七月辛酉，命武靖伯赵承庆铨往南京前军都督府带俸，专理操江。
八月戊子，命户部运太仓银二万两于苏州仓，以备军储。
九月丙子，户科都给事中张九功，以今岁漕运漂流米麦共一万四千八百余石，因劾总督漕运都御史李昂，总兵官、都督佥事都胜及各把总、管运等官罪。得旨，昂、胜姑贳之；把总、管运并漂流米麦五百石以上者，各停俸三月；五百石以下者两月。
十一月戊午，以水灾免直隶镇江府夏税麦二万九千七百八石有奇。
十二月丙申，南京户部左侍郎侯瓒言：“各处岁运南京仓粮，临船兑支三月，积出余米，令实于缺粮仓并常平仓，而纳户守候月久，复令搬运，人情不堪。请自今以先运至者扣算正余，尽数兑支三月，续到者，分判各卫仓，以免民日久劳费。”又请以本部寄应天府库秋粮折俸余银万六千五百余两，及两淮等盐运司盐引纸价余银八千八百余两，籴米实常平仓，以备赈济。又南京各仓、场修仓、收粮军斗、草库余丁，月给口粮三斗，其正军不得重给。下户部议复，从之。庚子，吏部听选官徐灏言：“自通州至南京河路，牵船夫数愈多，而弊愈甚。乞照旧例，各处止派二千名，分为两班，以苏民困。”从之。
三年正月辛未，升南京太仆寺卿秦崇为应天府府尹。癸亥，南京内府花苑，上元、江宁二县岁拨夫二百，供浇灌之役，民颇被其扰。左都御史马文升及应天府丞冀绮请罢之。守备太监陈祖生等因陈累朝种树及夫役增减之数，乞存留如旧。事下南京工部议处，右侍郎黄孔昭言：“种树以备宗庙荐新之用，园丁亦难量革，请如天顺八年旧例，仍岁拨夫八十名。”从之。
二月甲午，户部以水旱灾，请免直隶淮安府弘治二年分秋粮米九万六千七百余石，草二十六万七千三百四十余束；扬州府米豆共四万八千五百四十余石，草八万七千四百八十余束。壬寅，以水灾免直隶苏州府崇明县弘治二年分秋粮米五千二百六十余石，草六千四百三十余包。
三月丁卯，先是，以直隶淮安府连年荒歉，减免秋粮数多。从都御史秦纮奏，令本府板闸、钞关所收钱钞，以米代之，每钞一贯，收米一升，以给本处官军俸粮，以后仍旧。至是，都御史李昂奏：荒歉未复，仍乞折收米一年为便。从之。乙亥，以水旱灾，免直隶淮安、扬州等府弘治二年米、豆。
四月丁亥，升巡抚延绥等处、都察院右都御史黄绂为南京户部尚书；吏部左侍郎刘瑄为南京工部尚书。辛丑，禁南京后湖耕种樵牧及盗泄水利者。从大理寺少卿杨谧等奏也。
六月甲申，吏部议复南京吏部尚书王伤等所奏修省事宜：一、谓南京户、兵、刑、工四部政务颇繁，今兵部止有尚书一员，户、刑、工三部各止侍郎一员，请于兵部增侍郎，三部增尚书各一员；一、近例被灾各处，四品以下官，三年、六年考满，悉令纳米，免其给由赴部，恐贤否无辨，仍宜照旧赴部考核；一、南京吏、礼二部，各添写本监生二名，兵部再添一名，并户、工二部写本监生，俱从吏部行取，其在京各衙门写本清军监生，亦从吏部转行国子监取拨；一、南京各衙门办事当该吏典数多，在外两考役满者，因畏避巡按御史考试，到部数少，不勾拨用，请添拨福建之邵武、湖广之德安二府以益之，仍令御史考送。上命南京户、工二部各添尚书一员，吏、礼、兵三部各添侍郎一员，写本监生准照旧数添。两京取拨监生仍旧，吏典不必经由御史等官考送，止该部严加考选，不许姑息。丙申，南京工部奏：“应天府并直隶镇江府所属芦洲柴课，宜仍照现在额数，解办折色银两并本色芦柴，修南京外罗城垣及金川等十七门。”
七月己卯，以旱灾免南京广洋等二十七卫屯粮之半。
闰九月丙申，发南京龙江盐仓批验所余盐五十万斤有奇鬻银，为查理后湖黄册之费。
十一月癸未，刑部左侍郎白昂奏处置河道事宜，乞令扬州府管河通判常居瓜州，总管闸坝，不许回府。辛卯，命淮安府板闸、钞关船料钱钞再折米一年，以充官军、师生之给。从总督漕运都御史张玮之言也。
十二月庚戌，总督漕运都御史张玮言：“徐州小黄河旧在州城西北，上通沁水，下接漕渠。宋熙宁间，河决为患，守臣苏轼堤以巨石，镇以黄楼，自是水不为患。近年黄河复决，改流城北，其势汹涌，坏两岸军民居舍及城郭，俱可忧，臣会巡按、管河等官议疏浚，……务为经久之计。”从之。
四年正月乙酉，升南京兵部左侍郎郑时为南京刑部尚书。
四月戊申，命南京都察院右佥都御史王轼兼提督巡江。
乙酉，调扬州府知府冯忠别任，黜通判杨棨为民。棨因上元节造烟火之戏于天妃宫，忠往观之，随者甚多。夜归，众争过浮桥，溺死数十人。事闻，下巡按御史逮问，遂是有命。
五月戊子，工部以直隶苏州灾伤，乞免织造各色绢匹。不允。
六月庚戌，直隶淮安知府徐镛奏：“本府常盈仓岁收粮不过四五万石，乞取回监收内官二员，收粮经历一员。”下户部议以为便。上命汰经历，内官仍旧。
七月壬午，命增盖南京后湖库三十间，以原库收贮黄册盈满，明年将造册故也。丙申，以灾免直隶扬州府及高邮等卫、所弘治三年粮草有差。
八月乙巳，南京监察御史杨琎言：“宋汴京留守兼开封尹、赠观文殿大学士、谥忠简、宗泽墓在丹徒，乞依岳飞故事，于墓所及其生之乡，并建祠秩祀，以为忠义之劝。命下其奏于所司。辛未，以旱灾龟直隶扬州卫及通州、泰州、盐城三守御千户所弘治三年屯田粮有差。
九月戊寅，南京户部左侍郎侯瓒为南京工部尚书。甲午，南京工科等科给事中毛珵等言：“八月十一日，南京地震，屋宇播动，继而风雨晦冥，雷电大作，及苏、松等处夏间大水，淮、扬等处蝗飞蔽天，此皆灾异之大者。”
十月庚申，南京监察御史朱德等上言：“比者灾异迭见，而南京一路尤甚。旱涝不常，军民告病。甫及秋收之际，蝗蛹骤生，禾稼伤残，继又地震不宁，屋宇摇动。伏乞慎思灾异之由，善应天地之戒。循名责实，因事纳言，遂条陈五事：曰省力役；曰宽征赋；曰治赃顽；曰稽实用；曰务远图。”命下其章于所司。
十一月乙亥，以水灾免苏、松、常、镇、应天等府所属并苏州、太仓等卫弘治四年夏、秋粮税有差。庚寅，巡抚南直隶都御史侣钟言：“江南今岁水旱相仍，苏、松等处低田伤于水，而徽、宁等处高田伤于旱，将各府岁纳纻丝、纱罗、绫绢、绒线等件，及皮、蜡、殊蜜、青绿铜、钢铁、银箔等物，暂且停止。其苏、湖二府，今岁免军粮米，请以五十万石折价收银，石止折七钱。军民有愿纳银入粟，量给散官冠带，或纪名于籍，建坊牌以表之。各府、县有罪应赎者，俱令纳米于被灾处所，以备赈济，并浒墅钞关所收三年、四年未解银钱以助之。”户部复议，从之。己巳，都察院右都御史秦纮为南京户部尚书。
五年二月癸卯，以水灾免苏、松等府、卫粮草子粒有差，其非全灾者，暂停征纳，以三分为率，自弘治五年为始，每年带征一分。甲子，直隶苏州卫指挥张钦以不能捕盗，调湖广永州卫带俸差操。其嫡母黄氏，以年老无他子奉终养，许之，命终养后，仍调前卫。
三月丁丑，总督漕运兼巡抚都御史张玮奏：“直隶淮安府灾，乞将本府钞关所收钱钞，折收粮米一年，以给官吏，旗军月粮。”户部复奏，从之。命逮问应天府府尹冀绮，以迟误南京陵庙祭祀牺牲，为守备成国公朱仪等所奏也。
四月甲辰，命南京江阴卫带俸都指挥佥事耿麟充参将，协同漕运，兼守淮安。
五月乙未，裁减南京神策等二十五卫知事务一员。
六月丁未，以水灾，免直隶淮、扬等府弘治四年税粮有差。庚申，命给致仕南京工部尚书胡拱辰诰命，从其请也。