十四年四月壬申，修京师大祀坛及神乐观、山川坛、懿文陵。壬午，设直隶淮安府山阳县之清河、福兴、清河县之新庄、邳州之乾沟、徐州之沽头上、沽头下、沛县之金沟等闸，置闸官各一员。
五月庚子，修扬州府邵伯上、下二闸；甲辰，赈直隶砀山、萧县诸县饥民。丁巳，直隶金山卫奏：“有倭船三十余艘，倭寇约三千余，在海上往来。”敕辽东总兵官、都督刘江及各都司缘海卫所，令护备及相机剿捕。
六月丁卯，升江南按察司副使顾佐为应天府尹。
九月甲寅，直隶淮安府言：盐城县飓风，海水泛滥，伤民田二百十五顷有奇。
十月癸未，车驾自北京返京师。
十五年二月丁丑，修京师孝陵殿宇。
三月壬子，车驾发京师，巡狩北京。
四月壬戌，车驾次夹沟，亲祀徐王坟。以镇抚武勘为徐州卫指挥佥事，守王坟。
八月己酉，嘉兴府贼倪弘三等伏诛。弘三纠集无赖作乱，劫掠乡村，三年众至数千，往来苏、湖、常、镇诸郡，杀害官民商贾不可胜计。发兵二千，合浙江都司兵讨之，反为贼所败，官军多被杀伤，其势益横。浙江按察使周新，一志讨贼，立赏格，躬督兵搜捕，列木栅于小江港，断其走路，贼无所容，乃趋北河。新遣壮勇蹑至桃源县，生絷其首数人送京师，至是皆磔于市。苏、湖诸郡之民始安。丙寅，再定应天等府、州养马例。初，行在兵部言：“太仆寺马，洪武初，以应天、太平、镇江、扬州、庐州、凤阳六府，滁、和二州民牧养。其后马多，乃令淮、徐之民分养。今太仆寺又言马蕃息，宜令安庆、宁国、广德分养为便。”上曰：“安庆三府，只循洪武例，马多则令郡臣别议分养。”至是定议：风阳、庐、扬、滁、和在江北者，五丁养一马，应天、太平、镇江在江南者，十丁养一马；若后马益多，江南十丁内增一马；淮、徐郡虽近时始养马，亦宜计丁始均，以闻。从之。
十六年四月丁未，升副使陈鄂为应天府尹、礼部郎中叶春为两淮盐运使。
八月己卯，置通州卫通济仓。
十月辛巳，下令京城，凡盗马者，斩。
十一月辛未，免苏、松民营造，令馈送北京。
十七年二月庚寅，通政司左通政赵居任卒。居任，应天府溧阳县人。洪武中，以耆老授通政司左参议，升山东布政司左参议，再升左通政。尝奉使日本，其国王赠以名马方物，悉却不受。上闻而嘉赉之，命往苏、松治水。居任虽以清介自持，而无恤民之心。在苏、松十余年，督治水及农务，每霖雨投田禾，不待雨止，广集民男妇踏车出水，随去随溢，低田终不可救。高乡之民困于其役，不得尽力农事，而居任恒以丰稔闻。至是以疾卒，民用慰悦。
六月丁亥，直隶扬州府如皋县丞刘逊言：“洪武中，县民五户养一马，民田税粮全免，官田减半。比年新佥养马户，税粮未免，其有孳生不及数者，责令买补，以致税粮逋欠，乞如例优免。”从之。
十八年二月己未，升平凉府知府何士英为两淮盐运使。
八月戊申，修京师孝陵殿。
十月壬子，皇太子发南京，赴北京。
十一月丁卯，以明年改行在所为京师。议守卫南京留守五卫，每卫调官军一半来北京，开设留守五卫。悉从之。命兵部以孝陵、济川、广洋、水军左右、江阴、横海、天策、英武、飞熊、广武、应天等卫留守南京；留守中、左、右、前、后五卫官军，分守南、北二京。戊辰，上以明年御新殿受朝，诏天下曰：“开基创业，兴王之本为先，继体守成，经国之宜尤重。昔朕皇考太祖高皇帝，受天明命，君主华夷，建都江左，以肇邦基。肆朕缵承大统，恢弘鸿业，惟怀永图，眷兹北京，实为都会。惟天意之所属，实卜筮之攸同。乃仿古制，徇真情，立两京，置郊社宗庙，创建宫室，上以绍皇考太祖高皇帝之先志，下以贻子孙万世之弘规。爰自营建以来，天下军民，乐于趋事，天人协赞，景贶骈臻，今已告成。选永乐十九年正月朔旦，御奉天殿，朝百官，诞新治理，用致雍熙。於戏!天地清宁，衍宗社万年之福，华夷绥靖，隆古今全盘之基。故兹诏示，咸使闻知。”乙亥，遣官责敕召皇太孙，期十二月终，随皇太子至北京。壬午，革北京刑部并属吏、户、礼、兵、刑、工六曹清吏司、照磨所、司狱司，其属官俱调用，及革行在户部、刑部及南京之户部、刑部之北京清吏司、行在都察院并南京都察院之北京道。乙酉，皇太孙发南京。
十九年四月庚子，奉天、华盖、谨身三殿灾。
六月甲辰，赈苏州府吴县饥民。
八月丁巳，敕直隶徐、扬、邳、淮安等卫，通选步骑若干，委能干指挥率领，以明年春至北京。
九月丙寅，修直隶高邮州新开湖塘岸。
二十年七月辛未，户部言：“应天府溧阳县、扬州府宝应县、徐州萧县，霪雨伤稼。”皇太子令遣官巡视。
二十一年二月甲戌，工部言：“淮安卫土城低薄，宜令军士增筑。”从之。
三月已亥，盗入南京大祀坛天库，盗苍璧二、黄琮一。命西宁侯宋琥督南京五城兵马捕贼。
五月丙戌，设直隶淮安府山阳县移风闸，置闸官一员。
八月丁巳，直隶苏州府嘉定县言：“境内圩岸，南至松江处，计五十余丈圮于潮水，请命修筑。”皇太子从之。
九月壬午，江阴等卫都指挥佥事周鼎等九百九十二人，奉使榜葛刺等国回。皇太子令礼部赏钞有差。
二十二年三月甲辰，南京天禧寿将成，赐名大报恩寺。上亲制碑文。
五月丁丑，修苏州府嘉定县海提一千五百八十三丈。己亥，免直隶扬州累岁水灾田粮。
六月庚申，修南京天地坛大祀殿、山川坛正殿、懿文陵神厨、库房。戊辰，南京中军都督府言：“久雨，坏聚宝门城垣，请发军修理。”皇太子从之。
七月丁未，命驸马都尉沐昕掌南京后军都督府事。命太监王贵通率下番官军赴南京镇守。宫中诸事同内官米卜花、唐观保，外事同驸马都尉、西宁侯宋琥、驸马都尉沐昕计议而行。
八月庚申，调南京兵部尚书赵羾任南京刑部尚书；升刑部右侍郎张本为南京兵部尚书兼南京都察院事；吏部右侍郎师达为南京户部尚书兼南京吏部事。
闰九月庚寅，通政使司左通政乐福言：“命治水苏、松、常等府，今岁各府田稼多为水淹没，请宽其税，俟来岁并征。”上曰：“今岁以恤民故宽之，若来岁并征，民输亦难，其令以钞、布代输。”
十月壬寅朔，命户部：“苏、松等府被水灾处，今岁秋粮悉令折输布、钞，如永乐五年恤民之例，每石输布一匹，或钞六锭。”南京户部行用库，专市民间金银，至是罢市，故革之。戊申，水没徐州萧、沛等州、县田七千二百九十顷有奇。事闻，诏悉蠲其今年租税。乙卯，召镇守徐州忻城伯赵彝还，以其老不胜事也。丁巳，户部奏：“京师岁用粮五百万石，今江南岁运越三百余万，而不足以供。请自来岁于淮安等府增运，以备此数。”从之。
十一月庚辰，上以钞法久滞，又闻南京抽分场旧所积薪，及龙江提举司所积竹木甚富，有至二三十年者。因叹曰：“积聚本以资用，今京师军民得薪甚难，与其积久以待腐，何若散之以利人。”遂谕工部臣：“其二处所积，除足岁用外，余并以鬻军民，每百斤官价钞五贯，悉收昏软旧钞。庶以便民。”辛巳，命工部：“应天等府岁办芦柴，自明年为始，什二征本色，什八征钞，每一束准钞五贯，悉收昏软旧钞。”盖上念民贫及钞法未通故也。
十二月丁未，监察御史胡启先言：“南京有龙蟠虎踞之势，长江天堑之险，国家根本所在，若使臣下镇之，是授以控御之柄，伏乞命皇太子留守，以系人心，以固邦本。”