三月戊辰，修扬州府泰州河堤万八千六百丈有奇。壬申，浚扬州府瓜州坝河道及修通江、减水二闸。已卯，除直隶泰州如皋县民死亡无征租税。庚寅，修苏州至嘉兴石土塘桥七十余里，泄水洞百三十一处。
四月丁酉，免直隶淮安府安东县永乐七年牛租。壬寅，守聚宝门千户赛：“有民入城检其行李，得金镯及银数锭，于法不应。”上问刑部尚书刘观此何法。对曰：“法不得以银交易，百姓不得用金首饰。”上曰：“禁民交易服用，何尝禁其藏蓄？”命悉还之。顾千户谕之曰：“尔职守察诘奸细。民违法，何预尔事，今姑宥尔，如再越职厉民，必罪不宥。”
六月甲午，户部言：“淮安府沭阳县四月雨雹伤稼，计田五百三十九顷有奇。”诏免其租。辛丑，淮安府沭阳县知县王泰言：“县南沭河，北连山东，南通淮安。洪武间尝疏浚，以便转运，今壅塞四十余里，转输既难，水复为患，乞于农隙浚治。”从之。甲辰，直隶扬州府通州、泰兴、江都、仪征、海门等县，风雨暴作，江潮泛涨，坏房舍，漂流人畜。事闻，命户都速遣人巡视抚恤。
七月癸未，修淮安府沭阳县业墟庄南北二桥。
八月甲午，浚常州府江阴县青旸等处河道。
九月己巳，修京城上方、高桥二门。甲午，两淮徐渎浦场盐课司，海潮泛滥，淹没盐仓，亏盐千四百十六斤。
十一月辛巳，上念徐州齐眉山等旧战斗之所，有战死者，虽尝遣人收瘗，犹虑未尽。遂遣监察御史张俨等巡视，督有司遍行收瘗，有暴露者，罪坐所在官司。
闰十二月己卯，革常州武进县之剩银河闸，时河淤塞，已别开孟渎河，故革之。
十年正月乙未，两淮都转盐运使鲍浑等言：“近年朝廷以营造召商中纳北京盐粮，乞仍令各处罢中，往岁所中盐者亦令停支。今淮、扬二府人民每岁食盐五万余引，亦宜暂停，候北京罢中然后给与。”从之。
三月丙申，增置应天府都税司副使二员，分管三山门外沿河塌房官税。
七月丙戌，以水灾免直隶吴江、长洲、昆山、常熟四县粮十三万八千六百九十石有奇。
八月丁丑，重建应天府天禧寺。
九月甲午，浚松江府上海蟠龙江，袤十四里，广十丈。
十月戊午，初，平江伯陈瑄言：“苏州府嘉定县濒海之墟，正当江流冲会，海舟停泊之所。其地平迤，无大山高屿，漕舟于此，或值风涛，触坚胶浅，辄致倾覆。乞于县之清浦，筑土为山，立堠表识。”从之。命有司征军夫，令瑄督其役。仍敕瑄曰：“若工难成，宜速馈运，无失风堠，候农隙为之。”至是成，方百丈，高三十余丈，赐名宝山，上亲制碑文记之。
十一月丙戌，修扬州府仪真县缘江堤岸。壬寅，命扬州等卫造海风船六十一艘。丙午，浚镇江府京口，新港、甘露三港。
十二月壬申，户部臣言：“邳州今岁霪雨伤禾稼，民乏食。”命监察御史乘传往赈之。陛辞，上谕之曰：“民命朝不保夕，尔往，当如救焚拯溺，不可顷刻稽滞。”乙亥，以明年巡狩北京，敕直隶扬州等卫，选精锐骑士及步卒，各委官管领，赴徐州等处驻扎。俟车驾至，扈从。给行粮及赐钞，为道里费。
十一年正月丁亥，苏州府同知柳敬中言：“昆山之太平河，东通大海，西接福兴河，上达阳城湖，为利最溥。近年淤塞，旱涝俱不便，今欲疏浚，约用人七万八千四百，计二十五日可完。”上曰：“役久则民劳，迟则妨农，其征旁近民夫十万亟成之。”壬寅，以徐州饥，蠲其民逋租六万三千八百石，而论其州、县官不言民瘼者罪。
二月癸丑，户部言：“直隶崇明等州县民饥。命发附近官廪米赈之。乙丑，车驾发京师，狩巡北京。命皇太子监国，其留守事，悉准永乐七年之制。
三月癸未，应天府言：“新河圩岸为风涛冲啮四十余丈。”皇太子命工部修筑。
五月丁酉，淮安府盐城县蝗。丙午，修京师神乐观及醴泉亭。
六月甲寅，上召行在户都臣谓之曰：“人从徐州来，言州民以水灾乏食，有鬻男女以图活者。人至父子相弃，其穷已极。即遣人驰驿发廪赈之，所鬻男女官为赎还。”乙亥，增设应天府州、县官：府通判、州判官、县佐各一员，专理马政。
七月壬午，户部言：“通州海门县官民田，近被风潮冲坍入江者，该输粮三千五百八十余石。”命除之。甲辰，修孝陵神厨、神库、宰牲亭、灵星门。乙巳，苏州之长洲、昆山二县奏，去年河水泛滥，淹没民田，其税粮乞俟今秋征输。上谕曰：“农民终岁勤动，供税之余，衣食恒不足。既去年田被灾，而欲以一年所种为二年之租，民之衣食何由而措。户部宜核实，蠲其被灾之租。”凡蠲田若干顷。
九月丁亥，以建昌府知府于潜为应天府尹。辛丑，命镇江等府、卫改造海风船。
十月丙寅，遣副都御史李庆赍玺书命皇太子录南京狱囚。死罪情重者，系狱听决；杂犯死罪以下，皆从赎罪例发遣。时天气向寒，上虑狱囚淹滞，故有是命。辛未，命诸将整饬士马。敕淮安、徐、邳诸卫简士卒、精器械以俟命。”
十一月乙未，右军都督同知薛斌言：“都督吴成等于斌所领随驾三千马队官军内，多选旧鞑靼人隶其麾下，致原伍多缺。”上命于在京及直隶扬州、高邮诸卫，选精壮者补之。
十二年正月庚于，命直隶徐州等卫，不分屯守，各选军士，以指挥、千百户率领，都指挥总率随军运粮。辛丑，发淮安、徐、邳等处民丁十五万运粮赴宣府。其运粮民丁，悉给行粮及道里费，仍免徭差一年。
三月庚辰，直隶扬州府水灾，命户部遣官验视被灾之民，赈之，凡六千二百户。
五月丁丑，皇太子命赈给直隶苏州府吴县之民被水灾者。
六月戊申，皇太子免直隶扬州府通州被水灾田九十一顷六十四亩租税。丁卯，皇太子命户部赈济直隶常熟县被水饥民万三千四百六十余户，计谷四千二百三十石。
八月甲辰，浚淮安府海州城南官河二百四十里。丙午，修通州三河等处水决堤岸。
闰九月丁巳，苏州府崇明县耆民宋杰等言：“比因风潮暴至，漂民庐舍，被灾之民五千八百三十余家。”上敕户部给米钞赈之，凡给米万二千四百余石，钞十二万八千三百二十五锭，仍免差徭二年。
十月甲午，常州府江阴县请浚万岁河及塘泾等河。从之。
十一月辛亥，浚苏州府昆山县太平河。庚申，蠲苏州水灾田租。初，有司议减半征之。上谓户部尚书夏原吉等曰：“民田被水无收。未有以赈之，不可征税也。”于是悉蠲之。
十三年正月戊辰，设淮安府常盈仓、徐州广运仓，并置大使、副使各一员。
二月己巳朔，浚扬州府瓜州坝河道。一至瓜州巡检司、一至江口，通六百余丈。癸未，置南京城门郎：正阳、通济、聚宝、三山、石城、清江、定淮、仪凤、钟阜、金川、神策、太平、朝阳十三门，每门六员，秩正六品。其石城、清江、定淮、仪风、金川五门增注二员，专巡江。
五月乙丑，开清江浦河道。凡漕运北京，舟至淮安，过坝渡淮，以达清江口，挽运者不胜劳。平江伯陈瑄时总督漕运，故老为瑄言：“淮安城西有管家湖，自湖至淮河鸭陈口仅二十里，与清河口相直，宜凿河引湖水入淮，以通漕舟。”瑄以闻，遂发军民开河，置四闸，曰移风、曰清江、曰福兴、曰新庄，以时启闭，人甚便之。
六月甲午，苏州府吴江县丞李昇言：“苏、松水患，莫甚于太湖。欲泄太湖之水，莫急于疏下流。近时所疏河道，岁久不免淤塞。今观常热之白茆诸港，昆山之千墩等河，长洲十八都港汉，及吴县、无锡等处近湖河道，皆太湖之下流。若循其故迹，浚而深之，仍修蔡泾等闸，俟潮水来往，以时起闭，庶免泛滥之患，而民获耕种之利。”从之。
八月戊于，增置淮安府常盈仓大使一员，副使三员。庚寅，霪雨坏正阳门台址，命工部修之。
九月癸丑，浙江治水左通政赵居任言：“苏松等六府，自春及秋，雨旸不愆，民乐耕种，比之往岁，实为丰年。”上谓行在户部尚书夏原吉等曰：“两京供亿多出于此，比年来水旱相继，民罹饥寒，朕深忧之。居任为人虽颇廉勤，然好佞上而不恤下，斯言殊未可信，宜遣人验视，母为所欺。
十月庚午，修京师朝天宫。壬申，降两淮盐运使岳福为浙江布政司右参议。
十二月，是月免直隶苏州水旱粮刍。