九月壬辰，升户部左侍郎潘荣为南京户部尚书。
十二月辛未，南京兵部尚书王恕等复勘巡抚都御史徐英所奏，南京太仆寺成化十一年至十三年，民间种马死者七千余匹，宜免追偿兼免应偿半价及逐年应追马驹，其所免空闲人户，则给以牝驹，使牧养补种。诏可。
二十一年三月甲午，南京中军都督府掌府事、成国公朱仪等应诏言事：“一、各卫百户，乃亲军之职，旧制以其姓名，注为所分印信，传之子孙，非有大故，不轻改易，欲其上下相亲信也。迩来，百户袭职，拘于考选、保勘，所掌印信，多令他官代管，事涉纷纭，有乖初意。自后百户子孙承袭到卫，乞免其保勘，仍旧现任；一、工匠以充造作，军士仍备操练，此盖宁定之制。迩来，南京内官现于各卫操军内奏取琉璃匠二百名，筛簸匠一百九十八名，乞退还操练。”事下兵部复议，诏可。琉璃、筛簸匠仍各留一百名。戊戌，工部议复：“南京吏部尚书陈俊等应诏陈言事，其一言、差去内官匠作，成造摆朝军器者，宜如所言，取回已派物料，令南京兵仗局造完解京；其二、直隶苏、松等府买办年例供应物料，令宜有司径解、折价，转送应天府官库收候支用。中间或有积出余银，明立簿籍，准作下年之数。”奏上，上曰：“差去内官匠作都取回，军器造完者，就令解来，未完者令守备太监督造，陆续解京。买办物料，俱准议行。”甲辰，礼部议复：“南京吏部等衙门应诏陈言内一事，欲将各处纳银米入监者，分送南北二监，自具薪米肄业，请止限以坐监二月。如自愿具薪米以留者，听。其年十三四或十六七，则俱行各处提调学校官收入本学肄业，满十年仍复监。”从之。四月辛未，免直隶徐、淮二府州，邳、徐等卫、所夏税小麦子粒二十万一百四十余石。以去年水旱灾故也。
五月庚午，工部奏：“南京守备内外臣言，修理九五等殿，工费浩大，现存木植不足于用，宜移文南京工部，取各局、厂所积足之。”上命先修其急者，余俟积有木料日再闻。
八月户部奏：“南京金川门草场火，焚草三十九万八千包有奇，监收员外郎袁宏、巡视郎中周郁、御史张贯俱宜逮治。”从之。
十一月丙子，南京钦天监以南京吏部等衙门会奏天文生、阴阳人原额量减二分，奏陈本监原奉高皇帝圣旨，并引大明律例。礼部复议：“旧例皆无以女婿、外孙、义侄、别姓补充之令，宜行南京礼部仍照近例举行。”从之。
十二月庚子，先是，应天府以南直隶应试者太滥，乞定额数。礼部定以二千二百名。至是，南京礼部、国子监并南直隶提学御史俱乞量增其数。礼部拟以二千八百，内监生人等，俱令南京礼部会考入试。上命仍以二千二百为额，应试该考者，令南京都察院定之。甲辰，诏巡抚南直隶右副都御史李嗣粜松江余米九万石，以平米价。时，嗣上言应天等六府旱荒，来年米价必贵故也。
二十二年正月壬戌，南京守备、成国公朱仪、兵部尚书王恕等奏：“应天府及锦衣等卫屯种地方，去年久旱，至十月以后，方得雨雪，然已过期。即今江北诸处流民四集，南京米价愈增。臣等议得南京常平仓现有粮五万六千余右，及各处每年起运，其数亦不下数百万石，若暂行平粜预支，亦可平米价。乞照先年事例，先将常平现储并各卫仓粮共十万石减价粜卖，俟各处起运到日，临船兑支各卫官军俸粮三月。仍于运到新米内，每月拨一百五十石，分送各处，以济乞食之人，麦熟而止。”奏上。下所司知之。甲子，户部奏：“比巡抚南直隶右副都御史李嗣，以应天府去岁旱荒，欲分粜南京现在仓粮赈济本部，以为难行。惟松江府存留粮数几三十万石可粜。得旨命别议以闻。今查应天府及属县仓粮有五十余万石，镇江府亦各有积储，况客商舟楫可通，富民劝借可举，比之庐、凤诸处终易为力，乞移文李嗣斟酌措置。”从之。
三月庚午，应天府丞杨守随以征收赈济仓粮所具奏疏，字有涂改事，下南京刑部问罪。拟赎杖还职。
六月乙酉，免应天等府县秋粮三十万八千八百余石，以去年旱故也。
八月己亥，升南京都察院右都御史李裕为工部尚书、巡抚苏、松等处。免邳州、徐州并所属县去年夏租十万四千二百余石；邳州、徐州卫子粒八千七百余石，以雨雹灾故也。
九月丁巳，改兵部尚书马文升于南京兵部，参赞机务。
十月丙子。南京守备、成国公朱仪奏：“新江口操演战船，俱于中、下二新河住泊，以避风涛。今二河为泥沙淤塞，至秋深水涸，出坞为难。请敕工部循往年例，督军修浚，庶船出入便利，遇警不致误事。”从之。
十二月戊戌，命修南京玄武门城楼。
二十三年二月甲戌，以旱灾免直隶镇江府、卫及丹徒等三县二十一年秋粮子粒十一万一千六百七十余石，草十万五千九百八十余包。
三月甲子，巡抚南直隶右副都御史李嗣奏：“上元、江宁二县，原拨南京光禄寺并惜薪司抬柴人夫，宜改派各府、州、县并邻近布政司佥解。”守备太监钱能等参奏，以为南京祖宗陵庙所在，岁时供给膳差，俱属大庖，造办柴炭，日不可缺。其抬柴夫，洪武年间坐派应天一府，原额三千名，以后减至三百名，皆派南京二县。今若改派他处，恐供应后期。光禄寺亦称，本寺抬柴夫虽例取南京二县，其脚价银则取于句容、溧阳、溧水三县。今二县领出雇夫，尚累年拖欠，若又改派，愈加迟滞。工部复议，从之。
四月丁丑，诏南京运粮军余月粮，仍给一石。初，漕运京军月支一石，而外卫止支六斗，至是成国公朱仪等以为言，故命如旧云。
六月己巳朔，直隶徐州蝗。癸未，以旱灾免南京留守左等三十二卫屯粮共五万二千八百三十余石。
十月甲戌，升户部左侍郎王佰为南京户部尚书；刑部左侍郎何乔新为南京刑部尚书；南京吏部左侍郎黎淳为南京工部尚书。
闰十月甲申，礼部言：“南京各衙门，俱因事简，官不全设，其僧、道录司、教坊司，事务尤简，欲准近日裁革事例，僧录司留右善世，右讲经，左、右觉义各一员，道录司留右至灵二员，左、右玄义各一员管事，俱用升职在前，保举相应者，余皆带衔闲住。教坊司留右韶舞二员，左、右司乐各一员管事，亦各用升官在前者，余皆革职。其寺观住持，择年深戒行老成，给劄在前者，敕建寺观留二名，敕赐寺观留一名，余皆革罢。僧道系纳银赈济等项，度牒明白，及本地寺观出身者，许令本处寺观住坐，不许仍前四外云游。教坊司俳长，于精通乐艺、年深补充数内，照额挨次留四名办事，余皆革去。俳长仍充色长食粮，协同俳长办事，候有缺，挨次收补。其余传奉补充者革去，止照原役食粮当差，并各色长，系精通乐艺者留四名，其余传奉补役及老疾不堪之人，尽行革去。”俱从之。
十一月乙巳，改南京礼部尚书耿裕为南京兵部尚书，参赞机务。
十二月乙酉，户部复奏：“南京礼部郎中李谅所陈二事，其一曰理财用者，谓成化末年，常差太监宋玉支长芦运司盐十万引，卖之两淮等处，以所得价银织买上供段匹于南京。近已奉诏停止织造，其前后所支引盐，所卖银两，所织段匹俱无的数，请差官稽考。其二曰清屯田者，谓各处卫所屯田，多被势要官军占为己业，军丁开作逃亡，子粒不行上纳。请行各巡抚，巡按等官核治。”得旨，织造内官已取回，不必差官查勘。余准议，辛卯，南京礼部郎中李谅奏请禁马快船只附载私货、骚扰驿递者。兵部复奏，从之。