九月，监试北城御史毛在疏，谓：中式举人李鼎踪迹可疑，核之，则国子监生李一鹗，按察副使逊子也。初嚷呴南场，考官问斥，改名入试。斥为民。
南京兵科给事中杜縻参中式应天一百三名王国昌系徽州监生；该前科余姚县生员胡正道，冒籍通州，中顺天乡试，已经黜革。奉旨：着巡按衙门查明问革。
十月，应天府尹张槚等题：“万历十六年九月初三日揭晓，将中式举人周应秋等一百三十五名姓名榜示外，随将中式举人文案依式刊刻试录进呈。随准考试官、当涂知县章嘉祯呈，称：‘查得四十九名朱卷，原系《诗经》“荒”字十号。职寻墨卷，误将《春秋》“荒”字十号拆名曹祖正填榜。缘对卷之时灯下慌忙，止见号数相同，失于查对经书，以致错误。本职罪不容辞，合应呈请。’臣等照得：榜出四十九名系填写姓名错误，未经题请奉旨改正，不敢擅刊成录。恭候命下之日，方敢刊刻进呈。诚恐时日稽延，臣等不胜罪惧”等因。又该左庶子刘元震等检举事，又该南京、四川等道御史孙鸣治等题为科举失错事，又该南京科臣朱维藩奏为科场钜典将成、经房对号差误、恳乞圣明俯赐查处以全盛举事等因。俱奉圣旨：“礼部知道。”
该部看得：“科场钜典，法至详密，所取朱卷，必查墨卷比对相同，方可拆名填榜，此定制也。今当涂知县章嘉祯始而不辨经书，谩查字号，已失之周章。既而不加磨勘，辄行拆卷，又失之怠忽。虽心本无他，而责实难诿。考试官刘元震等、提调官张槚等惟据本房之呈送，不问经义之异同，固属仓忙，亦欠精密。合候命下，将章嘉桢重加罚治，以为科场不恪之戒。其考试、提调等官刘元震等，职在统理，似与专司其事者不同，既行检举，相应量加罚治，惟复别赐定夺。再照：填榜、刊录，原属一事。今榜出已久而录尚迁延，未呈御览，甚非慎重大典之意。合无行令各该府官，将原试录星夜进呈。其误中四十九名曹祖正，相应查革，复学肄业。仍将本生并原取《诗经》‘荒’字十号朱墨二卷解部覆阅，以凭上裁。”请奉圣旨：“是。章嘉祯着罚俸五个月，刘元震等二个月。”
正月，礼部郎中高桂谓：
我朝二百余年，公道赖有科场一事。自权相作俑，公道悉坏。势之所极，不能亟反。十年前，张居正挟私求进，幸门四启，私属公行。王篆、朱琏等尤而效之，若以为定例牢不可破者，何哉？见闻熟而积习之私难挽也。彼居正初坏科场，每以意授人，忤者立见显祸。能先意承志者，则以美官酬之，若持左劵。此其贻玷冠裳，至今唾骂者未已也。且明宪在前，国法在上，而犯者接踵相继，致使富室有力者，曳白可以衣紫，寒畯无援者，倚马不得登龙。此忠臣义士所以扼腕而不平也。若不一洗而更新之，则滥觞日甚，不知其何所底止也。谨以近日科场有议者为我皇上陈之：
查得我朝开科取士之制，帘以外主防检，帘以内主校阅，何善也！迩因各省巡按御史越侵职掌，内帘绝不与事，寖失初制，且弊孔烦兴矣。万历十三年，科臣王继光建议仍复京考之制，蒙旨厘正，中外翕然。然内帘之弊，反有甚于外帘者，宜台臣之有辞也。累科故实，两京主考必于翰林中资俸深而物望隆者，以畿辅首善之地，自当选择而使，以故得人斌斌称盛。近因规规资次，人得预拟，或阴植私交，遂至辱大典而羞当世。
万历十六年，顺天乡试，该府以主试请，翰林院具题，蒙旨以右庶子黄洪宪等往。随接邸报，见本官一本‘文衡重任，闻命惕衷，恳乞圣明申饬责成以重大典事’，大略谓：私揭中伤及阅卷去取，全由同考与夫弥封、对读朦胧改窜之弊，乞行申饬等因。众方愕然，以为主考自检饬，分耳，何至哓哓若此？询之，咸谓今岁场屋必至决裂，不得不先为张本也。旬日之间，满京喧传，以为某两浙富人，必得华选，某三吴巨室，必在前列。臣以为道听未足信也。至榜一出，大半符合前言矣。揭晓之日，士人中有谓某以馆谷进，某以里闬、交游进，臣尚以此为憎者之口，未必至此。及闻遗失试卷，始信前言有据矣。试卷场中最为严密，未阅之先，责在收掌。既阅之后，责在提调等官。且各卷例当送部科校阅者也，可信其散逸而不为之所乎？昏夜扰扰之际，必有收贮之地、典守之人，此一讯而可明者也。乃监试疏中谓礼部委官到场拥杂，混失朱卷，谬矣。臣前科曾为会试提调官，知乡试之终乃会场之始。臣于八月廿七日往贡院，封锁什物，见千余人混入，询之，乃附近居民拾取木片柴草，天明方行验出。彼时试卷先同榜出矣，何竟无一失耶？无知之民肯冒不宥之法而取必不可得之利耶？夫揭榜之先，远近传言场中失火，后竟不然。则今试（榜）【卷】之失，毋乃先去以灭其迹乎？不知此欲盖而弥彰者也。奉旨追寻，数阅月矣，何乃逡巡观望，宜闻而久不闻也？查得礼部题准科场事宜，各省直揭榜之后，即将朱墨真卷解部，会同该科辨验是否后，将卷通行覆阅。如有文理不通者，量行奏斥一二，以示惩戒。此非刻也，杜渐防奸，不得不尔也。今各生试卷茫无下落，抑不知所中者为真耶伪耶，抑恐以甲为乙，移花接木，所不免也。且弥封等官，多有认记改作之弊，今虽欲辨之无由矣。
旧例，凡士子草稿不完者，先行帖出，不准进场。今第四名郑国望稿止五篇，执事官若罔闻（之）【知】，乃巍然掇高科矣。纵才迈董、贾，以典制则悖矣。第十一名李鸿，《论语》篇腹中有一‘囡’字，考之《海篇直音》，‘囡’音‘匿’，谓私取貌。询之吴人，土音以生女为囡。此其为关节明甚矣。《孟》义大结，尾云：‘呼伪而可以为囡，吾未知新莽之果不可为周公也。’经书二篇结云：‘傅岩之遇，方自以为不世之遭，即有贤者，岂能尽出其右？而曰吾姑待之，岂理也哉！’文义难通又若此。第二十三名屠大壮，首篇云：‘以后来之识见，合诸前此之图谋；以新生之意见，合诸初时之谋议。有以一夫奏言彻行者。’《中庸》篇云：‘道之端由此造，其知乎！道之端由此造，其能乎！’《孟》义大结云：‘之哙者流，与唐虞争烈。’至后场，以‘创’作‘瓶’，以‘辟’作‘壁’，以‘蜉蝣’为‘浮游’等字。大率不通类此。即置之于小试，当在斥降之列，况可以点贤书乎？他若二十一、二名茅一桂、潘之惺，二十八名任家相，三十二名李鼎，七十名张毓塘，即数字数句之疵谬，不堪过求，然亦啧有烦言矣。夫士在明经适用，而不经之字，岂宜妄书？顺理成章为文，而不通之文，岂容收录？且少卷遗匿，真伪难凭，公据混淆，辨验无自，不审本房作何评骘？主考曾否参订？向来朱墨卷类为一处，何独至朱卷而遗之？昔人场中有用三十字作冒，今奈何互相牢笼，恬不为怪耶？
大抵今之科举，坏乱极矣。士子以侥幸为能，主司以文场为市，利在则从利，势在则从势。录其子以及人之子，因其亲以及人之亲，遂至上下相同，名义扫地。洪武三十年，学士刘三吾、纪善白思蹈等主试，至有物议。高皇帝震怒，一遣于边，一弃于市。圣祖岂无意而重处之哉？正谓开科取士，国家大典，此而作奸，则无奸不作矣；此而营私，则无私不营矣。臣备员清署，非不知包容之为得，顾义气所激，不能自已，乃敢披沥血诚，上干天听。伏乞敕下九卿，会同科道官，将顺天中式卷逐一检阅，要见原卷见在多少，有无积弊，逐一查明，据实上请，以俟处分。其余迹涉可疑及文理疵谬者，通行议处，以严将来之防。即将臣重加妄言之罚，以谢当事。庶公论可明，幸门可塞，众愤可泄，数十年之锢弊为之一清矣。
臣又有说焉。天下之公与私不并立，而人心之疑与信不两蒙。自我朝设科以来，岂无公卿之子以才见收者乎？而人不之疑。故相张居正诸子后先并进，而一时大臣之子遂无有见信于天下者。今辅臣王锡爵子衡，素号多才，岂不能致身于青云之上？而人之疑信且半也。臣亦乞将榜首王衡，与茅一桂等一同覆试，庶大臣之心益明，可以信今而传后矣。
奉圣旨：“这草稿不在，事在帘外。朱卷混失，事在场后。字句讹疵，或出一时造次。有无弊端，着礼部一并查明来说，不必覆试。自后科场，只照旧规严加防范，毋滋纷纷议论，有伤国体。该部知道。”