明弘治孝宗弘治元年正月乙卯，改南京户部尚书王伤为南京吏部尚书。甲子，命支南京内府承运库原收夏税折麦银一万七千余两，准给应天等六卫官军月粮。以灾伤缺粮，从南京户部请也。
闰正月丁卯，先是，修南京国子监，会诏例停止。至是，南京工部复以为请，命卒成之。乙亥，南京工部请增设主事一员，管镇江至九江沿江芦洲。命本部简司属官一员，奉敕理之，官不必增设。于是，工部奏差其属郎中毛科。赐之敕曰：“南京，自镇江至九江一带，俱有芦洲。近江州、县并巡检司，每年斫办本色芦柴及折收银两，解送南京工部烧造、买办应用，已有定额。然洲场年久，坍涨不一，或因淤塞而新生，或因移徙而重出，多被富豪军民人等占为己业。又或投献官豪势要之家，以一包十，恣意霸占，而旧额洲场，日见侵削。所在有司，因而交通富民，阿顺势要，怠惰不理。甚至不复取芦于洲，但科民赔价。
又有不近大江县分，原无芦洲处所，亦一概科取。积弊多端，以致小民受害，连年告讦不已，国课亏少。遇有南京工部烧造、修理等项工程紧急，未免拘并各该铺行、窑头人等，揭借应用，累及无辜。今特命尔不妨司事，提督清理沿江一带芦洲，禁约富豪军民人等及官豪势要之家强占侵夺，有司科扰小民之弊。旧额洲场如有坍塌，即将新佃柴课依数凑补。本处旧额现存，或有新生别洲，许令拨补附近坍塌之数，且要丈量明白，令各该府、州、县俱造文册，申缴该部，及存留本处备照。其余一应积弊，敕不该载者，悉照本部所奏而行。所在府、州、县官员人等，敢有故违不遵，六品以下听尔径自提问，五品以上及军职，参奏处治。尔受兹委任，尤须持廉秉公，毋暴毋刻，俾事妥民安，国课不亏，斯为尔能。如有纤毫不谨，以至扰人坏事，事发，一体治罪不宥，故敕。”
五月甲申，南京十三道监察御史缪樗等言：“今年三月二十六日，南京内府花园失火，止而复起，不知焚毁房屋几何？本日晚又有狂夫，不知所从，来至长安右门下，发言悖慢，叩环大呼，良久遁去。惟花园禁严之地，长安宫阙之门，变异如此，关系匪轻。而守备官等视为泛常，守卫官军有同儿戏，乞治之以戒将来。成国公朱仪，衰老怠事；南宁伯毛文，软懦无为；兵部尚书耿裕，忠厚有余，治才不足，太监陈祖生、郑强，立心险狠，处事乖违。居常则彼此偷安，临事则互相坐视，防范之政无闻，守备之职安在。小变若是，大事可知。况南京乃祖宗根本重地，岂宜委之庸劣，任其废弛而不加之意。乞将各官罢黜，别选贤能以充任使。”时南京六科给事中方向等，亦以是为言。上曰：“既内园失火，又狂夫呼喝长安门，当时守备、参赞等官，乃略不经意，其令具实以闻。”
六月己酉午刻，南京雷电霹雳，毁伤鹰扬卫仓楼并聚宝门旗竿。丙辰，修南京聚宝门城垣。
七月壬戌，南京守备等官议奏：“建阳卫临江要地，旧有操江官军五百人，乞掣其半，回卫操守。仍留其半，而选拨新安卫官军三百人合班操江。”从之。癸酉，南京兵部郎中陈谦言：扬子江盗贼多，渔人乘机为之，乞编渔船为甲乙，责令自相捕缉，凡有盗作，即坐以罪”。上曰：“江上渔船乘机为盗固有之，难属以捕盗事。今后渔船令有司点视戒约，有能报官捕盗，及自能捕盗者，给赏如例。”
八月丁巳，南京守备太监蒋琮奏：“扬州仪真地方罗肆桥，旧有通江港，可开闸放船。成化间，巡河工部郎中廓异奏，浚通河面置二闸，潮满则开，潮退则闭，船只经过，无复盘费损伤之患。时有奸豪侵占牵路，于沿河水次，起盖浮铺为买卖者，恐斯闸一开，必致折改，往往以河水易泄为辞，欲隳其成。昇因力辩浮议，条陈五利，冀以行之久远。而司漕运者误听奸词、擅行筑塞，致令往来船艘，仍前受害。近坝居民，谓为得计，就于临河牵路起盖文天祥祠宇，欲使后来不轻易改拆。而守备、指挥，亦于闸上擅自盖亭，索取财物。乞依前修浚开放，及将奸豪侵占牵路，所盖铺店、祠宇，俱为拆改。则奸弊可革，便利可兴。”工部复奏，命巡抚官会同总兵官从公勘议以闻。
九月壬申，命户部每岁三月，选差属官一员，奉敕自通州抵仪真，催督漕舟。往岁差官例不请敕，至是，从南京守备太监蒋琮奏，以责轻人玩，故有是命。辛巳，升江西布政使徐怀为都察院右副都御史、巡抚应天等府。
十一月庚申，裁应天府溧水县批验茶引、盐引二所。丁卯，夜，南京甲字库灾。
十二月癸丑，命管苏松等处水利、浙江按察司佥事，兼提督太仓等卫所屯田并监放太仓、镇海二卫官军俸粮，从兵部郎中陆容请也。命南京户都拨余米三万石，赈应天府所属饥民。米乃临船兑支所余，寄贮常平仓者也。
丁巳，命南京都察院右佥都御史虞瑶兼提督操江。
二年二月己酉，南京沿江芦场，俱系军民开垦，办纳粮课，及各窑厂采取供应柴薪。成化初，江浦县界新生沙洲六段，县人先后告官承业，以补沉江田亩之数。洲与内官监原拨芦场相邻。江东巡检司旧管工部芦场二所，亦相比近。瓦屑坝下有废官房酒楼地一区，石城门外有湖池一所，旧尝收积木料，及畜放水獭、老鸦，其后事已，悉赋居人，岁供租银百五十两于守备厅公用。太监黄赐时，奸人悉以献于三厂，指为原拨供应之数，赐及后差太监张本等受之，尽收其利，而岁额租课复责偿诸人，相承至太监蒋琮不改。成化二十三年诏书，令投献山场、湖荡地土悉归于民，县人相继奏言，下南京监察御史姜绾等复按。而琮屡以揭帖嘱托，使断归三厂。绾等遂连名劾琮。谓以守备重臣，与小民争利，假公事以饰私情，用揭帖而抗诏旨，扬言阴中，胁以必从。因历数琮变乱成法，欲以内臣为言官，一罪也；妒害大臣，妄奏都御史秦纮，二罪也；怒河闸官失于迎送，而欲奏罢之，三罪也；滥批词状，送各衙门，不由通政司，四罪也；分差内官于钱粮处所，纵其侵渔，五罪也；按季取受班匠工银，六罪也；收留罢闲都事林时用，拨置害人，七罪也；官员稍不顺承，辄查脚色，阴加察访，惊疑人心，八罪也；妄奏主事周琦管库，欺罔朝廷，九罪也；保举罢革内官，窃陛下之权，使恩归于己，十罪也。且今士夫侧目，人人自危，军民负苦，怨声载道。乞下琮于法司，明正其罪，以为怀奸坏事之戒。刑部复奏，谓琮处事乖方，以致言官劾奏。第所言琮罪，必须复按。请移文南京刑部，会同都察院、大理寺等官勘处奏报。上如议从之。
三月甲申，以旱灾免直隶镇江府弘治元年秋粮八万一千二百二十五石有奇，草七万三千七百九十八包有奇。命淮、扬二府钞关，自弘治二年三月以后，每钞一贯，折收米一升，给淮、扬等府、州、县官吏俸粮，至三年三月终，如旧。
四月甲午，先是，吏部奉旨起取南直隶各，府、州、县官库银三分之二，以实内帑。至是，应天府奏：“本府所积数多，请留为赈济及科举之用。”从之。乙未，南京太常寺神乐观火，焚廊房六十八间。丙申，户部以南京内外守备官之奏请，借拨直隶附近仓储一万石，补给滁州卫官军俸粮。俟江南各州、县岁运至日，令南京各卫官军俸粮就船兑支三月。州、县既不费脚价，所余米当有十万余石。内以万石补还今所借之数，而别贮其九万石于应天府，为预备之资。从之。辛亥，以水灾免直隶海州夏麦九千二百六十四石有奇。
五月辛酉，南京兵部左侍郎白昂言：“南京江淮、济川二卫马快船夫逃窜者众，宜如逃军事例，责令邻伍首解；典收所岁解皮角，往复艰苦，请即于南京工部收贮，各仓军斗及象马草场、草库近多余丁而无口粮，宜如漕运事例，月给口粮三斗。”从之。
六月庚子，先是，有盗入南京内府甲字库，因失火延烧钱布等物至数十万。已而获盗，具得前后诸同盗事情。刑部请论如法，并劾守备太监陈祖生、成国公朱仪、参赞尚书耿裕等各失于防范。上以各盗情犯深重，难照常例处分，命同行失火者二人，及进库六次至十次者七人，俱处以极刑。其不进库及进而次数少者及窝藏者十四人，俱并家小发广西柳州卫充军；内使充种菜净军；监丞、副使充守更内使；余依拟发落。守备等官姑宥之。仍谕令今后督察军马、城池、钱粮、门禁，加慎勿怠。