十一月乙酉，户部会各部、都察院议处明年漕运苏、松等府该起运南京仓粮，请免民起运，就于兑粮水次，如数支与南京漕运官军，准作行粮，每石加水脚米一斗三升。
十二月壬申，先是，应天府府尹冀绮与通判范昌龄忿争，为南京科道所劾，下南京刑部逮问。时绮方朝觐来京，因请自诣刑部对理。狱具，拟赎杖，送吏部查例发落。上命复职，仍罚俸两月。既而，科道交劾绮并及其素行贪污之状，请如例改调别任，或罢归田里。不允。
九年正月甲辰，以水灾免应天、常州、镇江三府弘治八年夏税八万七千八百石有奇。
二月甲戌，以水灾免直隶徐州弘治八年秋粮三万三千余石，草四万四千六百余束，及徐州左等二卫屯粮一千二百七十余石。
三月甲申，以灾伤免直隶苏州府弘治七年起运南京夏、秋粮七万八千余石。
闰三月丙子，南京十三道御史劾奏参赞机务、南京兵部尚书侯瓒及户部尚书叶淇、南京工部尚书冯贵、南京国子监祭酒罗璟、应天府府尹冀绮，俱不职，请黜之。诏淇等俱令自陈。
四月甲申，改南京吏部尚书张悦为南京兵部尚书，参赞机务。己亥，升刑部左侍郎戴珊为南京刑部尚书。
七月壬子，提督苏、松水利、工部主事姚文灏言：“近年以来，黄河决于北，三江溢于南，患亦甚矣！陛下哀悯元元，分遣大臣，奔走治理，筑河而河成，浚江而江导，民食以足，漕运以通。然创制立度，以为经久之计，又今日事也。臣幸得备使令在三江之间，讲求六事以闻，伏乞裁择。一、设导河之夫。苏、松、常、镇沿江近海诸港浦，潮沙之积有常，而疏导之功不继，所以患多而利少。前代或设撩清之夫，或置开江之卒，专一浚治，不限时月。近岁役夫皆临期取于里甲而无经制，小民劳扰，吏缘为奸。富者累年不役．贫者无岁不差。乞将各府导河夫役，悉照江北运河及浙西海塘夫例，每年于均徭内定拨，专一用工，庶几无患；一、发济农之米。宣德初，巡抚侍郎周忱建议，苏、松等处田地虽饶，农民甚苦。其修筑圩岸，开修沟渠，类皆乏食。遂于各府设济农仓贮余米，每年百姓修浚沟渠，支给赈助。历岁既久，名存实废，水旱之备日弛，公私之积渐微。乞申明旧例，每年修圩治渠之日，量给农民一月之食。所费不多，而利实宏博；一、给修闸之钱。臣历考浙西水功，未有不赖官钱而成。故前代提督之使，任内往往有用缗钱数千万者。今江北运河及各洪闸，每年额收桩、草等钱，以备应用。惟臣所治，无一钱之畀。况各处闸坝颓废颇多，修理工价，动以千计，非得官钱决不可为。乞自今修理闸坝，合用料价，请于府县无碍官银支用，庶无废事；一、开议水之局。臣闻浙西水利，国之大计，宋儒胡瑗，教授苏、湖，尚且置斋教学者讲此。范仲淹知苏州，亦尝令所司，每年秋、冬讲求利害，春二月，用工修浚。诚以他州之官来治此州之水，不资讲究，何以施为。乞于苏州府开一局，访求境内素习水利者四五人，每岁秋冬至局，行移各府治农通判，皆来会习，备议利害及修治方略，一月而罢，事似微而效则大也；一、重农官之选。臣又观范仲淹水利议曰：苏湖常秀，膏腴千里，国之仓廪，数郡之守，宜择精心尽力之吏，不可以寻常资格而授。况令治农官专理农田、水利，尤宜慎选。乞将各府治农通判，俱于进士内选用，县丞俱于举人内选用。果有成绩，应内补者，照例行取，应外转者，比众超迁，如此则任用得人而水利自广矣；一、专农官之任。臣惟浙西水事与三时务农之功相表里，非其他土木之役，必待农隙而为。故各府治农官，虽终岁勤动尚不能举其职。近年以来，例以闲官目之，或差遣勘事，或委令捕盗，职既不专，事难为效。乞今后府、县治农官，俱照推官例，不许别差，专一治水与农，庶责任有归，而偷惰无所容矣。”命所司看详以闻。工部复奏：“导河夫役，宜行巡抚与本官酌量地方缓急，佥点备用，可省之处，不须滥设。修理坝闸，听量支官钱。若海口河滩生长芦苇，亦可取以易银，收贮备用，岁终皆藉其数，以凭稽考。府、县治农官，俱准推官例，不许杂差。讲议水利，不必开局，乞令各官躬自巡历，悉其源委，以为疏治之宜。”议上。从之。乙丑，命应天府府尹冀绮致仕。初，绮既被劾，有旨令自陈，绮因叙述年劳，乞赐辩明。吏科参驳，绮不肯引罪自归，且阴令属县老人陈己善政，宜通行究问，以塞幸门。吏部复奏，遂有是命。绮贪冒无耻，其得致仕，犹为幸免矣。
九月丁巳，命漕运每年加耗折银，除还太仓外，尚有余者，贮于淮安府库，来年有缺价卫、所，许其贷支，令次年偿之，着为令。从总督漕运都御史李蕙等奏也。
十月丙戌，户部会议各处巡抚都御史所奏事宜；一、南京运粮指挥、千、百户员缺，请听漕运衙门于管屯、管操杂差内选补；一、弘治九年，各府起运南京文、武职官俸禄，请照数全折收银一年，以苏民困；一、各处运纳南京夏税小麦，多浥烂虚费，请每石折收银四钱。一、请给南京屯军贫乏者牛具、种子。
十年正月己巳，巡抚南直隶都御史朱瑄奏：“太仓、镇海二卫，军民杂处，宜设一州，割昆山、嘉定、常熟三县附近人民三百十二里属之，而领崇明一县。”下户部，复奏，从之。命名太仓州，隶苏州府，设知州、同知、判官、管粮判官、吏目各一员。二卫军储仓及太仓卫学并税课局俱随州改，其阴阳、医学并僧道正司，并增设如制。
三月癸丑，以水旱灾免直隶淮安、扬州二府弘治九年税粮子粒有差。丁卯，改造南京操江座船。
四月乙酉，先是，南京都察院右副都御史张悦奏：“本院并南京刑部当杖断罪囚之时，例委御史、主事及南京锦衣卫千、百户会同杖断。缘杖所去本卫悬远，千百户率不能早会，以致罪囚久待，校尉人等，因吓取杖钱。及杖毕，日已晚，不得发落，仍复收系以待旦。间遇雨雪，尤所难堪。请自今比照在京事例，止令御史、主事会同杖断，不必再会千、百户。其行杖之人，就用地方火甲，不必复用校尉为便。”得旨，俞允南京锦衣卫会同议奏。请仍如悦议，从之。癸巳，以旱灾免直隶丹徒县弘治九年秋田被灾者粮草八之五。
五月乙卯，以旱灾免应天府所属五县弘治九年分秋粮、草束有差。
八月庚午，工部复议：“南京吏部尚书倪岳等所陈罢营建、审营缮、防要害、定输纳、并差遣五事，皆切中时弊，宜如所言。”得旨：“织造内臣，不必取回，余悉从之。”乙亥，兵部奏：“近京地多被水灾，寄养马重为民困，请寄养南直隶徐州并所属各县，应解马皆留本处，不必起解。”从之。
九月癸卯，裁革应天府常平仓、龙江关宣课司、税课局副使各一员。
十月庚辰，改提督易州山厂、工部右侍郎彭礼为都察院右副都御史、巡抚苏松等处，兼总理粮储。
十一年二月乙亥，命南京户部每十年一次奏差内官并科、道、部属官各一员，查盘南京内府各库藏钱、粮，有亏欠、侵盗之弊者，治其罪。
四月甲戌，以旱灾免直隶淮安府及徐州并邳州卫弘治十年分夏税子粒有差。辛巳，巡抚南直隶都御史彭礼奏：“苏、松、常三府，地狭赋重。又于赋外加耗，以备供应，民力不堪。请将岁冽起运京师折麦、折草银七万六千八十余两，存留本处供用，并将兑运耗米，稍加节减。”户部言：“麦草折银原系正额，难准存留，但三府民力已竭，宜以今年、明年者，暂赐存留，不为例。如欲节减兑运耗米，则乞令彭礼径自处分。”从之。丁亥，兵部复奏：“南京吏部尚书倪岳等所陈修省事宜，其曰罢工作者，请今后团营官军再不差拨，令专一操练，以备不虞；其曰选武将者，请于在京公、侯、伯、都督等宫中推选素有勋望者，守备南京并五府管事；其曰防要害者，请于扬州、仪真二处慎择人以任守备，并添造轻捷巡船，而严私役之禁。”议上，俱从之。
六月癸酉，以水灾免直隶淮安、扬州二府，徐州等卫、所粮草有差。