十月己亥，徐州有盗劫上供船，杀二人，掠银钱以去。既而获首贼，命枭首示众，仍穷追其党。逮问知州王寅、指挥徐恺等罪。丁未，户都会官议处各巡抚都御史及漕运事宜：一、运粮官军行粮，南京多因卫所造册迟误，请令南京各卫于十二月以里造册，转申府、部，定仓关支；一、淮、扬等府及徐州灾伤，存留粮米不足军饷，拟各府、州未解部纸价、赃罚等银存留，以为扬州、高邮、仪真等卫所官军月粮。其江南直隶额运江北各府钱粮，自今每石拟折收银六钱，而以四钱放出积余，以补不足之数；一、拟将两淮运司引盐三十万引及淮，扬二钞关现收今年及明年船料，并赎罪折钞银，照旧仍收本色粮米，以赈淮、扬二府及徐州缺食军民。庚戌，南京户部奏：“近来米价腾贵，乞将南京锦衣等卫、乌龙潭等仓粮米减价粜十万石，以平时价，而贮银于官，待丰年折支官军俸粮。”户部复奏。从之。甲寅，户部议复巡抚南直隶都御史彭礼奏谓：“松江府额解折粮细布至京，费多民困，而原积布乃有陈朽于库者。欲自今每布折银五钱五分解部，发贮太仓。三年后仍旧解布。”从之。
十一月庚辰，命以苏州府浒墅钞关今年秋、冬二季并明年春、夏二季解京课银，留赈苏、松、常、镇四府饥民，从巡按监察御史奏也。壬午，户部议复：“南京监察御史王良臣所奏，谓各处灾伤，而淮、扬等处尤甚。良臣所言，欲暂借钞关银两、赃罚财物、收贮粮价、水兑及存积余米，以为赈济之资，欲停征马价、马匹及夏、秋税粮、并岁办军需、屯种子粒，凡百夫役，盐灶积逋，以苏民困。饥民有流离他所者，恐啸聚为非，请通行所在官司存恤。明年东作之时，贫民有不能自备牛种者，请令所司量与赈给。其言俱可施行。”从之。癸巳，扬州府知府王恩奏：“商人在淮北盐场，有守候岁久无盐可给者，请每引纳银三钱，另买淮南盐卖之，以助赈饥，至明年六月停止。”户部复奏。从之。以旱灾免直隶苏、松、常、镇四府及镇江卫粮草子粒有差。工部提督水利郎中威麟言：“谓苏州等府县蓄水湖塘，多被势家侵占，闭塞水利。乞将近湖田地，原系水荡者，虽有丝钞，亦不许填拉围筑；一谓应天府高淳县之广通镇坝，实三吴水道要地，况溧阳与宜兴、金坛犬牙相入。乞将溧阳并高淳县广通坝下河道，听臣往来经理；一谓苏州等府湖荡、河港、泾溇等项滩涂水面，多被势家告佃，而无告之民，不敢剪草取鱼。乞今后从贫民公共取利，不许势家阻挡。其民荒芜田地，若干碍水利去处，虽有上下奏告，仍行水利官查理。若有用强承买请佃，有司徇情许可者，事发问罪。”事下工部，谓：“其言有见。所请兼溧阳、高淳二县广通坝河道，行巡抚都御史会议。”从之。
十二月丁酉，巡按直隶监察御史陈世良，请以应天等府农民上吏银留助赈济。户部复奏，从之。丙午，命淮、扬等府灾重地方，原派今年果品、蜡、茶等料，尽行蠲免。从兵科给事中杨一渶奏。
十七年正月辛未，户部议复南京给事中徐沂等所言救荒事宜，谓：“南京在城及应天府属县，饥荒尤甚，诸如沂等所奏，简命南京文武大臣一员，督同原差郎中及应天府府尹将户部草价并诸司赎罪赃罚银，与先次奏准水兑脚耗余米，及军卫有司预备仓粮，通融赈济。”上从之，命南京工部右侍郎高铨总领赈济。
二月丙午，巡抚直隶都御史张缙以地方灾伤，请以淮、扬二府并徐州弘治十七年兑军粮米十五万五千石，折收银两，存留本处，以备赈济，俟三年后补还。上曰：“既地方灾重，饥民死亡数多，兑运粮米，准如数存留，此后亦不必补还。”戊申，巡抚直隶都御史魏绅以应天等九府灾伤，请将今年两京官俸粮及南京各卫仓粮七万石，漕运粮米三十万石，征收折色，月粮拟每石银八钱，俸粮并兑运米俱七钱，改兑者六钱。户部复奏，从之。
四月辛丑，都察院奏：“南京及应天等府已得旨，免差官刷卷。”从之。丁巳，直隶淮安府火焚军民房屋五百八十九家，礼部具奏，请行令所司各家赈恤。上是之。命镇、巡等官，痛加修省。凡被灾之家，仍用心赈恤，毋令失所。
闰四月庚午，以应天府地方灾重，命去年奏拟兑军米折银未征者，俱暂停征。令户部查处南京诸冗食之当裁减者。从侍郎高铨、都御史张缙等奏也。辛巳，命南京罪囚应枷号者，至暑月照例暂免枷号。强占屯田至五十亩以上者，依新例，军改发边卫，民迁发口外为民。其侵占不及数者，照常律。从给事中杨褫奏也。
五月壬辰，命取回南京并苏州织造内臣，止行镇巡等官督理织造。从兵部尚书刘大夏等奏也。乙巳，应天、淮、扬等府旱灾。
六月庚辰，工部复奏：“南京吏部侍郎杨守址等所言量减铸钱事，谓南京宝源局当鼓铸弘治通宝铜钱二千五百六十六万，所费不少，现今各处灾伤，南京特甚。乞暂停铸造，俟年岁稍丰时再议。”命量减原铸数三分之一。丁亥，户部复奏：“南京吏部侍郎杨守址等所奏，南京各卫，每差余丁送船，既支行粮三斗，各色民匠俱应役之数，又给与工价，并医士、医生、纸钞匠、厨役新添月粮，俱宜革罢。近例运官违限及罪人纳米，俱令折银，旧法废而仓廉虚，乞仍令纳米为便。”从之。
八月壬戌，巡抚苏、松等处都御史魏绅及巡江都御史陈璚奏：“海贼施天泰等，稔恶不已，请调官军民壮，协谋抚剿。”兵部复奏：“命绅、璚等同谋协力，随机抚剿，务俾尽绝。毋因循纵贼，贻患地方。”丁丑，南京刑部死罪囚，情有可矜者五人。得旨免死者充军四人，杖而发回养亲者一人。甲申，以旱灾免直隶淮、扬二府及徐州等二十八卫所夏税子粒有差。
十月壬申，总督漕运都御史张缙奏：“扬州、淮安府一带运河，七月以后雨水不通，至今干浅，恐深冬无雪，来年运船必致阻碍。乞令所司疏浚，及将清江口筑塞，淮安府仁信等坝修完，以蓄水利。”命所司知之。壬午，南京兵部尚书韩文等陈四事：“一、量减租银。谓南京军民耕种空闲草场，亩纳银一钱者，请亩减三分，以为定则；一、助官买马。谓南京领马官军，每苦办桩头朋合银两，其灾伤地方，请特免一年；一、减牛只。谓南京寝庙供用牲牛，纳时多弊，请量减三分之二，仍查数约束；一、减快船。谓南京水军左卫快船数倍他卫，役及幼寡，请暂免补造。”兵部复奏。从之。
十一月丙申，南京刑部会官审录重囚，奏情真者二人，可矜者四人。命情真者依律处决，余免死，并家属发边远充军。壬子，改南京户部尚书王轼为南京兵部尚书，参赞机务。
十二月丙寅，以水旱灾免淮、扬二府粮草子粒有差。
十八年二月戊午，修南京吏部。甲子，南京刑部奏：“斩罪决不待时者三人，大理寺已审允得旨，欲即行刑。下法司议，谓在京问拟重囚，间有决不待时者，虽经审允奏请，至刑科三复奏，或蒙恩仍监候会审。南京无刑科复奏之例，乞俟秋后诸司会审无冤，仍类奏上请定夺。如有穷凶极恶，难照常例者，更具奏处决，请着为令。”从之。
三月甲午，重造南京历代帝王庙祭品、乐器，以旧器毁于火也。
六月，裁华亭、丹徒、丹阳、金坛四县县丞。
八月辛酉，徐州应纳京仓粮米四万八千石，自今年为始，听征银解送。
十月庚辰，以旱灾免南京锦衣等四十二卫屯粮有差。辛巳，南京户部奏：“南京各卫、所岁支户口食盐，宜如例验口纳钞，遣首领文职赴运司领回，听科道等官照名给散，革富室贪官通同包揽侵分之弊。”从之。
十一月乙酉，改南京兵部尚书秦民悦为南京户部尚书。壬辰，南京户部尚书熊翀言：“南京官军月粮，近年水兑者六月，以为过多，是以各仓旧积者尽腐，新收者愈少。欲如旧例，止水兑三月。”户部复奏。从之。
十二月壬子，升南京都察院右都御史张敷华为南京刑部尚书。