十三年壬戌，开应天府六合县道会司。
二月丙子，命守备凤阳、宣城伯卫颖管南京后府事，协同大教场练兵，兼总操江。
四月丁未，工部奏：“南京十三道御史因灾异陈言，谓今岁雨雪，蚕丝必贵，欲节省一切赏赐，以苏民困。而南京给事中亦言，南京、苏州等处织造、买办宜暂停免。本部查自成化十二年正月起，至次年三月止，赏赐夷人等须纻丝三万七千五百五十八匹，天下司、府每年额造止该二万五千七百四十一匹，计所费已过一年额数之半，若更减免，恐国用不足。”命段匹既缺用，仍照旧造办。戊申，命都察院右都御史原杰改南京兵部尚书。丁巳，工部奏：“南京守备、参赞等官，会勘南京奉先殿大庖厨、库房、井亭等损坏，兴工修理，合用杉、楠等木，坐派苏、松等府买办。缘各处还派岁造段匹，既增数倍，又兼连年灾伤，材非土产，民不堪命。宜令民办一半，余于龙江、瓦屑二坝抽用。”从之。
五月丁卯朔，免淮安、扬州、徐州成化十二年夏税麦八万九千余石，秋粮十一万五千四百余石，丝两万五千余两，草十七万一千六百余包，凤阳等十八卫屯田子粒十七万四千二百余石，以是年水大故也。
七月癸酉，命南京前军都督府管府事、定襄伯郭嵩，专督操江。
八月辛亥，诏免淮、扬等府、州、县正官明年朝觐，从巡抚都御史李裕言，民被水灾，宜留正官赈济招抚之也。
丁巳，诏留巡盐御史雍泰抚恤两淮灶丁。时灶丁逃亡，多数盐课消乏，其存者又多单丁，有老死无妻者，以饥寒无倚，生育不继。泰为设法于正课外，劝借盐引赏银，官为给娶成室家者，凡二千余人，其未婚配者尚多。雍泰期满当代，巡抚副都御史李裕请复留一年，以毕其事，故特许之。
九月，淮水溢，淮安府所属诸州县坏官民屋舍，淹没人畜甚众。南京都察院奏：“守御南京浦于口都指挥李信，坐受所部殴杀人者赂，不发其事，罪当留减赎徒，不得管军、管事。”法司奏请如所拟。从之。
十月壬戌，命南京参赞机务、右都御史王恕兼巡江。
十二月丁巳，以水灾免直隶苏、松、常、镇四府并苏州、镇江二卫夏税子粒二十三万一千石有奇。
十四年正月癸未，以水灾免直隶苏州府秋粮。丁亥，守备南京城朱仪奏拟官军寒暑歇操条例，下兵部议。以每年俱于二月、八月起操，至五月、十一月大暑、大寒而操止。其歇操之时，仍十日一赴教场点视。从之。
二月己酉，敕南宁伯毛文往南京操江。丁巳，免直隶徐州所属县夏税小麦六万七千一百五十八石，夏丝折绢三千二十五匹，秋粮七万九千八百五十八石，并徐州两卫夏麦五千四百七十四石，秋粮豆二千七百三十六石有奇。以去年水灾故也。
三月丁卯，以南京参赞机务、右都御史王恕为南京兵部尚书，仍参赞机务。辛卯，太监汪直言：“高邮、邵伯、宝应、白马四湖，每遇西北风作，则粮运官民等船，多被岸边桩木冲破漂没，宜筑重堤于堤之东，积水行船，以避风浪。”工部议，合行漕运总兵、巡抚等官相度增筑。从之。
四月丁酉，以水灾，蠲直隶扬州府、卫、所去年夏麦四万四千一百余石，秋粮一百四十六万五百五十余石，草二百五十一万九千四百三十余束，棉花一万六千七百二十余斤，盐五万六千四百余引。丁未，户部奏：“南京旗手卫西仓火，延烧暑字等廒。巡视仓粮、南京御史郭经、监督主事林表及总督粮储、副都御史胡拱辰防范不严，俱宜逮问。”既而拱辰上章服罪。上以拱辰不行严督，宜置于法，既服罪，姑宥之，经等仍逮问如律。庚戌，免直隶淮安府所属州、县并六安、淮安等七卫、所成化十三年夏麦二万五千七百七十余石，秋粮十四万九千四百三十余石，草三十万六千六百七十余包。以水灾故也。
五月癸未，应天府府尹鲁崇志等奏：“马政条例，岁终太仆寺官较复马不充敷者，府、州、县正佐官各笞二十。臣等忝任在京官，宜有差等。”得旨，两京府尹、丞止令纳米赎罪。
六月丙申，免直隶镇江、苏州夏麦。
九月辛酉，免南京横海等十六卫屯田子粒四千三百六十石有奇，以大水故也。壬午，南京总督粮储、户部右侍郎潘荣奏：“凤阳仓储支给官军俸粮不足，户部议请开中两淮运司存积盐五万引，招商纳银，兼半支给。”从之。
十一月丁卯，诏修南京棕殿。
十五年正月壬申，改参赞机务、南京兵部尚书王恕为兵部尚书兼都察院左副都御史、巡抚苏松等处，致仕户部尚书薛远为南京兵部尚书，参赞机务。
二月甲寅，命南京工部修开国功勋臣坟墓。开平王常遇春、岐阳王李文忠、宁河王邓愈，东瓯王汤和、郢国公冯国用、黔国公吴复，虢国公俞通海、蕲国公康茂才、梁国公赵德胜、济国公丁德兴，蔡国公张德胜、越国公胡大海、靖海侯吴祯、江阴侯吴良诸勋臣坟墓，俱在南京城外。文忠曾孙萼等，以岁久颓坏为言。南京礼部具奏其事。上曰：“崇德报功，国之重典，开国诸勋臣出万死以辅成大业，爵土弗嗣，已可悯念，今坟墓颓坏，而有司不加之意，其可乎？工部其即命工修治，无子孙者，复其坟邻一人守护之。
四月戊戌，免应天府秋粮马草，以去年水灾故也。
五月癸未，以旱灾免直隶崇明县去年秋粮一万九千三百余石，草二万五千六百五十九包。
七月己巳，户部侍郎张瓒为都察院左副都御史、总督漕运、兼巡抚凤阳等处。
九月壬申，诏修南京内外河道。先是，南京监察御史何舜宾奏：“南京城内外河道淤浅，宜发丁夫疏浚。”下南京工部暨守备等官按视，以为宜如所奏。其工力于京民丁多而家富者，量役之，及江、浙、苏等府大户运粮至京，亦令量助。仍令舜宾等管理，听其设法，以补不给。从之。
十二月壬申，以水灾免苏州府崇明县夏税六千八百五十石有奇。丁丑，改南京户部尚书陈俊为兵部尚书、参赞机务。复设甫京东、西、北城并中城兵马指挥司副指挥各一员。
十六年正月癸卯，升吏部左侍郎黄镐为南京户部尚书。
二月壬戌，命南京工部修理孝陵殴宇房屋九十八间。甲子，工部奏：“修理南京棕殿，例行应天府收买物料。缘今见修孝陵等处物料不下数十万，虽称支纳官钱买办，其实皆京民出备。宜候各处工程将完，然后于各该局厂查会支用，庶宽民力。”从之。
九月甲午，罢两淮运司新设副使等官及令商人引钞折银。时，巡盐御史杨澄以两淮运司额设五员，近从都御史高明议，添设副司、判官三员，冗滥扰民，可为裁省。又旧例盐商照引纳纸，解南京刷引，寻以纸有余，改纳钞。近解户于商人纳钞，百计需索不便，仍请改钞二贯收银一分，类解如旧。户部复议，从之。
十一月壬辰，总督漕运、右副都御史张瓒奏：“直隶徐州左卫新调未久，而岁造军器，与徐州卫等。军少料缺，往往逋负。请令减半成造，以苏军困。”从之。癸巳，申革关支户口食盐积弊。南京户部奏：“南京鹰扬等卫委关户口食盐吏，违限年久。其初，多因通同富豪势要之人，包银买钞上纳。后遂以官盐卖出，及夹卖私盐，辗转营利，至有数年不还者。其册大率誊写上年所造丁口，任情增减，有以三四年前未关，因人包钞造册补支者，弊端不一。今宜通行南京内、外守备等官究问，但夹带私盐二十斤以上者，并发戍边，次者戍于近卫所；违限一年者，原籍为民；三年以上，一千里外徭役终身，余俱发遣如例。其册务于卫所一年内，自下而上，从实造报；未支逾一年者，不容补支。”事下户部，以为严禁盐弊，累有成例。但此奏所拟徭戍，比之成例太重。今宜于官吏及包钞同行犯带私盐二千斤以上者，如旧发戍；次者及盗卖官盐，一如律例发遣；违限逾一年者，俱发原籍为民，他悉如所请。惟引目不许出给其该支盐数，及差人姓名，俱造册预发运司收照。去人止开职役姓名、批文、照身，至司填注告投月日，仍给存照。外开盐数批文，定限下场开支。两批违两月者各问如例。疏上，从之。
十二月戊午，协同守备南京、丰城侯李勇病笃，上命修武伯沈煜往代之。