八月丁酉，工部复：“南京吏部尚书等官秦民悦等所奏，谓南京龙江关、瓦屑坝二抽分竹本局旧例，月给抽分内官茶果钞三十贯，其后内官掊取数十百倍。乞止令折收银三十两，此外有横取害人者，坐以赃罪，请如所奏，行南京工部，查复以闻。”上是之。命抽分仍照旧例行。己亥，工部复：“南京吏部尚书秦民悦等所言，稽考工作及公派物料，今后南京内府常行工作，令住坐匠役与班匠相兼用工，果有重大之役，请令内官监会同科；道官，计定物料，行取应用。不许续行科派，为侵渔之计。违者，许科、道官纠举。又内府各监、局，修造物料，俱由本部转行南京工部坐派。不得用各监、局印信、揭帖，径从南京守备内臣移文南京工部取办。今仍请行南京工部，凡前项径行征派未解者，俱各停止。”从之。
十月戊申，户都会议巡抚都御史及漕运官所奏事宜：“一、南京各卫漕船，旧用杉木，十年一造，泊仪真、瓜州坝上，别雇船兑粮转漕，费多军困。请令改作杂木船，七年一造，听下坝，就水次兑粮；一、直隶山阳县额输徐州、淮安仓小麦，近例欲折粟米，然非土产，请令输麦如故。”上曰：“准议。”
十一月壬申，增造南京后湖库房三十间，贮天下户口黄册，以旧库盈满故也。
十四年正月甲寅，给南京新江口浚河军民口粮，每人月三斗。辛未，巡抚直隶苏、松等处、都察院都御史彭礼等奏：“镇江府所属运河，南抵奔牛坝，北抵新港坝，先因河道浅狭，运船俱从孟渎河，大江经行，径抵瓜州。递年起夫四千，往瓜州坝挑浅。近年运河既通，亦用夫疏浚，又往瓜州挑浅，民实劳于重役。乞令本府人夫，止于本处挑浚，其瓜州坝一带运河，令江北扬州府所属并附近州县人夫挑浅，庶民无重役之劳。”事下工部，请行总督漕运都御史张敷华议处以行，从之。戊寅，巡抚直隶苏、松等处、都察院都御史彭礼奏：“近奉旨，太仓州织造上供细白布六千匹。臣等窃见此州新立，又粮役累重，一旦有此科派，小民诉告不已。因量为处置，官价织完，此后伏乞明诏有司，就行停止。若或服用有常，难于即已，乞借本府浒墅钞关二三年之课，助州县织造，庶民免逃亡之患。”工部复奏。从之。
四月丁酉，直隶徐州及清河、桃源、宿迁三县雨冰雹，历二时乃止，平地积五寸余，夏麦尽烂。
五月戊辰，夜，南京雷火焚中和桥草场。
七月己巳，南京吏部等衙门尚书林瀚等以灾异陈十二事：曰明黜陟，曰去冗官，曰清吏弊，曰定庄田，曰折盐钞，曰处监生，曰严军政，曰省供应，曰收才望，曰禁奸贪，曰停不急，曰宽民力。命所司知之。
闰七月壬午，改提督仓场，户部尚书王继为南京刑部尚书。癸未，吏部议复：“南京吏部尚书林瀚等所言明黜陟事，谓在外司府以下官，俱三年一次考察。两京及在外武职官，亦五年一考选，惟两京五品以下官，十年始一考察，法太阔略，请如瀚等所奏，今后例六年一考察。”从之。
八月，以水灾免淮安及徐州并高邮等五卫、所夏税子粒有差。
九月丁丑，是日晓刻，南京老人星见于丙位，色赤黄。
十二月辛未，似水灾免南直隶徐州明年岁贡之额及粮草，除兑军起运外，悉已之。壬申，以水灾免南京水军左等三十四卫所屯田子粒有差。
十五年六月辛卯，南京暴风。孝陵神官监及懿文陵树木、桥梁、墙垣，多推拔冲塌者。乙酉，升都察院右副都御史王宗彝为南京礼都尚书，户部右侍郎李孟旸为南京工部尚书。
七月癸酉，南京并皇陵大风雨，拔木毁坛壝及官民房舍，江水滥。
八月庚戌，南京及镇江、扬州诸府大风雨灾。甲子，南京太常寺卿杨一清等奏：“南京每年四季并岁暮，例遣勋戚大臣，致祭鸡鸣山功臣庙，是日并祭晋成阳卞忠贞公等六庙，该应天府官行礼。近年以来，本府率委县丞、训导等官代之，恐礼意太轻，乞定为着令。”礼部议谓：“所言宜从。请此后分遣堂上官行礼。如堂上官有事故，即委京县掌印正官，必不得已，乃委府学教授等官。”从之。仍令本府官如无事故，不许推托转委。
十月庚戌，南京大风。
十二月辛酉，以水灾免应天府秋粮。
十六年正月己丑，南京太仆寺少卿胡谅奏：“江北淮、扬二府及徐州先以都御史张敷华奏牧马群长皆五年一更，副群头革去。而江南应天、镇江二府所属群长十年一更，宜令如江北例。”兵部复奏，从之。
二月己亥，巡抚南直隶都御史彭礼奏：“近例养马府、县，以十分为率，生驹不及八分者，管马官逮问。然应天等府、江南之地，不生好驹，而即印之官，必欲取足八分之数。无驹者，皆务买补，每匹价至十两。其不中者，发令转买，追价二两。验中者责养于民，经一二年，当起解时，又验不中，则追价十两。马因有印，人怀疑畏，止可卖价二两，而不足之数，仍取偿于民，则计初买印烙至后卖赔补，共价银二十两，是一驹而科征两马之价。请于应天各处，每岁应课驹而无本色者，追银六两解用，庶便于民。”兵部复奏：“原议八分之例，原为北直隶河南、山东而设，自今应天等府印烙马驹，不必限以八分。但点验果系孳生好驹，量与印烙，听候补种取用。其倒死追赔本色，不堪者，每匹令变卖，与倒死者各追银三两，亏欠者赔之。如迁延逾年不纳或亏欠诈为倒死者，各追银十两解部，转发太仆寺买补支用。以后每年起取江南备用马价，则稽该派数除豁，不必加派。”从之。
四月丙午。南京户部郎中邓琛言：“各处解部银两，旧时加耗不等，今欲每两收耗二分，放支积出作正支销。又本部龙江盐仓检校批验所，客商上纳余盐在仓，年久耗折。宜以十分为率，量收本色二三分。其余每百斤折收银九钱贮库，支与各卫官员折俸。”户部复奏。从之。
五月丙寅，掌南京右军都督府事、武靖伯赵承庆，以公廨失火，上章待罪。命宥之，仍罚俸一月。壬辰，升吏部左侍郎韩文为南京兵部尚书，参赞机务。甲午，修南京浦子口城垣。
七月壬申，南京工部尚书李孟旸奏：“南京各处工程浩繁，钱粮不给。乞将不急之工，俱暂停止，其内府各衙门廊庑之类，非甚损坏者，令本衙门自行修理。”工部复奏。从之。
九月丁卯，南京吏部尚书林瀚等以灾异陈言时政：保固南京。京城内外，水旱灾伤，军民艰窘，况连有猛风拔树木及地震之灾，祖宗陵寝为之弗宁。乞敕南京户部，量发京仓粮米赈济饥民；法司速断罪囚，勿致淹抑。他如兵部官买造船板木，每年亏折客商，以致嗟怨，宜行抽分厂积有板木取用，及各衙门供应器物，应天府各项征科，可免者免，可省者省。庶民之财力不至困竭。己巳，以水灾免南京锦衣卫等三十二卫弘治十五年屯粮十之七；金吾前等卫灾重者免之。
丁丑，南京守备太监傅容等奏：“应天府大旱灾重，民穷盗发，欲将南京户部所收水兑余米，差官给赈。”户部请如奏，上命遣部属及府正、佐有风力者领其事，务令饥窘军民，均沾实惠，毋纵下人夤缘作弊，虚糜费钱粮。辛巳，命以南京户、工部官库银及各府州县所收巡江、屯田赋、罚银，增价易米赈济，从南京大理寺副张芝奏也。直隶松江府知府刘琬奏：“本府所属，该出山东、凤阳等处各驿马夫、马价，自正统间，已于秋粮内带征，今又佥解马头，重为民病。乞将正副马头名色开除，止将所征粮银解用。又本府云间递运所有夫百六十名，编定有田中户出钱雇役，三年一轮，贫乏乃更，民甚苦之，乞自今改于均徭内征银雇役。”兵部复奏，命巡抚官审处以闻。壬午，直隶苏州府崇明县飓风大作，海潮为灾。命给漂流房屋头畜者米一石，人口死者米二石，并免今年秋粮万九千五百六十余石，草二万三千一百九十余束。