗官斗、纳户财物，送与者私自疏放，不与者竟送别衙门问理。以此事体隔越，粮储难于查考。今后获贼犯，如旧例送总督粮储官处审实究问，不许别衙门干预。巡捕官军敢有仍前擅行拷打，私自诓骗者，照常例发落；一、南京三法司衙门俱在太平门外，其收粮仓廒，并在锺山坡下，去其衙门颇远，仓廒年久倾斜，不堪收贮。况三仓共连一处，地方窄狭，无地安囤筛晾。看得法司衙门东西及后俱有空地，堪以盖造仓廒。将三法司板仓，各拆移本衙门修盖；一、南京各卫差拨运粮并驾使马快船只官军，例应支与行粮。今各卫委官不候户部坐放，先将官军行粮减价预卖，得银费用，其后买粮之人，通用委官人等，冒名赴仓关领，以致军士往来缺食，逃故者多。今后关支官军行粮，务差公正廉干官员，带领官军赴仓关领，不许通同私卖。违者听巡视仓场监察御史等官拿问。议上，俱从之。
十二月甲寅，有吕铭等八人投托势要，奏欲运米赴辽东中纳。成化二年，两淮运司存积盐五万五千引，有旨自中出，允之。旧例，中盐户部定例，出榜召商，方许中纳，无径奏得允者。时马昂为户部尚书，不能执正，盐法之坏自此始。丁巳，巡抚淮扬右副都御史滕昭奏：“淮安属县被灾，粮米无从措纳，乞代以黄、黑豆。”户部复奏，从之。
三年正月庚寅，升苏州府知府邢宥为浙江布政司左参政，仍掌府事。宥治苏州，公廉有为，以儒饰吏，豪横敛迹，民甚安之。巡抚都御史宋杰及其所属，累奏荐于朝，遂有是命。
三月癸未，巡抚淮扬等处右副都御史滕昭奏：“仪真至瓜州二处，盐徒出没，私盐盛行，及南京卫所并武进等县军民大户，常造千料遮洋大船，或卖与盐徒，或自行装载，率领人众，摆列军器，张挂黄旗，密通店主、牙行，窝藏发卖。甚至劫掠官军船只，杀伤人命。请备圣旨榜文禁约，若不悛改，盐徒并知情店主、牙行正犯处斩，家属发边充军。”上命都察院请给圣旨榜文，晓谕戒约，如昭所言。庚寅，命南京操江遂安伯陈韶、扬州都督佥事董良，各督所属，巡视缘江一带，擒捕盐徒、盐贼。韶自镇江、仪真至九江，良自常州孟渎河至通、泰州。
四月丁酉，南京守臣奏：“太平门外地名小团山，坍塌一处，逼近孝陵，宜加修筑。”从之。庚子，修南京端门、承天门损坏梁柱。
六月庚子，命苏州府丈量客船收钞。每船一百料，收钞一十五贯，钱钞中半兼收，以光禄寺缺钞供应故也。癸卯，命成山伯王琮往南京总操江。
七月戊辰，总督漕运右副都御史滕昭言：“仪真、瓜州、孟渎河诸处河港，乃贡赋必由之道。旧因浅滞，命傍近扬州、镇江、常州诸府卫兴工疏浚。自后着令三年一浚。然所司怠玩，浚不以时，直至穷冬，召众兴役，则手足皲瘃，虽浚无实，徒为劳耳。请自后每于冬初即为兴工。”从之。丙子，南京户部主事刘怀经监放南京留守左卫仓粮，锦衣卫委官千户喻瓛者，因私嘱不行构怨。寻有本卫百户陈琏，唐突仓门，为守者所执，怀经欲治其罪。瓛因令琏纠其侄及军士百余人，拥众直入仓，怀经走避。琏等候其出，毁其衣冠而痛殴之，驱至锦衣两指挥家，跪之门外，不见省。又至成国公朱仪处，仪亦不面折，但令送怀经收监。怀经诉本部以闻。命给事中左贤、御史贾俊、郎中何乔新往核实，仍命官会问。议瓛、琏及怀经俱赎杖还职，且请究仪罪。上宥仪，余准拟。时瓛、琏情重法轻，怀经被其箠辱，乃亦与同罪，而不得少伸，舆论不平，莫不以失刑为朝廷惜云。壬午，谪遂安伯陈韶辽东边卫立功。韶奉命南京操江兼巡捕盐徒，至仪真时，有发盐徒事者，韶因而询访，得其同党六十人，俱纳赂而纵之。后盐徒又恐事露，具首。巡抚都御史滕昭以闻，械韶至京，命官会鞫得实，故谪之。
八月己亥，监察御史刘敬等，以雷震南京午门之异，实因人事不修所致，劾奏成国公朱仪，南京兵部尚书李宾，才识凡庸，不称守备、参赞之任。上命姑举堪代朱仪、李宾者以闻。丙午，擢掌苏州府事、浙江布政司左参政邢宥为都察院左佥都御史、巡抚苏松诸处并总理粮储。辛亥，命成国公朱仪仍旧守备南京，泰宁侯陈泾协同守备。