九月癸丑，遣驸马都尉杨伟告祭孝陵，以修葺南京都城故也。
十月丙寅，兵部尚书马文升等奏：“近年兴作太繁，军士疲于工役，凋敝日甚。而南京武职，宽衣大袖，清谈恣肄，武备日弛，请禁止之。”上曰：“军士疲惫，武备废弛，诚如卿等所言。此后团营官军再不许奏拨上工，各营提督并南京守备等官，务加抚恤操练，毋得因循怠忽。”戊寅，升南京吏部右侍郎梁璟为南京户部尚书。
十一月壬子，加南京水军左卫并直隶淮安卫等十三卫官军之运遮洋粮于蓟州者行粮，人二斗。丁巳，以水灾免南京水军左、骁骑右、沈阳右、应天等卫屯粮二千四百石有奇。
闰十一月丙戌，命扬州钞关明年折收银两，以备营造清宁宫之用。以后仍旧钱钞兼收。
十二月癸丑，命立祠祀故户部尚书夏原吉、工部尚书周忱于苏州之胥门。以常熟县知事杨子器言：“原吉尝治水利，忱巡抚督饷，各有功于南畿也。”
十二年正月甲戌，吏部复奏：“南京吏部尚书倪岳等所言五事：其曰署掌印信者，请今后南京吏、户、礼、兵、工五部及通政司堂上缺官，令南京吏部就于各衙门堂上官内推举署印；三法司堂上缺官，就于三法司堂上官推举署印。仍具职名闻奏；其曰稽核名实者，请令各巡抚、巡按等官，今后开具贤否揭帖，不必专论出身，惟稽核名实，庶本部得凭以为参考黜陟之地，其曰均平铨选者，请查照南京科、道、部属官，今后有年劳既深，才行出众者，遇有两京少卿、寺丞、及在外参政、副使等缺，与在京官员一体奏请升用，其曰照例附选者，谓南京各衙门历事监生，近例俱加历五月，实则直至十五月方附选，人情不堪。请今后南京监生历事十月上选，仍历五月为满，庶彼此适均；其曰疏通郁滞者，近奉诏例，凡官员有因言事及公错并公事诖误，降调为民及充军者，除近日有旨斟酌升用外，其余调者升一级，降者对原品调任，为民者冠带闲住，充军者发回为民。本部遵奉，已再行法司查报，待至日陆续奏清定夺。”从之。辛巳，礼部复奏：“南京吏部尚书倪岳等所言三事：其曰湔涤过名者，请南京官员有犯公私过名纪录在官者，与在京岁终一体湔除；其曰宽免违限者，请监生入监、复监，其过违限期，除水程及旧例外，再宽限一月。若患病有信文凭者，亦与宽限一月；其曰推行圣学者，请因今日所讲之书，验古人已行之事，独运于心，以谨用人之道。”上曰：推行圣学，朕自体行，其余俱从所议。壬午，修南京户部公廨。
二月戊戌，户部复奏：“南京吏部尚书倪岳等所言数事：其曰惩戒奸贪者，凡南京守关、管库新增内官，请赐裁革；其曰修复常平者，请令南京如遇俭岁，将食粮减价粜数万石以济困穷，而以其价银至丰年折放官军月粮；其曰类解文册者，请令南京各卫所岁报户部文册，止差吏役赍送，不许差官，致妨公务。”诏守关、管库内官，令南京守备太监查奏裁处，余从所议。己亥，工部复奏：“南京吏部尚书倪岳等所言五事：其曰并省重复者，谓南京内府库藏，每年二季计料修理，多借公营私。又南京织造事，前差去二内臣，干集有余，近添差太监郑山提督，诚为劳扰。请如所奏，凡库藏或一二年或三五年，遇有损坏，临时具奏修理。其添差太监郑山，乞赐革罢；其曰减造军器者，谓近奉有成例，凡天下军器，岁令减半成造，但未行之两京。今南京兵杖局成造盔甲之类，至四百五十余万件，颇足应用。请行南京兵、工二部，将戊字库原收军器，委官盘验，有敝坏者，逐渐修理，待修完之日，照例减半成造；其曰裁抑侵克者，谓南京龙江关、大胜港抽分局设有御史、主事监督。不知何时，添差内臣。请照在京抽分例，专委御史、主事，取回内官。不然亦宜禁其计筹索取，生事害人；其曰减省差遣者，谓内府针工、巾帽二局，每年奏差内臣四员，往南京取用麂皮等料，所至劳扰。请免差在京内臣，令守备太监督令南京二局，依时造办，选差内臣起运至京；其曰量停造作者，谓内府各监局所需生漆、肥皂等物，火罩等器，象牙、鹁鸽头弰、弹弓等料费用不赀。请令各监局斟酌计处，或停止或减免。今后遇有取用，务经本部转行南京工部，不许径自派办。其南京监局，多破物料及留难解户，掯要财物，请行南京内外守备官，严加禁约。”上曰：“织造、抽分并取用物料，内官俱仍旧不动，余如议。”
五月戊寅，以旱灾免淮安府弘治十一年秋粮。
六月甲辰，命以南京龙江盐仓所积官盐四十九万九千余斤，折支南京文武官员本色俸粮。
七月壬申，命直隶徐、宿二州禁约徐王坟祠樵采。从南京太常寺祠祭署奉祠武寿等奏也。
八月己亥，改南京吏部尚书倪岳为南京兵部尚书，参赞机务，太子太保如故。甲辰，升吏部右侍郎秦民悦为南京吏部尚书。戊申，提督巡江、南京都察院左佥都御史陈璚奏：“江阴县范港巡检司廨宇颓废，港道淤塞已久，而谷渎港四通江海，盐徒纵横劫掠，请移范港巡检司于谷渎港口，以便防御。”从之。
九月壬戌，应天府上元县老人周斌奏：“京城中人之家，凡有死亡，多无葬地，不免火焚。其鳏寡贫难者，遂致委弃沟壑道路，秽气上干，致生灾变，切恐天下皆有此患。乞行各处有司买地，官为封记，匾日义冢。如有无地无依之人亡者，令所在邻保相助，置为衣棺，葬入其内。庶鳏寡贫难者，不致死无所归。”工部复奏谓：“先是，监察御史王相言，京城之外，原有漏泽园，被人占种。乞差官筑立墙垣，明揭门额，该管衙门，各委吏役人等看守。本部已奉旨查理，欲行南京工部并各布政司及直隶府、州、县，旧有漏泽园者，重增修饰。无者，即于本处城外选择空地创造，或名漏泽园或名义冢，葬埋无地无依之人。使生有所托，死有所归，庶免致伤和气。”上曰：“小民贫难，孤鳏死无所归，朕甚悯念。所议是，其亟行天下各该衙门，一体举行，不许虚应故事。”戊寅，以旱灾免直隶淮安府及徐州、高邮卫并海州中、前千户所夏税子粒有差。
十二月辛卯，命应天府所属都税宣课司、局，岁减原额钞三之一。以巡抚都御史彭礼言，近年商利多归北京，课钞不能充原额故也。辛亥，以旱灾免南京水军左等二十二卫弘治九年屯田子粒有差。
十三年正月己卯，命南京工部尚书萧祯告谢孝陵，以南京修理朝阳门城垣工毕也。癸未，裁革应天府太平门税课司副使一员。
二月乙酉，户部欲疏通盐法，请以两淮运司掣过淮北四场引盐，移十分之四南过仪真诸处发卖。每引令商人纳银一钱，以助赈济。自弘治十四年以后，奏请处分。从之。乙丑，以水灾免直隶扬州、淮安弘治十二年粮、草有差。
六月己丑，添设仪真坝闸一座，从总督漕运都御史张敷华奏也。庚子，改南京吏部尚书秦民悦为南京兵部尚书，参赞机务。戊申，升户部左侍郎林瀚为南京吏部尚书。
七月甲戌，南京吏部等衙门尚书秦民悦等，以星变上言：“一、近日移文南京成造醮器十二万件，取内府香科八十万斤，供费转输，苦不可言。伏望躬行节俭，罢出异端，以回天意；一、南直隶驿、递、闸坝等官，属南京吏部给由者，违犯公罪，乞免具奏，随即送问；一、南京内府甲字库，所收宜兴县递年折税麻布，今计十三万余匹，渐至损坏。乞暂将弘治十三年以后麻布每匹征银一钱二分，类解内府，准作绵苎布匹，给散军士应用；一、各处清解军役，凡有未明者，宜先行查勘，然后起解。不许辄将异姓无干之人，往来概扰；一、南京各府卫管事官员，役占军土，多取月钱，导引驺从，往往过制。乞听言官劾奏惩革；一、南京诸司官员折俸，例子八月支绢，十月支布，十一月支小麦，俱在秋、冬，疏密不称。又况支给留难，军职缺食。乞照在京事例，移绢于四月，移布于八月，其有关支过三月者罪之；一、南京凡有兴作，钱粮取之工部，人力取之中府，而监管官员则听于内官监等衙门，事无统纪，弊端百出。今后兴作，必须食粮住坐与轮班等匠，相兼为之。如系大役，内官监委官会同科、道官相计，以法从事。”壬午，升南京礼部左侍郎董越为南京工部尚书。