明成化（二）九年正月丙辰，镇守淮安漕运总兵官、平江伯陈锐奏：“各都司运粮把总、都指挥、千百户等官，多有不畏法律，贪赃害军者。乞皆退回原卫，带俸差操，别选廉干者代之。”
三月甲午，敕南京都察院右副都御史胡拱辰提督操江。癸卯，免淮安府诸州县夏税一十八万七千八百五十余石；徐州诸县六万七千一百五十余石，丝六万四百六十余两；徐州、高邮、邳州、大河、淮安等卫并海州千户所三万七千余石。以灾伤故也。丙辰，南京监察御史陈壮等言：“南京文武官月俸盐、麦、绢布，间月折支。”从之。
四月，移置南京神机营于城外大教场。辛巳，诏修南京功臣庙殿、庑门、库房屋七十六间，并祭器之不堪供祀者。从南京守备、参赞等官议也。
五月壬辰，以旱灾免高邮、仪真、扬州等卫去年秋粮谷草有差。庚子，南京司礼监等监奏：“三月十五夜，风雨拔太庙、社稷坛树。礼部以去秋风雨摧伤各坛庙树及垣宇，已令有司修理，事尚未完，乞令各官通行修理。”从之。癸卯，改派直隶真定府额办供祀牛犊五十只于应天府江浦县并直求和州二处。癸丑，以灾伤免南京豹韬等卫去年屯田子粒一万一百三十余石。
七月辛卯，南京盗因风雨入都察院院狱，劫死囚三人以去。守备、成国公朱仪等以闻，右副都御史胡拱辰因劾提牢巡风御史郭经、陈壮并司狱等官罪，仍自劾。刑部请差锦衣卫官逮至京鞫。至，上曰：“有罪官吏就令南京刑部取问，经、壮仍令戴罪捕囚，拱辰姑宥之。”庚戌，以水、旱灾免应天府所属上元等县去年秋粮。癸丑，复设苏、松、常、镇四府所属长洲等县劝农通判、县丞各一员。
十月庚申，增设淮安、扬州二府通判各一员，徐，邳、高邮等州判官各一员；宿迁、宝应、江都等县主簿各一员。
十二月甲申，命金吾右卫指挥佥事宋纲守备仪真。时署都指挥佥事都胜，自陈所统地广，综理不周。都御史胡拱辰举纲可任，从之。
十年二月己未，南京大雨雪伤麦。乙亥，户部奏，请行南京文武官以本色两月份支绢布。从之。
三月丙戌朔，免淮安等府及徐州所属去年夏税六万三千石有奇，丝二万一千三百余两。以水旱灾也。丁未，免南京旗手卫成化九年分子粒三万二千七百余石。以水灾故也。
四月甲子，南京协同守备、定西侯蒋琬奏：“比奉命总督操江，所统官军，永乐间初置八千。宣德间增至一万二千，调逃亡之余，止遗六千九百。天顺初，复调建阳卫官军五百，镇江卫官军七百，轮番操习，今俱散逸。乞令所司追补旧额。镇江军士素习水战，乞仍与建阳军士调用。”从之。丁丑，免淮安、扬州等府所属州县及两淮运司安丰等场、邳、寿、庐、扬四卫秋粮子粒米、豆、马草，以去秋水灾故也。
六月壬申，南京户部奏请会同内臣盘皇城各门仓粮。奉御梁鉴等与户部员外郎张顺会盘，过期不至，有误卫卒日食。成国公朱仪以闻。下南京刑部究治，请坐顺罪，而宥鉴等。上从其拟，仍命南京户部与盘各门仓粮，各委一官分理之。
闰六月庚子，命南京管操、武安侯郑宏代蒋琬，兼总操江。兵科右给事中章鉴等因言：“宏已掌南京后府事，兼管操备，今又令管操江，以一人而兼三事，且宏猷为勿着，不可兼任，宜举能者。”上谕：“郑宏管操，止是协同朱仪，以此就令兼管操江，不必更任。”
九月乙卯，免直隶苏、松、常、镇四府所属吴江等十四县并苏州卫秋粮子粒共四十三万四千六百石，马草一十六万九千八百九十余包。以水灾故也。癸亥，户部以淮安、徐州、临清诸水次京储借拨已尽，宜及时措置，以备不虞。遂定拟开中盐引随纳米麦则例。临清、广积二仓，两淮盐十万引，引粟米五斗，麦则五斗五升，淮安常盈仓，两淮盐十万引，引粳粟米五斗，麦五斗五升；两浙盐十万引，引粳粟米五斗，麦四斗五升；徐州广运仓，两淮盐十万引，引粳粟米五斗，麦五斗五升；两浙盐十万引，引粳粟米四斗，麦四斗五升。得旨，从之。
十月壬寅，守备仪真等处指挥佥事宋纲言：“仪真、扬州，高邮三卫及泰、通、兴化、盐城四所京操军士，每遇放班休息，有贩鬻私盐者，不预禁之，惧生他患。乞行巡按御史严加约束，军士有违及所司故纵、同谋者，具闻究治。”上是之。己酉，南京刑部、都察院会官审录死罪囚，总十有三人。其二人殴詈父母，余十一人以杀伤人及故纵强盗抵罪，情可矜疑者，俱具狱上请。诏以殴詈父母者罪恶深重，宜如律诛之，余悉减刑，充边军。
十一月甲子，守备南京、成国公朱仪等奏：“南京旗手等卫正军数少，故其余丁概应差役。今南京锦衣卫奏，以例不勾丁校尉、力士、厨役所遣子男并各卫、所丁多无用军余人等，令充其卫军役。故各卫余丁之无赖者，辄弃原役，诡作无用多丁，觊图粮赏。乞下所司处之。”于是兵部请移文稽核，自校尉、力士、厨役所遗子男之外，凡诸司舍余己告充锦衣卫军余者，俱还原卫补伍，不得滥收，仍究所收若已满千数，即寝其例。”报可。
十一年正月丁卯，应天府府丞白昂奏：“本府上元、江宁二县，每年拨人一百二十名于南京光禄寺养羊。缘地方卑湿，羊多死者，责民赌补甚艰。乞以见养及后该纳者，估价变卖，用羊之日，支给办买供应，如不足，令本府支给官钱补办。旧养羊之户，量存三四名，守视公廨，余悉放免当差。”从之。
二月壬午，改定淮安常盈仓所中盐课则例。先是，仓乏粮，开中推、浙等处盐共五十八万引。至是，户部以米价增贵，则例太高，奏请更之，两淮盐每引原拟粳粟米五斗，今减五升。
三月甲寅，敕南京吏部尚书崔恭参赞机务，仍理部事。
四月丁巳，增设南直隶泰、海二州、赣榆等三县劝农官。事凡裁减衙门及地广民众之处，各增一员，其余俱令现任及管河、管马官兼领。议上，从之。
五月己酉朔，免直隶镇江府秋粮五万四千八百余石、镇江卫屯田子粒五千二百余石，以水灾故也。辛未，免应天府之上元、江宁、句容、江浦、六合县去岁屯田子粒，以水灾故也。
六月壬午，增设应天府上元、溧阳、溧水三县主簿各一员。庚子，敕南京右都御史林聪，不妨院事，提督巡江并巡捕官军。
七月丙寅，命修理南京太庙。从南京守臣奏请也。辛未，免南京锦衣等十三卫屯田子粒四万二千五百七十余石，以去年水旱故也。
十月癸巴，南京监察御史任英言：“南京军士，常操不息，往往逃窜。宜照京营例，更番操习。”又言：“教场试用把总，不询平日才能，惟取一时武艺，多不得人。”兵部复奏：“番操事，近守备官议处未报；试用把总，宜行守备等官询访才行，兼取武艺。”上曰：“练习士马，国家重事。朕于严冬盛暑，已悯其劳而休息之。使复更番，恐益怠惰。其仍令常操，或遇风雨则免。余如议。”
十一月戊午，南京后军都督府掌府事、武安侯郑宏奏：“奉敕兼管新江口并督捕盐徒贼盗，获则解送巡江、巡按御史究问。但御史出巡，路远事繁，所送贼徒，淹禁日久。况新江口牢狱不固，难于监守。自今宜径送都察院收问。”刑部以其言为宜。如御史现居南京，或出巡不远，仍如敕旨解送。议上，从之。
成化十二年二月甲午，南京六科十三道各以南京正月阴霾蔽日，地震有声上言。诏曰：“南京根本重地，灾异之事，必有所自。君臣上下，务在同心修省。政事缺失，各衙门其即举行，毋仍玩愒，妨废职务。”
七月丙午，总督漕运、右副都御史李裕等奏：“新开扬州府白塔河，潮水往来，恐久而淤浅，宜下所司与瓜州、仪真诸河道，三年一浚。”又言：“江南孟渎河亦多淤浅，乞下巡抚、巡按等官勘验疏浚，以便漕运。”工部复奏，从之。辛亥，升巡抚山东左佥都御史牟俸为右副都御史巡抚苏、松等处。壬子，移置扬州府钞关于湾头。甲寅，增设直隶江都县留潮、通江二闸。庚午，南京监察御史崔廷圭言：“南京各卫仓，现贮小麦足给十余年，惟所贮布少，不足给赏，请暂以麦折布。”事下户部，以在京官军俸粮，每岁五月、十一月，麦多则全支，少则兼支。今南京兼支，但以四分、三分为率，是以麦积有余。请令以今年该赏军士布三匹者，内一匹折以麦一石；官吏人等十月份折俸布，每匹亦折与麦一石。自后每岁俱如在京例，务以麦全支两月，侯麦少，量数多寡兼支，勿令多积，致不可用。”从之。
十二月癸酉，南京礼部左侍郎倪谦升本部尚书。