七月甲戌，增南京巡街御史为二员。故事，南京巡街止御史一员。至是，从监察御史曹玉奏，乃增一员。丁丑，南京监察御史马炳然言：“南京新江口并大教场，俱侯伯重臣坐营，而神机营并小教场二处，止用指挥坐营管操，请如在京诸营例，改任侯伯都督以重其事。”兵部复奏，从之。甲午，以水灾免苏、松、常等府正官朝觐，从巡抚都御史侣钟奏也。兵部尚书马文升等言：“苏、松水灾，恐饥民乘此为变，请敕镇巡等官，加意赈给，仍操练军士，以戒不虞。”从之。丁酉，户部言：“江南苏、松等府连岁荒歉，民间运粮米，每石用银二两。前弘治四年，苏州兑运粮米已准将五十万石折收银五十万两，冀舒民困。今年请再行之。其应天、松江、镇江等府，亦请于兑运粮内，折收四十八万六千八百九十石价银，灾重者每石折银七钱，稍轻者收银一两。”从之。
八月乙丑，以水灾免南京、苏、松等处之额外织造者，并取回督造官员。丁卯，命发应天府预备仓粮二万三千九百余石，给南京应天等三十九卫屯种军余之缺食者。
十月丙辰，裁革松江府黄渡河泊所。户部会议各处巡抚都御史所陈事宜：一、苏、松等府水灾，两京文、武官员及公、侯、伯、驸马俸粮禄米，乞每石折银七钱，径解两京户部，按季给领；一、南京各卫仓，每岁俱分委员外郎、主事等官监督收放，仍乞另委郎中一员往来巡视；一、扬州府海门县设置江海之滨，潮水冲没为患。乞令迁移于东高阜之处，庶民居官舍，两无所虑。
十一月乙亥，以水灾免应天，苏、松、常、镇等府弘治五年岁办皮张，蜡蜜等料三之二；令军民人等有愿纳银米以助赈济者，授以军职，不治事，不为例。
十二月甲寅，增设应天府高淳县县丞、主簿及管马主簿各一员，其儒学教谕、训导及税课局、阴阳、医学、僧道会司官各如原拟全设例除补。原隶漂水县巡检司一、坝二、河泊所二，俱改属高淳县。从本府奏也。
六年二月丙辰，以水灾免南京卫、所弘治四年屯粮六万四千三百四十石有奇。戊午，命苏、松、常等府，该运弘治五年京仓折色米，量留三十万石于本处赈济，从巡抚都御史侣钟奏也。
三月甲戌，南京吏部尚书王乞致仕，不允。
四月己亥，初，成化间，从南京守备官议，每岁江南州、县运粮至南京，令官军就水次兑支三月，计省其加耗及输挽之费，可得余米十万石有奇，贮之预备仓，以资缓急之用。至是，巡抚都御史以兑支有弊，请令如旧，上仓而后放支。户部奏言：“兑粮水次，一岁坐得十万余米，法无善于此者。宜复兑支例，而以其余积就贮各卫仓作正支销。”从之。
闰五月乙未，以水灾免应天、苏州等府并镇江等卫弘治五年秋粮子粒共一百八十二万六千六百八十四石，草八十万六千八百五十一包有奇。
八月戊子，改南京工部尚书侯瓒为南京兵部尚书，参赞机务。
九月壬寅，升大理寺卿冯贯为南京工部尚书。己酉，命户部差官属领苏州等处钞关；南京户部差官属领淮安、扬州等处钞关，其折征银钞，解内府供用。以前此改委府、县佐二官收授船料，其弊多而岁课日损故也。
十二月己巳，先是，差监察御史陈让照刷南京诸司文卷。至是，疏上失错、违错、并稽迟等项其典守官之应罪者一千一百八十二员，命应议及堂上官，姑宥之。其余违错、稽迟者罚俸两月，差错、迟错未明者一月皆改正，埋没者所司逮治之。
七年二月壬戌，以旱灾免直隶徐州并所属四县弘治六年夏税麦三万一百一十八石，丝一万七千一百一十八两有奇。辛未，命南京文武官俸粮该支本色者，仍旧俱支米，毋令折银。癸未，工部复奏：“监察御史张泰等请免差织造内臣，谓苏、松诸府方以灾告，民困未苏，宜从泰等所言。上供之数，本部请移文所司，如式织造，仍令巡抚宪臣督之，其余赏赐供用之类，暂乞停免。”有旨，仍遣官。于是工科给事中王敞等亦以为言，谓陛下去岁尝以灾异召还差去官员，中外臣民无不称便，倘以前日之举为当，则今日廷臣之议必能俯从。不允。
四月辛酉，命南京文武官员折色俸粮，俱钱钞中半兼支。
五月庚子，命南京内外城守门官余丁，月支口粮米三斗，从南京守备成国公朱仪等言也。乙巳，升南京吏部右侍郎童轩为南京礼部尚书。以水灾免直隶徐州及丰、沛二县弘治六年秋粮八千三百四十三石有奇，草一万四百五十余包。丁巳，命发直隶扬州等府官银，助修张秋决河之费。
七月戊子，直隶苏、常、镇江三府风雨骤作，潮水泛溢，拔木飘瓦，平地水高五尺余，沿江地水高一丈，坍塌房屋城垣，民多溺死。庚寅，是日南京大风雨，坏殿宇城楼吻兽，拔太庙、天地、社稷诸坛及孝陵树。
九月丁亥，巡抚直隶都御史何鉴，以水灾上救荒事宜：谓今东南民力已竭，而国用税凝不可亏，惟于岁运量许折色轻赍，庶国用不亏，而民力少舒。乞将今年苏、松、嘉、湖四府兑军粮内，许折征八十万石，每石为银八钱。两京诸司官禄俸，坐派苏、松、常、嘉、湖五府者，许并折银。各府派纳南京各卫仓粮亦许折十万石，每石为银七钱。其各卫仓粮量添一斗之值，以给官军起运。内府茴香等料，弘治六年以后未征解及今年该泥苏、松等府料价，俱乞停征，以待丰年。及苏州府浒墅钞关明年船料钞钱并苏、松等府去年以前，未完户口食盐课税，及今年见征盐钞，俱听收银存留，以为赈济之用，庶民不致失所。户部复奏。从之，仍命折银，每石俱七钱。丙申，礼部尚书倪岳等言：“近日南京风雨之骤作，太庙、陵寝等处树木有拔仆者，且飘落殿宇、廊庑、厨库、明楼、碑亭等处琉璃吻兽，垂带，飞仙、勾头、筒瓦及里城坍塌铺坐。又南直隶苏、松等府，狂风骤雨，平地水涌丈余，坍塌官民房屋二万二千八百九十余间、城垣铺舍五十余处，淹死人口二百八十三人。”
十月己卯，命直隶苏州府起运镇江、扬州等府夏税粮麦共二万八千七百石，暂存留一年，以备本府支给，不为例。
八年正月丙午，以水灾免南京锦衣等卫弘治七年屯粮之半。户部言：“苏州府浒墅镇钞关所收船料余银六百两有奇，欲行巡抚官令作本府赈济之费。”从之。
三月庚于，升河南布政司右布政使朱宜为都察院右副都御史，巡抚苏、松等处，总理粮储。
四月甲寅，工部侍郎徐贯兼都察院右佥都御史，奉命往治苏、松等处水道。乙亥，直隶常州府雨雹，深五寸，杀麦及菜。丙子，命直隶镇江府原派本府并扬州府仓粮，每石暂折征银三钱，以水灾故也。辛巳，先是，江南苏、松等府被水，命南京户部委官核之，乃委主事高垣往。垣偕其养子林及旧隶蒋能同行。所至，每遣林等出，与典赋者为关节议谐所值多寡，若市物然者。银至百两，则所报灾数，不复问其虚实，否则驳之不已。以是州、县闻之，鲜不纳贿。巡按御史吴一贯、巡抚都御史何鉴相继发其事。下南京都察院问。并劾本部左侍郎李益以差委匪人，坐赎杖还职，峘追赃并家属发湖广常德卫充军，林等各坐罪有差。
五月己丑，以水灾免应天府及苏、松、常、镇等府并苏州等卫弘治七年分粮草子粒有差。庚寅，升南京都察院右都御史张悦为吏部尚书。
六月壬子，南京阴雨，自五月二日至是日始晴，坏朝阳门北城墙。庚午，南京工部尚书冯贯奏：“自镇江至九江二千余里，江中洲渚芦苇甚多。洪武中，命所司采取，供本部烧造之费，洪熙中兑十之三，正统、景泰、成化间，折征银课。近多为豪右侵占，柴课之输，十无一二，乞遣官阅勘。”从之。
七月己丑，命南京都察院右佥都御史杨守随提督巡江，带管操江。前此，巡江都御史有不预操江者，南京都察院移言兵部，宜仍旧兼管。兵部复请，从之。癸巳，升常州府通判姚文灏为工部都水司主事，专治苏、松等七府水利。赐之敕曰：“直隶苏、松、常、镇并苏州、镇江等卫所，地方广阔，钱粮浩大，每岁收成，全资水利。积年以来，河港、沟渠、湖塘等项，尽皆壅塞，或被势豪之家占为己业。旱无所溉，雨无所泄，以致田谷不登，军民缺食。近差工部侍郎徐贯，会巡抚等官通行疏浚，已奏功完，但恐岁月浸久，港渎渐致堙遏，水利不能兴举，圩岸愈见坍塌，财赋无处出办。特升尔前职。……尔其勉之，慎之。故敕。”
八月甲寅，先是，建议者请裁革松江府云间递运所，知府陈让言：“本所岁运官物，不当革。”兵部复奏，从之。
九月丁未，裁革淮安、扬州二府管河通判及仪真等县管河主簿各一员。